bwa sampe的bash循环中的多个变量

#!/bin/bash

# 定义输入文件和输出文件的路径
input_dir="/path/to/input/files"
output_dir="/path/to/output/files"

# 定义样本列表
samples=("sample1" "sample2" "sample3")

# 遍历样本列表
for sample in "${samples[@]}"
do
    # 定义输入文件名和输出文件名
    input_file="${input_dir}/${sample}.fastq"
    output_file="${output_dir}/${sample}.sam"

    # 执行bwa sampe命令，将输入文件与参考基因组比对，并输出比对结果
    bwa sampe reference.fasta ${input_file} ${input_file} > ${output_file}
done