我正在尝试使用bioconductor的getBM()函数来检索某些基因的序列。useMart("ENSEMBL_MART_ENSEMBL")
thisAnnotLookup <- getBM"204911_s_at", "205234_at"
浏览 195提问于2020-06-04得票数 0
我在Bioconductor的支持页面上发布了这篇文章，但没有给出任何答案，所以在这里尝试。我正在使用来自我学院集群的R/生物导管包IdeogramTrack函数Gviz：当我从主节点尝试这一点时，它工作得很好，但是当我尝试从集群中通过主节点的任何其他节点尝试时</
浏览 4提问于2017-02-12得票数 1
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基因列表包含基因名称的混合(即"TRY“、"TMM”、"SVP“、"FLC")和ID(例如"AT1G01390"，"AT1G01310"，"AT1G01240")。我想将它们全部转换为基因名称，这样我就可以通过GO terms R包运行它(该包似乎不像AT1G01390那样读取ID)。当我使用biomaRt的getBM()函数时</em
浏览 113提问于2019-05-12得票数 0
我正在运行R studio (Anaconda) R版本3.4.1 (2017-06-30)。尝试安装biocLite时出现以下错误：Error in file(filename, "r", encodinginternet routines cannot be l
浏览 0提问于2017-10-03得票数 0
我知道有一些类似的问题，特别是这个：坦率地说，这个答案对我来说有点压倒性的，因为我不太熟悉R设置/安装等。我尝试了一些解决方案，但还没有成功。//bioconductor.org
Using Bioconductor version 2.14 (BiocInstaller 1.14.3), R version 3.2.1.a/s/n:“时，我尝试了"a”和"n“两个选项。两者都不起作
浏览 0提问于2015-10-27得票数 0
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UTR、内含子、外显子或基因间序列中。我不关心哪些基因的内含子(等)这些坐标是。现在我不能提供我正在尝试做什么的代码样本，因为我不知道从哪里开始-如果我有一个包或任何可以在其
浏览 8提问于2013-11-20得票数 5
我一直在尝试在R(4.0.5版)中安装Bioconductor。每次我尝试插入下面的代码时，我都会得到一些错误，比如： >if (!3.12 (BiocManager 1.30.13), R 4.0.5 (2021-03-31)Error in readRDS(dest) : error reading from connection
浏览 2472提问于2021-05-09得票数 2
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{ }species[specieId].getGenes().Remove(geneTwoId);
species[specieId].getGene(geneOneId).setSequence(newSequence
浏览 3提问于2016-04-17得票数 1
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我在Biostar上发布了同样的困惑，但似乎那里的流量很低，所以我想我可以在这里摆个姿势。我正在尝试使用Bioconductor的'Biostrings‘软件包和'DNAStringSet’函数将fasta序列文件导入到R中，但我一直收到相同的错误：
Error in .Call2("new_XString_from_CHARACTERclassname, x, start(solved_SEW), :
浏览 3提问于2014-03-29得票数 0
我使用的是通过anaconda (5.2版)安装的R (3.4.3)。我已经使用conda安装了zlib。但是当我尝试安装Bioconductor R包时："ShortRead“，我得到了这个错误：configure: error: zlibnot found我尝试
浏览 4提问于2018-06-25得票数 1
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我有两个自定义文件，一直在尝试将它们组合成一个.gtf文件，最终为kallisto创建一个自定义的fasta。我一直在使用R中的生物串库(Bioconductor)，并将这两个文件作为基因组范围进行了阅读 genes.gf <-readGFFAsGRanges("novel_genes.gtf")
isoforms.gf<-readGFFAsGRanges("novel_isoforms.gtf") 然而，当我
浏览 58提问于2020-04-06得票数 0
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寻找进行长对核苷酸比对的算法
、、、、
我试图扫描可能的SNPs和indels，通过调整支架子序列从一个参考基因组。(原始读取不可用)。我使用的是来自Biostring包的R/bioconductor和` `pairwiseAlignment函数。这对于较小的脚手架很好，但是当我试图将56 for的脚手架与错误消息对齐时失败了：
QualityScaledXStringSet.pairwiseAlignment(pattern =模式中的<em
浏览 4提问于2012-09-08得票数 3
我正在尝试使用getGEO()函数导入我以前从GEO下载的文件，但是每次我使用我的文件名尝试该函数时，我都会遇到一个错误，内容如下：# Error in `.rowNamesDF<-`(x, value = value) : invalid 'row.names' length
我已经使用Bioco
浏览 66提问于2021-09-19得票数 1
我正在尝试运行一个R脚本(特别是，我正在使用Bioconductor包中的"getLineages“函数。
我想知道为什么会出现“向量内存耗尽(达到极限？)”的错误。当我使用这个函数时，就会显示出来，因为与这个包中的其他函数(使用我正在分析的数据)相比，它似乎不是最占用内存的函数。我知道Stackoverflow上还有其他类似的问题，但他们都建议切换到6
浏览 6提问于2018-07-12得票数 78
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我所做的是从diseaseRL数据集中获取绝对数，并使用数据范围(该数据集中特定疾病的媒介的最大-最小值)对数据进行标准化。RBO是能够比较两个排序列表的函数。我想将此函数用于归一化数据列表，其中包含基因的data.frames (用于疾病和药物排<em
浏览 3提问于2017-06-05得票数 0
我在centos 7上使用R时，当我尝试安装bioconductor软件包时，我得到以下错误。> source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
Bioconductor version 3.0 (BiocInstaller 1.16.1), ?biocLite更大，因为其他使用rea
浏览 5提问于2014-11-20得票数 0
我想使用BiomaRt包查询数据库。我有loci，想检索一些相关的信息，比如说description。这里是一个可重复的例子。： getBM("description","tair_locus",l
浏览 4提问于2012-09-05得票数 2
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我试图运行需要R包‘pkgDepTools’和‘Rgraphviz’的代码。我收到错误消息，说这两个包都不适用于R版本2.15.0。谷歌搜索出现了以下网页RPM Pbone，其中似乎包含这些软件包：
但是，这些文件的扩展名是*.rpm，而不是我习惯的*.tar.gz或*.zip扩展名。我使用的是Windows 7和R版本2.15.0。我可以从*.rpm文件安装R包吗？从维基百科上看，*.rpm似乎更适合Lin
浏览 0提问于2012-05-27得票数 0
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我从事遗传学的工作，我有这个命令行来检索基因的DNA序列：输出如下(谷氨酰胺酶-天门冬酰胺酶基因的三个生物体的三个<
浏览 2提问于2018-06-11得票数 0
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