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我的目标是使用bcftools检查我的数据集(vcf文件)中的参考等位基因是否与使用fixref插件的参考基因组(fasta文件)匹配。在命令行上工作时，我首先设置了以下环境： export BCFTOOLS_PLUGINS=/path/to/bcftools/plugins 对于不匹配的测试数据集，建议使用以下代码： bcftoolsref.fa -m top 当我使用我自己的文件运行这段代码时(请注意，我的数据是.vcf，而不是.bcf)，我得到以下错误： [main] Unre
浏览 173提问于2020-04-01得票数 0
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我有个vcf文件。我需要更新我的vcf文件中的ID列。这就是我的vcf文件的样子：
0797年NA20798 NA20799 NA20800 NA20801 NA20802 NA20803 NA20804 NA20805 NA20806 NA20807 NA20808 NA20809 NA20810 NA20811 NA20812 NA20813 NA20814 NA20814 NA20812 NA20811 en20 19 en21#
chr22 16050408。T C 100通过AA=.;AC=134;AF=0.06;AFR_AF=0.1;AMR_AF=0.05;AN=2184;A
浏览 22提问于2022-05-23得票数 -2
然后我试着 conda install bwaconda install plink2 它们都安装得很好。然而，当我尝试 conda install bcftools-gtc2vcf-plugin 或 conda install -c bioconda bcftools-gtc2vcf-plugin 按照https://bioconda.github.io/recipes/bcftools-gtc2vcf-plugin/RE
浏览 209提问于2020-01-02得票数 0
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下面是使用tabix从特定区域获取VCF文件的代码，然后使用vcftools中的“保存”选项对特定(欧洲)人口进行筛选。if [ "$POP_FILE" != "" ]; thenelsefi
PROBLEM：它创建recode
浏览 8提问于2014-10-01得票数 0
文件 tab-delimited##bcftools_normCommand=norm -m-both -o genome_split.vcfgenome.vcf.gz
##bcftools_normCommand=norm -f /home/cmccabe/Desktop/NGS/picard-tools-1.140/resources/a[2] : "DP=num_Miss
浏览 0提问于2017-11-30得票数 1
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我试图合并使用bcftools的3000个细菌bcf文件。vcf文件是使用GATK生成的，并转换为bcf，并由bcftools进行索引。bcftools继续分析20%的数据，但它总是过早地终止，只为一部分变体(从200万个细菌基因组中产生高达500 2M )产生一个合并的bcf文件。我使用的代码如下：
bcftools1.7/bcftools merge -l VarList.txt -0 --missing-to-ref --threads 1 -O b > CombinedVCF输出错
浏览 1提问于2018-12-06得票数 0
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我试图在RedHat服务器上重新安装bcftools，从bcftools版本1.10更新到至少1.14：给出bcftools --version产量Using htslib 1.10.2
Copyright (C) 2019所以我知道bcftools已经安装好了。, subscription-mana
浏览 0提问于2022-03-29得票数 0
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我一直收到关于输出规则中不具有相同通配符的错误，并且我不知道错误的来源是什么： SyntaxError: output: shell: threads:
浏览 76提问于2019-09-10得票数 1
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列表项目
我得到以下错误：Error parsing "--tags F_MISSING": the tag "F_MISSING" i
浏览 12提问于2022-11-18得票数 1
rule bcftools_call: fa="data/ucsc.hg19.fasta",output:shell:
"bcftoolsmpileup -
浏览 25提问于2021-11-08得票数 0
output: shell: prior=get_bcftools_call_priors "calls/all.vcf"
shell:"samtools mpileup -g -f {input.fa
浏览 63提问于2021-08-13得票数 1
1000基因组计划为我们提供了数千人的DNA序列相对于人类参考DNA序列“变异”的信息。变体存储在文件中。我的问题是:它是否已经存在，有些工具可以很好地执行任务，或者我必须自己编写脚本。
浏览 7提问于2013-09-17得票数 4
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1回答
我正在使用Bcftools从GVCF文件中提取单个样本VCF。bcftools view -f -Oz -s Sample_name -o output_sample.vcf.gz input_file.vcf.gz the file is not BGZF compressed
有没有人知道为什么会这样？
浏览 36提问于2021-03-04得票数 0
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我正在将新的vcf文件添加到以前创建的bcf文件中，其中VCF中的ID字段已设置为CHR:POS:POS:REF:ALT？ 如何将VCF中的ID字段设置为CHR:POS:POS:REF:ALT？
浏览 38提问于2019-03-05得票数 1
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我正在尝试使用plink1.9将多平行度划分为双平行度。输入是 1 chr1:930939:G:A 0 930939 G A1 chr1:930952:G:A;chr1:930952:G:C 0 930952 A G 它所做的是： 1 chr1:930939:G:A 0 930939 G A
1 chr1:930947:G:A 0 930947 A
浏览 103提问于2021-11-17得票数 1
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"{prefix}.bcf" "{prefix}.vcf" "" # optional parameters for bcftoolsview (except -o) "0.38.1/bio/bcftools/view"Building DAG of jobs...:
Failed to open envir
浏览 0提问于2019-10-16得票数 4
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我试过使用bcftools，见下文。bcftools query -f '%CHROM %POS %REF %ALT\n' file.vcf | head -3chr1 61871 C CT有没有一种方法可以使用bcftools，或者将bcftools与awk结合，以获得我正在寻找的vcf文件格式的输出？
浏览 4提问于2022-02-13得票数 0
我有一组vcf文件，每个文件都有一个字符串，以‘SRR’.例如，在file1中我有以下行：在file2中，我有：在档案3中，我有：我希望将这些字符串替换为特定的细胞系名称，例如，将
浏览 0提问于2019-02-19得票数 1
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RFILES:=$(wildcard $(RDIR)/*.vcf)OUTFILES=$(patsubst %.vcf,$(OUTDIR)/%.gz,$(RFILES))OUTSOMATIC=SOMATIC$(OUTDIR)/%vardict.gz,$(OUTSOMATIC)/%.somatic.vcfOUTSOMATIC):
$(OUTSO
浏览 7提问于2017-05-22得票数 2
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