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变异测试

变异测试在1970年被一个学生DickLipton提出,首次发现和公之于众。变异测试最初是为了定位揭示测试单元的弱点。...2. 6个概念 在变异测试中需要关注以下六点 1)变异算子 1987年,针对Fortran 77语言定义了22个变异算子,而在下面我们介绍的Mutpy中定义了以下27个变异体。...3)高阶变异体 看下面代码 [A] z = x * y [B] z = x / y [C] z = x/y*2 [D] z =4x/y*2 B是A的一阶变异,C是B的一阶变异,D是A的高阶变异 4)可删除变异体...如果测试用例测试源代码和测试编译代码不一致,则这个测试用例可以删除 5)可存活变异体 如果测试用例测试源代码和测试编译代码不一致,则这个测试用例不可以删除 6)等价变异体 变异体与源代码语法不同,语义相同...在测试用例中x=2,y=2 ,测试结果为4 返回 True; 在变异x / y,测试结果为1 返回 False; 在变异x // y,测试结果为1 返回 False; 在变异x ** y,测试结果为2

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变异测试

什么是变异测试? 变异测试,英文Mutation Testing,是使用变异器 (切换数学运算符,更改返回类型,删除调用等)将代码修改为不同的变异(基于变异器创建新代码),并检查单元测试是否失败。...所以,变异测试的有效性可以衡量杀死了多少个突变。 变异测试是覆盖率的一个很好的补充。相比覆盖率,它能够使单元测试更加健壮。...执行变异测试 在执行变异测试前需要先执行单元测试,不然变异测试有可能找不到单元测试类。 找到对应模块下的pitest插件: ?...运行完成后,会自动生成变异测试报告,报告位置一般在对应模块的target/pit-reports目录下: 报告会详细列出每个包、每个类的覆盖率,变异通过率等。 ?...从上面很明显可以看到我的单元测试其实并没有写得完整,我们看看里面哪些变异详细报告: ? ? ? 如果我的单元测试加上边界测试: ? 再次执行,变异测试全覆盖了! ?

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    GATK变异检测

    merge.markdup_metrics.txt -O merge.sorted.markdup.bam samtools index merge.sorted.markdup.bam Duplication 对变异检测的影响...samtools flagstat merge.sorted.markdup.BQSR.bam #建立索引 time samtools index merge.sorted.markdup.BQSR.bam 五、变异检测...hg38/Homo_sapiens_assembly38.fasta -V merge.HC.g.vcf.gz -O merge.HC.vcf.gz 六、结果过滤 6.1 VQSR 准备的已知变异集作为训练集...3、1000G 千人基因组计划(1000 genomes project)质控后的变异数据,质控后,它包含的绝大部分都是真实的变异,但由于没办法做全面的实验验证,并不能排除含有少部分假阳性的结果。...dbSNP 收集的数据,实际都是研究者们发表了相关文章提交上来的变异,这些变异很多是没做过严格验证的。

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    breakdancer检测结构变异

    breakdancer 是一款结构变异检测软件, 专门针对双端测序数据进行开发,github地址如下 https://github.com/genome/breakdancer 分析原理图如下 ?...从原理图可以看出,breakdancer 会根据双端reads的比对情况,检测以下5种类型的结构变异 insertions deletions inversions inter-chromosomal...鉴定结构变异 用法如下 breakdancer_max -t -q 10 -d sv.reads config.txt > sv.out 结构变异的检测计算量较大,所以需要的时间也很久。...each map file Estimated allele frequency Software version The run parameters 1到6列描述的是断裂点的位置信息;第7列描述结构变异的类型...,DEL代表缺失,INS代表插入,INV代表倒位,ITX代表同一染色体上的易位,CTX代表不同染色体之间的易位;第8列代表结构变异的长度,对于染色体间的易位,这个数值没有含义;第9列代表该结构变异可信度的打分值

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    【译】平台工程六大支柱

    本指南试图为平台团队提供一个对话的切入点,围绕软件交付过程中的六个技术元素(或者支柱)进行讨论,探讨每个要素的流程和一般需求,最终用这些要素进行产品组织。 平台工程的六大支柱 平台战略有哪些组成部分?...支柱 1:安全 不管使用什么系统,开发者的第一个问题大概会是——“如何创建账号?怎么设置凭据?哪里能拿到 API Key?”...3:基础设施发放 前面提到的两个支柱,平台团队提供了自服务的 VCS 和 CI/CD 流水线,并且提供了安全能力作为防护。...当然,这一能力要和前面提到的安全和 VCS 等支柱结合起来。 通常会使用 IaC(Infrastructure as Code)技术构建有效的、现代的基础设施平台。...和其它平台支柱一样,能够前瞻性地兼容未来的环境变化和多样性工作流是很有必要的。

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    超越可观测性三大支柱

    日志 作为三大可观测性支柱中最古老的一支,日志已从基本的 'print' 语句演变为复杂的结构化格式。...示例日志显示跟踪和跨度 ID 超越三大支柱之外 - 上下文 可观测性已经从仅仅收集和分析三大支柱(日志、指标和跟踪)发展出来。"...上下文(Context)" 被越来越认识为在调试复杂的分布式系统中的关键组成部分,它补充了传统的三大支柱:指标、日志和跟踪。...上下文可以被称为可观测性的第四支柱 - 关联不同的信号,并为可观测性的三大支柱提供更多信息。 上下文在可观测性中的作用 在故障排除中,上下文至关重要。它连接了指标、日志和跟踪中的不同信息片段。...例如,服务降级计划可能会概述在瞬态事件期间从三大支柱收集信息的步骤。 技术不仅涉及工具;它涉及充分利用这些工具来充分仪表化服务。

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    Typescript教程_安装typescript

    前言 由于最近在使用vue3写项目,使用vue3的前提就是要学习TypeScript,TypeScript算是JavaScript的升级版,TypeScript包含JavaScript和自己的一些特性...介绍 TypeScript是一种由微软开发的开源、跨平台的编程语言。...2012年10月,微软发布了首个公开版本的TypeScript,2013年6月19日,在经历了一个预览版之后微软正式发布了正式版TypeScript TypeScript的作者是安德斯·海尔斯伯格,C...TypeScript扩展了JavaScript的语法,所以任何现有的JavaScript程序可以运行在TypeScript环境中。...文件编译成01_typescript.js文件,只需要在当前目录下执行如下命令: tsc 01_typescript.ts 输出结果为一个01_typescript.js文件,它包含了和输入文件中相同的

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    matlab 计算变异系数,变异系数法求权重matlab代码

    《变异系数法求权重matlab代码》由会员分享,可在线阅读,更多相关《变异系数法求权重matlab代码(1页珍藏版)》请在读根文库上搜索。...1、变异系数 法求权重 matlab 代码 clear;clc; data1,header1=xlsread(statistic1.xlsx,ECO); %必 须将 statistic.xlsx至于默认文件下.../mean(R); % 计算变异系数 w=deta/sum(deta); %score=data1*w; % 综合得分 score=data11*w; output=mean(R);deta;w; score1...ScoreFinal,index=sort(score1,descend); %降序排列 sort=ScoreFinal,index; % 得分与排名 xlswrite(statistic1.xlsx,output,变异系数...); %输出均值 mean,标准差 std,权重 w 到 statistic1.xlsx xlswrite(statistic1.xlsx,sort,变异 sortDescend); %输出得分与排名

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    javascript typescript_typescript python

    前言:无论在学习什么语言的时候,我们都需要明白其该怎么样去定义一个变量或者Function,那么今天我们来看看TypeScript的数据类型。...TypeScript是由微软大神Anders Hejlsberg(安德斯·海尔斯伯格,丹麦人,Turbo Pascal编译器的主要作者,Delphi、C#开发领导者,同时也是.NET奠基人之一)领衔开发的...TypeScript可谓一门语言,其主要特性有: 面向对象,并拥有一些函数式特性; 类型语言; 实现了注解、泛型等特性; 适配大型App构建。...never never never 是其它类型(包括 null 和 undefined)的子类型,代表从不会出现的值 ---- 三.数据类型应用 1.any类型: 顾名思义any就是任何的意思,那么TypeScript...而在TypeScript中启用严格的空校验(–strictNullChecks)特性,就可以使得null 和 undefined 只能被赋值给 void 或本身对应的类型 10.never: never

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    VEP — 高效的变异注释工具

    VEP是一个强大的工具,其具有以下特性: 广泛的注释功能:VEP 可以注释多种类型的变异,包括单核苷酸多态性(SNPs)、插入和删除(indels)、拷贝数变异(CNVs)和结构变异(SVs)。...集成其它数据库:VEP 可以集成来自其他数据库的信息,如dbSNP、ClinVar等,为变异提供更全面的生物学背景。...,可以快速地确定变异在基因组中的位置、影响的转录本以及变异对蛋白质功能的可能影响,例如导致蛋白质结构的改变或功能丧失。...同时它可以处理多种类型的变异,包括单核苷酸变异(SNVs)、插入删除(indels)、拷贝数变异(CNVs)等。 5基本使用 ## 最小化命令 ....这个选项确保VEP能够访问并使用适合给定物种的数据库 ##比如对小麦的变异注释(triticum_aestivum) .

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