SyntaxError:
Not all output, log and benchmark files of rule SortMeRNA contain the same wildcards.
浏览 23提问于2020-01-20得票数 0
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我创建了以下snakemake规则： input: output: log:--nextseq-trim=20 -m 20" "0.50.4/bio/cutadapt/se"不能从输出文件中确定params中的通配符由于{}，Snakemake将-a 'A{100}'实现为通配符
浏览 9提问于2020-04-13得票数 4
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我一直收到关于输出规则中不具有相同通配符的错误，并且我不知道错误的来源是什么： SyntaxError:
Not all output, log and benchmark files of rule我试着给输入的通配符命名，甚至仔细检查了调用bcftools_filter的output的规则以及生成bcftools_filter的input的规则，但都无济于事，不知道是什么导致了这个错误。
浏览 76提问于2019-09-10得票数 1
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我想用一种非常简单的方式在Snakemake中使用通配符来启动两个数据集的脚本。不幸的是，我找不到合适的方法。subset.txt" "bash scripts/extract.sh {input.genes} {input.expression} {output}"大楼的工作.WorkflowError:目标规则可能不包含通配符。请在命令行中指定具体的文件或没有<em
浏览 13提问于2022-11-16得票数 1
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我想知道是否有可能在Snakemake中将这两个规则连接到一个规则中(它们在“run：”中做同样的事情)： rule without_d: vals_pcaoutput_{type, tt|gs}_d{amount}.npz' # DO STUFF 我曾尝试定义stats/output_{type}{amount}.npz，但是通配符显然与空字符串不匹配第二个想法是将它放入"or“中，就像stats/{output, output_{type}|o
浏览 37提问于2020-09-08得票数 2
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假设我创建了下面的snakemake设置： input: 'output.txt'
input'output.txt'
input: output:如果我尝试运行snakemake但是，我认为因为all_a显式地指定了a
浏览 0提问于2018-01-19得票数 1
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我如何创建一个snakemake规则，它本质上说输出文件将从1到n存在，下面的脚本应该对每个1到n个输入文件运行一次。
谢谢!
浏览 0提问于2018-05-17得票数 1
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我正在运行一个带有检查点的Snakemake工作流，从它收集以前未知数量的输出文件。然后，Snakemake应该根据带有下一个规则的文件号创建许多任务，将收集到的检查点文件的某些部分作为通配符用于该规则通配符。这一切都很好，除非我希望该规则也创建日志和/或基准文件，此时抛出：Not all output, log and benchmark files of rule plasmid_spades问题是，它在开始时评估日志/基准测试通配符(
浏览 5提问于2022-07-01得票数 1
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我使用Snakemake版本7.12.1，并在尝试执行管道时得到以下错误：
我通常使用单词pop作为通配符，用于无问题的人口。我查看了snakemake手册，没有任何相关的通知。
浏览 5提问于2022-08-22得票数 1
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我有大量的分析需要一次完成，因此我认为我可以制作一个字典，并将键和值解析为通配符(每次snakemake运行都需要使用两个通配符)。green"] }
在这里，字典中的第一个键是wildcard1，这里是{Apple}，第一个值为wildcard2，在这里运行snakemake然后，同样的键将再次使用({Apple}作为wildcard1)，并将第二个关联值(这里是{red} )用作wild
浏览 3提问于2020-10-23得票数 0
sample}_2.fastq.gz" bam = "{sample}.bam", log: "/snakemake_log.txtinput.fastq2} --summary-file {output.txt} |"现在我得到的错误是：
SyntaxE
浏览 0提问于2019-11-07得票数 1
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Snakemake支持使用通配符泛化规则，如下所示： input: output:现在说我有另外一条规则： input:调用all规则，Snakemakepython process.py Apyth
浏览 4提问于2022-03-16得票数 1
我有以下Snakemake文件： params: shell:如预期的那样工作：
rule test: a = "a" "echo {params.a} {params.b}"
浏览 4提问于2017-09-13得票数 2
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我在修复在snakemake中遇到的问题时遇到了麻烦。我的样本当前命名为"1-2-Brain_187_006_S77_L002_R1_001.fastq.gz“。
浏览 3提问于2021-05-22得票数 0
在函数中索引我的snakemake通配符有问题。由于某些原因，变量存储在“通配符”列表中的顺序有所不同。如何控制或修复通配符在“通配符”列表中的位置？我添加了Snakefile的相关内容。#!
浏览 2提问于2017-01-27得票数 0
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我想编写一系列规则，但有些规则不使用与其他规则相同的通配符。当我尝试这个时，Snakemake无法确定通配符。您可以在家中运行的说明性工作流(更改user)如下所示： input: output:
outfile = '/home&
浏览 8提问于2022-09-05得票数 1
我尝试用在LSF上使用snakemake，但是在使用通配符时只提交了一个作业。下面是一个最小的运行示例Waiting at most 20 seconds for missing files.GATK
浏览 5提问于2020-09-28得票数 0
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