我在Snakemake上遇到了一个WildcardError: Wildcards in input files cannot be determined from output files问题。问题是我不想在输入文件名中保留变量部分。例如，假设我有这些文件。$ mkdir input$ touch input/b-wsdfg.txt我有一个像这样的Snakemake
浏览 9提问于2021-03-10得票数 1
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为了减少工作流的小细节，我刚开始试用snakemake (上周左右)，之前我已经通过python编写了自己的特定工作流。我生成了一个小工作流，在这些步骤中将使用Illumina读取并运行Kraken来对付它们。然后，我将解析Kraken输出的输出，以检测未提供物种值的最常见物种(在一组允许的范围内)(与snakemake -s test.snake -config R1_reads= R2_reads= R2我有两个问题。
考虑到动态输出/输入</
浏览 2提问于2017-10-19得票数 1
可以使用来自同一个工作目录的两个不同的信任来运行snakemake管道吗？
这里的配置文件将有一个“项目名称”参数，该参数将定义管道的输入和输出路径。由于snakemake锁定了工作目录，所以我想知道在同一个工作目录中使用不同配置文件运行相同的管道是否会导致一些冲突。如果是，对这种情况是否有可行的替代战略？
浏览 1提问于2018-04-23得票数 1
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我正在寻找一些关于使用Snakemake处理我的R管道的基本信息。据我理解，最常见的两种方法是使用script标志和传递R脚本，或者通过传递给Rscript使用shell。另一个问题是集群提交/多线程。据推测，Snakemake将把任务提交到多个节点上，并自动使用多个核心，而无需修改代码。那么，使用cluster和/或cores调用一个R脚本来执行整个管道，或者将管道分解成多个规则/步骤，并在该规则上使用cluster和/或cores，会更好吗？最后一个问题是，如果
浏览 2提问于2019-07-02得票数 2
Snakemake需要一个有效的-N调用
drmaa.errors.DeniedByDrmException: code 17: ERROR!invalid option argument "-n&
浏览 2提问于2017-05-25得票数 0
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当我试图以bash变量的形式提供--rerun-触发器标志时，我遇到了问题。我的命令是snakemake_extra是一个bash变量，定义为我得到以下错误：
<
浏览 6提问于2022-08-29得票数 1
我有一个Snakemake工作流，其中一个python文件中的函数在另一个python文件中调用，类似于以下内容： ### Snakefile input:[0]def run_test(): with open(out_file, "w") as f:
f.write("Test&qu
浏览 28提问于2020-06-12得票数 1
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我试图连接通过snakemake工作流创建的文件，作为最后一条规则。看起来，snakemake首先并行执行echo命令，然后执行cat命令。我该怎么做才能得到我想要的格式？
谢谢
浏览 4提问于2020-08-14得票数 1
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我对snakemake还是个新手，所以我仍然很难将shell命令和python代码结合起来。 我的解决方案是生成脚本文件，然后在此脚本中执行shell命令。调用snakemake.shell和os.system来执行命令行有什么机械上的区别吗？"prefetch %s -o %s" "scripts/prefetch.py" prefetch.py是： from json import loadfrom os
浏览 29提问于2020-11-05得票数 0
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我正在尝试构建一个用来分析RNAseq数据集的snakemake管道。有些数据集可能是(1)单端或成对端，(2)数据集之间的搁浅程度也可能不同。我希望snakemake管道自动检测这两个变量，并在RSEM输入中填充它。/strandedness.txt我将代码放在这个AWK脚本“pairend.awk”中：
#!google上的大多数示例都使用shell中的AWK脚本，但实际上我希望使用该脚本输出
浏览 7提问于2022-05-19得票数 0
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我已经在snakemake中创建了一个工作流，当我只想运行一个规则时，我遇到了一个问题。实际上，它为我运行规则，其中的输出是我的规则的输入，即使这些规则之前已经创建过。
浏览 6提问于2019-04-24得票数 6
问题很简单：
如果我使用shell:，我可以执行I/O重定向，但不能在脚本中使用snakemake变量。注意:当然，可以将变量作为shell中的参数传递给脚本。但是，通过这样做，脚本不能区分文字变量和列表变量。如果我使用script:，那么我可以访问我的<
浏览 1提问于2018-02-08得票数 1
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即使Snakemake构建的输出文件已经存在，Snakemake也只想重新运行我的整个管道，因为我已经修改了第一个输入或中间输出文件之一。我用-n做了一次Snakemake预演，给出了以下更新输入文件的报告，解决了这个问题：和这条更新中间文件的消息reason: Input files updated by another job: intermediary-ou
浏览 1提问于2019-06-28得票数 13
我正在练习用snakemake编写工作流。@input[[1]],snakemake@output[[1]],snakemake@params[['col']])Waiting at most 5 second
浏览 10提问于2020-10-28得票数 1
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我是Snakemake的新手，我想创建一个管道，它接受给定的输入文本文件，并将其内容连接到给定的输出文件。但是，我希望能够在运行时指定输入和输出文件的名称，因此这两个文件名都不是在Snakefile中硬编码的。"{output}.txt" "cat {input}.txt > {output}.txt"
我试着用"snakemakein
浏览 2提问于2020-06-25得票数 0
我试图理解一个复杂的Snakemake工作流，包含多个配置和配置文件层。在Snakefile中，引用未导入的变量config，前几行如下所示： config["builds"]= {}注意:标志--verbo
浏览 5提问于2021-06-29得票数 0
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编辑，在尝试任何操作之前，请确保安装Snakemake之前：如广告所示：。不要像这里所宣传的那样安装它：，您将得到一个非常旧的版本( -c conda-forge是很重要的！)我今天一直在和蛇搏斗。我的问题是，我的明星法则给了我一个错误：
/rst1/2017-0205_illuminaseq/scratch/swo-406/snakemak
浏览 2提问于2018-11-15得票数 0
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：结果，我在SGE计算节点中得到了这个错误：
/usr/bin/python3: No module named snakemake.__main__; 'snakemake' is a package and cannot be dir
浏览 11提问于2018-09-10得票数 1
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所以我有一个用shell写的管道，它在三个文件夹上循环，然后在文件夹内的文件上循环。
下一步，我有一个snakemake文件，它接受一个输入文件夹和输出文件夹。在试运行时，我给出了snakemake文件中的文件夹路径。，所以我想知道有什么方法可以显式地给出输入和输出文件夹路径.例如，snakemake --cores 30 -s trial.snakemake /path/to&
浏览 7提问于2021-10-01得票数 0
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