在使用vsearch时，我有一系列规则，基本规则如下： rule vsearch: "{barcode_number}.nanofilt.fastq"
output，创建临时文件(barcode##.vsearch.input.fasta，其中##是简单的数字)，对这些临时文件运行vsearch，然后删除它们。但是，当使用工作流执行预演并包括--reason时，snakemake提供了以下内容： reas
浏览 90提问于2020-07-17得票数 1
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我已经在snakemake中创建了一个工作流，当我只想运行一个规则时，我遇到了一个问题。实际上，它为我运行规则，其中的输出是我的规则的输入，即使这些规则之前已经创建过。input A input b = output A input c = output b我怎么能只运行规则
浏览 6提问于2019-04-24得票数 6
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我试图在两个配对文件(1.fq.gz和2.fq.gz)上运行fastqc。跑步：...produces看起来像一个明智的DAG：
Building DAG of jobs...当我运行作业snakemake --use-conda --cores all newenv/1_fastqc.html时，分析就会运行，但是输出文件不会出现。Snakemake
浏览 11提问于2022-05-21得票数 0
在我刚刚更新为(7.15.2)的Snakemake版本中，"snakemake -n“将返回每个作业的”原因“。例如，这可以是“由另一个作业更新的输入文件”、“丢失的输出文件”或“更新的输入文件”。我只想在“缺少输出文件”的情况下运行作业，而忽略所有有其他原因的作业。在以前版本的Snakemake (7.3.2)中，有一些命令行标志，比如“-触发器-时间
浏览 1提问于2022-10-18得票数 0
我想知道为有许多中间文件的脚本编写规则的最佳实践是什么？R脚本示例如下所示：ggsave("plt2.pdf", plt2)
我写的规则
浏览 0提问于2021-06-24得票数 1
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通常，我创建snakemake工作流并在slurm集群上执行它们。由于GPU节点有限，我想检查我的模型，停止作业，并偶尔重新提交，以不阻止GPU。这样做的目的是用短时间运行的任务迭代地训练模型。
浏览 9提问于2020-11-20得票数 0
在用于处理不同项目的管道中，我有一个接受文件的规则，它遵循模式tei/xxx_xx_xxxxx_xxxxx.xml作为输入。根据项目2的可能输出是可能的，要么是一个名为xhtml/xxx_xx_xxxxx_xxxxx.html 的文件，要么是许多遵循模式xhtml/xxx_xx_xxxxx_xxxxx_sec_n的文件(其中n是不同文件的计数器)。问题是，如果项目<em
浏览 9提问于2022-07-11得票数 0
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我有一个snakemake工作流，其中包含一个运行另一个“内部”snakemake工作流的规则。是否有办法防止snakemake删除失败规则的输出？或者你可以提出另一个解决办法？几个注意事项：
内部工作流的输出必须列出，b&#
浏览 6提问于2020-12-22得票数 0
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我写了我的第一个使用python脚本处理文件的snakemake规则： input:snakemake.log
我尝试在输入和输出中交换文件顺序；总是只处理第一个文件。在我的python脚本中，我将输入和输出称为snakemake.input和<e
浏览 112提问于2020-02-10得票数 0
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我想创建一个Snakemake规则，其中有:输入、日志、shell部分。没有输出，我只想捕获日志作为命令的结果。
浏览 5提问于2020-08-18得票数 1
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我开发的snakemake工作流程遇到了一些问题。对于特定的规则，输出有时会被snakemake标识为不完整：The files below seem to be incomplete.Incomplete files:
此规则运行多次(使用不同的通配符值)，只有一些运行失败并出现此错误。有趣的是，如果我从头开始重新运行工作流，相同的作业将不会错误地完成，而其他作业可能会产生错误。
浏览 5提问于2021-06-24得票数 2
当您使用--restart-times >= 1执行snakemake脚本时，它将尝试重新执行失败的运行。在重新执行时，可以通过"resources“中的lambda函数访问执行尝试的次数。但是，我希望在我的规则之外访问python代码块中的尝试次数。我已经尝试将变量从resources块传递到我的python函数，但无济于事。“xxxx.py第172行的资源:未定义资源名‘NameError’”
最接近的情况是访问"work
浏览 0提问于2021-06-08得票数 1
我有一个规则，它的输出文件是符号链接文件。即使创建了链接文件，Snakemake仍会退出并显示MissingOutputException，并列出缺少的输出文件。如果不是使用"ln -s“创建符号链接，而是使用"cp -p”复制文件，则可以工作。我试着增加--等待时间-等待时间，但是没有什么不同。
浏览 89提问于2018-10-06得票数 1
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特别是，我想要访问notemp选项，当且仅当notemp选项为False时，才能删除"onsucces“附加临时文件。我之所以这样做，是因为我对bgzip vcf文件有一个非常基本的规则，并且我不能将其输出定义为temp()，因为该规则用于生成临时文件和最终输出文件。编辑
如果临时文件对应于其他规则的输入，并且该规则执行了某些操作，则不会删除这些临时文件，而规则<
浏览 0提问于2019-03-05得票数 1
这似乎是一个基本的问题，但我不断得到错误的一些变体：No values given for wildcard。我有一组名为Ne-sQTL_perind.counts.gz.qqnorm_chr{#}.gz的22个文件。我想在一条规则中对它们采取行动。我原来的样子是这样的： input:
file=expand("Ne-sQTL_perind.counts.gz.qqnorm_chr如何扩展此通配符，使其包含编号在1-22之间的所有文件</
浏览 4提问于2019-08-22得票数 0
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我在Snakemake开了一条元经济学管道。我正在为我的程序集运行MetaSPAdes，但是对于特定的示例，MetaSPAdes经常会失败，这并不少见。如果MetaSPAdes失败，我想只在失败的示例上运行MEGAHIT。有没有办法在Snakemake中创建这种规则依赖关系？例如：
如果规则失败，将生成特定文件(在本例中，使用MetaSPAdes组装)。我认为这意味着MetaSPAdes规则的输出需要是contigs，或者是<
浏览 2提问于2021-06-21得票数 2
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我正在尝试创建一个管道，在该管道中，使用output对较早的规则输出的动态数量的文件运行一小串规则。然而，我得到了以下错误：“输入文件中的通配符无法从输出文件中确定：”。这向我表明，我正在尝试做的事情目前不受支持。下面是我想要做的一个伪例： input: "my static file.txt"
output: dynamic('my&#
浏览 0提问于2018-05-02得票数 1
我有一个包含数十条规则的snakefile，它可以处理数千个文件。这是一个用于DNA序列分析的生物信息学管道。今天，我又向我的样例集中添加了两个样例，我希望能够运行snakemake，它会自动确定在哪些文件上运行哪些规则来处理新的样例文件以及所有依赖于它们的文件，直到最高级别。然而，它什么也做不了。使用"-R A“仅运行规则A。
这与我的项目相关，因为它表明，如果您告诉Snakem
浏览 3提问于2017-11-10得票数 0
我在一个高性能的计算网格环境中工作，在这个环境中，大规模的数据传输是通过完成的。我希望使用Snakemake从Globus路径中提取数据，处理数据，然后将处理后的数据推送到不同的Globus路径。提取数据是没有问题的，因为我只需要创建一个运行globus transfer的规则来创建必需的本地文件。但是要将数据推回Globus，我想我需要一条规则，它可以“看到”远程位置上缺少的文件，然后反向工作以确定创建文件所需发生
浏览 4提问于2022-01-10得票数 0
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我不知道如何使用Snakemake规则来删除已经变得无用的Snakemake输出文件。如果这两个文件包含不同格式的相同信息，我想删除第一个无法成功完成此操作的文件。
任何帮助都将不胜感激。本。
浏览 2提问于2016-12-06得票数 3
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