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我是第一次接触Snakemake，我想知道在使用expand()时是否可以将可选的输出文件放入snakemake规则中。我正在使用bowtie2-build为我的参考基因组创建索引，但根据基因组大小的不同，bowtie2会创建具有不同扩展名的索引文件：.bt2用于小基因组，.bt21用于大基因组。"reference_genome"] "bowtie2-build {input} reference/{params.output
浏览 52提问于2021-10-05得票数 2
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我注意到我的备份rsync脚本花费了相当长的时间从.snakemake/metadata文件夹中复制带有随机名称的内容。
这些文件是用来做什么的？在snakemake运行完成后，我能安全地擦除它们吗?或者，对于snakemake，是否需要它们才能正确地执行下一次运行？更普遍地说，有没有一些关于snakemake在.snakemake文件夹中创建的文件的文档？
浏览 1提问于2017-08-10得票数 8
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我正在编写一个snakemake规则，它将处理在单端或成对末端测序数据上执行fastq修剪。如果数据成对结束，则应该有两个输出文件，如果是单端，则应该有一个输出文件。到目前为止，我写的规则是有效的，但是，我不知道修剪的第二对是输出文件。这意味着snakemake不会检查该文件是否存在。它将输出，但不检查，是否有可能有一个可选的输出？json {output.fastpjson} --html {output.fastphtml} {params.fas
浏览 18提问于2019-05-30得票数 3
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我正在使用，它非常有趣，但是如果VSCode不再抱怨Undefined variable: 'snakemake'，我会很高兴的。问题是，Snakemake以这样的方式运行作业，从而将此全局注入您的python范围，但是idea不知道它是真正定义的。我想知道是否有办法让它做两件事：
Snakemake的VSCode扩展只与Snakefil
浏览 3提问于2020-06-10得票数 2
但是，理想情况下，如果这些规则依赖于没有参数化的其他规则的输出，我们希望重用这些不可更改的文件，而不是为每个参数设置重新计算它们。此外，如果可能的话，所有这些都应该是可选的，这样在默认情况下，用户就不会看到其中的任何一个。
有内在的复杂性(指定哪些文件被重复使用，等等)。这会变得很难看，很难维护，也很难快速扩展。不是解决方案。很好的方法可能是命名每一次运行，并为该名称设置一个单独的配置文件，其中包含我们需要的所有设置。然后，我们只需要这样一组参数设置的通配符。文件re-using.Quick-and-dirty:的解决方案仍然不能运行所有规
浏览 2提问于2020-08-17得票数 1
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我写了我的第一个使用python脚本处理文件的snakemake规则： input:snakemake.log
我尝试在输入和输出中交换文件顺序；总是只处理第一个文件。在我的python脚本中，我将输入和输出称为snakemake.input和snakemake.output。如果我理解正确的话，在脚本的每次调用中，<
浏览 112提问于2020-02-10得票数 0
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我刚开始使用snakemake，在snakemake中做映射时有一个简单的问题。我有一对_1.fastq.gz & _2.fastq.gz，我想为大约10对fastq.gz做对尾映射。所以我为这个写了一个snakemake文件。import osimport glob
(SAMPLES,READS,) = glob_wildcards("raw/{sample}_{read}.fastq.gzFile "/data/dat
浏览 1提问于2019-05-23得票数 1
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我正在尝试使用Snakemake来读取大量的英文.txt文件，并在上面运行一个python脚本，但是当我运行它时，它似乎完全挂起了--我已经离开它很长一段时间了，没有任何响应，而实际的脚本只需要很少的时间就可以运行
浏览 15提问于2020-02-21得票数 1
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脚本(的一部分)应由一条CREATE TABLE语句和一条可选的INSERT INTO语句组成。我已经在Snakemake中创建了一个脚本来实现这一点。创建脚本有两条不明确的规则:一条是为空数据创建脚本，另一条是创建表但插入数据(使用ruleorder语句解决歧义)。只要存在至少一个输入，它就应创建输出，且不应以其他方式考虑此规则。有两个困难:使每个输入都是可选的，以及在不存在文件时防止Snakemake使用此规则。这允许使每个输入都是可选的。对于不存在任何文件的情况，此函数将返回一个表
浏览 0提问于2020-12-10得票数 0
我正在将bash脚本转换为snakemake，并且我希望将之前使用for循环处理的步骤并行化。我遇到的问题是，snakemake没有运行并行进程，而是尝试运行一个具有所有参数的进程，但失败了。每次运行有两个主要输出，例如对于K=1，它们是fileprefix.1.meanP，fileprefix.1.meanQ。我的config和snakemake文件如下。配置： cat config.yaml
K: - 2
- 3 Snakemake： con
浏览 23提问于2019-01-29得票数 1
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我正在尝试使用snakemake将一个文件复制到多个目录，并且我需要能够使用通配符作为目标名称的一部分。然后我用命令"snakemake practice_phased_reversed.vcf“尝试了一下(下面)，但它给出了一个错误："MissingRuleException:没有生成practice_phased_reversed.vcf
浏览 16提问于2020-04-18得票数 0
几天前，我第一次开始使用Snakemake。当我试图在我的管道中运行超级命中规则时，我遇到了一个问题。因此，它最初运行，然后崩溃，并出现上述错误。
浏览 8提问于2021-11-11得票数 0
我正在使用snakemake调度程序(v14.11.4)运行一个大型slurm (v5.3.0)管道。不幸的是，1/1000个作业会导致NODE_FAILED (ExitCode 0)崩溃，而snakemake无法识别，从而导致一半的输出文件完成。为了让snakemake知道这一事件，我发现--cluster-status和一个使用sacct解析jobid的脚本应该能做到这一点。在提交了所有作业后，snakemake日志会生成一个错误：
sacct: error: slurmdbd: Getti
浏览 1提问于2018-12-23得票数 3
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我想知道是否有一种方法在规则中有可选的输入。例如，为了对齐排除未配对读取(或只有未配对读取)。我可以通过一个带有调整后的输入/shell语句的重复规则，或者通过params处理输入(我相信还有其他方法)。我试图巧妙地处理这个步骤，以便通过一个snakemake包装器(目前是自定义的)来运行这个步骤。如有任何帮
浏览 0提问于2018-07-16得票数 3
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我使用snakemake，我试图写一个工作流程，关于对齐和创造大。我想介绍一个创建后，星型对齐文件，用于给我一种方法运行假发生成，只有在所有的样本是对齐的。我有一个错误：RuleException in line 40 of /home/centos
浏览 5提问于2017-09-06得票数 1
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我在Snakemake中为那些没有多少编程知识的人编写了一个管道，所以我希望他们能够通过在命令行中请求snakemake all -c来运行整个管道。我在Snakemake规则中使用Python来生成config_samples.yaml的内容(使用snakemake指令)。这个很好用。但是，当我在all规则中列出所有想要的输出时，如下所示：
"config_samples.done", # flag file for rule that generates config_sample
浏览 7提问于2021-10-25得票数 1
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我正在写一个snakemake管道，它做了很多对齐前后的质量控制。在流水线的末尾，我对这些QC结果运行multiQC。只要MultiQC支持这些输出，multiQC就应该生成所有这些输出的报告。强制multiqc在最后运行的一种方法是将上述规则的所有输出文件包含在multiqc规则的input指令中，如下所示： rule a: output: "a.outputrule multiqc:
input: "a.output", &
浏览 62提问于2021-06-24得票数 3
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我有一个由N个步骤组成的模拟，按顺序运行。这些步骤中的每一个都会修改内存中的全局状态，直到最后一步即结果。在运行了一个步骤之后，可以将这个步骤刚刚计算的中间状态写入磁盘，并加载这样一个中间状态，而不是从头开始。写入和加载中间状态有不可忽略的成本.示例S1 --> S2 --> S3 --> S4run1: S2.speed=2, S3.height=12run3: S2.speed=2, S3.height=40
ru
浏览 3提问于2019-11-02得票数 1
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我有一些不同的配置，我需要获得它们的组合来运行python脚本。start_time = ['0', '1']我想要的是为我做这件事：python my_script.py -v lg -s 1 -e 2 > lg_1_2.out
python my_script.py -v sm -s 0 -e 2 > sm_0
浏览 2提问于2019-11-22得票数 1
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