Snakemake中没有明显原因的通配符SyntaxError
Snakemake是一个用于构建和管理复杂的数据分析工作流的工具。它使用Python编写，并且在云计算领域中被广泛应用。
在Snakemake中，通配符（wildcard）是一种用于动态生成文件名或路径的特殊语法。通配符语法错误（SyntaxError）通常指的是在使用通配符时出现了语法错误，但没有明显的原因可以确定错误的具体位置。
通配符在Snakemake中的使用方式如下：
- 通配符由花括号（{}）包围，例如{sample}。
- 通配符可以包含字母、数字和下划线，但不能包含其他特殊字符。
- 通配符可以在规则（rule）的输入、输出、参数等部分使用。
- Snakemake会根据规则中的通配符自动推断依赖关系和执行顺序。
通配符的优势在于可以根据输入文件的命名模式自动生成规则，从而简化工作流的编写和维护。
Snakemake的应用场景包括但不限于：
- 生物信息学数据分析：例如基因组测序数据的质控、比对、变异检测等。
- 数据处理和转换：例如批量处理大规模数据集、数据格式转换等。
- 机器学习和深度学习：例如训练模型、评估模型性能等。
腾讯云提供了一系列与Snakemake相关的产品和服务，包括：
- 云服务器（CVM）：提供高性能的虚拟服务器实例，用于运行Snakemake工作流。
- 云数据库（CDB）：提供可扩展的关系型数据库服务，用于存储和管理Snakemake的输入和输出数据。
- 云存储（COS）：提供安全可靠的对象存储服务，用于存储Snakemake工作流所需的数据文件。
- 人工智能（AI）：提供丰富的人工智能服务和工具，用于支持Snakemake中的机器学习和深度学习任务。
更多关于腾讯云产品和服务的详细介绍，请访问腾讯云官方网站：腾讯云。
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我知道这是一个常见的错误，我已经检查了其他帖子，但它没有解决我的问题。我想使用用于SortMeRNA规则(rRNAdb=config["rRNA_database"])的数据库的名称，就像我使用version=config["genome_version"]一样。但很明显，我不能。 SyntaxError:
Not all output, log and benchmark files of rule SortMeRNA contain the same wildcards. This is crucial though, in order to avoid
浏览 23提问于2020-01-20得票数 0
回答已采纳
我试图使用Snakemake来处理对rnaQUAST工具的调用，多个输入由两组不同但成对的关键字描述。我不想所有的组合这些关键字，只有特定的组合。据我的理解，在我的规则中，我需要在展开()调用中指定zip的用法，如下所示。但是，在解释变量snakemake时，snakemake似乎以意外的方式填充了{sample}和{reference}通配符：
samples_rnaQUAST = ["TMW3250_15","TMW3250_20","TMW3256_15","TMW3256_20","TMW3261_15",
浏览 4提问于2022-06-07得票数 2
我是Snakemake的新手，我想编写一个非常简单的Snakefile，它的规则是将每个输入文件分别处理成一个输出文件，但不知怎么的，我的通配符没有被正确地解释。
我使用输入文件"test/test1.txt“、"test/test2.txt”和一个Snakefile，在Ubuntu18.04中设置了一个最小的、可重复的示例环境。(snakemake版本5.5.4)
蛇形：
ins = glob_wildcards("test/{f}.txt")
rule all:
input: expand("out/{f}.txt", f=ins)
浏览 0提问于2019-07-30得票数 7
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我正在运行一个带有主Snakefile的工作流，其中包括rules文件夹中的规则，并从这些包含的规则中调用rscript。
下面是几行代码及其特定的文件：
Snakefile：
samples = pd.read_table("samples.csv", header=0, sep=',', index_col=0)
rule extract:
input:
'summary/umi_expression_matrix.tsv'
include: "rules/extract_expression_single.s
浏览 1提问于2018-01-06得票数 1
在我的例子中，输入和输出文件的名称没有模式，所以我使用了一个dict将输出映射到输入文件，然后在函数中使用这个dict作为输入。下面是Snakemake文件的代码： in_files = ['in_a', 'in_b']
out_files = ['out_c', 'out_d']
out_to_in_dict = dict()
for in_file, out_file in zip(in_files, out_files):
out_to_in_dict[out_file] = in_file
rule all:
浏览 65提问于2019-10-02得票数 2
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我是Snakemake的新手，我正在尝试开发一些管道。我在使用通配符时遇到了一些问题，试图尽可能地自动化我的生物信息学分析。当管道变得更加复杂时，我遇到了麻烦(如下所示)。看起来Snakemake没有正确解析通配符。在Snakefile的预演期间，通配符的值在某些规则的执行中看起来是正确的。但是，相同的通配符会在管道的不同步骤(规则)中导致错误，我无法找出原因。下面我提供了演练的代码和输出消息。 num=["327905-LR-41624_normal","327907-LR-41624_tumor"]
num_normal=["327905-LR-4
浏览 45提问于2019-04-08得票数 0
我对蛇形蛋糕越来越着迷了。我尝试了所有类型的方法，使用配置文件等，但没有工作，我不知道如何准确地检测错误检查逐行。
HISAT2_INDEX_PREFIX = "/media/jim/Elements/Happy/index/genome_chromosomes"
SAMPLES, *_=glob_wildcards('/media/jim/Elements/Happy/test/tissue/trimmed/{sample}_1.fastq.gz')
rule all:
input: expand("{sample}.bam", s
浏览 0提问于2019-11-07得票数 1
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我正在编写一个snakemake，用于从Nanopore测序中生产SAR-CoV-2变体.我正在编写的管道是基于的，所以我使用artic guppyplex和artic minion。
我所写的snakemake有以下步骤：
压缩所有条形码的所有fastq文件(规则zipFq)
使用guppyplex (规则guppyplex)执行读筛选
调用artic minion管道(规则minion)
将stderr和stdout从qsub移动到工作目录下的文件夹(规则mvQsubLogs)。
下面是我到目前为止写的蛇形蛋糕，它起作用了。
barcodes = ['bar
浏览 2提问于2021-06-02得票数 0
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我正在练习用snakemake编写工作流。
我的Snakefile的内容
configfile: "config.yaml"
rule get_col:
input:
expand("data/{file}.csv",file=config["datname"])
output:
expand("output/{file}_col{param}.csv",file=config["datname"],param=config["cols"])
params:
col=
浏览 10提问于2020-10-28得票数 1
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我正在运行一个带有检查点的Snakemake工作流，从它收集以前未知数量的输出文件。然后，Snakemake应该根据带有下一个规则的文件号创建许多任务，将收集到的检查点文件的某些部分作为通配符用于该规则通配符。这一切都很好，除非我希望该规则也创建日志和/或基准文件，此时抛出：
SyntaxError:
Not all output, log and benchmark files of rule plasmid_spades contain the same wildcards. This is crucial though, in order to avoid that two or mor
浏览 5提问于2022-07-01得票数 1
我试图在snakemake中创建一个迭代规则。数据中有一个空文本文件/名为basic_0。我希望通过调用$ snakemake data/basic_<x>.txt --cores 1对其应用一条规则"x“倍(其中"x”是一个整数)，其中snakefile如下所示：
rule iterative_addHi:
input:
"data/basic_{iter}.txt"
output:
"data/basic_{iter+1}.txt"
shell:
"p
浏览 6提问于2022-06-29得票数 3
我想运行一个命令(chipseq-greylist)，它在每次使用一个输入文件运行时输出三个文件。输出文件的名称由命令自动选择。一个例子是：
chipseq-greylist --outdir out_dir A.bam
这一行将产生三个输出文件：A-greystats.csv, A-greydepth.tsv and A-grey.bed。我感兴趣的是将所有*-grey.bed文件收集到一个目录中，以便稍后使用。
由于这是我在许多文件上使用的管道的一部分，所以我使用Snakemake来处理所有这些作业。我知道将目录指定为输出()是可能的，这将完全符合我的要求。但是，当我以一个目录作为输出制定
浏览 0提问于2018-08-24得票数 0
我想在params上使用一个函数。
Snakemake:
def mitico(x):
res =int(x)+1
return res
我有一个整型的通配符{sample}。我想使用{sample}+1如何在snakemake参数中做到这一点？
在函数中：
rule create_pt:
input:
read="CALL2/{sample}.vcf",
output:
out="OUT/{sample}.txt
conda:
"envs/mb.yml"
params
浏览 0提问于2018-06-27得票数 0
我有以下Snakemake文件：
rule test:
params:
a = "a"
shell:
"echo {params.a}"
如预期的那样工作：
$ snakemake
一个
但是，当我添加第二个参数时，会得到一个错误：
rule test:
params:
a = "a"
b = 5
shell:
"echo {params.a} {params.b}"
/home/mschu/Code/snak
浏览 4提问于2017-09-13得票数 2
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我试着用snakemake制作一个简单的管道，从网上下载两个文件，然后将它们合并到一个输出中。
我认为能起作用的是以下代码：
dwn_lnks = {
'1': 'https://molb7621.github.io/workshop/_downloads/sample.fa',
'2': 'https://molb7621.github.io/workshop/_downloads/sample.fa'
}
import os
# association between chromosom
浏览 1提问于2017-06-22得票数 3
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是否可以按照执行的顺序对单个通配符进行snakemake的模拟运行？
当我称之为试运行时，我在底部得到以下信息：
Job counts:
count jobs
1 all
1 assembly_eval
5 cat_fastq
1 createGenLogDir
5 createLogDir
5 flye
5 medaka_first
5 medaka_
浏览 7提问于2022-06-27得票数 0
2回答
我有Snakamake规则如下所示，其中通配符包含特殊字符，所以我使用sub对它们进行转义，请参阅答案。输出文件：data/extract_AAV(1).csv。
import re
rule get_data:
input:
output: "data/extract_{re.sub(r'([()])', r'\\\1', filename)}.csv"
shell: "python get_data.py --filename {re.sub(r'([()])', r'\\\1'
浏览 4提问于2020-04-28得票数 1
编辑27-07-2018:包装器不考虑线程。此外，我在这里尝试的语法不起作用，据我所知，也不支持类似的语法。答案来自Snakemake、谷歌集团和下面meono的交叉帖子。
我正在使用Snakemake，我对它很满意。然而，对于某些过程，我正在使用包装(即FastQC和Trimmomatic)。但是，我注意到这些包装器没有考虑到{线程}变量。有人能解释一下什么是正确的语法来使这个工作吗？
我尝试过设置threads: 4，然后在代码中的适当位置指定{threads} (例如，对于FastQC：params: "--threads {threads}")。同样，我测试了设置{wi
浏览 0提问于2018-07-16得票数 1
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我试着运行snakemake来测试一份小工作。守则如下：
rule kallisto_quant:
input:
idx='/fullpath/snakemake-example/Kallisto_test/Arabidopsis_thaliana.fa.index'
fwd='/fullpath/snakemake-example/Kallisto_test/Condition1_R1_008.trimmed.fastq.gz'
rvs='/fullpath/snakemake-example/K
浏览 2提问于2018-06-26得票数 0
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我之前在LSF集群上使用过snakemake，一切都运行得很好。然而，最近我迁移到了SGE集群，当我尝试使用多个通配符运行一个作业时，我得到了一个非常奇怪的错误。
当我尝试根据此规则提交作业时
rule download_reads :
threads : 1
output : "data/{sp}/raw_reads/{accesion}_1.fastq.gz"
shell : "scripts/download_reads.sh {wildcards.sp} {wildcards.accesion} data/{wildcards.sp}/r
浏览 28提问于2020-07-30得票数 5
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我遇到了一些情况，我希望Snakemake会抱怨不明确的规则，但没有，所以我试图准确地找出预期的行为应该是什么。
例如，将其作为规则1.smk：
rule rule1:
output: "something.txt"
rule rule2:
output: "{thing}.txt"
rule rule3:
output: "{thing}.{ext}"
如果我请求file.txt，它就会如期而至地抱怨：
$ snakemake -n --debug-dag -s rules1.smk file.txt
Buildin
浏览 10提问于2022-10-19得票数 1
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在前面问题之后的帮助下，此代码在两个目录中的每个目录中创建目标(名为"practice_phased_reversed.vcf“的文件的副本。
dirs=['k_1','k2_10']
rule all:
input:
expand("{f}/practice_phased_reversed.vcf",f=dirs)
rule r1:
input:
"practice_phased_reversed.vcf"
o
浏览 1提问于2020-04-11得票数 0
我正在编写一个snakemake管道，以最终识别冠状病毒变体。
下面是一个包含三个步骤的最小示例：
LOGDIR = '/path/to/logDir'
barcodes = ['barcode49', 'barcode50', 'barcode51']
rule all:
input:
expand([
# guppyplex
"out/guppyplex/{barcode}/{barcode}.fastq",
#
浏览 54提问于2021-06-09得票数 1
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我尝试用在LSF上使用snakemake，但是在使用通配符时只提交了一个作业。
Submitted job 1 with external jobid '660343 logs/cluster/try_expand/unique/jobid1_4530cab3-d29c-485d-8d46-871fb7042e50.out'.
下面是一个最小的运行示例
snakemake --profile lsf -s try.smk 2> `date +"%Y%m%d_%H%M"`_snakemake_try.log --latency-wait 20
CHROMOS
浏览 5提问于2020-09-28得票数 0
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1回答
我在用snakemake开发一条管道。我试图为目录中的每个文件创建指向新目标的符号链接。我不知道会有多少文件，所以我尝试使用动态输出。
rule source:
output: dynamic('{n}.txt')
run:
source_dir = config["windows"]
source = os.listdir(source_dir)
for w in source:
shell("ln -s %s/%s source/%s" % (source
浏览 3提问于2017-06-29得票数 3
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我正在使用slurm集群来启动snakemake作业。我的问题是，我无法使用slurm的--输出和-错误选项，并为每个已启动的作业定制名称。
例如，我在一个名为"filtmap“的组中有两个规则(以便在同一个作业实例中启动这两个规则)。我试图设置集群配置，就像在中显示的那样
这是config_cluster.json
{
"__default__":
{
"account": "mytilus",
"time": "10-00:00",
浏览 0提问于2019-05-13得票数 1
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1回答
我绝对是蛇咬牙的初学者。据我所知，我正在建造一条管道。我的问题是，是否将Snakefile与我想要处理的NameError:发生的数据文件放在一起，但是如果我将Snakefile移动到父目录并编辑输入:和输出的路径信息:代码可以工作。我遗漏了什么？
rule sra_convert:
input:
"rna/{id}.sra"
output:
"rna/fastq/{id}.fastq"
shell:
"fastq-dump {input} -O {output}"
当我运行
浏览 3提问于2019-05-17得票数 2
我想使用snakemake来分析我的数据集。因为我要处理不同的有机体，所以我想让snakemake在索引基因组时为每个有机体创建一个文件夹。
我在config file中创建了以下结构
organism:
Dmel:
fasta: "ftp://ftp.ensembl.org/pub/current_fasta/drosophila_melanogaster/dna/Drosophila_melanogaster.BDGP6.22.dna.toplevel.fa.gz"
gtf: "ftp://ftp.ensembl.org/pub/current_
浏览 25提问于2019-11-08得票数 0
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主编辑：由于评论和编写了一个最小的可重复示例来帮助我的助手修复了几个问题，我将问题缩小到本地执行和使用DRMAA之间的区别。
是一个最小的可复制管道，它不需要任何外部文件下载，可以在git存储库中立即执行或克隆：
git clone git@github.com:kevinrue/snakemake-issue-all.git
当我使用DRMAA运行管道时，我得到以下错误：
Building DAG of jobs...
Using shell: /bin/bash
Provided cluster nodes: 100
Singularity containers: ignored
Job
浏览 3提问于2020-06-11得票数 1
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以下是snakemake教程的高级部分中的一个简短示例：
rule bwa_map:
input:
"data/genome.fa",
lambda wildcards: config["samples"][wildcards.sample]
output:
"mapped_reads/{sample}.bam"
threads: 8
shell:
"bwa mem -t {threads} {input} | samtools view -Sb - > {output}"
现在假设我在几个月
浏览 1提问于2016-11-11得票数 4
我正在尝试使用一个外部脚本运行一个snakemake规则，该脚本包含一个通配符，如snakemake 中所述。然而，我在运行snakemake时遇到了KeyError。
例如，如果我们有以下规则：
SAMPLE = ['test']
rule all:
input:
expand("output/{sample}.txt", sample=SAMPLE)
rule NAME:
input: "workflow/scripts/{sample}.R"
output: "output/{sample
浏览 15提问于2021-05-22得票数 0
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我正在将bash脚本转换为snakemake，并且我希望将之前使用for循环处理的步骤并行化。我遇到的问题是，snakemake没有运行并行进程，而是尝试运行一个具有所有参数的进程，但失败了。 我最初的bash脚本针对参数K的一系列值多次运行程序。 for num in {1..3}
do
structure.py -K $num --input=fileprefix --output=fileprefix
done 有多个以fileprefix开头的输入文件。每次运行有两个主要输出，例如对于K=1，它们是fileprefix.1.meanP，fileprefix.1.meanQ。我的c
浏览 23提问于2019-01-29得票数 1
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非常感谢您在Snakemake工作流方面的帮助。我一直在使用函数为我的第一个Snakemake规则定义输入文件，从一个样本数据中识别成对的fastq文件。这个效果很好。
# fastq1 input function definition
def fq1_from_sample(wildcards):
return samples_df.loc[wildcards.sample, "fastq_1"]
# fastq2 input function definition
def fq2_from_sample(wildcards):
return samples_df
浏览 12提问于2022-03-18得票数 0
上下文 rule A在shell指令中使用split命令。rule A生成的文件数量取决于用户从配置中指定的值，因此是已知的。 在this question中存在差异，因为输出文件的数量是未知的，但是存在对dynamic()关键字的引用。显然，这已经被checkpoint的使用所取代。在这种情况下，这真的是正确的方法吗？也有类似于scattergatter的东西，但是我不太清楚这个例子。 代码 chunks = config["chunks"]
sample_list = ["S1", "S2"]
rule all:
input:
浏览 38提问于2021-08-13得票数 3
回答已采纳
我想用一种非常简单的方式在Snakemake中使用通配符来启动两个数据集的脚本。不幸的是，我找不到合适的方法。
我的数据文件夹包含三个文件: gene_list.txt、expression_JGI.txt、expression_UBC.txt。
下面是我的蛇形图：
rule extract:
input:
genes="data/gene_list.txt",
expression="data/expression_{dataset}.txt"
output:
"data/expressi
浏览 13提问于2022-11-16得票数 1
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我在snakemake中有这样一条规则：
output:
RESULTS + folderdestination + "/{feats}/{edges}/{labels}/predictions_{e}_{n}_{h}_run{r}.csv"
dir=directory(RESULTS + folderdestination + "/{feats}/{edges}/{labels}/")
我需要传递给另一个规则，仅仅是文件夹：
dir=directory(RESULTS + folderdestination +
浏览 48提问于2020-03-11得票数 0
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我最近决定从snakemake开始。我找不到任何符合我需要的东西，无论是在堆栈上，还是在snakemake文档上。我觉得有些事情我不明白，我可能需要一些解释。 我正在尝试创建一个简单的snakemake工作流程，它将一个fastq文件和一个序列摘要文件(其中包含有关读取的信息)作为输入，并将fast中的读取内容过滤成几个文件(low.fastq和high.fastq)。 我的输入数据和我正在尝试执行的Snakefile存储如下： .
├── data
│ ├── sequencing-summary-example.txt
│ └── tiny-example.fastq
├──
浏览 13提问于2019-08-27得票数 6
我正在编写一个snakemake，它将为几个输入样本运行一个生物信息学管道。这些输入文件(每个分析两个，一个具有部分字符串匹配R1，另一个带有部分字符串匹配R2)以模式开头，以扩展名.fastq.gz结尾。最后，我想要执行多个操作，不过，在这个例子中，我只想使用使fastq读取的参考基因组对齐。因此，对于这个示例，我的输入文件是NIPT-N2002394-LL_S19_R1_001.fastq.gz，我希望生成NIPT-N2002394-LL.bam (参见下面的代码，指定输入和输出所在的目录)。
我的config.yaml文件如下所示：
# Run_ID
run: "200311_A
浏览 4提问于2020-03-30得票数 1
回答已采纳
我习惯于使用nextflow，它会自动为每个进程生成报告，这样我就知道在工作流的每个部分中使用了多少时间、cpu和内存。蛇形蛋糕里有类似的东西吗？如果snakemake管道的作者没有手动报告这一点，是否有一种方法可以自动提取这些信息？
浏览 15提问于2022-08-23得票数 2
我一直有一个奇怪的错误，我无法纠正。我正在Ubuntu20.04机器上的conda环境中使用snakemake 7.8.2 (也尝试在我们的集群上运行这个程序，并发生了相同的错误)。由于一些奇怪的原因，我的一个具有通配符的规则不能用作以下规则的扩展输入，并且不断地给我一个错误，当输入文件在前面的规则中非常清楚地创建时，它们就丢失了。
以下是我的两条规则：
### Use R to generate figures of each run's sequencing summary
rule rejected_seq_figures:
input:
seq_summary =
浏览 12提问于2022-06-21得票数 0
2回答
我有一个脚本，它接受一个大的输入文件，然后使用不可预测的算法将其分解为从1到n的许多块。
然后，下面的脚本将迭代地处理每个块。
我如何创建一个snakemake规则，它本质上说输出文件将从1到n存在，下面的脚本应该对每个1到n个输入文件运行一次。
谢谢!
浏览 0提问于2018-05-17得票数 1
回答已采纳
我是新手使用snakemake，我有一个问题，当做步骤gatk VariantRecalibrator在snakemake上，它产生了错误，但脚本可以运行没有错误时，蛇的格式。 import snakemake.io
import os
REF="/data/data/reference/refs/ucsc.hg19.fasta"
HM="/data/data/variant_call/hapmap_3.3.hg19.sites.vcf"
OMNI="/data/data/variant_call/1000G_omni2.5.hg19.sites.v
浏览 62提问于2019-05-30得票数 0
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我有大量的分析需要一次完成，因此我认为我可以制作一个字典，并将键和值解析为通配符(每次snakemake运行都需要使用两个通配符)。
我的意见会是这样的：
myDict= {
"Apple": ["fruity","red","green"]
"Banana": ["fruity,"yellow"]
}
在这里，字典中的第一个键是wildcard1，这里是{Apple}，第一个值为wildcard2，在这里运行snakemake，直到运行了最后的规则为止。
然后，同样的键将再
浏览 3提问于2020-10-23得票数 0
我创建了这样的规则：
rule picard_addRG2:
input:
"mapped_reads/merged_samples/{sample}.dedup.bam"
output:
"mapped_reads/merged_samples/{sample}_rg.dedup.bam"
params:
sample_idi = config['samples'],
library = "library00"
shell:
浏览 0提问于2017-09-19得票数 0
回答已采纳
在函数中索引我的snakemake通配符有问题。由于某些原因，变量存储在“通配符”列表中的顺序有所不同。我使用该函数为我的规则之一的输入文件生成路径，当正确值的位置发生变化时，规则每一对查询只成功一次。如何控制或修复通配符在“通配符”列表中的位置？我添加了Snakefile的相关内容。
谢谢你，祖普
#!/usr/bin/env python3
import glob
import re
R_BIN = "Rscript"
pop = "lineA lineB".split()
group = "test control".split()
c
浏览 2提问于2017-01-27得票数 0
回答已采纳
我在NGS分析的工作流程中使用了snakemake。在一条规则中，我利用了来自另一条规则的唯一(临时)输出。这条规则的rule.The输出也是唯一的，有助于创建最终的输出。在这些规则上使用简单的通配符{sample}。我没有看到任何循环依赖，但是snakemake告诉我有：
Snakefile第xxx行中的CyclicGraphException :对规则的循环依赖
我知道有一个选项可以调查这个问题：--debug-dag。
我如何解释输出？候选人与被选中的是什么？
这是规则的我的(伪)代码：
rule split_fasta:
input:
dataFile="
浏览 22提问于2019-07-26得票数 2
尽管我阅读了完整的文档和一些例子，但我仍然对通配符的概念感到非常困惑，所以也许有人可以解释一下这种奇怪的行为。这可能是一个bug，但它是一个非常基本的例子，我很确定我正在做或理解错误的事情。
下面是我的Snakefile，它应该生成一组在字典中定义的文件，其中存储文件的位置(这些文件可以由各种数据提供者(如iRODS、XRootD等)提供服务，但现在已经不重要了)。
import os
some_files = {
"foo": "some_location/foo",
"bar": "another_location/
浏览 6提问于2022-02-18得票数 1
回答已采纳
我正在使用Snakemake在SLURM集群上执行规则。
此集群的强制标志之一是ntasks-per-node，它在批处理脚本中将被指定为例如#SBATCH --ntasks-per-node=5。我的理解是，我需要在snakemake规则中将其指定为
rule rule_name:
...
resources:
time='00:00:30', #30 sec
ntasks-per-node=1
...
但是，运行此Snakefile时，我得到
SyntaxError in line 14 of .../Snakefil
浏览 3提问于2021-02-27得票数 1
我在snakemake是个新手，我试着去了解它是如何工作的。我试着拉一个简单的蛇形
from snakemake.utils import min_version
min_version("5.3.0")
max_reads: 250000
sra_id: ["SRR1187735"]
rule all:
input:
"DATA/{sra_id}.fastq.gz"
rule prefetch:
output:
"DATA/{sra_id}.fastq.gz"
p
浏览 5提问于2021-04-01得票数 1
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