Snakemake:在expand()中使用正则表达式 - 腾讯云开发者社区

正则表达式的创建在 JavaScript 中，可以通过两种方式创建一个正则表达式。...方式一：通过调用RegExp对象的构造函数创建 var regexp = new RegExp(/123/); console.log(regexp); 方式二：利用字面量创建正则表达式 var...rg = /123/; 2.测试正则表达式 test() 正则对象方法，用于检测字符串是否符合该规则，该对象会返回 true 或 false，其参数是测试字符串。...var rg = /123/; console.log(rg.test(123));//匹配字符中是否出现123 出现结果为true console.log(rg.test('abc'));//匹配字符中是否出现

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使用snakemake编写生信分析流程

deployed to any execution environment.通过官网的介绍，可知snakemake是一个python包，所以可以在snakemake脚本中使用任何python语法。...下边是snakemake中的一些概念。rule脚本中的一步小的分析叫做rule，名字可以随便起，但是不能重名，也要符合python变量命名规范。...wildcardsnakemake使用正则表达式匹配文件名，比如下边的代码fastpse脚本中，我们使用{s}{u}去代替两个字符串，而且我们也可以对这两个字符串的内容进行限制。...s只能是GSM6001951或GSM6001952，|就是正则表达式中或的意思；u只能是L1-L4，如果你的样本分成了多个fastq文件那么可以用u指定样本后边的lane等信息。...在snakemake流程中，读入的config是一个嵌套字典，而且config是全局变量samples: config/samples.tsvgenome: dir: /home/victor/DataHub

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流程管理工具snakemake学习笔记杂记

snakemake学习笔记001：使用fastp对原始数据过滤参考 1 https://www.jianshu.com/p/14b9eccc0c0e 2 https://stackoverflow.com...示例数据用到的是论文 Transcript-level expression analysis of RNA-seq experiments with HISAT, StringTie, and Ballgown 中的数据...params} -p {threads} -G {input.refgtf} -o {output.gtf} {input.gtflist} """ 第二个rule就是不运行原来是在rule...学习笔记005：流程里使用R脚本 rule useRscriptinsnakemake: input: ballgown_folder = "ballgown",...@output[["rdat"]]) 这里有一个问题是snakemake流程里怎么样使用已经存在的conda环境，看这个流程的时候 https://github.com/Alipe2021/NLncCirSmk

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workflow03-用snakemake制作比对及变异查找流程

直接使用snakemake即可： snakemake -np mapped_reads/A.bam 同样，我们也可以在我们的规则中，使用通配符： rule bwa_map: input:...我们在snakemake 中使用的{sample}，实际上是创建的wildcards 对象的一个属性。因此在shell 中需要写为{wildcards.sample}。...这里有个关于expand 的使用技巧，可以参考：[[01-初探snakemake]] 中6-整合多个结果的介绍。...3-编写target规则默认情况下，snakemake 会将工作流中的第一个rule 作为target，也就是将该条rule 下的output 作为snakemake 的默认输出。...-y pysam matplotlib bwa samtools bcftools snakemake graphviz 发现snakemake 也是可以直接在规则中整合使用的conda 环境的：

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正则表达式在密码强度匹配中的使用

一、背景今天领导让我写几个正则表达式来对密码做强度验证，听到写正则表达式内心是这样的感觉（哈哈，三分钟搞定，今天又可以打鱼了）。...二、解决方法以第三种为例，这个可以分解为如下需求：存在数字存在字母存在半角符号长度六位及以上关键是如何同时满足前三个条件，在我有限的知识里并不知道怎么搞，然后只好求助于万能的百度了，最终在找了几个小时后发现如下几个关键词

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流程管理工具snakemake学习笔记杂记02

SRR,FRR = glob_wildcards(input_folder + "{srr}_chrX_{frr}.fastq.gz") rule all: input: expand...的文件这里的问题是如何指定expand()函数的组合流程处理的问题还是 fastp 过滤原始测序数据 import os import glob raw_fastq_folder = "/mnt/...files] #glob_wildcards(raw_fastq_folder + "{exper}/{srr}_{frr}.fastq") rule all: input: expand...files] #glob_wildcards(raw_fastq_folder + "{exper}/{srr}_{frr}.fastq") rule all: input: expand....py 这个命令写到.sh文件中吗？

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snakemake 学习笔记3

在每个文件中增加”add a” 对应的Snakefile内容如下: rule adda: input: "{file}.txt" output: "{file}_add_a.txt"...在每个文件中增加”add b” 对应的Snakefile内容如下: rule adda: input: "{file}.txt" output: "{file}_add_a.txt"...在每个文件中增加”add c” Snakemake命令: rule adda: input: "{file}.txt" output: "{file}_add_a.txt" shell...相关阅读 snakemake 学习笔记1 snakemake 学习笔记2 后记1 今天测试了一下rule all的功能, 它是定义输出文件的, 如果没有定义, 需要在命令行中书写....因为最后的输出文件是hebing.txt, 所以我们这里在Snakefile中定义一下输出文件. rule all: input:"hebing.txt" rule adda: input

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snakemake 学习笔记2

一个稍微复杂的案例, 看看snakemake的用法....过程介绍 1, 安装snakemake 2, 新建文件 3, 新建一个简单的Snakemake参数文件 4, 扩展, 去关联输出文件 5, 使用全局变量, 关联文件 6, 批量运行 1, 安装snakemake...在fastq文件夹中, 创建Sample1.R1.fastq.gz Sample1.R2.fastq.gz Sample2.R1.fastq.gz Sample2.R2.fastq.gz四个空文件 touch...参数文件将下面代码命名为Snakefile SAMPLES = ['Sample1', 'Sample2'] rule all: input: expand('{sample...expand函数, 能够将数组的内容解析给{sample} rule all: input: expand('{sample}.txt', sample=SAMPLES) 定义一个

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「Workshop」第七期：Snakemake 介绍

安装推荐使用conda创建python3环境安装 ❝conda install -c bioconda snakemake ❞ 命令与规则组成规则 rule test: input:...rule 每个rule定义流程中的每一步，相当于一个脚本。...rule all 一个特殊的rule，只有输入文件，为最后的要输出的结果文件，如果一个snakemake中存在多个rule需要加上这个rule否则只会输出第一个rule的结果 params 指定运行程序的参数...output: "out.txt" shell: "cat {input} > {output}" inclue 大型的流程可以将不同的部分，分成不同的模块，在最后一个总的...-q，在当前目录下运行(-cwd), 投递到指定的队列(-q) # --j N: 在每个集群中最多并行N核 ❞ Reference [1] snakemake文档: https://snakemake.readthedocs.io

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workflow05-snakemake的进阶操作一

同样，我们可以把线程的信息配置在规则中： rule bwa_map: input: "data/genome.fa", "data/samples/{sample...threads: 8 shell: "bwa mem -t {threads} {input} | samtools view -Sb - > {output}" 在snakemake...2-配置文件我们可以在snakemake中，将使用的通配符或文件信息，写到config 文件中，并通过config访问： samples: A: data/samples/A.fastq...但是，如果是给外部用户使用呢？或者是应对不同的场景需求，设置参数呢？...4-日志文件在shell 工作流中，我们会通过重定向，以将输出保存到文件中。snakemake 同样提供了选项。

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一步一步用Snakemake搭建gatk4生成正常样本的germline突变数据库的流程

事情是这样的，前些天我在朋友圈发了一张图片： ?...准备工作正式开始前，你需要完成以下工作： 1、在linux环境下安装好了conda，并使用conda安装好了gatk4（4.1.6.0）、Snakemake（5.13.0）、trim-galore（0.6.5...Snakemake的使用 Snakemake是基于Python写的流程管理软件，我理解为一个框架。Snakemake的基本组成单位是rule，表示定义了一条规则。...另外，如果在shell中要使用这个参数，还需要加上wildcards，即{wildcards.sample}。...python的expand命令将每个样本的vcf文件依次添加到一个列表中。

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workflow01-初探snakemake

这种输出为导向的方法具有以下优点：工作流可以从执行完毕的地方继续执行（在shell 脚本中，我们可以需要设计status 文件以判断某些步骤是否成功执行完毕），即使程序发生意外失败，也不用重头运行。...所有的输入文件将会在工作流中各自独立执行。此外，snakemake 还可以与conda 搭配。...因为此时，snakemake 成功地将我们指定的文件对应到了规则中的通配符位置。...这个过程总结如下：同样地，在命令行中我们也可以使用通配符： $ snakemake -np results/awesome/00{1..3}_R{1,2}.fq Building DAG of jobs...除非我们像上面的语法一样，在input 中特别的指定了有多个文件，比如变量fq1, fq2 等等。

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使用正则表达式在VS中批量移除 try-catch

try-catch 意为捕获错误，一般在可能出错的地方使用（如调用外部函数或外部设备），以对错误进行正确的处理，并进行后续操作而不至于程序直接中断。...因此在框架的使用中，我理解的是：编写人员仅需要对可以考虑到的，可能出错的地方进行处理即可，而没必要每个方法都使用 try-catch 包裹——对于未考虑到的意外情况，统统扔给全局的异常处理即可。...操作现在项目中几乎所有的方法都被 try-catch 包裹，为了将既有的代码中的 try-catch 统一去除，我使用了如下的正则表达式在 Visual Studio 2019 中进行替换（为了保险起见...image.png 说明 image.png 需要注意的有以下几点： \s 表示各种空白字符，包括换行等，因此可以用来匹配try-catch“两端”代码中的空格要匹配包括空格的所有字符，应该使用...表示尽可能少的匹配，+ 则表示尽可能多的匹配在 Visual Studio 中使用 $1 $2 .....代表其中的分组（也有部分教程说是使用 \1 \2，可能是老版本的 VS，并没有试验）可能有些

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在python中使用正则表达式

在python中通过内置的re库来使用正则表达式，它提供了所有正则表达式的功能一、写在前面：关于转义的问题正则表达式中用“\”表示转义，而python中也用“\”表示转义，当遇到特殊字符需要转义时...，你要花费心思到底需要几个“\”，所以为了避免这个情况，墙裂推荐使用原生字符串类型(raw string)来书写正则表达式。...，也就是所有匹配到的字符 group()其实更多的结合分组来使用，即如果在正则表达式中定义了分组 (什么是分组？...参见正则表达式学习，一个左括号“(”，表示一个分组)，就可以在match对象上用group()方法提取出子串来。后面会单独写一下group()和groups()的用法，这里先简单了解一下。...：仅仅是第一个）序号 003 re.findall() 在字符串中找到正则表达式所匹配的所有子串，并返回一个列表，如果没有找到匹配的，则返回空列表注意：match 和 search 是匹配一次,而findall

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Snakemake — 可重复数据分析框架

Snakemake的设计灵感来自于Makefile，但它是专门为生物信息学和数据密集型科学工作流设计的，使用Python语言进行工作流的定义，这使得它在生物信息学社区中特别受欢迎。...Snakemake的主要优势包括：易于使用和学习：Snakemake使用简单的、基于Python的语法来定义工作流，这使得它对于具有Python基础的科学家来说非常容易上手。...灵活性：Snakemake允许用户以模块化和可重复的方式定义数据分析步骤，易于修改和重用。可扩展性：它可以在各种计算环境中运行，从单个计算机到高性能计算集群，甚至是云环境。...这是由于 Python 会连接后续字符串，如果没有逗号分割，可能会导致意外行为 2、如果一个规则有多个输出文件，Snakemake 会要求它们全部输出，在使用通配符的时候应避免出现完全相同的通配，否则...，可能会发生两个工作并行运行同一规则想要写入同一文件 3、在shell 命令中，我们可以将字符串分成多行，Python 会自动将它们连接成一行。

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在VBA中，如何应用正则表达式

（一）正则表达式有什么方法与属性在VBA中，正则表达式可以使用VBScript Regular Expressions库来实现。...以下是VBScript Regular Expressions库中常用的一些方法和属性： 1.Pattern属性：用于设置或获取正则表达式的模式。...6.Execute方法：用于在字符串中查找匹配的模式。7.Test方法：用于测试字符串是否匹配模式。...下面先用一外例子说明如何创建与使用 Sub ExampleRegex() Dim regEx As Object Dim strInput As String Dim...】如图，提取姓名，电话下面我们将设计一个自定义函数，来完成在Excel模板中设计一个函数 Function myExtract(myStr As String, flag As Integer)

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使用element-ui中table expand展开行控制显示隐藏（手风琴效果）

问题讲解：在使用vue版本的ElementUI中的table功能的时候还是遇到了一些问题，可以说饿了么团队在这个UI框架的文档撰写已经非常不错了，不过还是有一些方法乍一看让人摸不着头脑，有些table...可以看到官方代码中在这边没有让这个可展开table自动折叠的功能，我点击了别的标签页后上次点击的行仍旧处在一个展开的状态，而且操控的方式也只能点击到左上角的小箭头才可以控制行的展开状态，体验不是特别好，...我们把每行的expand关闭一次，再把对应的行打开，这样就实现了手风琴效果了。...新的问题，当我们点击打开了手风琴，每次都至少有一个是打开状态的，这样很明显是bug了，我们做一下让已打开行的expand合闭。...(row)，所以这行的expand又被打开了。

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workflow04-用snakemake处理复杂命名

接下来，可以使用文件中的sample 列作为文件通配使用的名称。可是，该如何操作呢？...下面在python 中执行如下代码。 samples_table = pd.read_csv("....snakemake 实际上会使用wildcards对象，也就是通配符，我们符号中设置的通配符内容都会以该对象的属性传入命令行段落。...是使用wildcards对象进行传递的，因此在规则中我们直接使用的也是函数： import pandas as pd samples_table = pd.read_csv("samples.csv"...-np results/awesome/s00{1..2}_R{1,2}.fq 可以看到，现在snakemake 就通过s001 找到其在csv 文件中，对应的fq1 文件的位置了： [Fri May

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Snakemake+RMarkdown定制你的分析流程和报告

如果是在输出导向的snakemake 中，则需要先确定输出文件。...命令中的cp 命令，在snakemake中，写成一个rule change_suffix，rule中的input, output，则由wildcards "sample"表示组成的字符表达式。...snakemake 是基于Python扩展的，Python原来的语法照样可以在snakmake里使用。...在config.yaml中添加一些注释使用的参数 OrgDb: org.Mm.eg.db txdb: TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene 差异peak寻找差异peak...这些区域在不同的实验中表示不同的研究重点，在组蛋白/转录因子的 ChIPseq 和 CUT&Tag 实验中为组蛋白的修饰位点/转录因子结合位点，ATACseq 实验中为开放染色质区。

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正则表达式在js中的使用

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