Snakemake:在没有共享通配符的情况下耦合输入和输出
Snakemake是一个基于Python的工作流管理系统，用于构建和执行数据分析的工作流程。它的主要目标是简化和自动化数据分析的复杂性，尤其是在大规模和复杂的计算环境中。
在没有共享通配符的情况下耦合输入和输出是指在Snakemake工作流中，输入文件和输出文件之间没有共享的通配符。这意味着每个输入文件都对应一个特定的输出文件，二者之间存在直接的依赖关系。
这种情况下，可以通过在Snakemake规则中使用具体的文件名来耦合输入和输出。具体步骤如下：
- 定义规则（rule）：在Snakemake中，规则是工作流的基本构建块。每个规则定义了一个任务，包括输入、输出和执行命令。在这种情况下，规则中的输入和输出都是具体的文件名，而不是通配符。
- 建立依赖关系：在规则中，可以使用文件名来定义输入和输出之间的依赖关系。例如，可以使用Python的字符串操作或Snakemake提供的文件操作函数来构建输出文件名，以便与输入文件名相关联。
- 执行工作流：一旦定义了规则和依赖关系，可以使用Snakemake命令来执行工作流。Snakemake会自动解析依赖关系，并根据需要执行规则，确保所有的输入文件都可用，并生成所需的输出文件。
Snakemake的优势在于它的灵活性和可扩展性。它支持复杂的工作流定义，可以处理大规模的数据分析任务。此外，Snakemake还提供了丰富的功能和工具，用于管理和监控工作流的执行过程。
在云计算领域，Snakemake可以与腾讯云的多个产品和服务结合使用，以实现高效的数据分析和处理。例如，可以使用腾讯云的对象存储服务（COS）作为输入和输出的存储介质，使用云服务器（CVM）来执行Snakemake工作流，使用云数据库（TencentDB）存储和管理数据等。
更多关于Snakemake的信息和使用示例，请参考腾讯云的官方文档：Snakemake - 腾讯云
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在我的例子中，输入和输出文件的名称没有模式，所以我使用了一个dict将输出映射到输入文件，然后在函数中使用这个dict作为输入。下面是Snakemake文件的代码： in_files = ['in_a', 'in_b']
out_files = ['out_c', 'out_d']
out_to_in_dict = dict()
for in_file, out_file in zip(in_files, out_files):
out_to_in_dict[out_file] = in_file
rule all:
浏览 65提问于2019-10-02得票数 2
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我试图使用Snakemake来处理对rnaQUAST工具的调用，多个输入由两组不同但成对的关键字描述。我不想所有的组合这些关键字，只有特定的组合。据我的理解，在我的规则中，我需要在展开()调用中指定zip的用法，如下所示。但是，在解释变量snakemake时，snakemake似乎以意外的方式填充了{sample}和{reference}通配符：
samples_rnaQUAST = ["TMW3250_15","TMW3250_20","TMW3256_15","TMW3256_20","TMW3261_15",
浏览 4提问于2022-06-07得票数 2
我是Snakemake的新手，我想编写一个非常简单的Snakefile，它的规则是将每个输入文件分别处理成一个输出文件，但不知怎么的，我的通配符没有被正确地解释。
我使用输入文件"test/test1.txt“、"test/test2.txt”和一个Snakefile，在Ubuntu18.04中设置了一个最小的、可重复的示例环境。(snakemake版本5.5.4)
蛇形：
ins = glob_wildcards("test/{f}.txt")
rule all:
input: expand("out/{f}.txt", f=ins)
浏览 0提问于2019-07-30得票数 7
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我正在练习用snakemake编写工作流。
我的Snakefile的内容
configfile: "config.yaml"
rule get_col:
input:
expand("data/{file}.csv",file=config["datname"])
output:
expand("output/{file}_col{param}.csv",file=config["datname"],param=config["cols"])
params:
col=
浏览 10提问于2020-10-28得票数 1
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以下是snakemake教程的高级部分中的一个简短示例：
rule bwa_map:
input:
"data/genome.fa",
lambda wildcards: config["samples"][wildcards.sample]
output:
"mapped_reads/{sample}.bam"
threads: 8
shell:
"bwa mem -t {threads} {input} | samtools view -Sb - > {output}"
现在假设我在几个月
浏览 1提问于2016-11-11得票数 4
是否可以按照执行的顺序对单个通配符进行snakemake的模拟运行？
当我称之为试运行时，我在底部得到以下信息：
Job counts:
count jobs
1 all
1 assembly_eval
5 cat_fastq
1 createGenLogDir
5 createLogDir
5 flye
5 medaka_first
5 medaka_
浏览 7提问于2022-06-27得票数 0
我一直有一个奇怪的错误，我无法纠正。我正在Ubuntu20.04机器上的conda环境中使用snakemake 7.8.2 (也尝试在我们的集群上运行这个程序，并发生了相同的错误)。由于一些奇怪的原因，我的一个具有通配符的规则不能用作以下规则的扩展输入，并且不断地给我一个错误，当输入文件在前面的规则中非常清楚地创建时，它们就丢失了。
以下是我的两条规则：
### Use R to generate figures of each run's sequencing summary
rule rejected_seq_figures:
input:
seq_summary =
浏览 12提问于2022-06-21得票数 0
我在Snakemake上遇到了一个WildcardError: Wildcards in input files cannot be determined from output files问题。问题是我不想在输入文件名中保留变量部分。例如，假设我有这些文件。
$ mkdir input
$ touch input/a-foo.txt
$ touch input/b-wsdfg.txt
$ touch input/c-3523.txt
我有一个像这样的Snakemake文件：
subjects = ['a', 'b', 'c']
result_
浏览 9提问于2021-03-10得票数 1
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我是Snakemake的新手，我想创建一个管道，它接受给定的输入文本文件，并将其内容连接到给定的输出文件。但是，我希望能够在运行时指定输入和输出文件的名称，因此这两个文件名都不是在Snakefile中硬编码的。现在我能想到的就是：
rule all:
input:
"{input}.txt",
"{output}.txt"
rule output_files:
input:
"{input}.txt"
浏览 2提问于2020-06-25得票数 0
我正在运行一个带有主Snakefile的工作流，其中包括rules文件夹中的规则，并从这些包含的规则中调用rscript。
下面是几行代码及其特定的文件：
Snakefile：
samples = pd.read_table("samples.csv", header=0, sep=',', index_col=0)
rule extract:
input:
'summary/umi_expression_matrix.tsv'
include: "rules/extract_expression_single.s
浏览 1提问于2018-01-06得票数 1
2回答
我有一个脚本，它接受一个大的输入文件，然后使用不可预测的算法将其分解为从1到n的许多块。
然后，下面的脚本将迭代地处理每个块。
我如何创建一个snakemake规则，它本质上说输出文件将从1到n存在，下面的脚本应该对每个1到n个输入文件运行一次。
谢谢!
浏览 0提问于2018-05-17得票数 1
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我正在将bash脚本转换为snakemake，并且我希望将之前使用for循环处理的步骤并行化。我遇到的问题是，snakemake没有运行并行进程，而是尝试运行一个具有所有参数的进程，但失败了。 我最初的bash脚本针对参数K的一系列值多次运行程序。 for num in {1..3}
do
structure.py -K $num --input=fileprefix --output=fileprefix
done 有多个以fileprefix开头的输入文件。每次运行有两个主要输出，例如对于K=1，它们是fileprefix.1.meanP，fileprefix.1.meanQ。我的c
浏览 23提问于2019-01-29得票数 1
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我在NGS分析的工作流程中使用了snakemake。在一条规则中，我利用了来自另一条规则的唯一(临时)输出。这条规则的rule.The输出也是唯一的，有助于创建最终的输出。在这些规则上使用简单的通配符{sample}。我没有看到任何循环依赖，但是snakemake告诉我有：
Snakefile第xxx行中的CyclicGraphException :对规则的循环依赖
我知道有一个选项可以调查这个问题：--debug-dag。
我如何解释输出？候选人与被选中的是什么？
这是规则的我的(伪)代码：
rule split_fasta:
input:
dataFile="
浏览 22提问于2019-07-26得票数 2
我是Snakemake的新手，我正在尝试开发一些管道。我在使用通配符时遇到了一些问题，试图尽可能地自动化我的生物信息学分析。当管道变得更加复杂时，我遇到了麻烦(如下所示)。看起来Snakemake没有正确解析通配符。在Snakefile的预演期间，通配符的值在某些规则的执行中看起来是正确的。但是，相同的通配符会在管道的不同步骤(规则)中导致错误，我无法找出原因。下面我提供了演练的代码和输出消息。 num=["327905-LR-41624_normal","327907-LR-41624_tumor"]
num_normal=["327905-LR-4
浏览 45提问于2019-04-08得票数 0
我最近决定从snakemake开始。我找不到任何符合我需要的东西，无论是在堆栈上，还是在snakemake文档上。我觉得有些事情我不明白，我可能需要一些解释。 我正在尝试创建一个简单的snakemake工作流程，它将一个fastq文件和一个序列摘要文件(其中包含有关读取的信息)作为输入，并将fast中的读取内容过滤成几个文件(low.fastq和high.fastq)。 我的输入数据和我正在尝试执行的Snakefile存储如下： .
├── data
│ ├── sequencing-summary-example.txt
│ └── tiny-example.fastq
├──
浏览 13提问于2019-08-27得票数 6
2回答
我有Snakamake规则如下所示，其中通配符包含特殊字符，所以我使用sub对它们进行转义，请参阅答案。输出文件：data/extract_AAV(1).csv。
import re
rule get_data:
input:
output: "data/extract_{re.sub(r'([()])', r'\\\1', filename)}.csv"
shell: "python get_data.py --filename {re.sub(r'([()])', r'\\\1'
浏览 4提问于2020-04-28得票数 1
1回答
我绝对是蛇咬牙的初学者。据我所知，我正在建造一条管道。我的问题是，是否将Snakefile与我想要处理的NameError:发生的数据文件放在一起，但是如果我将Snakefile移动到父目录并编辑输入:和输出的路径信息:代码可以工作。我遗漏了什么？
rule sra_convert:
input:
"rna/{id}.sra"
output:
"rna/fastq/{id}.fastq"
shell:
"fastq-dump {input} -O {output}"
当我运行
浏览 3提问于2019-05-17得票数 2
我正在使用slurm集群来启动snakemake作业。我的问题是，我无法使用slurm的--输出和-错误选项，并为每个已启动的作业定制名称。
例如，我在一个名为"filtmap“的组中有两个规则(以便在同一个作业实例中启动这两个规则)。我试图设置集群配置，就像在中显示的那样
这是config_cluster.json
{
"__default__":
{
"account": "mytilus",
"time": "10-00:00",
浏览 0提问于2019-05-13得票数 1
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我写了我的第一个使用python脚本处理文件的snakemake规则：
rule sanitize_labels:
input:
"data/raw/labels/rois_essence_31_10_2019_final.shp",
"data/raw/labels/pts_carte_auto_final.shp"
output:
"data/interim/labels/rois_essence_31_10_2019_final.csv",
"data/
浏览 112提问于2020-02-10得票数 0
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我试图在snakemake中创建一个迭代规则。数据中有一个空文本文件/名为basic_0。我希望通过调用$ snakemake data/basic_<x>.txt --cores 1对其应用一条规则"x“倍(其中"x”是一个整数)，其中snakefile如下所示：
rule iterative_addHi:
input:
"data/basic_{iter}.txt"
output:
"data/basic_{iter+1}.txt"
shell:
"p
浏览 6提问于2022-06-29得票数 3
1回答
我有一个文件，每个输入都有前缀，我的文件是snakemake规则： > "PB0206,SRR10694951,PB0216,SRR10694963"
> "PB0212,PB0202"
> "PB0199,PB0205"
> "PB0215,PB0219"
> "PB0197,PB0211"
> "PB0204,SRR10694964,PB0214"
> "PB0210,SRR10694969,PB0209,SRR10694950"
浏览 55提问于2021-08-05得票数 0
我遇到了一些情况，我希望Snakemake会抱怨不明确的规则，但没有，所以我试图准确地找出预期的行为应该是什么。
例如，将其作为规则1.smk：
rule rule1:
output: "something.txt"
rule rule2:
output: "{thing}.txt"
rule rule3:
output: "{thing}.{ext}"
如果我请求file.txt，它就会如期而至地抱怨：
$ snakemake -n --debug-dag -s rules1.smk file.txt
Buildin
浏览 10提问于2022-10-19得票数 1
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正如您可以在标题上看到的那样，我对存储shell命令的结果并将其传递给另一条规则感兴趣。
贝娄是我的规矩：
SAMTOOLS = config["SAMTOOLS"]
rule useDepth:
input:
depth = "{individual}_{chr}.fixmate.sort.rgmdup.bam.depth"
output:
tmpVCF = "{individual}_{chr}.vcf"
run:
depth = storage.fetch("chrDepth")
浏览 3提问于2017-08-28得票数 0
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我正在编写一个snakemake，它将为几个输入样本运行一个生物信息学管道。这些输入文件(每个分析两个，一个具有部分字符串匹配R1，另一个带有部分字符串匹配R2)以模式开头，以扩展名.fastq.gz结尾。最后，我想要执行多个操作，不过，在这个例子中，我只想使用使fastq读取的参考基因组对齐。因此，对于这个示例，我的输入文件是NIPT-N2002394-LL_S19_R1_001.fastq.gz，我希望生成NIPT-N2002394-LL.bam (参见下面的代码，指定输入和输出所在的目录)。
我的config.yaml文件如下所示：
# Run_ID
run: "200311_A
浏览 4提问于2020-03-30得票数 1
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在执行shell命令之前，是否有可能避免删除snakemake规则中定义的输出文件？我在这里找到了对这种行为的描述：
我要做的是为输入列表和输出文件列表(N:M关系)定义一个规则。如果其中一个输入文件已更改，则应触发此规则。然后，在shell命令中调用的python脚本只创建那些不存在的输出，或者与已经存在的文件相比内容已经更改的输出(即在python脚本中实现了更改检测)。我希望下面这样的规则能够解决这个问题，但是由于output.jsons在运行python脚本之前被删除了，所以所有的output.jsons都将使用一个新的时间戳来创建，而不仅仅是那些已经更改的。
rule jsons:
浏览 0提问于2018-03-08得票数 2
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snakemake是新手，我一直在尝试将基于shell脚本的管道转换为基于snakemake的管道，并遇到了许多语法问题。我认为我遇到的大部分麻烦是如何获取特定目录中的所有文件，并从输入名称中推断出输出名称，因为这就是我使用shell脚本(for循环)的方式，特别是，我试图在输出部分中使用展开函数，它总是给我一个错误。
在检查了一些示例Snakefile之后，我意识到在output部分中，人们从来不使用展开。因此，我的第一个问题是：是输出，是唯一不能使用展开的部分，如果是，为什么？如果我想传递一个在config.yaml文件中定义的前缀，作为输出文件的一部分，并且不能从输入文件名中推断该前缀，
浏览 3提问于2016-11-18得票数 0
我有一个奇怪的Snakemake规则，我想创建Snakemake文档没有描述的规则。我有规则picard_dupes，它产生三个输出、度量、bai和bai文件。但是，与通过输出创建的bai和度量不同，bai是在不包含在输出中的CREATE_INDEX中创建的。创建一个.bai而不是bam.bai文件。在规则中，picard_bai将此文件重命名为可在以后的规则中识别。但是，我收到了一个错误:丢失了规则picard_bai的输入文件。这告诉我的Snakemake正在尝试在picard_bai之前执行picard_dup。我如何才能让它工作在我的bai是输出，而不是在输出移动到下一个规则输入？
r
浏览 4提问于2022-05-02得票数 0
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我试着用snakemake制作一个简单的管道，从网上下载两个文件，然后将它们合并到一个输出中。
我认为能起作用的是以下代码：
dwn_lnks = {
'1': 'https://molb7621.github.io/workshop/_downloads/sample.fa',
'2': 'https://molb7621.github.io/workshop/_downloads/sample.fa'
}
import os
# association between chromosom
浏览 1提问于2017-06-22得票数 3
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3回答
我试着在本地电脑上运行Snakemake命令。即使我使用了最简单的代码结构，它也没有工作，如下所示：
规则fastqc_raw:输入：“原始/快速”输出：“输出/fastqc_raw/a.html”外壳："fastqc {input} -o {output} -t 4“
它显示了以下错误：
规则fastqc_raw: fastqc_raw:1输出: output/ fastqc _raw/A.html RuleException: CalledProcessError在/Users/01/Desktop/Snakemake/Snakefile:命令‘set -euo pipe
浏览 1提问于2018-10-03得票数 3
我在snakemake是个新手，我试着去了解它是如何工作的。我试着拉一个简单的蛇形
from snakemake.utils import min_version
min_version("5.3.0")
max_reads: 250000
sra_id: ["SRR1187735"]
rule all:
input:
"DATA/{sra_id}.fastq.gz"
rule prefetch:
output:
"DATA/{sra_id}.fastq.gz"
p
浏览 5提问于2021-04-01得票数 1
我有几个SRA文件，我从NCBI网站下载。现在，我想将它们添加到我的snakemake工作流中。但是，如果没有可用的prefetch，我希望保留下载它们的能力。我有个简单的规则，
BASE = "/path/to/working/folder"
rule all:
input: [f"{BASE}/fastq/SRR000001.sra_1.fastq", f"{BASE}/fastq/SRR000001.sra_2.fastq"]
shell:
"echo Finished"
rule get
浏览 1提问于2020-09-03得票数 1
非常感谢您在Snakemake工作流方面的帮助。我一直在使用函数为我的第一个Snakemake规则定义输入文件，从一个样本数据中识别成对的fastq文件。这个效果很好。
# fastq1 input function definition
def fq1_from_sample(wildcards):
return samples_df.loc[wildcards.sample, "fastq_1"]
# fastq2 input function definition
def fq2_from_sample(wildcards):
return samples_df
浏览 12提问于2022-03-18得票数 0
即使Snakemake构建的输出文件已经存在，Snakemake也只想重新运行我的整个管道，因为我已经修改了第一个输入或中间输出文件之一。
我用-n做了一次Snakemake预演，给出了以下更新输入文件的报告，解决了这个问题：
Reason: Updated input files: input-data.csv
和这条更新中间文件的消息
reason: Input files updated by another job: intermediary-output.csv
如何强制Snakemake忽略文件更新？
浏览 1提问于2019-06-28得票数 13
1回答
我在用snakemake开发一条管道。我试图为目录中的每个文件创建指向新目标的符号链接。我不知道会有多少文件，所以我尝试使用动态输出。
rule source:
output: dynamic('{n}.txt')
run:
source_dir = config["windows"]
source = os.listdir(source_dir)
for w in source:
shell("ln -s %s/%s source/%s" % (source
浏览 3提问于2017-06-29得票数 3
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我有一个Snakemake管道，在这里，我从json文件中获取文件文件夹的输入/输出路径，并使用展开函数获得路径。
import json
with open('config.json', 'r') as f:
config = json.load(f)
wildcard = ["1234", "5678"]
rule them_all:
input:
expand('config["data_input"]/data_{wc}.tab', wc = wildc
浏览 3提问于2021-06-23得票数 0
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我有一个字典，可以将文件名映射到样本名称，再映射到条形码：
dict = {'file_1': {'sample1': 'barcode1', 'sample2': 'barcode2'}}
我需要使用Snakemake来读取这个字典，并使用键/值作为输入和输出。
这就是我要找的：
Input:
file_1.fastq.gz
Output:
o1 = barcode1.fastq.gz,
o2 = barcode2.fastq.gz,
Shell:
"""
浏览 0提问于2020-10-28得票数 0
编辑27-07-2018:包装器不考虑线程。此外，我在这里尝试的语法不起作用，据我所知，也不支持类似的语法。答案来自Snakemake、谷歌集团和下面meono的交叉帖子。
我正在使用Snakemake，我对它很满意。然而，对于某些过程，我正在使用包装(即FastQC和Trimmomatic)。但是，我注意到这些包装器没有考虑到{线程}变量。有人能解释一下什么是正确的语法来使这个工作吗？
我尝试过设置threads: 4，然后在代码中的适当位置指定{threads} (例如，对于FastQC：params: "--threads {threads}")。同样，我测试了设置{wi
浏览 0提问于2018-07-16得票数 1
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我使用的所有脚本都将输出文件放到脚本被调用的当前目录中，因此在我的shell脚本管道中，我会让cd命令转到特定的目录来运行命令，输出文件将保存在相关目录中。我的脚本没有输出目录的参数，它们中的大多数都是从输入中推导出的输出文件名。这对我来说效果很好。
现在我遇到了这个输出目录问题，因为snakemake似乎将文件输出到Snakefile所在的目录。我可以修改所有的脚本，为输出目录接受一个额外的参数，但这对于修改许多脚本来说已经不是一件痛苦的事情了。我想知道是否有任何方法可以指定每个特定规则的输出位置？
浏览 2提问于2016-12-03得票数 4
我有一个snakemake规则，将每个研究的几个结果文件聚合到一个文件中。为了让它更容易理解，我有两个角色'big'，'small‘，每个角色产生5个研究'a'，'b'，'c'，'d'，'e’的数据，每个研究产生3个输出文件，每个表型'xxx'，'yyy'，'zzz‘。现在，我想要的是一条规则，将每个研究的表型结果聚合到每个研究的单个摘要文件中(因此将表型合并到一个表中)。在merge_results规则中，我为规则提供了一个文件列表(每个研究和角色)，并使用
浏览 3提问于2020-03-03得票数 1
我想用一种非常简单的方式在Snakemake中使用通配符来启动两个数据集的脚本。不幸的是，我找不到合适的方法。
我的数据文件夹包含三个文件: gene_list.txt、expression_JGI.txt、expression_UBC.txt。
下面是我的蛇形图：
rule extract:
input:
genes="data/gene_list.txt",
expression="data/expression_{dataset}.txt"
output:
"data/expressi
浏览 13提问于2022-11-16得票数 1
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2回答
我被困在如何和蛇相处的问题上了。
首先，说我的“全部”规则是：
rule all:
input: "SA.txt", "SA_T1.txt", "SA_T2.txt",
"SB.txt", "SB_T1.txt", "SB_T2.txt", "SB_T3.txt"
注意，SA有两个_T#文件，而SB有三个这样的文件，这是其中的一个关键元素。
现在我想写一条这样的规则来生成这些文件：
rule X:
output: N="S{X}.txt"
浏览 0提问于2018-03-16得票数 3
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我试图运行一个snakemake文件，但是它产生了一个奇怪的结果。
refseq = 'refseq.fasta'
reads = '_R1_001'
reads2 = '_R2_001'
configfile: "config.yaml"
## Add config
def getsamples():
import glob
test = (glob.glob("*.fastq.gz"))
samples = []
for i in test:
samples.
浏览 11提问于2022-12-02得票数 2
我在GNU/LinuxUbuntu16.04.5上工作。
我在Snakefile中有以下规则：
rule cutadapt:
input:
reads = '{path2reads}/raw/reads.fq
output:
trimmed = '{path2reads}/trimmed/reads.fq
shell:
"cutadapt -q 20 --minimum-length 40 --output {output.trimmed} {input.reads}"
然后，在我的slur
浏览 6提问于2019-04-22得票数 2
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我之前在LSF集群上使用过snakemake，一切都运行得很好。然而，最近我迁移到了SGE集群，当我尝试使用多个通配符运行一个作业时，我得到了一个非常奇怪的错误。
当我尝试根据此规则提交作业时
rule download_reads :
threads : 1
output : "data/{sp}/raw_reads/{accesion}_1.fastq.gz"
shell : "scripts/download_reads.sh {wildcards.sp} {wildcards.accesion} data/{wildcards.sp}/r
浏览 28提问于2020-07-30得票数 5
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我正在开发一个使用Genrich运行Snakemake的ATACseq管道。
事实上，Genrich允许在同一步骤中调用来自多个复制的峰值，从而避免了其他步骤(即IDR)。
在Snakemake中，我已经找到了同时返回我想要的所有示例(即从一个条件中复制)的方法，但是Genrich要求输入逗号分隔的文件，或者如果引用每个文件时使用空格分隔的文件。
通常，输入返回空格分隔的文件列表(即file1 file2 file3)，由于我不知道如何使它返回以逗号分隔的文件，所以我尝试引用它们。
理论上，在SnakemakeVersion5.8.0之后，您可以在规则的shell命令中将输入引用为{input
浏览 2提问于2020-10-26得票数 2
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当我在google生命科学执行者上运行snakemake时，我运行的内容如下：
snakemake --google-lifesciences --default-remote-prefix my_bucket_name --preemption-default 10 --use-conda
现在，my_bucket_name将被添加到所有输入和输出路径中。
但出于某些原因，我需要在Snakefile代码中重新创建完整的路径，因此我希望能够访问代码中传递给--default-remote-prefix的任何内容。
有办法这样做吗？
浏览 2提问于2021-05-10得票数 1
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我目前有一个需要使用lambda通配符的snakemake工作流，设置如下：
Snakefile：
configfile: "config.yaml"
workdir: config["work"]
rule all:
input:
expand("logs/bwa/{ref}.log", ref=config["refs"])
rule bwa_index:
input:
lambda wildcards: 'data/'+config["refs
浏览 95提问于2020-05-20得票数 2
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2回答
你好Snakemake社区
要正确定义Snakemake中的函数并在params部分调用它，我遇到了一些麻烦。函数的输出是一个列表，我的目标是使用列表中的每一项作为shell命令的参数。换句话说，我希望在具有不同参数的同一个命令的并行中运行多个作业。
这是一项功能：
import os, glob
def get_scontigs_names(wildcards):
scontigs = glob.glob(os.path.join("reference", "Supercontig*"))
files = [os.path.basename(s)
浏览 0提问于2018-12-19得票数 0
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我正在编写一个snakemake，用于从Nanopore测序中生产SAR-CoV-2变体.我正在编写的管道是基于的，所以我使用artic guppyplex和artic minion。
我所写的snakemake有以下步骤：
压缩所有条形码的所有fastq文件(规则zipFq)
使用guppyplex (规则guppyplex)执行读筛选
调用artic minion管道(规则minion)
将stderr和stdout从qsub移动到工作目录下的文件夹(规则mvQsubLogs)。
下面是我到目前为止写的蛇形蛋糕，它起作用了。
barcodes = ['bar
浏览 2提问于2021-06-02得票数 0
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在Linux下如何在多个用户之间共享相同数据的Snakemake工作流是否有指导原则，或者整个事情被认为是不好的做法？ 让我解释一下，以防不清楚： 假设用户A在目录dir/中执行工作流。假设工作流成功终止，然后他/她以递归方式正确地设置了所有输出和中间文件以及.snakemake/子目录上的文件/目录权限，以供其他用户进行读/写。 用户B随后导航到dir/，将输入文件添加到工作流中，然后执行它。会出什么差错吗？ 我问的是相同系统上的不同用户在磁盘上的相同数据上非并发执行相同的工作流。Snakemake是为这样的用例设计的吗？
浏览 29提问于2021-10-27得票数 1
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