当执行下面的snakemake管道时，我得到一个错误: IndexError: list index out of range。我认为这是因为所有样本都执行了fastqc_pretrim。查看日志，我们可以看到它正在尝试运行示例"FAQ20773_pass_barcode01_68fda206_1“的fastqc_pretrim。但是，如果您查看日志中该行之上，就会发现FAQ20773_fail_barcode03_68fda206_0实际上是随.fastq.gz文件一起传递的
浏览 54提问于2021-08-26得票数 1
我对snakemake非常陌生，我从github下载了一个利用snakemake的包，我成功地运行了它一次，但是由于我的数据太大，完成整个过程花费了27个小时，但是大约99%的时间花在执行1条规则上，所以我想跳过这个特定的规则，因为这个规则的输出文件已经存在了。如果规则所有部分中列出了该规则的输出文件，snakemake
浏览 5提问于2021-07-09得票数 2
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在Snakemake文档中，includes directive可以将另一个工作流的所有规则合并到主工作流中，并且显然可以在snakemake --dag -n | dot -Tsvg > dag.svg另一方面，如果您开发依赖于其输出的规则，则可以在主工作流之前执行Sub-workflows。 我的问题是:这两者到底有什么不同？现在，我正在处理一个工作流，似乎只需使用includes并将输出的名称放在主工作流
浏览 22提问于2019-09-07得票数 2
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我正在创建一个snakemake管道，在那里，我可以在某种程度上过滤我的结果。但是有两种过滤器我可以应用，所以我想在启动管道时把它作为一个参数，然后，根据参数，我想应用一条规则或另一条规则。例如：其中过滤器可以是Hard或Soft output:
浏览 7提问于2020-06-26得票数 3
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我有一个包含数十条规则的snakefile，它可以处理数千个文件。这是一个用于DNA序列分析的生物信息学管道。今天，我又向我的样例集中添加了两个样例，我希望能够运行snakemake，它会自动确定在哪些文件上运行哪些规则来处理新的样例文件以及所有依赖于它们的文件，直到最高级别。然而，它什么也做不了。使用"-R A“仅运行规则A。
这与我的项目相关，因为它表明，如果您告诉Snakem
浏览 3提问于2017-11-10得票数 0
我想用一种非常简单的方式在Snakemake中使用通配符来启动两个数据集的脚本。不幸的是，我找不到合适的方法。我的数据文件夹包含三个文件: gene_list.txt、expression_JGI.txt、expression_UBC.txt。-c1 extract时，我会收到以下错误消息：
大楼的工作.WorkflowError:目标规则可能不包含通配符。请在命令行中指定具体的文件或没有通配符<e
浏览 13提问于2022-11-16得票数 1
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我正在执行一个snakemake管道它现在运行得很好。但是，由于我不想在这里描述的原因，我希望我的规则不是作为作业提交，而是在运行snakemake的机器/节点中执行。这样的例外是可能的吗？
浏览 2提问于2017-11-15得票数 1
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我已经在snakemake中创建了一个工作流，当我只想运行一个规则时，我遇到了一个问题。实际上，它为我运行规则，其中的输出是我的规则的输入，即使这些规则之前已经创建过。input A input b = output A input c = output b我怎么能只运行规则
浏览 6提问于2019-04-24得票数 6
每当我的引用DB (一个中等大小的fasta文件)被更新时，我想触发一个snakemake规则(本质上是一个爆炸调用)。
如果我首先想知道DB中是否有相关的更改，那该怎么办？因此，我首先将引用DB置于git版本控制之下，并在git diff为非零的情况下进行git diff
浏览 11提问于2017-11-13得票数 0
当之前在流水线中创建的文件被删除时，SnakeMake似乎不认为这是一个问题，只要后面的文件还在： input: "testC1.txt", "testC2.txt"
output: "{X}C{Y}.txt"将此SnakeFile保存在test.sf中，然后执行以下操作# Rerun:
s
浏览 1提问于2017-09-01得票数 9
我有一个Snakemake规则，它在数据存档上工作，本质上是解包其中的数据。在我的规则开始之前，归档包含不同数量的文件，所以我想利用这一点，并执行以下操作 input: '{id}.archive' lambda然而，我想不出一个好的替代方案。该规则的运行成本非常高，所以我不能这样做
r
浏览 11提问于2018-02-27得票数 3
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我注意到我的备份rsync脚本花费了相当长的时间从.snakemake/metadata文件夹中复制带有随机名称的内容。
这些文件是用来做什么的？在snakemake运行完成后，我能安全地擦除它们吗?或者，对于snakemake，是否需要它们才能正确地执行下一次运行？更普遍地说，有没有一些关于snakemake在.snakemake文件夹中创建的文件的文档？
浏览 1提问于2017-08-10得票数 8
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我在机器学习环境中使用snakemake。我有两个规则(process_x_only和process_x_and_y)，它们以processed_x.txt作为目标输出，因此不明确。当我执行：snakemake将首先执行process_x_only，然后执行process_x_and_y，而在本例中，我只希望执行process_x_and_y如何使snakemake构建
浏览 0提问于2018-06-18得票数 1
2回答
我的问题与this one非常相似。 我正在写一个snakemake管道，它做了很多对齐前后的质量控制。在流水线的末尾，我对这些QC结果运行multiQC。，不依赖于特定的上游输出文件。这样，当我更改管道(添加或删除任何规则)时，我不需要更改multiqc规则的依赖项。multiqc的输入应该只是一个目录，其中包含我希望multiqc扫描的所有文件。在我的情况下，如何强制multi
浏览 62提问于2021-06-24得票数 3
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与默认的Python行为不同，Snakemake在numpy抛出的RuntimeWarnings上停止执行。import numpy as np我怎么能简单地告诉snakemake不要终止警告规则？注意:我在snakemake中使用run:选项作为抛出RuntimeWarning的规则。
浏览 0提问于2019-06-11得票数 1
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我有一个用Snakemake编写的工作流，用于分析生物测序数据。工作流程要求组织所有数据文件，以便每个原始读取文件都以分析类型(RNASeq、DNaseSeq等)开头。并且此文件名约定在工作流生成的所有文件中都保持不变。
我有一个规则来对齐除RNASeq之外的每个分析的数据读数，还有一个仅应用于RNASeq数据的不同规则。我在设置这些规则时遇到了麻烦，这样
浏览 5提问于2017-10-21得票数 1
如今，在工作流中运行守护进程是很常见的。例如，深度学习作业需要参数服务器和超参数优化服务器。在Snakemake中，我没有看到任何明显受支持的方式。我还可以将守护进程定义为生成daemon.pid文件的规则，并使需要该守护进程的规则依赖于该文件。人们
浏览 17提问于2020-03-03得票数 1
我想使用Snakemake作为一个流程，它要求重复执行某个步骤，直到满足某些条件为止。这是不可能事先确定多少次的步骤是需要的。可能是1或6或任何其他数字。我的直觉是，这是Snakemake所不能做的，因为有向无圈图和所有..。谢谢!
在下面的精彩答案中添加一些关于实
浏览 3提问于2019-12-30得票数 1
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有没有一种通用的方法来判断snakemake是否在集群模式下执行(例如，-- cluster，--cluster-sync，--drmaa)？使用案例是，在集群案例中，我希望在某些规则中从存储中复制数据，或者向存储中复制数据。
浏览 1提问于2018-01-09得票数 2
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