Snakemake:依赖于数据的规则条件执行，IndexError - 腾讯云开发者社区

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workflow04-用snakemake处理复杂命名

Computing and Bioinformatics for Conservation and Evolutionary Genomics[1] 前言有时候，我们获得的测序数据命名并不一定是规则的...1-pandas 类似于R 中的data.frame，python 中的pandas 也提供了一套处理数据框的操作。而同样是基于python 框架的snakemake，可以帮助我们很好的将二者融合。....fastq.gz' 2-制定snakemake规则通过python 数据框的选择，我们可以通过指定索引列来对如文件的地址进行选择。...可是我们该如何将其整合进pipeline 的规则当中呢？ snakemake 实际上会使用wildcards对象，也就是通配符，我们符号中设置的通配符内容都会以该对象的属性传入命令行段落。...这种做法有两点好处：当输入或输出文件较多时，通过命名，我们可以将它们进行分类；便于使用unpack() 函数，这个函数允许我们设计用于命名规则的函数； 4-使用字典和变量传递上面的步骤提示我们，snakemake

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构建可重复的单细胞数据分析流程

但是有时候重复人家的研究结论又会显得不可理喻：分析的环境，软件的版本，试剂的保质期，甚至是历史条件都会成为不可重复的原因。然而，我们仍然做着这样的努力，至少我们看到数据科学家在做着这样的努力。...那我们就看看有哪些需要考虑的：分析环境(conda，Docker) 软件版本（git）随机种子(seed) 团队写作（git）流程管理(Snakemake ) 文档材料(Rmarkdown) 整个数据分析流程的环境可以用...conda来创建和维护，分析流程可以用Snakemake 来定义各个分析规则，版本管理和团队协作可以用git来实现，而Rmarkdown可以用来集成代码/输出结果和文本注释。...用Rmark down组织脚本和结果重要结果（算法）的脚本执行代码审查同一个数据分析项目建一个单独的文件夹（Projects）文件和变量命名有规可循（代码做好时间线注释）为每个数据科学里程碑写一个...Readme 为项目建立rawdata以及过程数据文件夹建议使用相对路径为经常用到的脚本写模板在Linux下，写好一个Rmd之后，如想批量可视化某个基因集，可以用下面的代码来执行。

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snakemake 学习笔记2

一个稍微复杂的案例, 看看snakemake的用法....过程介绍 1, 安装snakemake 2, 新建文件 3, 新建一个简单的Snakemake参数文件 4, 扩展, 去关联输出文件 5, 使用全局变量, 关联文件 6, 批量运行 1, 安装snakemake...这里需要时python3, 不支持python2 pip3 install --user snakemake pyaml 2, 新建几个FASTQ文件这里, 我们新建两个配对的RNA-seq数据,...-np 参数介绍 -n 或者—dryrun, 表示只生成命令, 但是不执行命令, 可以预览一下生成的命令....-p 或者—printshellcmds, 表示将生成的shell打印出来注意: -n 不执行, 只打印命令 -p 执行, 同时打印命令(shell) 两者执行的前提是结果文件还没有生成.

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包教包会，7段代码带你玩转Python条件语句

作者：李明江张良均周东平张尚佳如需转载请联系大数据（ID：hzdashuju）通过图1，可以对条件语句的运行机制作有一个简单的了解。...input函数将接收的任何数据类型都默认为str，如果不在该代码中插入转换接收数据类型的语句，程序将无法执行。...LookupError：无效数据查询的基类 IndexError：序列中没有此索引 KeyError：映射中没有这个键 MemoryError：内存溢出异常 NameError：未声明/初始化对象 UnboundLocalError...try语句可以视为一种条件分支，与if语句的区别是try语句并不包含条件判断式，执行的流向也不取决于条件表达式，而依赖于代码块能否执行。...print('no exception') Out[9]: in IndexError except 本文摘编自《Python3智能数据分析快速入门》，经出版方授权发布。

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多条件判断场景中规则执行器的设计

return false } if (转介绍用户 || 付费用户 || 内推用户) { return true; } 复制代码按照上述的条件我们可以得出的结论是：咱们的的主要流程主要是基于 and...规则执行器针对这个需求，我首先梳理了一下咱们规则执行器大概的设计，然后我设计了一个 V1 版本和大家一起分享一下，如果大家也有这样的 case 可以给我分享留言，下面部分主要是设计和实现的流程和 code...规则执行器的设计 ?...//优点：比较简单，每个规则可以独立，将规则，数据，执行器拆分出来，调用方比较规整 //缺点：数据依赖公共传输对象 dto //1....优点：比较简单，每个规则可以独立，将规则，数据，执行器拆分出来，调用方比较规整；我在 Rule 模板类中定义 convert 方法做参数的转换这样可以能够，为特定 rule 需要的场景数据提供拓展

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数据库一些条件的执行顺序

by foo 其执行顺序应该是?...答案FROM->WHERE->GROUP BY->HAVING->SELECT->ORDER BY 分析有FROM、WHERE、GROUP BY、HAVING、聚合函数的语句， 1、先执行where...子句查找符合条件的数据； 2、使用group by 子句对数据进行分组； 3、对group by 子句形成的组运行聚集函数计算每一组的值 4、最后用having 子句去掉不符合条件的组。...where 子句的作用是在对查询结果进行分组前，将不符合where条件的行去掉，即在分组之前过滤数据； having 子句的作用是筛选满足条件的组，即在分组之后过滤数据。...ps: ORDER BY 与 LIMIT 的执行顺序：ORDER BY > LIMIT ORDER BY 与 LIMIT 的编写顺序：ORDER BY > LIMIT

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workflow03-用snakemake制作比对及变异查找流程

ps：以后直接从测序数据得到输出的Rmd 文档。想想都很爽啊！...3-编写target规则默认情况下，snakemake 会将工作流中的第一个rule 作为target，也就是将该条rule 下的output 作为snakemake 的默认输出。...，这里指定的实际上是input，而非output，如果我们在all 规则中书写的是output，则all 规则将孤立，错误的输出结果： $ snakemake -np Building DAG of jobs...-y pysam matplotlib bwa samtools bcftools snakemake graphviz 发现snakemake 也是可以直接在规则中整合使用的conda 环境的：...但从文档来看，report 作用仅仅是生成说明我的workflow 的流程记录，这里并不是很明白。既然小的测试文件成功执行了。能不能推广到DIY 如转录组在内的流程呢？

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一步到位-生信分析流程构建框架介绍

而随着高通量测序技术的不断发展，各种组学大数据正形成井喷的局面，我们越来越多地将目光聚焦在怎么才能准确、高效、低耗利用好这些数据。...Explicit framworks 这一类代表的流程有Ruffus和bpipe，它们的特点与Implicit convention frameworks不同的是，它们的执行不依赖于文件名规则，而是类似...Scripts依赖于别的任务是否完成。...Configuration-based frameworks 在这个框架中，任务之间的连接既不依赖于上下游的代码，也不依赖于文件命名规则，只仅仅需要配置文件的输入，通常这个配置文件的格式是XML、YAML...、TOML等，然后用对应的格式解释器以及执行步骤就能完成流程的分析。

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一步一步用Snakemake搭建gatk4生成正常样本的germline突变数据库的流程

Snakemake展现gatk4生成正常样本的germline突变数据库流程图这是使用gatk4生成正常样本的germline突变数据库的流程图，整个流程是用Snakemake写的，这个图片也是Snakemake...2、了解gatk4的数据预处理流程（Data pre-processing for variant discovery）和生成正常样本的germline突变数据库的流程（A step-by-step guide...Snakemake的使用 Snakemake是基于Python写的流程管理软件，我理解为一个框架。Snakemake的基本组成单位是rule，表示定义了一条规则。...我用到的文件和对应的路径（需要自己准备到服务器，测试数据和软件依赖的数据库文件） ├── sample1 │ ├── sample1.L1-B1.R1.fastq.gz │ └── sample1...读取配置文件后会将数据保存为字典，这是一个简单的示范，配置文件也可以写的复杂，比如定义每个样本所用的bed文件或不同的分析参数。

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Snakemake — 可重复数据分析框架

它旨在降低复杂数据分析的复杂性，使生物信息学工作流的创建和执行变得更加容易和可重复。...它允许用户通过简单的Python语法定义分析步骤，管理数据和代码的依赖性。Snakemake支持灵活的规则定义，可以轻松地适应各种计算环境，包括单机、集群和云。...它特别强调可重复性和透明性，通过整合软件环境和容器技术，确保分析结果的一致性。此外，Snakemake还支持并行执行和错误处理，使得大规模数据分析更高效、更可靠。...snakemake 的基本组成单位叫“规则”，即 rule；每个 rule 里面又有多个元素（input、output、run等）。工作流是根据规则定义的，这些规则定义了如何从输入文件创建输出文件。...[0])] plt.hist(quals) plt.savefig(snakemake.output[0]) 测试流程是否能跑通 ## 在snakefile所在的目录下，执行以下命令 snakemake

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workflow01-初探snakemake

snakemake 的工作流可以简单概括为：1）首先定义一些规则；2）设置需要的输出类型，snakemake 将会判断需要何种软件或流程以获得对应的输出类型。...这个规则让raw 文件夹中的测序数据作为输入，经过TrimmoMcAwesome处理后，输出到awesome 中。...我们可以仔细解读一下上面打印的snakemake 的执行过程。第一个区块展示了执行的任务数目： Building DAG of jobs......如果这样的话，岂不是每对测序数据，都需要专门写一个规则文件，使用echo 传递变量打印出来吗？但问题是，也不好修改规则啊。...因为此时，snakemake 成功地将我们指定的文件对应到了规则中的通配符位置。

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Snakemake+RMarkdown定制你的分析流程和报告

，两三次手动的分析后，开始尝试使用snakemake搭建分析流程，以及发现配合RMarkdown可以自动化分析数据然后生成对应的分析报告。...Snakemake流程 Snakemake简介 Snakemake是一个工作流引擎系统，提供了基于Python的可读性流程定义语言,可重现,可扩展的数据分析的工具和强大的执行环境，无需流程更改就可从单核环境迁移到集群...snakemake workflow 由一系列的rules 组成，每个rule为一个分析步骤，用于执行特定的功能。snakemake 流程是以输出为导向的。...，它之前上面的peak, bam 文件不要指定，因为diff_peak_result 的生成依赖于它们提前运行生成结果 conda 环境上面中通过conda 设置conda环境为".....不管ATAC-Seq或者snakemake，还是Rmarkdown网上都有许多优秀的教程，相信大家能创建出更好的流程报告来~ 参考《R数据科学》 https://snakemake.readthedocs.io

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宏转录组学习笔记（三）--通过脚本和snakemake实现自动化

好吧，请注意，quality目录是在脚本开始创建的，所有内容都在该目录中执行。...如果您运行的工作流需要4天，并且在最后更改了命令，则必须手动进入，然后运行依赖于已更改命令的内容。其次，它是非常明确的，并且不是很通用。如果要在其他RNAseq数据集上运行，则必须更改许多命令。...然后，如果snakemake再次运行，您将发现它不需要执行任何操作-所有文件都是“最新的”。添加环境在整个研讨会中，我们一直在使用conda环境。...规则中使用此环境！...但是，这是将来执行此操作的语法。其他资源今天，我们已经介绍了snakemake的一些基础知识，但是，如果您需要其他教程，可以在这里[2]添加一个。

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「Workshop」第七期：Snakemake 介绍

安装推荐使用conda创建python3环境安装 ❝conda install -c bioconda snakemake ❞ 命令与规则组成规则 rule test: input:...组成，每一个rule执行一个任务，通过不同的rule串联完成流程，snakemake还支持断点重启。...默认在当前目录下直接使用 ❝snakemake ❞ 运行当前目录下的snakefile ❝ -s 指定Snakefile， -n 不真正执行， -p 输出要执行的shell命令 -r 输出每条...提供 ❝--use-conda ❞ 解析rule中的conda规则 configfile: "samples.yaml" rule bwa: input: fa = "fastq...环境文件来执行rule 集群投递 ❝ snakemake --cluster "qsub -V -cwd -q 投递队列" -j 10 # -c CMD: 集群运行指令 # qusb -cwd -q，

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workflow05-snakemake的进阶操作一

1-指定软件使用的线程如bwa 等软件，我们可以分配多线程以提高任务的执行速度的。...执行的时候，我们需要制定--cores 参数，设置snakemake 全部任务执行时，不超过的最大线程数。...比如当bwa 规则调用了8个线程，snakemake 则会将剩下的线程分配给其他数据执行bwa 以外的线程消耗数目较少的任务。...samtools_sort 规则时，即会删除temp 下的文件。...我们需要的是排序后的bam，那之前的bam 也确实可以删除节约空间。而被protected 的文件，无论snakemake 流程如何执行（--forceall），文件始终不会被删除或覆写。

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7段代码带你玩转Python条件语句（附代码）

来源：大数据本文约5200字，建议阅读10分钟。本文介绍了Python条件语句常用的7段代码。 [ 导读 ]条件语句通过一个或多个布尔表达式的执行结果（真值或假值）决定下一步的执行方向。...如果条件表达式返回真值，则执行操作语句1；如果返回假值，则执行操作语句2。 if-else语句的形式很简单，通过条件判断的结果即可决定下一步的执行方向，具有两条分支。...input函数将接收的任何数据类型都默认为str，如果不在该代码中插入转换接收数据类型的语句，程序将无法执行。...LookupError：无效数据查询的基类 IndexError：序列中没有此索引 KeyError：映射中没有这个键 MemoryError：内存溢出异常 NameError：未声明/初始化对象 UnboundLocalError...try语句可以视为一种条件分支，与if语句的区别是try语句并不包含条件判断式，执行的流向也不取决于条件表达式，而依赖于代码块能否执行。

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【十五】python之异常处理

try的工作原理当开始一个try语句后，python就在当前程序的上下文中作标记，这样当异常出现时就可以回到这里，try子句先执行，接下来会发生什么依赖于执行时是否出现异常。...没有特定的规则，断言应该用于：防御型的编程运行时检查程序逻辑检查约定程序常量检查文档（在测试代码的时候使用断言也是可接受的，是一种很方便的单元测试方法...一个非变量的例子可能是，如果你的函数希望在它开始时有数据库的连接，并且承诺在它返回的时候仍然保持连接，这就是函数的不变量： def some_function(arg): assert not...，前置条件和后置条件是需要保持的。...建议不要用断言的场景：不要用它测试用户提供的数据不要用断言来检查你觉得在你的程序的常规使用时会出错的地方。断言是用来检查非常罕见的问题。

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python3-抛出、捕获异常

）；代码没有正确对齐 IndexError 索引错误下标索引超出序列边界，比如当x只有三个元素，却试图访问x[5] KeyError 关键字错误试图访问字典里不存在的键...中一旦检测到异常后，执行的代码块。...else：没有异常时执行 finally：无论异常与否,都会执行该模块,通常是进行清理工作 try：代码块1 代码块...如果满足断言条件，继续运行；如果不满足，抛出异常(AssertionError) ''' # 1.指定异常捕捉（单分支） try: print('========>1')...print('========>2') l = [1, 2, 3] l[100] # IndexError # 异常被捕捉，不执行try下后续代码块 print('==

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Snakemake入门

本期内容主要以整理Snakemake的简单介绍[1]视频为主。 1啥是Snakemake Snakemake 是一个基于Python3的用于构建和管理数据分析工作流程的免费工具。...当你整理好流程以后，只需简单替换几个参数，就能快速开始分析一个新的数据。 Snakemake 的另一个强大特性是它的并行处理能力。...每个规则定义了一个任务，规定了输入、输出以及执行任务所需的命令。Snakemake 可以根据这些规则自动解析依赖关系，确保任务按照正确的顺序执行，以及仅在需要时执行，从而最大程度地提高效率。...Snakefile示例入门演示现在工作路径有以下4个文件，其中.csv为数据，myplotter为绘图脚本，Snakefile为定义好规则的文件。通过运行以下命令可以生成对应PDF。 ....如果我们修改了数据，程序会识别文件的修改时间判定其为一个新文件，进而重新运行命令。 3Snakemake 参数 Snakemake的参数非常多，常用的有以下几个： -p：打印运行的shell命令。

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沉浸式体验WGBS(上游)

-甲基化芯片数据下载的多种技巧.pdf 04-甲基化芯片数据下载如何读入到R里面.pdf 05-甲基化芯片数据的一些质控指标.pdf 06-甲基化信号值矩阵差异分析哪家强.pdf 07-甲基化芯片信号值矩阵差异分析的标准代码....pdf 08-TCGA数据库的各个癌症甲基化芯片数据重新分析.pdf 09-TCGA数据库的癌症甲基化芯片数据重分析.pdf 10-TCGA数据辅助甲基化区域的功能研究.pdf 11-按基因在染色体上的顺序画差异甲基化热图...数据前期处理 2.1 aspera下载fastq数据系统性红斑狼疮数据集（双端测序，2021）数据集： GSE146410 ：GSM4384986样本 PRJNA610526 作者的处理手法：首先去数据库...，默认选择列，下载原始数据的基本信息：ENA Browser (ebi.ac.uk) # 因为在小环境snakemake下运行，选择第二个密钥 (snakemake) yulan 14:55:14...该百分比是根据以下等式为每个上下文单独计算的：应该强调的是，甲基化百分比值（context）只是在mapping步骤中直接执行的非常粗略的计算。应用后处理或过滤后的实际甲基化水平可能会有所不同。

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