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「R」绘制分组排序点图

我在看过的一些 Nature 文章和 COSMIC 数据库中看到用点图来展示不同癌症类型下 TMB 的分布差异。...在 R 包中,我有看到过 maftools 中可以绘制这样的图,用来表示新的数据队列与 TCGA 数据的比较,这也是应用于 TMB 分析。因为研究问题,我最近也想尝试使用改种图形来展示数据。...下面是一个使用示例,通过构建一个示例数据进行绘图,展示如何传入分组变量和值变量、分组标签位置、排序以及点的透明度等: set.seed(1234) data <- data.frame( yval...源代码 目前该图的实现代码如下,代码通过 https://github.com/ShixiangWang/sigminer/blob/master/R/show_group_distribution.R...难度有以下几点,感兴趣的读者不妨带着这些问题阅读源代码: 怎么对点排序,构建绘图坐标? 怎么对不同的 panel 展示不同的背景颜色?theme() 中的选项都不支持向量化,所以必须另辟蹊径。

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为什么我们的机器学习平台支持Python,而不是R

前言 免责声明:以下内容是基于作者的观察——而不是一个行业的学术调查。 有很多文章比较了Python和R在数据科学方面的相对优点。但是这并不在这篇文章的讨论范围。...虽然有些人认为R的开箱即用统计函数优于Python,而Python需要使用NumPy等第三方库,但这些差异并没有那么大的影响。 简单的事实是,R和Python都完全适合分析数据。...有些人可能特别喜欢一种语言的语法,或者可能更喜欢R的默认绘图库(ggplot2),而不是Matplotlib或其他Python选项。也有其他人会指出Python比R更具有表现力。...负责它们的人不是数据分析师,而是工程师(就职责而言,而不是头衔而言),他们使用的是软件工程师熟悉的工具和语言,比如Python。R始终是生成仪表板和报告的有效工具。...换句话说,我们为机器学习工程师而不是数据分析师建立了一个平台,这意味着我们支持Python而不是R。 ? ·END·

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    算法:使用二分查询技巧 取中间值为啥是l+(r-l)2而不是(l+r)2?

    Integer.MAX_VALUE = 2147483647 result = -1 result2 = 2147483647 结论:(left+right)/2容易导致溢出,而left+(right-left...)/2或者(l+r)/2计算结果没有区别 在负向横向轴的情况下,l+(r-l)/2或者(l+r)/2计算结果有区别,计算后的结果是以left为边界相加,因为int/2的向下取整问题,导致计算结果的值小一些...举个例子,有一个数组nums = 4, 5, 6, 7, 0, 1, 2,该数数组原本是严格递增的,但是被按照某个点旋转了一次。...在这例子中,起点当然是0了,并且我们通过观察可以发现,0的左侧满足所有的元素都大于等于nums0 = 4(性质1),而 0及其右侧元素都小于nums0 = 4(性质2)。...如果满足性质1,则说明numsmid在目标元素的左侧,此时我们将区间左端点(l)移动到mid + 1(因为此时我们可以明确的知道numsmid并不是我们需要的元素) 如果满足性质2,则说明numsmid

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    自定义View进阶路:绘制饼图

    前言 首先,附上效果图,方便大家一眼可以查看是不是自己想要的~ ? 大家看到效果了吧,要实现这个效果也不难,最重要的一点就是心中有数,那么如何做到心中有数呢?...绘制扇形并组合成圆形; * 2. 绘制中间短线; * 3....,如果还是按照之前逻辑,会导致短线以及文本显示不全或者压根显示在屏幕外侧,所以在这里,取点应该为屏幕半径的百分之70或者百分之80,这里大家明白了吗?...大家仔细观察上图,左侧有颜色填充部分绘制时角度减一,而右侧绘制角度加一,结合代码,是不是中间正好留有一角度空间?不信?那我们就试试。...嗯哼,是不是显示正常了? 六、点击事件处理 首先,回头看,文章的开头效果点击区域会稍微突出一点,那个怎么弄呢?别急。

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    一行命令画4种风羽(短线、长线、空心三角形、实心三角形)

    在一个交流群里看到有人提问,如何绘制包含四种风羽的风场图。觉得很有意思,在网上找了一些参考资料后,基于原有quiver的code做了些改动,可以通过quiver函数直接实现,效果图在最后。...代码示例 示例1 绘制一个80m/s的风羽,要求短线代表风速2m/s,长线代表风速4m/s,空心三角代表风速20m/s,实心三角代表风速50m/s。这里与默认level相同,无需修改。...50m/s的风羽,要求短线代表风速2m/s,长线代表风速4m/s,空心三角代表风速20m/s。...50m/s的风羽,要求短线代表风速2m/s,长线代表风速4m/s,实心三角代表风速20m/s。...the barbs ax = plt.subplot(2, 2, 4) ax.barbs(data['x'], data['y'], data['u'], data['v'], flagcolor='r'

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    R语言高级绘图命令(标题-颜色等)

    (x~y|z)关于z的每个数值(或数值区间)绘制x与y的二元图 interaction.plot(f1, f2, y)如果f1和f2是因子,作y的均值图,以f1的不同值作为x轴, 而f2的不同值对应不同曲线...,(x1, y1)为左下角,(x2,y2)为右上角 polygon(x, y)绘制连接各x,y坐标确定的点的多边形 legend(x, y, legend)在点(x,y)处添加图例,说明内容由legend...,type="n")绘制一个“空白”的图形, 然后用低级函数来添加点,坐标轴,标签等: 低级绘图命令 R还可以在现有图形(通过高级绘图命令绘制)的基础上增加一些额外的显示,如标题、绘制坐标轴、在特定的位置增加图形...,(x1, y1)为左下角,(x2,y2)为右上角 polygon(x, y)绘制连接各x,y坐标确定的点的多边形 legend(x, y, legend)在点(x,y)处添加图例,说明内容由legend...(-1:1, side=2, las=1, at=-1:1, line=0.2, col="blue", cex=0.9) par(opar)#恢复绘图参数 交互式绘图命令 有时需要根据用户的想法而不是数据进行绘图

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    Android 仿微信, QQ 裁剪

    主要讲解的功能点 使用说明 整体的实现思路 裁剪框的实现 图片缩放的实现,包括放大,缩小,移动,裁剪等 我们先来看看我们实现的效果图 拍照裁剪的 ? 相册裁剪的 ?...绘制长方形的话主要要确定四个点的坐标 left ,top, right, botom。...九宫格的绘制稍微繁琐一点,分三个步骤 绘制长方形边框 绘制九宫格引导线 绘制裁剪边框的是个直角 绘制长方形边框的这里就不说了,比较简单。...我们来看一下绘制九宫格引导线的 绘制竖直方向两条线 绘制水平方向两条线 private void drawGuidelines(@NonNull Canvas canvas, Rect clipRect...这篇博客主要是介绍个人认为比较重要的技术点,其他的可以自行取了解。最后,提供一下 demo 下载地址: https://github.com/gdutxiaoxu/clipimage

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    R语言高级绘图命令(标题-颜色等)

    (x~y|z)关于z的每个数值(或数值区间)绘制x与y的二元图 interaction.plot(f1, f2, y)如果f1和f2是因子,作y的均值图,以f1的不同值作为x轴, 而f2的不同值对应不同曲线...,(x1, y1)为左下角,(x2,y2)为右上角polygon(x, y)绘制连接各x,y坐标确定的点的多边形legend(x, y, legend)在点(x,y)处添加图例,说明内容由legend给定...,type="n")绘制一个“空白”的图形, 然后用低级函数来添加点,坐标轴,标签等:低级绘图命令R还可以在现有图形(通过高级绘图命令绘制)的基础上增加一些额外的显示,如标题、绘制坐标轴、在特定的位置增加图形...,(x1, y1)为左下角,(x2,y2)为右上角polygon(x, y)绘制连接各x,y坐标确定的点的多边形legend(x, y, legend)在点(x,y)处添加图例,说明内容由legend给定...mtext(-1:1, side=2, las=1, at=-1:1, line=0.2, col="blue", cex=0.9)par(opar)#恢复绘图参数 交互式绘图命令有时需要根据用户的想法而不是数据进行绘图

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    Pygame学习笔记 6 —— 3D游戏

    = float(randint(0, 479)) speed = float(randint(10, 300)) stars.append(Star(640., y, speed)) step3:绘制短线...  因为近的流星彗尾看起来更狭长,所以我们可以根据速度来绘制一条短线来表示流星。...可以使用pygaame的time库函数Clock测量时间,根据时间和速度在不同位置绘制不同长度的短线: while True: for star in stars: new_x = star.x...name__ == "__main__": run()   这里我们需要注意一个细节,我们定义了一个on_screen函数,若一个点在屏幕上则返回值为True,使用filter函数将不在屏幕的函数过滤掉,而保留屏幕上的点...  我们可以根据上面所学的,结合数学基础,可以绘制一个3D图形,关键代码如下: # 绘制点 for point in points: x, y, z = point

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    leetcode刷题(23)——11. 盛最多水的容器

    给定 n 个非负整数 a1,a2,…,an,每个数代表坐标中的一个点 (i, ai) 。在坐标内画 n 条垂直线,垂直线 i 的两个端点分别为 (i, ai) 和 (i, 0)。...[R])*(R-L)); if(height[L]R]){ L++; }else{...在每一步中,我们会找出指针所指向的两条线段形成的区域,更新 maxarea,并将指向较短线段的指针向较长线段那端移动一步。 最初我们考虑由最外围两条线段构成的区域。...如果我们试图将指向较长线段的指针向内侧移动,矩形区域的面积将受限于较短的线段而不会获得任何增加。但是,在同样的条件下,移动指向较短线段的指针尽管造成了矩形宽度的减小,但却可能会有助于面积的增大。...因为移动较短线段的指针会得到一条相对较长的线段,这可以克服由宽度减小而引起的面积减小。

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    R语言可视化及作图7--ggplot2之标签、图例和标题绘制

    ---- R语言绘图系列: R语言可视化及作图1--基础绘图(par函数,散点图,盒形图,条形图,直方图) R语言可视化及作图2--低级绘图函数 R语言可视化及作图3--图形颜色选取 R语言可视化及作图...4--qplot和ggplot2美学函数 R语言可视化及作图5--ggplot2基本要素和几何对象汇总 R语言可视化及作图6--ggplot2之点图、条形图、盒形图、直方图、线图 * 1....() #使用geom_text绘制标签散点图 使用geom_label绘制标签散点图 p+geom_label() 绘制点,并通过nudge参数对标签进行x轴和y轴上的平移 p+geom_point(...geom_text(aes(x=4,y=40),label='y==1.2+x^2',parse = TRUE,size=7) #如果parse=FAKSE,图形上显示的就直接是y == 1.2 + x^2,而不是图上的公式...Roman') 添加矩形 a= p+annotate('rect',xmin=3,xmax=4.2,ymin=12,ymax=21,alpha=.2,fill='forest green') a 添加短线段

    5.7K10

    用SeqinR包获取蛋白序列并进行比较

    "T" "L" "S" "R" "E" "E" "I" "R" "K" "L" "D" "R" "D" "L" "R" [20] "I" "L" "V" "A" "T" "N" "G" "T" "L...] "R" "S" "V" "F" "Q" "D" "T" "P" "R" "E" "E" "L" "D" "R" "C" "Q" "Y" "S" "N" [191] "D" "I" "D" "T" "...为了使简单的dotplot来表示两个序列之间的相似性,如果残基或碱基相同,则矩阵中的单个位点可以用黑色阴影,那么两条序列中匹配的序列片段显示为跨越整个矩阵的对角线。...如果两条序列中残基不一样,但又有相似的区域,那么dotplot在主对角线可能有一些短线并偏离一些距离。 也就是说,dotplot可以清晰解释两条蛋白或DNA序列之间的任何区域的相似性。...SeqinR包中的dotPlot函数可以进行绘制。 dotPlot(lepraeseq, ulceransseq) ?

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