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「R」ggplot2数据可视化

几何对象是用以呈现数据的几何图形对象，如条形、线条和点。 图形属性是几何对象的视觉属性，如x坐标和y坐标、线条颜色、点的形状等。 数值的值和图形属性之间存在着某类映射。...小面化指的是在单独、并排的图形上显示观察组。需要注意，ggplot2包在定义组或面时使用因子。 这里我们使用mtcars数据集查看分组和面，并进行绘图。 ?...分组 在R中，组通常用分类变量的水平（因子）来定义。 分组是通过ggplot2图将一个或多个带有诸如颜色、形状、填充、尺寸和线条类型的视觉特征的分组变量来完成的。...不过指导它们的存在是有用的。 修改ggplot2图形的外观 R的基础绘图中,使用par()函数或特定的画图函数的图形参数来自定义基本函数。...theme()函数中的选项可以让我们调整字体、背景、颜色和网格线等。主题可以使用一次，也可以保存起来应用到多个图中。

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R语言绘图之ggplot2

那么今天我们就为大家介绍一下目前在R语言中流行的绘图包ggplot2。 1. ggplot2的安装：install.packages("ggplot2")。...彩虹图（在连续的x值上表示y的范围，例如Tufte著名的拿破仑远征图） geom_rug 触须 geom_segment 线段 geom_smooth 平滑的条件均值 geom_step 阶梯图 geom_text...文本 geom_tile 瓦片（即一个个的小长方形或多边形） geom_vline 竖直线 统计变换函数 描述 stat_abline 添加线条，用斜率和截距表示 stat_bin 分割数据，然后绘制直方图...均匀色调 scale_identity 直接使用指定的取值，不进行标度转换 scale_linetype 用线条模式来展示不同 scale_manual 手动指定离散标度 scale_shape 用不同的形状来展示不同的数值...，需要用到统计变换 annotate：添加注释 #由于设置的文本会覆盖原来的图中对应的位置，可以改变文本的透明度或者颜色例：annotate(geom='text')会向图形添加一个单独的文本对象 annotate

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    使用R语言的clusterProfiler对葡萄做GO富集分析的简单小例子

    使用merged.combine.gtf 这个文件对每个样本计算表达量，输出文件存储到ballgown文件夹下，这一步用到的命令是 stringtie -e -B -p 8 -G merged.combined.gtf...-o ballgown/L01/L01.gtf output_bam/L01.sorted.bam image.png image.png 接下来是R语言的ballgown包读入数据获取基因和转录本的表达量...results_genes_diff dim(results_genes_diff) head(results_genes_diff) 现在有了基因id image.png image.png 接下来是使用...known_proteincoding = read_gtf("12X_protein_coding.gtf") known_proteincoding.to_csv("all_protein_coding.csv") GO富集分析的R...image.png image.png 欢迎大家关注我的公众号 小明的数据分析笔记本 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学

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    使用R语言用DNA序列做主成分分析（PCA）的简单小例子

    之前也有人在公众号 留言问过如何用DNA序列做主成分分析，当时我也不知道，但是大体有一个思路 就是先比对，然后把比对的数据转换成通常用的snp数据应该就可以了，但是也仅限于思路，完全不知道如何操作，今天坐车回家...，路上无聊，翻了一下电脑上保存的一些资料，发现了一个办法：可以借助R语言的adegenet包，用到的函数是fasta2genlight() fasta2genlight()函数的只要作用 The function...从比对好的fasta文件中提取snp数据 下面开始实际操作 adegenet这个包第一使用需要先安装，直接运行如下命令 install.packages("adegenet") 今天的推文使用的数据集是这个包的内置数据集...image.png 还可以划分不同的密码子位置 snpposi.plot(position(flu),genome.size = 1700,codon = T)+ theme_bw() ?...= 1700) 这一步的时间可能会比较长 ?

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    ggplot2_散点图

    ggplot_散点图 sunqi 2020/8/1 R 概述 散点图的绘制 拟合散点图曲线 获得示例数据 # 加载数据 # mecars是一个汽车相关的数据集 data("mtcars") mydata...添加拟合的曲线 geom_smooth()：添加一条平滑的曲线 参数：color：设置颜色 size：线的粗细 linetype:线的类型 fill: 置信区间的颜色填充 method：平滑曲线的绘制方法...geom_rug() 这个函数以前没有用到过，看帮助的意思是添加个案的识别 # 添加识别点 # 在xy轴上出现短横线用于标示个案 p + geom_point() + geom_rug() ?...# 添加颜色区别 p + geom_point(aes(color = cyl)) + geom_rug(aes(color = cyl)) ?...# 使用geom_label_repel添加文本 #这个函数给出的文本带有方框 p + geom_point(aes(color = cyl)) + geom_label_repel(aes(label

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    关于ssh命令的几个使用小技巧(r11笔记第27天)

    我想绝大多数的系统环境我还是使用ssh的方式会多一些，就这样看起来小米加步枪的工作方式，想想远离图形界面工具管理数据库也有好几年了。...因为我们使用的都是中控机器去免密码登录，所以我需要给他开通这些服务器的访问权限，看起来工作量还不小。...对于重复性的繁琐操作我很反感，没什么技术含量还耗费时间。所以我就停下来想，还有没有其他更好的方式，使用一个命令就能够搞定最好。...果然还是磨刀不误砍柴工，经过一番摸索和网络的帮助，找到了以下的几种方式。 第一种方式是使用ssh-copy-id来完成，这个是linux字典的命令行工具。...具体可以参考sskLinux命令ssh-copy-id （r10笔记第21天） 第二种方式是免脚本传输，直接在远程调用，使用管道的方式 比如 cat ~/.ssh/id_rsa.pub |ssh 10.12.1.1

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    SCI论文绘图那些事

    期刊要求 插图分辨率须符合SCI期刊要求 同篇文稿插图中的线条（描边）粗细须统一 须提交SCI期刊指定颜色模式的插图 插图文件体积须符合SCI期刊要求 编辑插图常用软件 位图编辑类：Adobe Photoshop...R语言虽然学起来有点难度，但是R语言目前已经在绘图工具中毋庸置疑占据了龙头老大的位置。很多人想学R语言而不得其门而入，可以看看我们的《R语言从入门到精通》系列。...字体：Arial或 Times New Roman（部分期刊也接受Helvetica、Courier等字体） 字体大小：大部分SCI期刊对插图中文字号的要求在 6-12 pt 之间 线条粗细及颜色...线条（描边）颜色：SCI期刊对于线条颜色没有严格规定，黑、白、灰较常见， 如非特殊，一般不建议使用彩色。...使用LZW压缩过的文件尽量不要超过10MB，如果超过10MB说明版面过大，尽量进行分拆或重新制作。

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    子弹图（条形图实现）（Bullet Chart）

    今天要跟大家分享的技巧是子弹图（Bullet Chart）在条形图中的实现！ ▽▼▽ 前一篇分享了子弹图（柱形形式）的 制作技巧，这一片接着讲解子弹图在条形图中的实现方式！...很明显软件默认输出的并非我们想要的条形图，行列位置颠倒了。 这时候需要调出选择数据菜单，互联行列位置。 ? ? 接下来的一步是，反转条形图的数据序列顺序（默认的与原数据区域是相反的）。 ? ?...同样的步骤，选择目标数据序列（Object所在的C列），更改为散点图，然后从新指定它的横轴（C列），纵轴（G列）。 ? ? 此时图表会变成如下所示的样子。 ?...删除垂直误差线，并调整水平误差线的格式、线条粗细、颜色等。 ? 插入一个垂直短线段（线条填充红色），并复制，贴入（直接选中Object序列）即可！ ?...最后修改背景中的三个序列填充颜色（general、good、excellent）（注意颜色填充为同色系不同色调的）。 ? 删除掉图表中不必要的冗余元素，修改字体、配色！ ?

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    使用R语言对SSR数据做主成分分析（PCA）的一个简单小例子

    昨天的推文介绍了使用R语言对比对后的DNA序列做主成分分析的一个简单小例子，推文下有朋友留言问如何对0,1矩阵做主成分分析（PCA）查了一下参考资料找到了一个办法 参考资料的链接 1、 https://...首先是准备数据 示例数据来自于R语言包poppr,csv文件存储，数据格式如下 ?...image.png 1 位点总数 2 样本总数 3 群体总数 4、5、6 每个群体中 的样本数以及群体名 7 是样本编号 8 是群体名称 9 是位点编号 10 是0,1型的SSR数据 R语言读入数据 使用到的是...R语言的poppr包中的read.genalex()函数poppr第一次使用需要先安装 install.packages('poppr') 读入数据 library(poppr) mydf使用ade4包中的dudi.pca()函数做主成分分析 mydf1.pca<-dudi.pca(mydf1,scannf = F,nf=2) mydf1.pca.scores

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    ggplot2散点图直方图条形图

    背景 熟悉ggplot2绘图，有一本书，可以介绍大家使用，《R数据可视化手册》第二版 https://www.bookdown.org/ 可以在上述网址中找到网页版本。...书中的例子代码： library(gcookbook) uspop colnames(uspopage) ggplot(data = uspopage,mapping = aes(x=Year,y=Thousands...data = NULL,aes(x=x))+geom_histogram(bins = 80) ggplot(data = NULL,aes(x=x))+geom_histogram(bins = 80)+geom_rug...gene_len = abs(V5-V4)+1)%>% ggplot(aes(x=gene_len))+geom_histogram(bins=80,fill='cyan',color='black') + geom_rug...大家互动交流可以前去论坛，地址在下面，复制去浏览器即可访问，弥补下公众号没有留言功能的缺憾。 bioinfoer.com 有些板块也可以预设为大家日常趣事的分享等，欢迎大家来提建议。

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    提升R语言的数据可视化效果的五个范例

    源自|一览众山小-可持续城市与交通 微信ID：SustainableCity 文|James 译|LapYeung 编辑：Ivy 当我开讲R语言课程时，开场白通常是：纽约时报的视觉部门或...我觉得，R语言制作出的图片在黑色背景下显得特别漂亮，不过，之后我们将其导入AdobeIllustrator，Oliver将一系列透明效果应用在线条上，使得线条在深蓝的背景下熠熠夺目（我们在整本书中使用了深蓝...这张图片以树形图的形式展示，矩形框的大小表示艺术家作品数量多少。可以很简单地在R语言的treemap包中使用treemap()功能来制作。...在这个例子中，R语言输出图片后，无需做太多工作，只是增加了泰晤士河、一些标签，然后优化了印刷颜色。这张地图中描绘出了几十万条线段，这也是R语言绘制海量数据能力的极佳例证。...这里最关键的是，R语言里的几行代码，节省了一天手工绘制线条的时间。

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    Matplotlib介绍及使用

    Matplotlib介绍及使用 一、介绍 Matplotlib的功能和matlab中的画图的功能十分类似。...因为matlab进行画图相对来说比较复杂，所以使用python中的Matplotlib来画图比较方便。...可以看到，plot画出的图中横坐标是list的index，纵坐标是list的value，他会在图上形成三个点，然后将点连成线，所以它形成的是折线图，因为list满足线性关系，所以形成的图像是一个直线。...这个函数的作用是，在jupyter画图中不需要每次都调用plt.show()就可以显示出图像。 ?...0x4 指定线条的风格 点线 ? 虚线 ? 改变线条颜色 ? 0x5 一个图像中绘制对个线条 指定多个坐标参数 只需要在参数指定中依次指定线条的横纵坐标进去即可：  ? 不同线条指定不同风格 ?

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    信息图表高仿——R语言仿一财经典线条比较图

    今天是一个图表高仿，对象是一财经典的半圆型线条比较图，信息主要是针对2016年天猫全球购物狂欢节的当日总销售额，为了使得比较效果更有针对性，作者使用了几个中小型体量的国家GDP总量来对比，总体来看比较生动形象...但是该图制作比较复杂，之前看到过大神们用Excel来构造半圆的路径数据进行仿制，这里小编使用R来构造曲线数据，大体思路差不多，都是构造曲线的路径数据，链接各点形成整体上的半圆线条，但是R在处理这些数据过程中...（水平轴X上的点，使用seq可以生成任意区间的等间隔点）数据并按顺序合并。...这是圆形曲线的方程式，高中学过的哦表忘了（我昨晚是问了我的室友才才确定是这么写的~_~） 曲线方程式： x^2+Y^2=R^2 Y=sqrt((R/2)^2-(X-R/2)^2) id图中数据已根据中国银行2016年11月10日发布的中间汇率美元兑换人民币汇率\n为1:6.7885进行换算",x="",y="")+ theme( panel.background

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    数据可视化有意思的小例子：使用R语言探索NBA球星库里常规赛的数据

    kaggle https://www.kaggle.com/mujinjo/stephen-curry-stats-20092021-in-nba 数据集里收集了NBA勇士队当家球星库里09-21赛季常规赛的数据...，总共是761场比赛的数据 数据来源 espn https://www.espn.com/nba/player/gamelog/_/id/3975/type/nba/year/2010 数据爬取的python...代码链接 https://www.kaggle.com/mujinjo/making-curry-stats-dataset-mjjo 选取数据 接下来的探索用到的数据集变量有 赛季 对手 胜负 命中数...table(dfa$Result) image.png 胜率高达65% 接下来看看库里面对不同对手的胜率 library(ggplot2) table(dfa$OPP,dfa$Result)...19-20赛季只出战了很少的比赛。 好了，今天的内容就暂时想到这里了，预知后事如何，请听下回分解

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    matplotlib

    ）的线条 plot(X, C, color="blue", linewidth=1.0, linestyle="-") # 绘制正弦曲线，使用绿色的、连续的、宽度为 1 （像素）的线条 plot(X,...python中使用latex,需要在文本的后面加上$,\pi会转义为pi xticks(lis,[r'$-\pi$',r'$-\pi/2$',r'$0$',r'$-\pi$',r'$-\pi$']) 后面数组中的每一个元素都与前面元素一一对应...$-\pi$',r'$-\pi/2$',r'$0$',r'$-\pi$',r'$-\pi$'])#r表示不需要转义,raw(生的)，LATEX用法，python中使用latex,需要在文本的后面加上$,...，标记的符号和线条的颜色参数的前后位置没有要求 条形图 特点： 在条形图中可以非常直观地通过位置比较比较数值大小，因为在条形图中条的高度就是数值，所以一眼就可以看出数值的高度 函数 bar(x,height...设置单位的小标,使用xticks和yticks来设置横坐标和纵坐标 14.

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    matlab plot函数详解取值范围_matlab为什么plot不出来图

    增加了线属性的设置，这些属性包括线型设置，绘制线条时是否使用标记符号以及使用什么样的标记符号，线条的颜色、粗细等等。...如果用户省略了线条样式，但制定了标记字符，则plot函数只显示标记符，但不会显示线条。 plot函数在绘制线条时，线条属性主要包括三个方面，一是线型的使用。...属性名称 含义 属性值 备注 Color 设置线条或点的颜色 [r,g,b],各颜色强度介于0~1 常用颜色可使用色彩符号进行设置 使用RGB颜色数据也可 默认蓝色 LineStyle 线型 细实线、虚点线...r,g,b],各颜色强度介于0~1 常用颜色可使用色彩符号进行设置 使用RGB颜色数据也可 默认蓝色 LineStyle 线型 细实线、虚点线、点画线、虚画线 通过线型符号设置 默认细实线...h=plot(______) 这种格式返回由图中各线条的句柄构成的列向量h，即h中的每个元素就是图中一条线的句柄，当绘制多条线时，用户可通过某条线的句柄对该线进行特定的修改。

    1.5K20

    Perl 版Circos -绘图篇-line plot绘图

    上文介绍了scatter plot绘图，相信大家对plot模块有了一定的了解。今天小编将介绍line plot 的绘图内容。...line的使用比较简单，首先大家来看看具体block图： 从图中可以很明显的看到这个” ”来定义 block，这与其他的绘图block定义是相似的，只不过是换关键词而已，...（3）max_gap 表示两个点之间最大的距离，当大于这个距离的时候不会用直线进行连接，如下图中的gap。...（4）file是展示的位置区段文件，第四列可以是SNP、Indel、GC含量以及比对read数量或密度，格式如图: （5）color 是对线条进行颜色设置。...（6）min代表绘制散点的最小值，同样的低于最小值也不会绘制出来。 （7）max代表绘制散点的最大值，超过最大值将不会绘制出来。 （8）r0代表环形内圈的值。 （9）r1代表环形外圈的值。

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    吴恩达「试镜」，重回15岁！StyleGAN大升级，图像编辑更逼真

    新智元报道 来源：reddit 编辑：小匀 【新智元导读】近日，一篇关于StyleGAN的论文引起了讨论。该技术在保留源图像人物的同时，在细节编辑上实现了更逼真的效果。...通过可识别的人物（例如下图中的塞雷娜-威廉姆斯和小罗伯特-唐尼），以及由于浓妆、造型而难以识别的面部（例如小丑）等，生成微笑、去掉胡须、各种表情pose等效果。 ?...使用在 FFHQ 数据集上训练的 StyleGAN2 生成器，作者反转来自 CelebA-HQ 测试集的图像，并使用四种不同的指标测量它们的重建。 所有指标都表明该方法具有出色的重建能力。 ?...以及使用 InterfaceGAN 和 GANSpace 编辑相同的反演方法。 ? 图片顺序为：原图、W+反转、e4e反转、W反转、PTI反转 这也是最牛的地方，实验结果能把油画和手给生成出来。 ?...参考资料： https://www.reddit.com/r/MachineLearning/comments/o6wggh/r_finally_actual_real_images_editing_using

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