R中Seurat分析中的for循环函数 - 腾讯云开发者社区 - 腾讯云

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R中的循环绘图

❝本节来介绍在 R中如何使用ggplot2结合for循环绘图并保存，下面通过一个案例来看具体操作 ❞ 加载R包 library(tidyverse) library(data.table) library...library(patchwork) 设置文件路径 file_name <- "loop_data.tsv" 读入数据 dat <- fread(file_name, sep="\t") 获取唯一的城市名称进行循环...cities = unique(dat$city) 创建一个空列表来保存创建的图 city_plots = list() 循环遍历并绘图保存 for(city_ in cities) { city_plots...".pdf"), width =3.04, height =3.10, units = "in", dpi=300) } 上面我们将每一张图都单独输出了，下面来介绍如何将其全部组合起来，分别介绍两种R包的方法

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R中的sweep函数

函数的用途 base包中的sweep函数是处理统计量的工具，一般可以结合apply()函数来使用。...函数的参数 sweep(x, MARGIN, STATS, FUN = "-", check.margin = TRUE, ...) x:即要处理的原数据集 MARGIN：对行或列，或者数列的其他维度进行操作...…… 下面我们结合几个具体的例子来看 #创建一个4行3列的矩阵 M = matrix( 1:12, ncol=3) 1.每一行都减去这一行的均值 #方法一，通过rowMeans函数来计算每一行的均值...sweep(M,1,rowMeans(M)) #方法二，通过apply函数来计算每一行的均值，MARGIN=1，对行做操作 sweep(M,1,apply(M,1,mean)) 2.每一行列都减去这一列的均值...#方法一，通过colMeans函数来计算每一列的均值 sweep(M,2,colMeans(M)) #方法二，通过apply函数来计算每一列的均值，MARGIN=2，对列做操作 sweep(M,2,

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R中循环处理多组间相关性分析

加载R包 library(tidyverse) library(readxl) library(psych) library(reshape2) library(magrittr) 导入数据 df1...group = str_replace_all(group, "[0-9]", "")) %>% select(-ID) %>% group_by(group) %>% nest() 循环整合数据...# 初始化一个空的数据框来存储结果 results_df <- data.frame(group = character(), cor = numeric...pvalue = numeric(), stringsAsFactors = FALSE) # 循环处理每一对数据集...adjust = "fdr") results_df <- rbind(results_df, data.frame( group = paste0("cor", i), cor = pp$r,

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单细胞分析｜Seurat中的跨模态整合

简介在单细胞基因组学领域，将新数据集映射到已建立的参考数据集上的能力，与读取映射工具变革基因组序列分析的方式如出一辙。...有关在R中本地运行的更多详细信息，请参见此vignette中的ATAC数据部分。...该函数旨在模仿我们的FindTransferAnchors函数，但是要识别跨模态的对应关系。...scATAC-seq数据集的无监督分析一致。...我们可以看到，预测的簇标签（来自scRNA-seq参考）与scATAC-seq数据的结构一致。然而，有些细胞类型（例如Treg）在无监督分析中似乎没有分开。

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「R」tidyverse 中的公式函数

构造数据本文为了聚焦于公式函数本身的用法，我构造的示例数据会非常的简单。...img 公式保存了创建它的环境使用到 R 的朋友几乎都用过公式，它在统计建模方面给了我们极大的方便。不过，公式相比于数值、逻辑值这些数据类型，有什么特点吗？...")=R_GlobalEnv> 从属性部分我们可以看到公式保存了创建它的环境。...基本用法假设我们要对 df 中的 x 和 y 列进行归一化处理，在不使用 scale() 函数的情况下，我们可能会手写一个函数： scale2 <- function(x) { (x - mean...在公式中，我们可以直接使用前面已经定义的变量，这里是 cfs。

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R中的替换函数gsub

R中gsub替换函数的参数如下 gsub(pattern, replacement, x, ignore.case = FALSE, perl = FALSE, fixed = FALSE,...vector举例如下： > x R Tutorial","PHP Tutorial", "HTML Tutorial") > gsub("Tutorial","Examples",x) #将...Tutorial替换成Examplers [1] "R Examples" "PHP Examples" "HTML Examples" 还有其他的一些例子来灵活使用这个函数，结合正则表达式。...，我们知道组织病理分期分成stage I，stage II，stage III和stage IV四个分期接下来我们试着把组织病理分期从四个组合并成两个组，并转换成因子我们使用gsub函数...，并转换成因子我们还是使用gsub函数 #删除组织病理学分期末尾的A，B或者C等字母，例如Stage IIIA，Stage IIIB stage=gsub("[ABCD]$","",clin$ajcc_pathologic_stage

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python中函数递归VS循环

2.函数的嵌套定义。 3.解决问题的思路以前写过的For循环举例：输出1-10所有的数字。...for i in range(1,11): print(i) 视频内容 ---- 本节知识视频教程以下开始文字讲解一、函数递归的实现函数是否可以做到类似于循环?...(n) 根据以上实际的例子，我们总结出函数递归使用的注意点：函数的自我调用。...=10*9*8*…*2*1 （此题答案在本文最后公布）二、总结强调 1.掌握递归的定义方法。 2.掌握递归的注意事项。 3.掌握递归与for循环的联系与区别。...本节代码： #for循环举例 # for i in range(1,11): # print(i) #利用函数递归来输出1-1000之间的数字 import sys #导入sys库 sys.setrecursionlimit

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「R」R 中的方差分析ANOVA

方差分析主要通过F检验来进行效果评测，若治疗方案的F检验显著，则说明检验样本组间均值不同。 ? ANOVA模型拟合从函数形式上看，ANOVA和回归方法都是广义线性模型的特例。...因此回归分析章节中提到的lm()函数也能分析ANOVA模型。不过，在这个章节中，我们基本使用aov()函数。最后，会提供了个lm()函数的例子。...此时，我们无法清晰地划分它们对因变量的影响。例如，对于双因素方差分析，若不同处理方式中的观测数不同，那么模型y ~ A*B与模型y ~ B*A的结果不同。...R中的ANOVA表的结果将评价： A对y的影响控制A时，B对y的影响控制A和B的主效应时，A与B的交互影响。一般来说，越基础性的效应需要放在表达式前面。...单因素方差分析单因素方法分析中，你感兴趣的是比较分类因子定义的两个或多个组别中的因变量均值。

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R中的线性回归分析

回归分析(regression analysis) 回归分析是研究自变量与因变量之间关系形式的分析方法，它主要是通过建立因变量Y与影响它的自变量Xi(i=1,2,3...)之间的回归模型，来预测因变量Y...的发展趋势。...简单线性回归模型 Y=a+b*X+e Y——因变量 X——自变量 a——常数项，是回归直线在纵轴上的截距 b——回归系数，是回归直线的斜率 e——随机误差，即随机因素对因变量所产生的影响...回归分析函数 lm(formula) formula：回归表达式y~x+1 lm类型的回归结果，一般使用summary函数进行查看预测函数 predic(lmModel,predictData...,level=置信度) 参数说明： lmModel：回归分析得到的模型 predictData：需要预测的值 level：置信度返回值：预测结果 data <- read.table('data.csv

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分析R中的Elasticsearch数据

使用标准R函数和您选择的开发环境，使用CDlastic JDBC Driver for Elasticsearch分析Elasticsearch数据。...您可以在任何可以安装R和Java的计算机上使用纯R脚本和标准SQL访问Elasticsearch数据。...您可以使用适用于Elasticsearch的CData JDBC驱动程序和RJDBC软件包来处理R中的远程Elasticsearch数据。...本文介绍如何使用驱动程序对Elasticsearch执行SQL查询，并通过调用标准R函数可视化Elasticsearch数据。安装R....类路径：将其设置为驱动程序JAR的位置。默认情况下，这是安装文件夹的lib子文件夹。 DBI函数（例如 dbConnect 和dbSendQuery ）提供了用于在R中写入数据访问代码的统一接口。

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R中的expand.grid() 函数

在R中，expand.grid()函数可以返回几个元素所有可能的组合，使我们免于多层遍历的苦恼。...其实这个就是我们提供的sex，age，major中的变量分别组合起来得到的，类似于，遍历三层循环得到所有的排列组合。

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R中的stack和unstack函数

我们用R做数据处理的时候，经常要对数据的格式进行变换。例如将数据框（dataframe）转换成列表（list），或者反过来将列表转换成数据框。...那么今天小编就给大家介绍一对R函数来实现这样的功能。这一对函数就叫做stack和unstack。从字面意思上来看就是堆叠和去堆叠，就像下面这张图展示的这样。...那么R里面这两个函数具体可以实现什么样的功能呢？下面这张图可以帮助大家来理解。unstack就是根据数据框的第二列的分组信息，将第一列的数据划分到各个组，是一个去堆叠的过程。...一、unstack 下面我们来看几个具体的例子例如现在我们手上有一个数据框，里面的数据来自PlantGrowth 我们可以先看看PlantGrowth 中的内容，第一列是重量，第二列是不同的处理方式...，后面小编会使用这两个函数来给大家举个真实的应用案例，敬请期待。

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R中的grep和grepl函数

在日常数据分析的过程中，我们经常需要在一个字符串或者字符串向量中查找是否包含我们要找的东西，或者向量中那几个元素包含我们要查找的内容。...这个时候我们会用到R中最常用的两个函数，grep和grepl。...其实grep这个函数也并非是R所特有的，在linux中模式匹配也用grep这个函数，前面我就给大家简单介绍过☞Linux xargs grep zgrep命令。...我们先来看看grep和grepl这两个函数的用法。这两个函数最大的区别在于grep返回找到的位置，grepl返回是否包含要查找的内容。接下来我们结合具体的例子来讲解。...☞讨论学习R的grepl函数参考资料： ☞Linux xargs grep zgrep命令 ☞讨论学习R的grepl函数

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两步法搞定：Python中的h5ad文件转为R中的seurat对象

问题来源 AnnData对象（Python中）和Seurat对象（R中）分别是两个非常流行的单细胞RNA测序数据分析框架中的核心数据结构。...有很多工具可以完成python对象adata和R中seurat对象的转换，但是很多情况下，我们使用别人提供的r包来转换都会失败，就算是seurat自带的转换r包有时候也会报错。...不支持的数据类型：某些特定的数据类型或结构可能在一个框架中有良好的支持，而在另一个框架中则不是。例如，Seurat和AnnData在处理稀疏矩阵或复杂的细胞分群信息时可能会有所不同。...通用的解决方案不管是在r中还是python中，只是数据的存储结构不同而已。但是数据本身没有变化。...pwd 第二步，在R中读取导出的数据，并创建seurat对象 cellinfo=read.csv("/home/data/t040413/heart_muscle/item1_NF_DCM_HCM/fibroblast

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在nodejs中事件循环分析

在上一篇文章在chromev8中的JavaScript事件循环分析中分析到，在chrome中的js引擎是通过执行栈和事件队列的形式来完成js的异步操作。...然而在node中，事件循环表现出的状态与浏览器中大致相同。不同的是node中有一套自己的模型。node中事件循环的实现是依靠的libuv引擎。...因此实际上node中的事件循环存在于libuv引擎中。...各阶段分析从上面这个模型中，我们可以大致分析出node中的事件循环的顺序：外部输入数据-->轮询阶段(poll)-->检查阶段(check)-->关闭事件回调阶段(close callback)--...指得是一个通过setTimeout或者setInterval函数设置的回调函数。

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「R」获取R包中的函数和对象列表

方案在一个新的 R 会话中使用 search() 可以查看默认加载的包。...#> [19] "package:datasets" "package:methods" #> [21] "Autoloads" "package:base" 以下提供的函数能够列出包中的函数和对象...showPackageContents <- function(packageName) { # 获取特定包所有内容的列表 funlist 的东西 idx <- grep("<-", funlist) if (length(idx) !...qr.resid qr.solve qr.X quarters quarters.Date quarters.POSIXt quit R_system_version R.home R.Version

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R中的自定义函数function

函数语法函数名<-function(parameters){ statemens return(expression)} printLine <- function () { print("---...-----------------------------------------"); } #函数的调用 printLine(); #错误：无参函数，有参调用 printLine("parameter...function (n) { for(i in 1:n) { print("--------------------------------------------"); } } #错误：有参函数...，实现了summary函数的加强版功能！...更多自编函数，参见Erin的自编函数整理，直接调用帮助你的数据分析工作事半功倍哦！

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巧用R中的各种排名窗口函数

函数对比 SQL中窗口函数语句中over语句中两个关键词：partition by和order by，R语言中也有与之一一对应的函数： ?...1 row_number函数 R语言中的row_number函数与sql中的row_number函数相同，对group_by后面字段进行分组，按照order_by后面字段排序，生成一个连续不重复的编码...2 min_rank函数 R语言中的min_rank函数与sql中的rank函数相同，row_number函数对order_by后面字段相同的记录编码是不同的，min_rank就是解决这个问题，对相同的记录编码相同...同样得到与sql中相同的输出结果： ? 4 ntile函数 R语言中的ntile函数与sql中的ntile函数相同，把每一组分成几块，块数由参数n决定： ?...总结简单介绍R语言中4个排名窗口函数，函数名几乎与sql中的4个排名窗口函数一样（除了min_rank与rank）,但R语言的排名窗口函数的输出结果与sql中的输出结果有点不同：R语言的数据结果不改变原来的数据顺序

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Seurat 中的数据可视化方法

本文[1]将使用从 2,700 PBMC 教程计算的 Seurat 对象来演示 Seurat 中的可视化技术。您可以从 SeuratData[2] 下载此数据集。...，所有绘图函数默认返回基于 ggplot2 的绘图，允许人们像任何其他基于 ggplot2 的绘图一样轻松捕获和操作绘图。...利用 R 的绘图库来创建交互式绘图。...例如，假设 DC 在聚类中与单核细胞合并，但我们想根据它们在 tSNE 图中的位置来了解它们的独特之处。...，Seurat 还提供了用于操作和组合绘图的新辅助功能。

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translate函数用法_fork函数在循环体中

字符消息被送到调用线程的消息队列中，在下一次线程调用函数GetMessage或PeekMessage时被读出。 ....参数： lpMsg 指向一个含有用GetMessage或PeekMessage函数从调用线程的消息队列中取得消息信息的MSG结构的指针。 ....返回值：如果消息被转换（即，字符消息被送到线程的消息队列中），返回非零值。...如果消息没有转换（即，字符消息没被送到线程的消息队列中），返回值是零。 . 备注： TranslateMessage函数不修改由参数lpMsg指向的消息。...Windows CE：Windows CE不支持扫描码或扩展键标志，因此，它不支持由TranslateMessage函数产生的WM_CHAR消息中的lKeyData参数（lParam）16-24的取值。

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