2回答
我已经尝试获得我创建的函数的多个输出 ratio_marker_out_2 = function(marker_gene, cluster_id){} } 在这里，marker_gene的长度大约是数百我想要得到marker_gene中每个基因的ratio_ou
浏览 33提问于2021-05-02得票数 0
1回答
我已经在我的Mac (Catelina)上安装了一个软件包Seurat，但是当调用这个库时，R会崩溃，并收到以下消息：
OMP:错误#15:初始化libomp.dylib，但发现libomp.dylib提示:这意味着OpenMP运行时的多个副本已经链接到程序中。这是危险的，因为它会降低性能或导致不正确的结果。最好的方法是确保只将单个OpenMP运行时链接到流程中，例如避免在任何库中静态链接OpenMP运行时。作为不安
浏览 7提问于2020-07-23得票数 2
回答已采纳
3回答
我是R的新手，并试图安装Seurat来分析我的基因组单细胞数据。但是，我想使用Seurat ()，但是在安装软件包时遇到了困难。我的行动顺序如下：
install.packages("devtools")
安装Seurat -直接从Github
浏览 3提问于2015-08-03得票数 1
2回答
我正在使用一个名为"Seurat“的R包进行单细胞RNA-Seq分析。我正在尝试将有关单个细胞样本的元数据信息添加到Seurat对象中。但下游绘图命令不起作用。我想知道是否有人知道我如何检查修改后的Seurat对象，以确认元数据已添加到正确的槽和列中。> Cells <- Whi
浏览 6提问于2017-02-17得票数 4
回答已采纳
1回答
使用字符串变量为对象槽赋值
、、、、
我有一个Seurat单细胞基因表达对象，它有槽。我想通过将meta$brain.region的值指定为一个因子来创建一个$orig.ident列。meta是我原始的元数据表。其思想是，用户只需输入原始对象的名称，此后的所有内容都将被相应地调用。用户提示：> seura
浏览 0提问于2018-08-31得票数 0
5回答
我试图使用R和Python建立一个用于数据分析的集成工作流，并遇到以下错误：
我在Ubuntu 19.04。使用木星1.0.0、Python3.7.4、R3.5.1、irkernel 1.0.2和rpy2 3.1.0运行conda环境，并通过R安装了R包Seurat。当我使用R内核创建一个木星笔记本时，我可以用library(Seurat)加载Seurat。<- as(allen, 'SingleCe
浏览 44提问于2019-10-29得票数 3
回答已采纳
1回答
我想在R中为下面的函数写一个循环：immune.0 = subset(immune, idents = ("0"))save(file='immune.3.Rdata',immune.3)
我尝试了以下方法，集群被称为从0到20的</e
浏览 0提问于2019-11-18得票数 0
我正在尝试用Seurat包中的'DoHeatmap‘函数绘制很多图。我写了一个循环，应该在每次迭代中插入新参数，但据我所知，我遇到了作用域错误。下面是一个简单的可重现的例子。library(Seurat)
DoHeatmap(object=
浏览 11提问于2020-01-14得票数 0
我正在使用新的Seurat 3软件包来分析单细胞测序数据。我已经合并了18个Seurat对象，并将单独的标识符保存在meta.data中。在使用DimPlot函数中的split.by参数绘制18个单独的UMAP时，它将按字母顺序返回一个图。它还在前三行绘制了5个UMAP，在最后一行绘制了3个UMAP。我想要画一个6乘3的网格，并能够排序的UMAP不按字母顺序。下面是我使用的
浏览 3提问于2018-12-11得票数 2
/rinterface/init.py:146: RRuntimeWarning: Error：“Seurat”的包或命名空间加载失败：.onLoad在loadNamespace()中失败，用于“hdf5r我正在虚拟conda环境中工作。启动R和运行library('Seurat')工作得很好。我使用conda安装了conda，也在R中安装了它，但是没有帮助。如果我在importr('
浏览 2提问于2019-01-02得票数 0
我正在尝试从Seurat的聚类功能产生的聚类中创建一个层次聚类树。他们的函数BuildClusterTree和PlotClusterTree基于SNN (共享最近邻)算法生成了一棵丑陋的树，这是ggplot2无法处理的。我正在尝试找出如何使用其他函数来绘制已由Seurat生成的聚类，但我不知道如何或哪个R包最有效。有人对我有什么建议吗？
浏览 2提问于2020-06-05得票数 0
我想做一个分析，在R与Seurat，但为此，我需要一个计数矩阵与读计数。但是，我想要使用的数据是在中提供的，这对于用作输入并不理想，因为我希望与使用读取计数的其他分析进行比较。
浏览 0提问于2020-03-10得票数 1
完整的seurat对象已被完全处理：paramSweep_v3()函数的DoubletFinder提供了以下输出：LoadingAttaching package: ‘spam’
The following object
浏览 45提问于2020-06-08得票数 0
回答已采纳
1回答
我用Seurat软件包分析了六个单细胞RNA-seq数据集。这6个数据集是通过每一个不同的10倍运行获得的，然后结合批处理效应-通过Seurat函数"FindIntegrationAnchors“进行校正。我合并了所有的6个数据集与批处理校正，但我也需要比较的特点“未处理”与“处理”。谢谢。
浏览 15提问于2020-07-16得票数 0
回答已采纳
我使用Seurat分析单细胞RNA-seq数据，在聚类和标记选择之后，我设法用DoHeatmap()绘制了热图，但得到了图例中出现的一堆随机字符。它们是随机字符，因为每次运行代码时它们都会发生变化。我担心这与我自己的数据集有关，所以我尝试了测试Seurat对象'ifnb‘，但仍然得到了相同的问题(参见示例图中的红色椭圆形)。example plot 我还尝试在终端中(通过readRDS)导入R中的<
浏览 57提问于2021-06-29得票数 1
1回答
在闪亮的ui中呈现多个情节
、、、、
我想做一个闪亮的应用程序，用户可以选择基因。然后他会看到那些基因的所有情节。fluidPage( selectInput("genes", "Genes:", seurat_genes是使用Seurat进行分析的数据，这是一个用于单细胞RNA-seq数据的库.因此，用户指定要查看哪些基因
浏览 1提问于2020-05-13得票数 1
回答已采纳
1回答
我正在使用Seurat执行单个单元分析，并且对导出每个集群中所有单元的数据很感兴趣。我尝试使用下面的代码，但没有成功。}
浏览 8提问于2021-03-21得票数 0
我已经处理了一个带有scRNAseq包(朱庇特笔记本)的Seurat CellTypist对象，以注释免疫细胞类型。我成功地将预测的单元格标签导出为CSV。我已将其读入R中，并希望将结果合并为Seurat对象元数据中的Idents列。但是，当我使用AddMetaData函数并查看合并的对象元数据时，所有新标签都被列出为'N/A‘(当我检查csv时，它们有正确的标签)。它们与原始<
浏览 26提问于2022-08-08得票数 1
扫码
添加站长 进交流群
领取专属 10元无门槛券
手把手带您无忧上云
相关资讯
热门标签
云服务器
ICP备案
对象存储
腾讯会议
云直播活动推荐
腾讯云开发者
