R中的系统发育:在树上工作时与在树上阅读时的不同结果
R中的系统发育是指使用R语言进行系统发育分析的过程。系统发育是生物学中研究物种间亲缘关系的一门学科，通过构建进化树（也称为系统树或谱系树）来揭示不同物种之间的演化关系。
在树上工作时与在树上阅读时的不同结果是指在进行系统发育分析时，树的构建和解读可能会产生不同的结果。这是因为构建树和解读树是两个不同的过程，涉及到不同的方法和技术。
在树上工作时，主要涉及到以下几个方面：
- 数据准备：收集物种的遗传数据，如DNA序列或蛋白质序列，并进行预处理和清洗。
- 构建进化树：使用R中的系统发育分析包（如ape、phangorn等）来构建进化树。常用的方法包括距离法、最大简约法、贝叶斯推断等。
- 树的评估：对构建的进化树进行评估，包括评估树的拟合度、支持度和稳定性等。常用的评估方法包括Bootstrap法、Jackknife法等。
- 树的可视化：使用R中的可视化包（如ggtree、phytools等）将构建的进化树可视化，以便更好地理解和解读树的结构和关系。
在树上阅读时，主要涉及到以下几个方面：
- 树的拓扑结构：树的拓扑结构反映了物种之间的亲缘关系，包括分支的长度、分支的连接方式等。
- 分支长度：分支长度表示了物种之间的进化距离或差异程度，可以用来推测物种的进化速率或演化历史。
- 分支支持度：分支支持度反映了对该分支的置信度或可靠性，常用的指标包括Bootstrap值、后验概率等。
- 进化事件：通过解读树的拓扑结构和分支长度，可以推测物种之间的进化事件，如分化、扩张、灭绝等。
R语言在系统发育分析中具有广泛的应用，它提供了丰富的系统发育分析包和可视化工具，方便研究人员进行系统发育研究。在R中进行系统发育分析的常用包括ape、phangorn、ggtree等。
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1回答
再来一次。
我再一次需要帮助。
现在，我正在研究PHYLOCOM软件，以便从不同的样本中推断出系统发育的特征。这个软件允许你计算你的物种在你的分析中是否在其他种群中表现出聚集性或过度分散。作为输入文件，您需要一个NEWICK格式的系统发育树和一个样本文件(.txt)。
我已经做了两个测试，其中一个用'ape‘包修改了R中的树：
compute.brlen(tree, main=expression(rho==10))
另一个选项是另一个'ape‘：
tree$edge.length = tree$edge.length * 10
第一个修改生成具有超度量树的输出，而第二个输出是
浏览 2提问于2013-09-13得票数 0
我正在试图上传一个名为Symonds.tre的系统发育树，它位于我的工作目录中，是.tre。
library(ape)
symondsTree <- read.tree("symonds.tre")
错误消息是：
错误在if (all(phy$node.label ==“”) phy$node.label <- NULL :缺少值时需要TRUE/FALSE )
我是否必须对标签或节点做些什么，是不是缺少了什么？谢谢你的帮助，Y
浏览 3提问于2020-05-29得票数 2
你好-我正在进行蜥蜴数据的系统发育分析。我在R中的“ape”包中导入了一棵系统发育树，其中有两种是我丢失的数据，因此我使用drop.tip函数将树数据与物种特征数据进行匹配：
tree.anole <- drop.tip(tree.anole, “Green”)
tree.anole <- drop.tip(tree.anole, “Brown”)
然而，当我尝试运行一个系统发生的gls时，我会得到一个警告/错误消息。下面是代码和发生的情况：
tree <- tree.anole
bm.anole <- corBrownian(phy=tree)
XY <- da
浏览 2提问于2015-10-19得票数 0
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我正在尝试将fasta文件(.fasta)转换为计数文件(.cf)，以便能够将其上传到IQTREE，以便用于系统发育分析。fasta文件是对齐的合并文件，是将个体排序成5个种群中的一个的映射。已附上此文件的示例。
我试过R和python，但没有取得任何成功。
浏览 6提问于2022-11-01得票数 -1
2回答
我有一个系统发育和一些数据(性状值)。我已经使用ace在caper中为所有节点重构了特征值。
我在makeNodeLabel中使用ape将重构的特征值与它们的适当节点关联起来。
我想要做的是从R导出一个包含、节点值(重构值)和提示标签(数据)的nexus文件(系统发育)。
我想使用颜色代码(在FigTree中)来表示值，但是现在我只能在节点上这样做，即提示分支没有数据，因此不能“颜色编码”。
为了做到这一点，我需要将值与提示关联起来，但我还没有弄清楚如何做到这一点。我还需要与系统发育相关的所有数据都属于“相似类别”，例如，类似于*BEAST的θ值是如何在nexus文件中编码的。
所有的帮助都是
浏览 0提问于2013-05-21得票数 1
1回答
我用软件包进行了系统发育比较分析。由于我的响应变量是二进制数据(1和0)，我使用了系统发育logistic回归。
如何绘制phyloglm的输出？我发现了一个类似的问题，，但我不明白答案。如图所示，请你提供一些关于如何绘制结果的建议。
浏览 4提问于2017-04-16得票数 2
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我是非常对R，所以我很抱歉，如果这个问题是显而易见的。我想在一个系统发育树中的分支中添加多个标签，但是我只能知道如何在每个分支中添加一个标签。我使用以下代码：
treetext = "(Japon[&&NHX:S=2],(((Al,Luteo),(Loam,(Niet,Cal))),(((Car,Bar),(Aph,Long[&&NHX:S=1],((Yam,Stig),((Zey,Semp),(A,(Hap,(This,That))))))));"
mytree <- read.nhx(textConnection(treetext))
浏览 2提问于2022-01-23得票数 0
1回答
我正在使用JSF传递元素，我想向我的Bean发送一个完整的对象，但当我这样做时，我得到的结果是空的。
我正在做这样的事情：
<f:metadata>
<f:viewParam id="id" name="id" value="#{productDetailBean.id}"/>
<f:viewAction action="#{productDetailBean.loadBook()}"/>
<form jsf:id="form" m
浏览 6提问于2016-02-24得票数 0
“phytools”R包中的phyl.vcv函数计算两个变量之间的系统发育性状方差-协方差矩阵。
我能用这个矩阵来计算一个系统发育的Pearson r值吗？如果是的话，这个r值是否可以用于t检验(使用n-2df)来检验相关性的显着性？
浏览 0提问于2017-08-23得票数 0
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我试图用Rphylopars软件包计算脂肪酸数据集和系统发育树之间的表型协方差矩阵。
我能够加载数据集和系统发育；但是，当我试图运行测试时，我会得到错误消息
类(树)中的错误<- "phylo“：尝试将属性设置为NULL”
这是测试的代码
phy <- read.tree("combined_trees.txt")
plot(phy)
phy$tip.label
FA_data <- read.csv("fatty_acid_example_data.csv", header = TRUE, na.strings = "
浏览 1提问于2021-08-30得票数 0
我想用颜色绘制一棵系统发育树，根据该树的每个分支估计的值。根据plot.phylo和phytools的各种功能，可以实现：plot.phylo(tree,edge.color=col)，但向量集必须遵循tree$edge的顺序。
问题是:我的数据包括边缘和提示，这能在一个一致的调色板中同时绘制吗？
简短的例子：
test.mod:
((a:1,b:1)a-b:1,(c:1,d:1)c-d:1)a-d;
test.data:
a 0.5
b 0.6
a-b 1
c 2.5
d 2
c-d 2.1
a-d 1.5
谢谢你，泽维尔
浏览 3提问于2014-02-28得票数 1
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我想通过RShiny上传一个系统进化树，并使用brushPoints函数允许用户选择系统发育树的提示。最终，选择的提示将被用作通过注释更新树的信息。我的想法是显示选择的提示，以确认选择，但我无法生成verbatiumTextOutput。建议
以下是我的尝试：
library(shiny)
library(ggplot2)
library(treeio)
library(ggtree)
library(tidytree)
tree <- treeio::read.newick("1509MLJF6-1.dnd")
# Define UI for applicatio
浏览 1提问于2020-01-23得票数 0
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我试着用Roary做系统发育分析。
它说：“或者，你可以使用ncbi-基因组-下载拉下FASTA文件，并将它们转换为GFF3与Prokka。”在中
我已经有了我需要的所有.fasta文件。
我应该如何将它转换成.gff3文件？
浏览 2提问于2017-01-04得票数 1
嗨，我的目标是制作一个物种丰富度的热图，并同时显示系统发育树。系统发育树在MEGA中制作，并在转换为树状图对象之前作为Newick文件输入到R中。 然而，系统发育树在输出图形中的分支长度并不相同。我可以问一下，有什么方法可以使分支长度相似吗？ 我附上了下面的代码和输出。提前谢谢你。 library(DECIPHER)
library(dendextend)
library(ape)
#Input the tree from newick file from Mega and convert into dendrogram
dend <- ReadDendrogram("VPs
浏览 67提问于2021-08-02得票数 0
1回答
系统发育相关检验
、、
我需要在两个变量之间执行相关性测试(返回r，t和p.value)，这两个变量说明了个体之间的系统发育相关结构。在R中有什么简单的方法可以做到吗？
浏览 20提问于2017-08-22得票数 2
1回答
圆型系统发生树上的节点标记
、、、、
我想要创造一个循环的系统发育树。我有这部分代码：
fit<- hclust(dist(Data[,-4]), method = "complete", members = NULL)
nclus= 3
color=c('red','blue','green')
color_list=rep(color,nclus/length(color))
clus=cutree(fit,nclus)
plot(as.phylo(fit),type='fan',tip.color=color_list[clus],la
浏览 2提问于2014-12-14得票数 4
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我希望有人能给我建议，如何利用R从Jaccard集群中获得信心间隔，我有上世纪70年代和今天四个地点的物种数据。当我运行下面的代码时，我得到了一个很好的图表，它显示了我现在的一个站点比另一个站点更接近历史。我相信人们会问关于意义的问题。我在系统发育树上看到了相似的置信区间，但我不知道如何得到这样的结果。我假设我是通过引导测试来完成这个任务的，但我不知道如何从boot()中获得结果，也不知道如何将它们放在集群图上。如有任何建议，将不胜感激。
我创建集群的代码：
historicalwo <-read.csv("/users/Victoria/Desktop/Stat Documen
浏览 1提问于2014-03-25得票数 0
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我想在R中创建二部网络。例如，如果你有一个两种类型的data.frame (只能跨物种交互，不能在物种内交互)，并且每个物种都有一个特征值(例如，捕食者的嘴巴大小允许谁吃哪个猎物物种)，我们如何基于物种的特征来模拟网络(即，两个物种只有在它们的特征值重叠的情况下才能相互作用)？
更新:这是我想要做的一个最小的例子。1)构建系统发育树；2)在系统发育树上模拟性状；3)基于物种特征值建立网络。
# packages
install.packages(c("ape","phytools"))
library(ape); library(phytools)
# Mak
浏览 2提问于2012-08-28得票数 3
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这里我们再次使用svn:mergeinfo。我已经阅读了所有关于这方面的问答，但我遇到一个似乎不在现有职位范围内的案件。我的后备箱里没有svn:mergeinfo，也就是说：
svn propget svn:mergeinfo --depth=infinity
只返回主干根部的合并信息，这很好。我创建一个分支，这个分支也很好，只在分支的根处使用svn:mergeinfo。但是，我尝试用最新的主干更新分支，如下所示：
svn merge http://xxxxx/trunk
然后，一堆文件(大约60个左右)获得svn:mergeinfo属性。请注意，以前当60个文件在主干上设置mergeinfo
浏览 0提问于2010-05-10得票数 2
问题：
我正在尝试导入newick格式的系统发育树，我以前已经这样做过，(一棵以同样的方式制作的树，所以代码工作！)然而，这棵树似乎是问题所在。我收到了一个重复的提示标签错误。如果是这样的话，有没有一种方法可以很容易地删除R中的重复提示呢？
当前代码：
library(ape)
library(geiger)
library(caper)
taxatree <- read.tree("test2.tre")
sumdata <- read.csv("ogtprop.csv")
sumdataPGLS <-data.frame(A=s
浏览 0提问于2018-07-10得票数 2
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在主坐标分析(PCoA)中，我有一个关于复特征值的问题。任何帮助都非常感谢！
的目的：在系统发育距离矩阵上执行PCoA，->在回归模型中包含排序轴，以解释植物物种间的系统发育相关性(n = 1013种)。
输入数据：一个系统发育距离矩阵，它是通过将cophenetic()函数应用于根的和经过时间校准的系统发育过程而得到的。结果是一个1013x1013矩阵，主对角线为0。输入矩阵是对称的(根据isSymmetric())，并且不包含复数(根据any(is.complex())。也没有NA。见下面一些物种的子集：
structure(c(0, 55.7063710000001, 10
浏览 3提问于2021-04-12得票数 2
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我似乎无法正确地完成编码工作。试图重现这个问题会带来更令人惊讶的结果：
真正的问题
我正在阅读的文件中，有文字的语言，包括字符，如“ā，č，š，ū”等。
比如names <- read.table("file", sep = "|", header = T)
通过调用View(names)，所有特殊字符都显示为它们应有的样子：
但是，通过调用简单的names R返回：
当我试图写这个文件时，也会出现同样的胡言乱语。这就是我想要解决的问题。有破损字符的文件不会剪掉它。
试图复制：
a <- c("Šr
浏览 1提问于2015-02-05得票数 1
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级联删除多到多自参考表
、、、、
下面的表DISPLAY_TAB是一个可以同时包含父选项卡和子选项卡的自引用表。父选项卡可以有多个子选项卡，子选项卡可以属于多个父选项卡。
我希望在主表和关系表DISPLAY_TAB_GROUPING之间建立一个级联删除关系，所以当父或子选项卡被删除时-关系也会自动删除(只是关系，而不是实际的选项卡记录)。因此，我在DISPLAY_TAB_GROUPING上为字段TAB_ID_R_1和TAB_ID_R_2表创建一个外键约束，在DISPLAY_TAB表中引用TAB_ID。它工作得很好，当我为其中一种关系添加DELETE级联时，它工作得很好，但是当我尝试这两种关系时--它会抛出一个“可能导致循环或多
浏览 3提问于2013-11-11得票数 4
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在R中，我想制作一些使用多色线条的图形，如下面的示例所示。也许我可以使用相邻放置的不同线条来做到这一点，但问题是，很难使用正确的线条宽度，以便它们完全相邻放置，中间没有任何空白(因为R图形包中线条的lwd参数不是绝对坐标)。是否有其他方法可以指定我想用两种或三种(或更多)不同的颜色来绘制一条线？(理想情况下，边角和线条封顶看起来应该没问题)
干杯，汤姆
PS我正在开发的应用程序能够绘制具有多态状态的系统发育图，如下图所示
浏览 1提问于2013-06-20得票数 3
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我在本地和GitHub上存储了一个存储库，
这个存储库用来存储我网站的内容，
在注册了一个CMS并在GitHub目录中创建了一个隐藏文件之后，我改变了主意，想要删除隐藏的文件。
我表演过
git pull origin master
为了将本地文件与GitHub上的文件同步，我在本地删除了隐藏的文件，并运行了以下命令，希望它能将最新的文件与本地目录同步。
git add *
git commit -m "Removed CMS hidden files"
git push -u origin master
然而，当我这样做时，我得到以下信息
On branch mast
浏览 3提问于2019-12-22得票数 2
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我有几个系统发育树从Newick格式导入到R中。我使用ape包用plot.phylo命令绘制树。我希望能够将提示标签的字体系列(不仅是大小(我可以使用cex，或者用col)更改为单空间。plot命令确实使用了family参数，但是当我传递family="mono"时什么都不会发生。我试着把它包含在par中，但也没有成功。
library(ape)
tr <- rtree(10)
plot(tr)
给了我同样的
plot(tr, family="mono")
我希望看到字体的改变。
编辑:字体系列规范在将图形保存到png时似乎有效，但devSVG则不行。如何
浏览 2提问于2012-03-01得票数 2
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1回答
有谁知道我如何在系统发育提示上显示字符数据，以不同颜色的几何图形表示？
我在找这样的东西：
我试过几个R包，但找不到一个简单的方法。
有什么想法吗？
谢谢!
浏览 2提问于2014-11-24得票数 1
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我使用R包ggtree来绘制系统发育树，我需要知道提示的顺序，这样我就可以结合每个提示的特定信息。当然，我可以手动记录订单，但是我有很多这样的树。而且，与树图中显示的顺序相比，tr$tip.label给出了一个不同的节点顺序。
我需要一些R脚本，可以从一个系统发育树对象得到正确的提示顺序，当R绘制树时，它应该是相同的顺序。
树：
tr$tip.label给出：
"seq6“、"seq16”、"seq12“、"seq34”、"seq5“、"seq35”、"seq41“、"seq19”、"seq22“、"seq
浏览 1提问于2016-05-12得票数 3
2回答
我使用R软件包ape绘制系统发育树。显示的一些标签对我没有直接意义(例如，"CAN"，见下面的图像)，还有一些标签重叠(如"B10“、"D1”或"D3")。这样做的目的是：(1)找到防止某些标签被显示的方法，或者(2)减小字体大小，使标签更加可读性。
下面是我用来绘制树的代码：
library(ape)
arbol <- nj(as.dist(Matrix_Distance))
plot.phylo(arbol, type = "unrooted", edge.width = 1, font
浏览 2提问于2017-08-22得票数 1
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我知道在Git，三年前我用过SVN。
我克隆了一个repo，并在不创建分支的情况下进行了本地提交。现在，我想要从master获得“获取”更改，将其与本地提交合并(如果有冲突)，并将结果推送到原点。
在SVN中，它将更新->合并->提交。对于我的情况，Git有什么相似之处？
浏览 4提问于2015-06-05得票数 1
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2回答
我有15个蛋白质序列作为fasta格式在一个文件中。我必须对它们在全局和局部对齐，然后生成一个距离分数矩阵15x15来构造树状图。
但是当我这样做时，即A序列与自身不对齐，我得到NA结果。而且，AxB给12131分，BxA给NA 12131分。因此，R不能构建系统发育树。
我该怎么办？
我在循环中使用这个脚本，但它只读一种方式：
for (i in 1:150) {
globalpwa<-pairwiseAlignment(toString(ProtDF[D[1,i],2])
,toString(ProtDF[D[2,i
浏览 3提问于2019-11-14得票数 2
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我正在使用系统功能(包装系统)进行PGLS系统发育分析，并且在解释模型输出时遇到了一些困难。
我正在运行一个具有连续(日志转换)响应变量和一个预测变量的phylolm模型，这是两个组的一个因素。当我改变参考组(从条件A到B)并重新运行相同的模型时，估计值会相应地变化，但标准误差似乎不会。新的参考组的标准错误仍然很高，我看不出组之间的差异有多大(p值表示它们是如此)。我的印象是，系统标准误差可以用一般的线性回归来解释--我错了吗？
浏览 8提问于2022-06-01得票数 0
我使用的GetX与颤振和动态改变应用程序主题通过标准的ThemeData。对于ThemeData中的属性来说，所有的功能都很好。
不过，我只是实现了抽屉小部件，并希望在DrawerHeader (类型为BoxDecoration)中以“装饰”属性为主题。我想根据选定的主题在BoxDecoration中对颜色进行主题化，但它似乎只接受常量。我还没有找到任何方法来根据主题动态地改变它。
return Drawer(
child: ListView(
padding: EdgeInsets.zero,
children: const <Widget&
浏览 4提问于2021-03-28得票数 0
我有一个数据集，其中为R中的另一列(称为索引列)的每个值列出了多个物种。我需要为每个列值提取或修剪系统发展史(从系统学中)，然后计算索引列的每个值的系统发育距离。我的数据集中有许多索引值，因此手动执行此操作是不切实际的。
示例输入数据(2列，一列用于索引，一列用于物种)：
Index Species
A ; Sp. 1
A ; Sp. 2
A ; Sp. 3
A ; Sp. 4
B ; Sp. 5
B ; Sp. 1
C ; Sp. 6
D ; Sp. 7
浏览 19提问于2019-11-08得票数 0
1回答
我使用R中的ape包来生成系统发育树。我想打印出生成的树以png格式，以便我可以管道的图像到一个网站。我似乎找不到打印生成树的命令(如果可能的话)。如有一些建议/见解，将不胜感激。
浏览 1提问于2018-04-09得票数 0
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我试图创建一个引导的系统发育树，但我不使用原始的多序列比对数据和标准评分系统，我想使用我自己创建的自定义距离矩阵。目前，我查看了，并使用以下代码使用自己的自定义距离矩阵创建了一棵树：
dm = TreeConstruction._DistanceMatrix(tfs,dmat)
treeConstructor = DistanceTreeConstructor(method = 'upgma')
upgmaTree = treeConstructor.upgma(dm)
Phylo.draw(upgmaTree)
其中，dmat是一个较低的三角形距离矩阵，而tfs是列/行的名
浏览 0提问于2016-07-25得票数 0
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当我在.NET Core3.1中运行以下代码时，我将6作为返回值。
// .NET Core 3.1
string s = "Hello\r\nworld!";
int idx = s.IndexOf("\n");
Console.WriteLine(idx);
结果：
6
但是，当我在.NET 5.0中运行这段代码时，我得到了一个不同的结果。这一切为什么要发生？
// .NET 5.0
string s = "Hello\r\nworld!";
int idx = s.IndexOf("\n");
Console.WriteLi
浏览 5提问于2020-11-14得票数 14
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我试图用包装猿在R中绘制一棵推测的桉树系统发育树。这棵树来自我从CSIRO的网站()下载的一个nexus文件()。
我得到以下错误：
> plot(euc.tr)
Error in plot.phylo(euc.tr) : tree badly conformed; cannot plot. Check the edge matrix.
我试着查看euc.tr$edge，看看是否能找到任何错误，但我很难理解矩阵中的数字应该如何与树相对应，而且我也不确定什么是“不一致”，即使在搜索了谷歌和猿手册之后。
当我打开Mesquite而不是R中的nexus文件时，我看不到关于树的任何异常。
R中的
浏览 7提问于2022-04-22得票数 2
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我试图用R绘制一个系统发育树，但是我得到了边缘矩阵的误差。我怎样才能解决这个问题？我试图更改seq值以避免出现NAs。这棵树可以用ott数字绘制得很好，但我想要一些足够体面的东西来发表。我很感谢你的帮助。
library(rncl)
library(rotl)
taxa<-c("Gastrotricha","Platyhelminthes", "Ectoprocta","Brachiopoda","Nemertea", "Mollusca","Annelida","E
浏览 8提问于2022-08-17得票数 0
1回答
我正在使用这段代码在一个".grid“中的所有元素上获得覆盖，但悬停的元素除外：
var galleryGrid = $('.grid'),
galleryImg = $('a.img-to-bg'),
galleryImgOverlay = $('.overlay-wrapper');
// Overlay on hover gallery
galleryImg.on({
mouseenter: function(){
$(this).find(galleryImgOverlay).addClas
浏览 4提问于2017-11-06得票数 0
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我使用REST对事务端点运行这样的查询：
{
"statements" : [{"statement":"MATCH (n)-[r]-(m) WHERE id(n) IN {diagramnodes} return [type(r),labels(m)] ",
"parameters" :{
"diagramnodes" : [28]
}}]
}
返回预期结果：
{
"commit": "http://myserver:7474/db/data/t
浏览 3提问于2014-09-07得票数 1
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我正在尝试为初始加载的“链接”类div加上用户稍后将添加到“linksPanelHdr”div中的任何其他类设置单击事件注册。我已经研究了关于如何做到这一点的现有SO答案，但我肯定遗漏了一些基本的东西。
使用此html：
<div class="linksPanelHdr">
<div id="171" class="link">
<span class="delButt">Delete Link</span>
<span class=&
浏览 0提问于2017-03-24得票数 0
1回答
我试图识别系统发育树中由一对节点分隔的边缘数。例如，假设内部分支1由节点22和23绑定。当然，这可以用nodelabels()和edgelabels()在视觉上完成，但是我正在用数千条提示进行系统发育，因此需要一种自动化的方法。
是否有命令将节点号与边缘号匹配？
浏览 0提问于2019-04-26得票数 1
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归一化R中的系统树
、、、、
在处理R中的系统发育树数据时(特别是在处理"phylo“或"phylo4”对象时)，规范化分支长度将很有用，以便某些分类群(进化较快的分类群)不会为树贡献过多的分支长度。这似乎在计算UniFrac值时很常见，可以在这里的讨论中找到：。(但是，我需要的不仅仅是UniFrac值)。
但是，我找不到执行此规范化步骤的函数。我已经看过类人猿，皮坎特，阿德菲罗和藻酸酶。有没有人可以给我介绍一个包含这个函数的包，或者一个让编写这类函数变得简单的包？
浏览 1提问于2011-07-27得票数 4
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我想通过从数据中提取系统发育信号来转换我的基因表达数据。我使用R包MCMCglmm。我可以将MCMCglmm应用于表达式列之一：
require(ape)
library("MCMCglmm")
expr1 <- c(5,6,5, 11,12,13, 32,33,36)
expr2 <- c(1100,1212,1333, 32,33,36, 34, 38, 49)
expr3 <- c(32,33,36, 110,120,130, 320,330,360)
animal <- seq.int(9)
popGroup <- c(rep('A
浏览 0提问于2014-06-29得票数 3
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我在这里做练习："“
我编写了一个函数来决定树是BST (返回1)还是not (返回0)，但我不确定我的代码是否完全好，我测试了BST和非BST树，它似乎正确工作。我想知道社区的意见：更新代码：
考虑一下这棵树(不是BST )：
5
/ \
2 7
/ \
1 6
我的想法是，如果2和5比较，那么1和5，如果它是好的，那么6和5，如果它是好的，那么1和2，如果它是好的，那么6和2，如果它是好的，那么5和7；如果它是好的，isBST()返回1。
节点结构：
struct node {
int data;
struct nod
浏览 3提问于2015-05-28得票数 8
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2回答
HTML：
<ul class="main_list">
<li class="list_folder">One</li>
<li class="list_folder">Two</li>
<li class="list_folder">New list <ul class="hide_list">
<li class="list_folder">New o
浏览 3提问于2012-06-21得票数 0
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3回答
是否从源安装包？
、、
我正试着在R上安装一个旧版本的系统发育包“盖革”。我在Windows XP机器上。我尝试了以下构造：
install.packages(C:\geiger_1.3-1.tar.gz, repos = NULL, type = "source")
以及我能想到的每一种排列。
有谁有什么想法吗？
Edit:返回的错误为：
Error: unexpected input in "install.packages(C:\"
浏览 0提问于2013-06-08得票数 5
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