R:如何使用调查包计算比例？ - 腾讯云开发者社区 - 腾讯云

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NST：轻松计算随机性比例的R包

今年8月份写了一篇文章介绍了normalized stochasticity ratio (NST)，可以计算随机性和确定性的比例。...终于可以愉快的使用啦~~ NST可以根据不同的相似性矩阵和不同的零模型算法，以及以前的一些指标，如Stochasticity Ratio (ST), Standard Effect Size (SES)..., modified Raup-Crick metrics (RC)等来计算。...以下对NST包中重要的函数进行简要说明： 1install.packages("NST") 2library(NST) ab.assign 在考虑丰度的零模型基础上随机化群落时，将丰度分配给物种。...comm),nrow=nrow(comm),ncol=ncol(comm),byrow=TRUE) 7comm.rand=ab.assign(comm.b,samp.ab,prob.ab) beta.g 可计算

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使用R包deconstructSigs根据已知的signature进行比例推断

对wgs数据的somatic突变文件自己推断denovo的signature，可以使用SomaticSignatures 包的identifySignatures函数，这个教程我在生信技能树分享过：使用...R包SomaticSignatures进行denovo的signature推断，比如：0元，10小时教学视频直播《跟着百度李彦宏学习肿瘤基因组测序数据分析》这个文献，研究者就是使用R包SomaticSignatures...R包SomaticSignatures进行denovo的signature推断。...首先看看教程：使用R包deconstructSigs根据已知的signature进行比例推断，的比例情况： ?...然后看看教程：使用R包SomaticSignatures进行denovo的signature推断，的比例情况； ?

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如何使用定量调查？

企业如何运行，哪些领域做得最好，如何改进流程都可以通过数据看到。然而，并非所有数据都可以轻松得到。例如，了解你的客户群和潜在客户希望从你的组织获得什么？为此，我们建议使用定量调查。...这样调查简单明了，可以回答一些对你的组织来说最基本但又至关重要的问题！图片什么是定量调查？定量调查旨在将某物量化为数字或统计值。这些可能是意见、观点、产品评论或其他不能简单地用数字表示的东西。...此外，这些调查将发送给你的现有和潜在客户，并努力改进你的组织应该提供的服务。谁负责调查？你询问谁以及询问频率最终决定了你数据的洞察力。如果你在每次购买后都向每个客户发送定量调查，你将收集大量数据。...同样，你可以监控购买习惯并分析它们如何随时间变化。然而，从客户那里获得真实数据的关键是只问你需要什么，而不是更多。耗时较长的调查会阻碍客户准确或根本不回答调查。你如何收集数据？...其次，通过电子邮件分发调查。

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「R」安装和使用 R 包

问题你想安装和使用一个 R 包。...方案如果你正在使用支持 R 的图形界面软件，应该存在通过菜单栏方式安装 R 包的选项（例如，常用的 Rstudio 中，可以点击菜单栏 Tools 中的 Install Packages… 进行 R...这里主要介绍如何用命令行来安装 R 包，如下所示： install.packages("reshape2") # reshap2为包名在一个新 R 线程中使用该包之前，你必须先导入它。...如果想要将所有已安装的软件包更新为可用的最新版本，使用以下命令： update.packages() 如果你在 Linux 系统上使用 R ，管理员可能已经在系统上安装了一些 R 包，由于普通用户没有更改权限...其他导入包也可以使用require()函数。下表显示了 R 包安装相关的命令及描述。

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按照实际比例画韦恩图的R包~eulerr

R语言里画韦恩图长用到的R包有 Venndiagram ggvenn ggVennDiagram 这几个包有一个缺点就是最终呈现的图不是按照数据集的实际比例来的。每个部分的圆或者椭圆大小都一样。...如果想要按照数据集的实际比例来，之前我尝试过Y叔的推文 https://guangchuangyu.github.io/cn/2018/04/ggvenn/ 今天又发现一个可以实现按照比例画韦恩图的R包...eulerr，推荐给大家，而且这个R包画6个以上的韦恩图也能够实现关于这个R包的一个介绍的链接 https://cran.r-project.org/web/packages/eulerr/vignettes..., "First&Second" = 5, "First&Third" = 5, "Second&Third" = 3, "First&Second&Third" = 3) 安装R包

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「R」dplyr 包使用

., wt = NULL, sort = FALSE)按照...这个列内容是否相同的进行分组，计算同一组有多少行。参数： x：数据 ......union(x, y, ...)整合出现在x数据框中或y数据框中的，去除了两个数据框中重复的部分，想要保留重复的话使用union_all() ?

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R问题｜如何本地安装R包

简介平常在各种R语言群里，总会遇到关于安装R包的问题，例如：搭载在github上的R包，由于网速（外网）原因而无法下载该怎么办？...这里小编分享下平常逼不得已才使用的“下三滥”方法——直接下载包，通过本地安装。网上好多解决方案都是基于R gui的，但现实中使用Rstudio这个IDE会更多些。...接下来以gmm包在Rstudio下安装为例：教程使用bing搜索该包，找到相应网站[1]。关键词：R包名称+R，或者可以再加上CRAN。 ?...搜索技巧：R包名称+R 找到Downloads板块，下载对应的压缩包这里以mac为例 ?...如果直接使用install.packages("")或者devtool包下载无效，则可以使用这种方法。

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【基础】R语言1：R包的使用

调出函数library() require()内置基础包basedatabase：存放数据集utils：工具函数grDevices：绘图相关graphics：R绘图函数stats：与统计相关的函数methods...：一般定义方法和类splinesstats4tcltk试例help(package"R包名称") #查看R包详情信息library(help="R包名称")ls(package:R包名称) #列出包中所有函数...data（package=R包名称）#列出包中包含的所有数据集detach(package:R包名称) #移除R包remove.package(R包名称) #卸载R包R包批量迁移installed.package...() #显示所有已安装R包

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如何在Ubuntu 18.04上使用devtools安装R包

介绍 R是一种流行的开源编程语言，专门研究统计计算和图形。它广泛用于开发统计软件和执行数据分析。R社区以不断为特定研究领域添加用户生成的包而闻名，这使其适用于许多领域。...在本教程中，我们将讨论如何安装devtools并使用它直接从GitHub安装R包。...第3步 - 从GitHub安装R包在这一步中，我们将直接从GitHub安装Shiny的最新开发版本，这是一个R的Web应用程序框架。...运行闪亮：我们将连接到R，这次是普通用户。务必输入R标题大小写。 R 接下来，我们将加载Shiny包： library("shiny") Shiny包含11个内置示例，演示了它的工作原理。...cat /usr/local/lib/R/site-library/shiny/DESCRIPTION 结论在本教程中，我们直接从GitHub安装了最新的Shiny软件包，并学习了如何从CRAN重新安装其稳定版本

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如何优雅地管理R包

using 加载R包 using函数是我写在$HOME/.Rprofile中的函数，因此每次打开R就能使用。...using的功能是一次加载多个包，并且使用了suppressPackageStartupMessages函数，因此不会显示加载包过程中的信息。...使用pak管理R包，可以从Bioconductor、CRAN、Github、本地、URL安装R包，解决了R包安装需要多个不同R包去安装的问题。...pak::local_install("CytoTRACE") 一次安装多个R包 pak::pkg_install(c("BiocNeighbors", "ComplexHeatmap", "circlize...", "NMF")) pak删除R包 pkg_remove("CytoTRACE") pak查寻依赖包只能查CRAN 或 Bioconductor的包的依赖 pak::pkg_deps("tibble

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R语言里面如何高效开发R包

以下是一些可能需要开发R包的情况：代码重用：如果你发现自己在多个项目中重复使用相同的函数或代码片段，那么将这些函数打包成R包可以使你的代码更易于管理和重用。...共享代码：如果你希望与他人共享你的代码，或者你希望你的代码能被其他人在他们的项目中使用，那么创建R包是一种有效的方法。...你可以将你的R包发布到CRAN或GitHub等平台上，使其他人可以轻松地安装和使用你的代码。...总的来说，任何时候你觉得将你的代码、数据或文档组织成一个易于安装、使用和共享的单元时，都可以考虑创建R包。 R包的基础结构呢创建一个R包并不像看起来那么复杂。...你可以通过点击"Build" -> "Install and Restart"来构建和安装你的包。以上就是使用RStudio开发R包的基本步骤。

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「R」RTCGA包安装与使用

安装在R或者Rstudio交互界面输入： source("http://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("RTCGAToolbox") Windows下...我安装时发现XML包可能需要单独安装。如果你是Linux系统，而且XML包一直安装不上，请仔细查看错误信息。...安装RTCGA工具包。...voom包和limma包的函数做这个功能分析。...更多详细信息，使用?cor.test函数获取。突变频率 getMutationRate函数计算得到一个关于每个基因突变频率的数据框。

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「R」使用reshape2包

注：现在大部分时间我们都在使用 tidyr 提供的长宽格式转换工具，比 reshape2 包提供的操作更容易理解。熔解与铸造 reshape库用一个直观的模型来描述如何操作数据表。...使用例子我们用一个例子来看一下熔解与铸造究竟是怎么回事，以体会reshape2包的有用之处。...# 使用数据展示 head(airquality) ## Ozone Solar.R Wind Temp Month Day ## 1 41 190 7.4 67 5...# 导入包 library(reshape2) md <- melt(airquality, id=c("Month", "Day")) head(md, 20) ## Month Day variable...铸造 dcast()读取已熔解的数据，并使用你提供的一个公式和一个可选的整合数据的函数将其重铸。

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如何使用Faster R-CNN来计算对象个数

作为概念的证明，Faster R-CNN网络的现有模型将被用来计算街道上的物体数量，并在文章的最后给出视频示例。挑战 ? 对于计算对象个数的问题，找到一个合适的解决方案取决于许多因素。...简单的需求，简单的解决方案在这篇文章中，我将尝试解决在街道上计算对象数量的问题，使用多个对象同时可见的示例视频。...为了我们的概念验证工作，我将使用“Faster R-CNN”的Keras实现来处理视频文件，并使用给定类的检测对象来对图像进行注释。...多年来，我们已经从使用标准的RCNN网络，通过Fast R-CNN，到Faster R-CNN，来解决我们简单的计算问题。...在测试时检测对象使用一个GPU来花费47s处理出一张图片。这主要是由于在没有共享计算的情况下，对每个对象提议进行了卷积网络的正向传递。

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如何引用R语言以及R包：文献引用

数据分析中经常使用R语言以及相关R包，写文章时就需要引用。这里介绍两种方法。 1....URL https://www.R-project.org/.12c ❞ 1.2 引用具体R包比如，这里想引用ggplot2： > citation("ggplot2") To cite ggplot2...Springer-Verlag New York, 2016. ❞ 注意：如果R包没有在引号内，会报错： > citation(ggplot2) Error in system.file(package...使用pacman更友好的形式 2.1 R语言引用「两种方法：」 p_cite() p_citation() library(pacman) p_citation() 2.2 R包引用「四种方法：...」具体的R包，可以直接写名称，也可以用引号包裹：方法1：p_cite("ggplot2") 方法2：p_cite(ggplot2) 方法3：p_citation(ggplot2) 方法4：p_citation

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Day5 r包使用

基本函数使用mutate(mtcars,gpm=1/mpg) #新增一列select(m,'mpg')select(m,1) #按序列号或数字筛选filter(m,gear > 3) #筛选行arrange

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Seurat包学习：如何查看R包函数源代码

我们很多时候都很好奇作者的r包是如何写出来的，手痒的时候就想学习一下源码，顺便改一问题来源为什么要写今天这个推文呢？...起因是因为我想使用seurat自带函数画热图，奈何这个图不是那么好看 DoHeatmap(pbmc,features = features,draw.lines = FALSE ) 于是，我想自己手动改一下这个热图..." | xargs grep -n "DoHeatmap" --color=auto 发现， DoHeatmap函数在visualization.R 和mixscape.R都出现了，感觉是visualization.R...我们接下来使用r，打开两个文件看一下看一下 file.edit('~/gzh/seurat_codes_learning/seurat-release-5.0.2/R/mixscape.R') file.edit...('~/gzh/seurat_codes_learning/seurat-release-5.0.2/R/visualization.R') 最后就顺利找到了源代码，可以看到DoHeatmap的画图功能其实来自于另外一个函数

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R相关性图如何按比例显示相关系数

今天偶然从一篇paper里看到了一张R绘制的相关性图，跟以往看到的有些不一样。这张图里面不仅展示了相关系数，并且相关系数显示的大小跟相关系数是成比例的。...先来个简单的，由简入繁 #加载corrplot包 library(corrplot) #计算相关系数矩阵 M <- cor(mtcars) #绘制对称圆圈图，显示相关系数，大小都为1 corrplot...那么这个相关系数的顺序如何确定呢？

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R语言中如何查看安装过的R包

但是R语言不一样，没有R包寸步难行，虽然用R的base包可以把程序写得像bash一样冗长无味，但我还是习惯用tidyverse系列，习惯了，毕竟R包是另一种语言，tidyverse结构的一致性，让我张口就来...下面介绍一下如何查看已经安装的R包，应用场景很多，主要就是你想在另外电脑上配置同样的环境时，直接按图索骥就行了。当然，更简单的是把包直接copy进去，安装相同的版本，直接用就行了。...下面介绍几种R包的管理，包括如何查看已经安装的R包，如何查看已经加载的R包，如何安装R包，如何删除R包，如何查看R版本，如何查看R包的版本，所谓的一答解千文，就是说的本篇呀！ 1....更新R包更新R包，用update.packages() update.packages("ggplot2") 5....查看R包版本载入R包，然后用：sessionInfor() 可以看到，ggplot2的版本是：3.3.6

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如何批量安装R语言包

为什么要批量安装R语言包当你在新的环境下，安装R语言时，你需要安装很多包，比如tidyverse，比如data.table，这里你可以写一个函数，将所有需要的包写进去，然后进行批量安装 2....编程思路将当前已经安装的包读取判断你的包是否已经安装如果没有安装, 那就安装返回安装状态, 是否安装成功 4....示例代码比如, 这里我要安装如下包, 将其写为对象packages, 然后定义函数ipak批量安装包函数, 最后使用ipk批量安装packages packages=c("tidyverse","data.table...如何运行代码将上面代码放到R语言中,运行即可安装定义的包如果想要增加新的包, 放到packages里面即可.

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