首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布
精选内容/技术社群/优惠产品,尽在小程序
立即前往

R sf & dplyr:尽管组中的类型兼容,但汇总失败

R sf是一个R语言的包,用于处理空间数据和地理信息系统(GIS)数据。它提供了用于读取、写入、转换和分析空间数据的函数和工具。

dplyr是R语言中一个强大的数据处理包,它提供了一组简洁而一致的函数,用于对数据进行过滤、选择、排序、汇总和变换。

在R中,尽管组中的类型兼容,但汇总失败可能是由于以下几个原因导致的:

  1. 数据类型不匹配:如果组中的某些列具有不同的数据类型,例如数值型和字符型,dplyr的汇总函数可能会失败。在进行汇总之前,应该确保组中的列具有一致的数据类型。
  2. 缺失值:如果组中的某些列包含缺失值,dplyr的汇总函数可能会出现问题。在进行汇总之前,应该考虑如何处理缺失值,例如通过删除包含缺失值的行或者使用适当的填充值。
  3. 数据格式错误:汇总函数在处理数据时有一定的格式要求。如果数据格式不符合要求,例如日期格式不正确或者数值列包含非数值字符,汇总函数可能会失败。在进行汇总之前,应该确保数据的格式是正确的。

总结起来,要解决"尽管组中的类型兼容,但汇总失败"的问题,可以考虑以下步骤:

  1. 确保组中的列具有一致的数据类型。
  2. 处理缺失值,可以删除包含缺失值的行或者使用适当的填充值。
  3. 确保数据的格式符合汇总函数的要求。

关于R sf和dplyr的更多信息和详细介绍,可以参考以下链接:

页面内容是否对你有帮助?
有帮助
没帮助

相关·内容

一个R语言中操纵矢量空间数据标准化工具—sf

这种方式严重影响图形绘制,阻碍其与其他同类型工具库之间兼容性。 simple feature 格式 标准目前已经被广泛采纳,但是sp包仍然习以为常将矢量空间数据强制转化为R内部对象。...基本规范 数据类型 sf主要类型如下: “sf”: 一个数据框(或者tl_df):包含一到 多个空间几何对象列(通常由一与数据框等长列表组成)、一个用于标识当前空间几何对象列(sfc类)属性...(sf_column), "sfc": 一个由一空间几何属性组成列表列 "sfg":一个空间几何列表列任一个元素(一个几何要素) "crs": 一个坐标参考系统(CRS),作为“sfc”对象性质存储...当前版本栅格数据是通过将sf对象转换为(较小)sp对象,从而使其可以兼容其中一小部分函数。...在实现sf过程,维护了几个经过良好验证概念(几何对象与属性分离),为sf创建了新连接(dplyr、ggplot2、空间数据库),并探讨了新概念(单位、空间索引等)。

4.3K51

Rdplyr 行式计算

「原文来自:dplyr 文档」 上一篇:「Rdplyr 列式计算 通常 dplyrR 更适合对列进行操作,而对行操作则显得更麻烦。...按行汇总统计 dplyr::summarise() 让一列多行统计汇总变得非常简单,当它与 rowwise() 结合时,它也可以简便地操作汇总一行多列。...如果你要考虑计算速度,寻找能够完成任务内置行式汇总函数非常值得。它们效率更高,因为它们不会将数据切分为行,然后计算统计量,最后再把结果拼起来,它们将整个数据框作为一个整体进行操作。...length(x) dplyr 就能算出 x 元素长度不是很好吗?...这不是你通常需要考虑事情(它会工作),知道什么时候出错是很有用。 分组数据框(每个恰好有一行)和行数据框(每个总是有一行)之间有一个重要区别。

6.2K20
  • R语言︱数据集分组、筛选(plit – apply – combine模式、dplyr、data.table)

    R语言︱数据集分组 大型数据集通常是高度结构化,结构使得我们可以按不同方式分组,有时候我们需要关注单个数据片断,有时需要聚合不同组内信息,并相互比较。...二、数据分组以及分组汇总 1、cut函数 b<- cut(a, 5,labels=F) #将数据平均分成5,rank=5代表大,rank=1代表小 2、aggregate函数——分组汇总 ?...(iris$setosa)] #按照照setosa大小,重排Sepal.Length数据列 四、dplyr与data.table data.table可是比dplyr以及python...(参考来源:R高效数据处理包dplyr和data.table,你选哪个?) ?...最让我在意是分组汇总这块内容: mygroup= group_by(data,gender,ID) from_dplyr<-summarize(mygroup,mean=mean(mortgage))

    20.8K32

    生信爱好者周刊(第 2 期):生信境界与道路

    先前基于深度学习方法虽然能更清晰揭示细胞异质性,捕捉转录学相似性和细胞之间差异,很难评估基因调控网络(GRN)结构或数据其他内部结构。...工具 1、datar: dplyr in python[12] 在生信分析R是很常用语言,R数据处理包,特别是tidyverse开发包,包括dplyr、tidyr、 forcats等,很受欢迎...datar将R相关包在python中进行了实现,使得python数据分析也可以用上dplyr语法。datar不仅实现了管道操作,并且尽量遵循原包API设计,对R熟悉同学很容易上手。...主题 数据高亮 5、gtsummary[16] - 准备好演示数据总结和分析结果表 gtsummary包提供了一种优雅而灵活方法来使用R编程语言创建可发布分析和汇总表。...从阅读读者可以学习安装和使用三方包、操作基础数据类型,学习数据导入、操作和可视化,学习统计分析和编写脚本等内容。

    1.4K20

    RNA-seq入门实战(三):在R里面整理表达量counts矩阵

    他前面的分享是: Counts FPKM RPKM TPM CPM 转化 获取基因有效长度N种方 下面是他对我们b站转录视频课程详细笔记 本节概览: 从featureCounts输出文件获取...一般为了对样品进行分组注释我们还需要在GEO网站下载样品Metadata信息表SraRunTable.txt,接下来就需要在R对输出结果进行操作,转化为我们想要基因表达counts矩阵。...基因ID转换 若上游采用是UCSC基因和gtf注释文件,则表达矩阵行名就是我们常见gene symbol基因名;若上游采用是gencode或ensembl基因和gtf注释文件,那么我们就需要将基因表达矩阵行名...counts矩阵 需要用到tximport包从salmon输出文件获取counts矩阵,在tximport函数输入quant.sf文件路径、转换类型type = "salmon"、以及转录本与基因名...salmon文件处理汇总 files <- list.files(pattern="*quant.<em>sf</em>",recursive=T, full.names = T); files #显示目录下所有符合要求文件

    18.4K45

    R||R语言基础(三)_R

    今天继续学习R语言基础R包使用,以R包:dplyr为例 数据准备 01 R安装 install.packages(“dplyr”) 或BiocManager::install(“dplyr”)...#务必要打引号 02 R调用/加载 library(dplyr) 或require(dplyr) #这里不用引号 部分人可能会因为镜像问题失败,解决方法https://mp.weixin.qq.com...tidyverse是一个汇总包,一包更比6包强,用于数据清洗、转换、可视化等。...4.semi_join 半连接:返回能够与y表匹配x表所有记录semi_join(类似于excelvlookup函数) semi_join(x=test1,y=test2,by='x') 5....经过这几期R语言基础,你应该能够入门R了,渐渐也要自己去学会看帮助文档,去搜报错,还记得怎么搜命令和R帮助文档吗? ?

    3.4K50

    R语言】三种批量做T检验方法

    不管是大学里面的数理与统计,还是研究生阶段生物统计学,里面都会提到t检验。 小编也给大家总结过一些统计学相关知识 ☞统计学数据分析方法汇总!...我们这里使用数据是 ☞m6a甲基化相关基因boxplot并显示p值 这篇文章中用到m6a甲基化相关16个基因在TCGA-CHOL(胆管癌)表达情况。...其实这里我们是做了16次t检验才得到每个基因p值。 首先我们把16个m6a基因得表达谱读进来,最后一列为样本类型,也是我们待会做t检验时候分组依据。...方法三、使用rstatix和reshape2 #如果没有安装dplyr,rstatix和reshape2这三个R包,先去掉下面三行#,运行进行安装 #BiocManager::install(...add_significance("p.adj") #输出result result 这样我们就可以直接将***画在图上了,具体画图方法可以参考 ☞m6a甲基化相关基因boxplot并显示p值 参考资料: ☞统计学数据分析方法汇总

    1.7K51

    从头学R语言——DAY 3

    学习资源来自生信星球RR包直接在Rstudio页面下载3大来源:官网CRAN、Biocductor、github设置镜像CRAN镜像网站可以直接在tools-global options(或快捷键...("stringr")BiocManager::install("limma")加载R包library()或require()都可以library(limma)dplyrdplyr作为tidyverse...核心包之一,主要用于数据转换。...因为用ggplot等进行可视化,必须要求数据格式完全符合要求,这种情况极其罕见,所以我们需要dplyr来转换数据。...,是变量类型:int:整数型变量dbl:双精度浮点数型变量,即实数chr:字符串dttm:日期+时间型变量lgl:逻辑型变量fct:因子,R具有固定数目的值分类变量date:日期型变量深刻感受不同连接区别存疑问题

    8410

    R语言数据清洗实战——高效list解析方案

    list是R语言中包容性最强数据对象,几乎可以容乃所有的其他数据类型。 但是包容性最强也也意味着他对于内部子对象类型限制最少,甚至内部可以存在递归结构,这样给我们提取数据带来了很大困难。...不过这些数据结构因为用途比较特殊,都有对应包来进行结构化处理(我们无须担心),rgdal可以很好识别sp对象,sf包可以高效处理sf对象。...当然已经有好几个成熟json结构包来进行json与R内置数据类型转化,但是除非结构非常规整,否则仍然严重依赖lsit处理。...虽然索引函数能够达到目的与list.map类似,但是两者设计初衷是不一样,list.select可以完全类比dplyrselect函数。...如果你打算入手noSQL,那么R语言中list就是很好地对标工具(Python也许是dict吧)。 至于更为详细rlist操纵技巧,请参考起官方文档或者任坤老师主页!!!

    2.5K40

    R」数据操作(五):dplyr 介绍与数据过滤

    ## lag(): dplyr, stats 注意一下你导入tidyverse包时给出冲突信息(Conflicts),它告诉你dplyr覆盖了R基础包函数。...输出显示不同原因是这个数据集是一个Tibble。Tibbles都是数据框data.frame,经过改良以便于更好(在tidyverse生态)工作。...它们描述了每个变量类型: int代表整数 dbl代表浮点数或者实数 chr代表字符向量或者字符串 dttm代表日期-时间 还有其他三种数据类型在本部分不会使用到,后续我们会接触: lgl代表逻辑向量...,只含TRUE和FALSE fctr代表因子,R用它来代表含固定可能值分类变量 date代表日期 dplyr基础 这部分我们学习5个关键dplyr函数,它可以让我们解决遇到大部分数据操作问题:...() 这些函数都可以通过group_by()衔接起来,该函数改变上述每个函数作用域,从操作整个数据集到按操作。

    2.5K11

    dplyr-cli:在Linux Terminal上直接执行dplyr

    熟悉R朋友都会知道, dplyr包是对原始数据集进行清洗、整理以及变换有力武器之一。但是其使用会局限于你需要有打开R/R studio或者通过R脚本来执行 dplyr。...dplyr-cli设计初衷就是让我们能够方便快速在不打开R情况下,在命令行运行 dplyr,处理csv文件。...使用 {littler}在终端CSV文件上运行dplyr命令。...尽管R可以在批处理模式下使用,r二进制文件完全支持'shebang'样式脚本(即在脚本第一行中使用hash-mark-exclamation-path表达式)以及在标准Unix管道。...目前不足: 仅在 OSX和 YMMVbash下测试过 每个命令实质是在单独R运行 安装 虽然 dply-cli是可以直接在命令行中直接使用,但是其执行时候还是会依赖到R包。

    2.1K10

    “疫”外收获-nCov2019全球疫情之南丁格尔玫瑰图

    R语言包,简直太厉害了!...today_gb1其实就相当于我们在excel中将today这个一维数据列表根据cum_confirm列数据信息转变为二维数据列表,这个二维数据是将cum_confirm数值一样country进行汇总...尽管代码运行,发现Cairo能够安装成功,但是library加载时却失败,倘若盆友知道原因,可以留言告知,谢谢!....尽管,安装Cairo包失败仍想附上使用代码,万一哪天就成功了呢?...此次代码运行南丁格尔玫瑰图是通过学习张杰编著R语言数据可视化之美专业图表绘制指南》代码绘制,尽管外观和人民日报图差别有点大,特别是图中数据显示(采用四舍五入法)、扇形角度、geom_bar(

    1.7K51

    R语言数据处理:飞机航行距离与到达延误时间有什么关系??

    数据分析有一半以上时间会花在对原始数据整理及变换上,包括选取特定分析变量、汇总并筛选满足条件数据、排序、加工处理原始变量并生成新变量、以及分组汇总数据等等。...而本文介绍dplyr包简直就是Hadley Wickham (ggplot2包作者,被称作“一个改变R的人”)大神为我们提供“数据再加工”神器啊。...包,该软件包飞机航班数据将用于本文中dplyr包相关函数演示。...2.3 删除缺失数据 我们采用dplyrfilter()函数,进行缺失数据删除。脚本输入代码: myFlights <- filter(myFlights,!...3.2 应用函数及组合结果 我们使用dplyrsummarize()函数,进行数据统计指标的获取及组合。计算出不同目的地平行航行距离以及平均延误时间。

    3.1K40

    整合单细胞和空转数据多种方法之R包semla

    这里将高变基因数量设置得非常高,因为稍后我们将对单细胞数据高变基因与10x Visium数据高变基因取交集。 由于NNLS算法运行非常快,因此不需要像常规处理那样只取2000个高变基因。...相反,我们可以使用在单细胞和10x Visium数据存在交集所有基因。...,但是可以看到NNSL计算得到每种细胞类型结果区间(区间比较大)均大于cell2location算法结果区间。...通过计算不同细胞类型之间成对相关性,我们可以了解哪些细胞类型经常出现在相同spot上: cor_matrix <- FetchData(semla.data, selected_celltypes)...R包semla还提供了一些额外可视化方案,NNLS解卷积算法精确度尚待进一步探讨(特别是需要和其他解卷积算法进行benchmark分析)。

    38410

    贝叶斯地理统计模型R-INLA-1

    贝叶斯地理统计模型INLA 本次博客主要讲述如何使用R-INLA软件进行空间分析,通过随机嵌套偏微分方程方法和集成嵌套Laplace渐进法可为潜在高斯随机场模型边际分布提供准确而有效估计。...简述 空间自相关是地理研究涉及到普遍问题。Tobler第一地理定律: “所有事物都与其他事物有关,附近事物比远处事物更相关。”...::filter(ID %in% id ) train=df_rain %>% dplyr::filter(!...注意这里name是w,可以写成spatial feild,意思是每个点对应空间效应。在这种情况下,我们空间数据全部在一。...2.4 Stack data 在2.1,我们告知R-INLA我们在网格哪些顶点具有采样位置,这给了我们投影仪矩阵A.test。 在第2.2节,我们定义了SPDE模型。

    1.7K20

    rgdal包readOGR使用

    1R语言地图数据分类 R语言使用ggplot2作图,所支持地图数据对象主要包括两类 sp: SpatialPolygonDataFrame sf: Simple feature list column...SF数据特点 最大特点hi是,他将每一个行政区划所对应几何边界点封装成一个list对象,这条记录就像其他普通文本记录一样,被排列在对应行政区划描述单元 使用sfst_read()函数导入空间数据对象完全是一个整齐数据结构...,这些行列包括了描述层和几何多边形边界点信息。...SF对象我们只需要指定一次合并即可,即将描述层和你分析数据合并,使用sf::st_read()函数读取数据即可得到SF数据对象,其为data.frame对象类型。...image.png 2使用readOGR读取shp绘制地图 library(rgdal) #提供readOGR()函数 library(ggplot2) library(dplyr) p<-choose.files

    5.7K20

    空间数据可视化与simple future模型应用

    Polygon/MutiPolygons应用其实就是数据地图模型新拓展,在R语言ggplot2使用geom_polygon图层函数制作数据地图,需要使用基于sp包 SpatialPolygonsDataFrame...") library('dplyr') library("sf") 1、素材导入: china_map3 <- st_read("D:/R/mapdata/State/china.geojson",stringsAsFactors...simple feature结构是空间数据结构模型新型标准,它简洁易懂,便于存储,和诸多开源工具都有api结构,具备良好扩展性和兼容性,实乃空间可视化福音,本篇文章仅仅就其中基础应用部分做了案例分享...参考资料: R——sf: https://r-spatial.github.io/sf/ https://r-spatial.github.io/sf/articles/sf1.html https:/.../r-spatial.github.io/sf/articles/sf2.html https://r-spatial.github.io/sf/articles/sf3.html http://ggplot2

    1.3K31

    数据流编程教程:R语言与DataFrame

    其中最亮眼是,RDataFrame和数据库之前可以以整个数据框插入形式插入数据而不需要再拼接SQL语句。 以下是一个官方文档示例: 三....清洁数据在数据处理后续流程十分重要,比如数据变化(dplyr),可视化(ggplot2/ggvis)以及数据建模等。...此外,purrr引入了静态类型,来解决原生apply函数族类型系统不稳定情况。 我遇到过一个非常头疼apply函数问题:apply内表达式计算结果不一致。...数据建模 broom 1. broom 在机器学习本质其实就是各种姿势回归,而在R各种回归分析往往不会返回一个整齐data frame 结果。...data.table完美兼容data.frame,这意味着之前对data.frame操作我们可以完全保留,并且支持更多方便数据操作方法。

    3.9K120

    扫码

    添加站长 进交流群

    领取专属 10元无门槛券

    手把手带您无忧上云

    扫码加入开发者社群

    相关资讯

    热门标签

    活动推荐

      运营活动

      活动名称
      广告关闭
      领券