今天又有小伙伴微信问我perl模块安装的问题，因为ENSEMBL发布的大多数数据库以及软件都是基于perl的，尤其是分量很重的VEP，所以即使你再如何如何的讨厌perl，也不得不与之打交道。 这种细节问题问我，我当然无法直接给出答案咯。毕竟，我的知识积累都不是靠死记硬背的。所以需要取回过头查看一下我的博客，才意识到，我竟然已经写了7篇教程，关于perl的模块。目录如下： ubuntu服务器解决方案第七讲-perl安装模块 Perl用cpan在linux上面安装模块 Perl及R及python模块碎碎念 pe
Perl5是一种全功能的编程语言。它用于所有类型的生产项目，包括世界各地的商业业务系统。Perlbrew是Perl5的安装和版本切换工具，您可以安装，删除，并在之间切换Perl版本。
为了更加方便、快捷的实现某些功能，Perl拥有很多其他的控制结构，这些结构也许不是必需的，但可以使程序更加简洁和具有逻辑性。
Perl是一种高效、功能强大的脚本语言，自20世纪80年代以来在系统管理、文本处理和Web开发领域得到了广泛应用。作为一门灵活且成熟的语言，Perl以其简洁的语法、丰富的模块库和强大的正则表达式支持著称。本文将详细介绍Perl的基本概念、语法特点、常用模块以及实战应用，帮助读者快速入门并掌握这门语言。
circos对于小伙伴们应该都不会陌生，现在应用场景非常的广泛。小编在工作的时候也为了做出惊艳的circos曾大伤脑筋。为了能够让小伙伴们不再做重复性的基础工作，小编系统的整理分享perlcircos 的安装、配置和使用。perl 版本的circos 是Martin Krzywinski在2009年发表在Genome Research 上的一篇题为“Circos: An information aesthetic for comparative genomics”开发的软件。从发表到今天（2019/05/03）引用次数竟高达4296次。很多作图都是非常好看，甚至让人惊艳的。下边小编从官网转过来一些，请大家鉴赏。
Perl，全称为“Practical Extraction and Report Language”，是一种功能强大的编程语言，广泛应用于文本处理、系统管理、网络编程、CGI编程以及生物信息学等多个领域。其灵活性和丰富的内置功能库使得Perl成为解决复杂问题时的首选工具之一。本文旨在为初学者提供一个Perl语言入门学习的概览，包括Perl的基本语法、变量与数据类型、控制结构、函数与模块、以及如何在实践中应用Perl。
Perl是典型的脚本语言，短小精悍，非常容易上手，尤其适合处理文本，数据，以及系统管理。它在老一辈的生物信息学分析人员中非常流行，出于历史遗留原因大家肯定会或多或少地接触 Perl，即使你再怎么推崇P
在调试 Perl 测试程序时，常常需要在测试路劲执行 Perl 脚本，相应的 .pm 模块测试程序也需并不在 Perl 默认的模块路径下，使用以下语句即可指定模块检索路径。
# 包名 use Cow; Cow->speek; # 变量 my $beast = 'Cow'; $beast->speek;
今天在搭建MySQL MHA 安装MHA node所需的perl模块（DBD:mysql）时遇到了一个小的错误，如果思路不对的话，还是产生不少麻烦。
pt-kill 是 Percona Toolkit 中的一个工具，用于 kill MySQL 的连接。它的参数包括：
linux的发行版非常多，其实本质上差别不大，哪怕是mac的OS应该是也是同样的管理操作模式。以下针对于ubuntu适用，当然ubuntu本身也有版本的区别，目前是16，我下面的操作是在12上进行的。 java1.7.0_03的安装 1、JDK官网上 http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/index.html选择 2、将打开终端，建立目录： Sudo mkdir /usr/lib/java 3、将下载的jdk-7u3-linux-i5
网络爬虫是一种强大的工具，用于从互联网上收集和提取数据。Perl 作为一种功能强大的脚本语言，提供了丰富的工具和库，使得编写的爬虫程序变得简单而灵活。在使用的过程中大家会遇到一些问题，本文将通过问答方式，解答一些关于使用 Perl 脚本编写爬虫程序的常见技术问题。
B. 当IIS中的ASP仅用于后台，同时使用人数较少.前台页面主要以HTML静态页面展示，ASP用来做的事情较少，本身对系统的负担很轻
1、安装支持模块 sudo yum install curl-devel expat-devel gettext-devel openssl-devel zlib-devel autoconf Ubuntu: #sudo apt-get install libcurl4-gnutls-dev libexpat1-dev gettext libz-dev libssl-dev 如果需要（如 doc, html, info）则继续安装下面的模块 sudo yum install asciidoc xmlto
图 1. Webmin 配置屏幕 用户也可以使用 Webmin有一个图标用来配置可选的 Usermin 软件包,这个软件包提供了一个基于 Web 的工具,用户可以借助它完成修改密码、管理系统邮件等任务。使用 Usermin 不能访问系统配置文件。Usermin 和 Webmin 都将是免费的产品。 System 窗体可以进行操作系统的总体配置。在这里,您可以配置文件系统、用户、组和系统通常的引导行为。您可以控制系统中运行的服务,通过选择 Bootup 和 Shutdown 图标来决定它们是否自动启动。不过,对那些服务的具体配置是由 Servers 窗体完成的。尤其要注意“Software Package”工具,它可以方便地查看您系统中已经安装的软件包,以及到发行版本升级库和 rpmfind.net 的接口,rpmfind.net 是 Internet 上的一个公用的 RPM 库。 Servers 窗体可以对您可能会在系统中运行的各个服务进行配置。BIND 和 DHCP 工具非常便捷。同时 Samba 工具也很好用,可以为 Windows 和其他客户机配置文件和打印机的共享。SMTP 服务器 Sendmail 以其极复杂的配置文件而出名。Webmin Sendmail 工具同样为您解决了这一问题。
下载： http://mirrors.kernel.org/gnu/m4/m4-1.4.13.tar.gz 拷贝到centos系统上，并解压：
不必太纠结于当下，也不必太忧虑未来，当你经历过一些事情的时候，眼前的风景已经和从前不一样了。——村上春树
OpenResty 是一个基于 Nginx 与 Lua 的高性能 Web 平台，其内部集成了大量精良的 Lua 库、第三方模块以及大多数的依赖项。用于方便地搭建能够处理超高并发、扩展性极高的动态 Web 应用、Web 服务和动态网关。
Perl 是一种功能丰富的计算机程序语言，运行在超过 100 种计算机平台上，适用广泛，从大型机到便携设备，从快速原型创建到大规模可扩展开发。在生物信息分析领域，Perl 主要是做数据预处理、文本处理和格式转换、对算法效率要求不高的分析软件开发，系统管理和 pipeline 搭建等工作。这里对 Linux（主要是 CentOS）、Windows 下 Perl 的安装做一个备忘。
你可能已经是个PHP的老手了，写了很多非常棒的代码。但是，如果你现在要把它们加入到你现在的项目中去，是否有些吃力？你的朋友想使用你的代码作为他的项目中的一个模块，但是你发现你们使用了截然不同的编码风格，让他适应，甚至不如重写一个！ 请跟我来，使用PEAR标准编写你的PHP程序吧，你的程序将会拥有更大的活力，你的程序和代码将会很方便地和其他高手的代码融合在一起，PEAR就象CPAN对于PERL一样，会让PHP产生更高的能量。 什么是ＰＥＡＲ ＰＥＡＲ是ＰＨＰ扩展与应用库（the PHP Extension a
CentOS-6.4-minimal版中源码安装Apache-2.2.29 ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 源码安装软件时常见的三个步骤 1)配置环境:通常命令为./configure --prefix=DIR(即指定软件安装目录),如果还想启用其它功能,可在后面接着添加指令 比如下面的--enable-ssl用于启用Apache的SSL模块 若不想使用操作系统缺省的SSL库,还可通过--with-ssl=DIR指定自己编译的SSL库 2)编译源码:通常命令为make 3)安装应用:通常命令为make install ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 注意事项 1)httpd-2.2.29目录下的configure工具是GNU软件基金会推出的专门用于源码发布的工具 2)配置环境时若出现这个错误[configure: error: no acceptable C compiler found in $PATH],是说明缺少GCC编译环境 这时执行[yum -y install gcc]命令安装编译源码所需的工具和库就可以了 3)执行yum命令时若出现这个错误[Error: database disk image is malformed],是说明yum的缓存出错,需要清理缓存 这时执行[yum clean dbcache]命令即可 4)配置环境时configure的主要工作就是生成Makefile,编译源码时的make命令就是根据Makefile来进行编译的 5)最好以root安装和启动Apache,以root运行之后,apache就会把它的派生进程切换到非root用户 ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 安装Perl5 [root@CentOS64 software]# yum -y install wget [root@CentOS64 software]# wget http://www.cpan.org/src/5.0/perl-5.20.1.tar.gz [root@CentOS64 software]# tar zxvf perl-5.20.1.tar.gz [root@CentOS64 software]# cd perl-5.20.1 [root@CentOS64 perl-5.20.1]# ./Configure -des -Dprefix=/app/perl [root@CentOS64 perl-5.20.1]# make [root@CentOS64 perl-5.20.1]# make install [root@CentOS64 perl-5.20.1]# perl -v ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 安装OpenSSL [root@CentOS64 software]# tar zxvf openssl-1.0.1i.tar.gz [root@CentOS64 software]# cd openssl-1.0.1i [root@CentOS64 openssl-1.0.1i]# ./config --prefix=/app/openssl [root@CentOS64 openssl-1.0.1i]# make [root@CentOS64 openssl-1.0.1i]# make install [root@CentOS64 openssl-1.0.1i]# /app/openssl/bin/openssl version ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 安装Apache [root@CentOS64 software]# tar z
仅用于调试或开发调整时的 Perl 代码块有时会很有用。这很好，但是这样的代码块可能会对性能产生很大的影响, 尤其是在运行时才决定是否执行它。
Perl是一种通用的高级开源编程语言，具有简洁易读的语法，可用于完成各种任务，从处理文本文件到语音识别。它具有出色的文本处理能力，可用于文本操作、基于正则表达式的模式匹配、原地文件编辑、日志文件分析以及将文件转换为PDF、HTML或XML格式。Perl还可用于编写通用网关接口（CGI）程序，因为它可以处理二进制文件。
'urllist' => [q[http://mirrors.ustc.edu.cn/CPAN/]],
在《python的数据类型（三）：字符串》中已经介绍过一些字符串的处理函数，先来一起回顾一下，见下图，不记得的同学可以点击链接看看。
PEAR是PHP扩展与应用库（thePHPExtensionandApplicationPHP
OTRS是一个开源的票证请求系统。它为用户，客户，IT人员，IT服务和任何外部组织提供单点联系。该程序是用Perl编写的，支持各种数据库（MySQL，PostgreSQL等），并且可以与LDAP目录集成。
nginx是一款非常好用的反向代理服务器，web服务器，很多人都在使用nginx作为网络服务器，要知其然还要知所以然，所以源码安装是一切实践的基础，让我们动手搞起来。
程序设计语言通常不构成安全风险，风险是由程序员带来的。几乎每种语言都有某些缺陷，这些缺陷在某种程度上可能有助于创建不安全的软件，但软件的整体安全性仍然在很大程度上取决于开发者的安全意识。Perl也有安全“陷阱”，然而大多数Perl程序员并不了解这些陷阱。
今天在CentOS 7上安装MySQL时，遇到如下错误： [mysql@mysql01 mysqlc]$ scripts/mysql_install_db --no-defaults --datadir=/mysql/my_cluster/mysqld_data/ FATAL ERROR: please install the following Perl modules before executing scripts/mysql_install_db: Data::Dumper 要想解决此错误，需要用以
数值的比较操作符其含义与使用与数学中相同，而字符串的比较操作符则会对字符串从左到右进行一一对比，参照的是字符在ASCII编码或拓展到Unicode编码中的顺序（参照sort操作符），比较操作符会返回真（true）或假（false），如下所示：
在 Linux 中，你可以使用多种命令来统计文件的行数。以下是其中一些常用的命令：
从2013年开始接触Zabbix，之前在一家互联网公司任职监控运维，后来在"中国太平洋保险（集团）有限公司"任职，研究大体量环境下的Zabbix监控系统，
Cacti进行服务器监控时，5分钟的高精度数据默认只保留2天的数据记录，也就是说，两天以外的流量，我们就看不到5分钟的数据了。这对于我们现有的业务需求有所冲突，所以找了一些修改RRD保存周期的方法，可以对现有的RRD文件的保存周期进行修改。对于新建的rrd，可以通过 Data Source –> RRAs 中修改对应的 row，这样新建的数据，就默认使用新值。
很多测试，特别是src/bin下面的客户端程序测试使用 Perl 的 TAP 工具并且用Perl测试程序prove运行。你可以通过 设置make变量PROVE_FLAGS 向prove传递命令行选项，例如：
###背景 为了防止裸奔的静态图片和相关的附件被用户拿来随意拼装下载，需要研究特定的用户对特定资源的授权访问方案。当前为了满足大量用户的访问，web服务一般都有专用的静态资源服务器，逻辑服务器和静态资源服务域名不同、服务分开。进化高一些的大型站点，还有独立的验证服务。
CentOS 8操作附带一个定制内核，以确保其完整性和与支持的硬件的兼容性。CentOS 8 Linux中附带的内核版本为4.18。Linux内核包括基本内核本身和许多内核模块。
这篇文章中，将会介绍如何利用 Metasploitable 2 上 Unreal IRCd service 存在的漏洞；学习如何对网络服务进行枚举，及如何定义和检索关键信息；分析和使用 msfvenom 来生成 payload 。 为了获取更多关于 Unreal IRCd 的信息，我们还将使用 hexchat IRC 客户端，连接进入到 IRC 频道。 例如：有时我们使用 Nmap 无法获取到具体的版本号时，我们仍可以继续通过当前处理的信息，进行近一步的漏洞评估和发现。在这篇文章中，我们同样将通过，手动
Perl语言入门 /** * prism.js Github theme based on GitHub's theme. * @author Sam Clarke */ code[class*="language-"], pre[class*="language-"] { color: #333; background: none; font-family: Consolas, "Liberation Mono", Menlo, Courier, monospace; text-align: left; white-space: pre; word-spacing: normal; word-break: normal; word-wrap: normal; line-height: 1.4; -moz-tab-size: 8; -o-tab-size: 8; tab-size: 8; -webkit-hyphens: none; -moz-hyphens: none; -ms-hyphens: none; hyphens: none; } /* Code blocks */ pre[class*="language-"] { padding: .8em; overflow: auto; /* border: 1px solid #ddd; */ border-radius: 3px; /* background: #fff; */ background: #f5f5f5; } /* Inline code */ :not(pre) > code[class*="language-"] { padding: .1em; border-radius: .3em; white-space: normal; background: #f5f5f5; } .token.comment, .token.blockquote { color: #969896; } .token.cdata { color: #183691; } .token.doctype, .token.punctuation, .token.variable, .token.macro.property { color: #333; } .token.operator, .token.important, .token.keyword, .token.rule, .token.builtin { color: #a71d5d; } .token.string, .token.url, .token.regex, .token.attr-value { color: #183691; } .token.property, .token.number, .token.boolean, .token.entity, .token.atrule, .token.constant, .token.symbol, .token.command, .token.code { color: #0086b3; } .token.tag, .token.selector, .token.prolog { color: #63a35c; } .token.function, .token.namespace, .token.pseudo-element, .token.class, .token.class-name, .token.pseudo-class, .token.id, .token.url-reference .token.variable, .token.attr-name { color: #795da3; } .token.entity { cursor: help; } .token.title, .token.title .token.punctuation { font-weight: bold; color: #1d3e81; } .token.list { color: #ed6a43; } .token.inserted { background-color: #eaffea; color: #55a532; } .token.deleted { background-color: #ffecec; color: #bd2c00; } .token.bold { font-weight: bold; } .token.italic { font-style: italic; } /* JSON */ .lan
利用转录组数据比对到细胞器参考基因组得到vcf文件，比对工具使用GSNAP或者BWA，检测变异使用GATK或者SAMtools.
今天给大家带来的是一个使用Curl库编写的一个采集程序，主要使用Perl语言来采集搜狐网站的内容，代码必须使用以下代码：https://www.duoip.cn/get_proxy。
postgresql weekly推荐了几款备份恢复工具，其中一个是pg_dumpbinary。
铁打的程序员，流水的编程语言。时代在发展，编程语言也与时俱进，不断有新的、更好或者更时髦的语言出现，程序员也会或主动、或被动去学习一门新的、”更好“的编程语言。
记录下在CentOS 7中Apache的优化与配置的一些笔记，希望对大家有所帮助。
./configure --prefix=/etc/nginx --conf-path=/etc/nginx/nginx.conf --error-log-path=/var/log/nginx/error.log --http-log-path=/var/log/nginx/access.log --pid-path=/var/run/nginx.pid --lock-path=/var/run/nginx.lock --user=nginx --group=nginx --with-http_ssl_module --with-http_v2_module --with-http_dav_module --with-http_stub_status_module --with-threads --with-file-aio
在实际的渗透测试中，有的时候需要自己创建一个http服务，来辅助我们的渗透测试，往往我们会遇到各种各样不同的环境，所以使用简单的方式在不同环境下创建一个HTTP服务还是非常有用的。下面我们就简单介绍下，在不同环境下使用一句话启动HTTP服务的各种姿势。
为了其它相关软件的顺利运行，我们根据教程来设置默认的安装目录及变量环境：Ensembl's VEP ， If you don't have VEP installed, then follow this gist.
语言的问题，见仁见智，基本上属于信仰，无法强求一致。不过作为Python的爱好者，我想在这里为Python做一点辩护。
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