PBS bash脚本
PBS（Portable Batch System）是一种用于管理和调度计算任务的开源软件。它提供了一个作业队列系统，可以自动分配计算资源，管理作业的提交和执行，并监控作业的状态和进度。
PBS bash脚本是一种使用PBS作业队列系统的脚本语言，用于编写和提交计算任务。它可以通过编写脚本来定义作业的执行流程、资源需求和作业参数等信息，并通过PBS作业队列系统来调度和执行这些作业。
PBS bash脚本的优势包括：
- 灵活性：PBS bash脚本可以根据用户需求自定义作业的执行流程和资源需求，使得作业可以按照用户的要求进行调度和执行。
- 可扩展性：PBS bash脚本可以通过调用其他脚本或命令来实现更复杂的作业逻辑和功能，使得作业的执行可以更加灵活和强大。
- 自动化：通过编写PBS bash脚本，用户可以将作业的提交和执行过程自动化，减少了手动操作的工作量，提高了工作效率。
- 可靠性：PBS作业队列系统具有良好的容错和恢复机制，可以保证作业的可靠执行，即使在计算资源故障或网络中断的情况下也能够自动恢复作业的执行。
PBS bash脚本的应用场景包括：
- 科学计算：PBS bash脚本常用于科学计算领域，如数值模拟、数据分析、机器学习等，可以帮助科研人员高效地管理和执行大规模的计算任务。
- 工程仿真：PBS bash脚本可以用于工程仿真领域，如有限元分析、流体力学模拟等，可以帮助工程师快速地提交和执行大量的仿真作业。
- 数据处理：PBS bash脚本可以用于大数据处理和分析，如数据清洗、数据挖掘等，可以帮助数据科学家高效地处理和分析海量数据。
- 并行计算：PBS bash脚本可以用于并行计算领域，如并行程序开发、并行任务调度等，可以帮助开发人员充分利用计算资源，提高计算效率。
腾讯云提供了适用于PBS作业队列系统的产品和服务，如弹性计算ECS、云服务器CVM等，可以满足用户在PBS bash脚本中定义的计算资源需求。具体产品和服务的介绍和链接地址可以参考腾讯云官方文档或咨询腾讯云的客服人员。
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2回答
我正在尝试创建一个脚本来创建脚本(并做其他事情)。我的问题是，创建的这些脚本包含环境变量，当实际运行我的脚本时，它们不会出现在脚本中。
#!/bin/bash
for i in {001..116}
do
rm job
cat > job <<!
#PBS -S /bin/bash
#PBS -N $i-Fe63S
#PBS -j oe
#PBS -q default
#PBS -l nodes=1:ppn=24
#PBS -l walltime=48:00:00
#PBS -V
cd $PBS_O_WORKDIR
/opt/openmpi/bin/mpiru
浏览 2提问于2017-08-04得票数 0
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1回答
从PBS作业调用python脚本
、、、、
如何从pbs作业调用python脚本运行？更多细节:我目前正在处理以下形状的pbs文件(此部分工作正常，不应更改)：
#!/bin/bash
#PBS -N # work name
#PBS -q
#PBS -l
#PBS -S /bin/bash
#PBS -m
##PBS -M #my email
cd $PBS_O_WORKDIR
我必须修改它，以便在上面的计算完成后，将调用一个python脚本(适用于输出文件)。计算需要几分钟才能完成，因此必须指定调用python脚本之前的延迟。我没有bash编程方面的知识，所以这对我来说是一个真正的斗争。
浏览 22提问于2017-08-10得票数 1
2回答
链式数组PBS作业
、、、、
我试图使用PBS高性能计算机作业调度程序链接两个计算作业。我的脚本如下：
名为1.pbs的脚本
#!/bin/bash
#PBS -N 1
#PBS -q thin
#PBS -l walltime=0:03:00
#PBS -l select=1:ncpus=1
#PBS -j oe
#PBS -J 1-10
cd $PBS_O_WORKDIR
echo 'SCRIPT 1'
qsub -W depend=afterok:${PBS_ARRAY_ID} 2.pbs
名为2.pbs的脚本：
#!/bin/bash
#PBS -N 2
#PBS -q
浏览 4提问于2017-06-28得票数 0
1回答
我有多个R脚本可读(最多3，即tr1.R，tr2.R，tr3.R)。下面给出了读取单个脚本的bash脚本
#!/bin/bash
#PBS -l nodes=1:ppn=10,walltime=00:05:00
#PBS -M
#PBS -m e
module load R/4.0
Rscript ~/tr1.R
我按照@cas的建议尝试了以下几种方法
#!/bin/bash
#PBS -l nodes=1:ppn=10,walltime=00:05:00
#PBS -M
#PBS -m e
module load R/4.0
**Rscript ~/tr"$i".R**
浏览 0提问于2021-05-23得票数 0
1回答
我正在编写一个BASH脚本，并使用bash命令。下列哪一项是正确的(或者都是不正确的)？
bash $pbs_dir/${module_name}.${target_ID}.${instance_ID}.pbs
或
bash \$pbs_dir/\${module_name}.\${target_ID}.\${instance_ID}.pbs
浏览 2提问于2016-06-15得票数 4
回答已采纳
我有一个处理多个环境变量的PBS脚本。PBS是bash的包装器，它将bash脚本发送到作业调度队列。处理后的变量形成一个运行的命令。用bash编写PBS脚本，并在bash注释中为作业调度程序提供附加信息。
如何以编程方式确定我的脚本是由qsub (解释PBS脚本的命令)调用的，还是由bash调用的？
如果脚本是在bash下运行的，我想把这个调用看作是一个模拟运行，并且只打印出生成的命令。这样，它就完全绕过了作业队列。
浏览 4提问于2014-06-02得票数 2
回答已采纳
我正在用C++进行批处理，想知道是否可以在PBS脚本文件中定义一个.cpp文件名(见下文)。例如，对于我的一个.cpp文件，我有两个版本:并行OpenMP版本(func_parallel.cpp)和串行版本(func_serial.cpp)。我希望能够有两个脚本文件(都类似于下面的文件)：一个指定我希望使用func_parallel.cpp，另一个指定我希望使用func_serial.cpp，而不必在代码中手动执行此操作。
这个是可能的吗？
脚本文件：
#!/bin/bash
#PBS -S /bin/bash
#PBS -l walltime=00:10:00
#PBS -l select
浏览 0提问于2014-07-24得票数 0
2回答
对于使用qsub调用的PBS脚本，我想知道实际分配了多少CPU总量，以防PBS文件中定义的数字被命令行的输入覆盖。例如，使用以下pbs脚本文件：
jobscript.pbs:
#!/bin/bash
#PBS -N test_run
#PBS -l nodes=32
#PBS -l walltime=06:00:00
#PBS -j oe
#PBS -q normal
#PBS -o output.txt
cd $PBS_O_WORKDIR
module load gcc-openmpi-1.2.7
time mpiexec visct
可以使用以下命令行只运行16个CPU(而不是32个C
浏览 3提问于2013-07-23得票数 4
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1回答
如何同时提交多份R工作？
、、、
我有一个R脚本，它运行多个文件，比如file=1到50。我通常提交重复的工作，例如5次，每次10个文件，通过改变R-脚本中的数字。那么，我怎样才能一次提交5份工作而不提交5次呢？此外，我希望更新每个作业的<>default.out和错误文件。
示例bash代码：
#!/bin/bash
#PBS -l nodes=1:ppn=20,walltime=05:00:00
#PBS -m e
#PBS -o default.out
#PBS -e errorfile
module load R/4.0
Rscript ~/r_script1.R
浏览 0提问于2021-05-22得票数 1
1回答
我有以下脚本，它尝试将作业提交到PBS队列。
import sys
import os
import subprocess
inpfile="sim.input"
qscript="run.sh"
#2.1 create a directory to launch the script from
dir="test"
os.system("mkdir {}".format(dir))
os.system("cp {} {} {}".format(qscript,inpfile,dir))
#2.2 laun
浏览 1提问于2016-10-25得票数 0
0回答
我使用torque提交blow所示的测试脚本
#!/bin/bash
#PBS -N test
#PBS -l nodes=1:ppn=1
#PBS -q ser
#PBS -V
#PBS -S /bin/bash
sed 's/a//' <<< aaabbbaaa
sed 's/\(a\)//' <<< aaabbbaaa
sed 's/a\+//' <<< aaabbbaaa
预期输出应为
aabbbaaa
aabbbaaa
bbbaaa
但实际上，当我使用qsub提交此文件时，输出为
浏览 14提问于2017-12-04得票数 2
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2回答
我正在尝试在集群中运行matlab脚本(ga_opt_main.m)。我必须编写一个作业提交文件，它本质上只是一个shell脚本。但是我从来没有写过shell脚本，下面就是我写的
#!/bin/bash
#PBS -q *queuename*
#PBS -l nodes=1:ppn=20
#PBS -l walltime=02:00:00
#PBS -N ga_opt_main
module load matlab/R2011b
module list
unset DISPLAY
matlab -nodisplay -nodesktop -r *dire
浏览 0提问于2012-08-04得票数 3
1回答
我想使用我在PBS -N选项中传递给PBS脚本的参数。例如，当我运行PBS脚本时：
#!/bin/bash
#PBS -N job_${num}
echo ${num}
使用
qsub -v num=0 script.sh
它将启动一个名称为job_0的作业。
使用上面的代码，创建一个名称为job_{num}的作业。当我尝试使用行#PBS -N job_$num时，我收到一个错误，指出无法创建输出文件。
有没有办法实现我想要的东西？
浏览 1提问于2014-06-28得票数 2
1回答
我有一个bash脚本，它用几个变量调用qsub：
group=group_1
normals=$(IFS=,; echo *.txt)
qsub -v VAR1=$group,VAR2=${normals[@]} [...] run_script.pbs
run_script.pbs
#PBS -l nodes=1:ppn=16
#PBS -l walltime=2:00:00
#PBS -l mem=10GB
group=$VAR1
normals=$VAR2
echo ${normals[@]}
在本例中，数组normals包含多个文件名，但当我试图在.pbs脚本中访问这些
浏览 1提问于2017-09-13得票数 1
我有一个包含以下文件内容的文件夹：
ls bams-lab/*.name-sorted.fixmate.sorted.dedup.sam
bams-lab/OZBenth2_.fastp.fq.gz.name-sorted.fixmate.sorted.dedup.sam
...
bams-lab/OZBenth7_.fastp.fq.gz.name-sorted.fixmate.sorted.dedup.sam
我尝试用下面的bash脚本创建一个文件列表
#!/bin/bash
# usage: sh merge_sam_pbs.sh /path/to/*.name-sorted.fix
浏览 0提问于2019-04-15得票数 0
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如果我在集群上运行C++代码，是否可以在我的程序中使用OMP_NUM_THREADS的值？例如，假设我有两个.cpp文件main.cpp和func.cpp，其中func.cpp是使用OpenMP并行编写的。我希望能够只定义一次线程数(在下面的脚本中)，而不必在func.cpp中再次定义它。
#!/bin/bash
#PBS -S /bin/bash
#PBS -l walltime=00:10:00
#PBS -l select=1:ncpus=4:mem=2gb
#PBS -q QName
#PBS -N Name
#PBS -o Results/output.txt
#PBS -e Re
浏览 0提问于2014-06-26得票数 4
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2回答
我有一个作业脚本compile.pbs，它运行在一个CPU上，并编译源代码来创建一个可执行文件。然后，我有了第二个作业脚本jobscript.pbs，我称之为使用32个CPU来使用MPI运行新创建的可执行文件。当我连续手动调用它们时，它们都很好地工作，但是我想让第一个脚本在第二个作业脚本结束之前调用它来自动化这个过程。是否有适当嵌套qsub调用或连续调用qsub调用的方法？
目前，我的尝试是让第一个脚本在第二个脚本结束之前调用它，但是当我尝试从第二个(嵌套)qsub得到一个奇怪的错误消息时：
qsub: Bad UID for job execution MSG=ruserok failed
浏览 5提问于2013-07-20得票数 0
回答已采纳
我有一个在bash shell中提交作业的脚本，如下所示
#!/bin/bash
# PBS -l nodes=1:ppn=1
#PBS -l walltime=00:30:00
#PBS -N xxxxx
但是，在我提交作业后，我在xxxxx.e8980文件中收到如下错误消息：
/home/xxxxx/.bashrc: line 1: /etc/ini.modules: No such file or directory
但是文件/etc/ini.modules就在那里。为什么系统找不到它？
非常感谢!
浏览 0提问于2014-04-29得票数 1
我有一堆作业要提交到PBS队列中，输出应该在之后在本地进行后处理。由于作业是相似的(而且我不想经常手动更改它)，我编写了一个bash脚本，在本地生成一个PBS作业脚本，然后提交作业。我的问题是:如何让bash脚本等到PBS作业完成后再开始后处理？(经常检查作业的状态不是一种选择。)我还能做什么呢？
非常感谢所有的提示，提示或解决方案！
编辑:如评论中所示(谢谢)，有些编辑：
便携式批处理系统
文档可在这里获得：
不过，我考虑了可能的解决方案，并想出了以下一个无法工作的解决方案:我可以让bash脚本等待请求的时间，作为作业的挂钟时间。但是，有两个复杂的问题:第一，作业可能不需要那么多
浏览 2提问于2013-08-22得票数 1
我经常使用类似下面的简化的2脚本来在集群中分发令人尴尬的并行工作，并使用PBS/MPI。我想知道这些命令是否可以合并到一个文件中，以便清晰和减少杂乱。我更感兴趣的是理解bash/mpirun的局限性，而不是寻找解决原始问题的替代方法，比如PBS数组。
PBS脚本：
#PBS -l nodes=2:ppn=2
#PBS -q debug
#PBS -V
mpirun -n $PBS_NP $PBS_O_WORKDIR/worker_script.sh
worker_script.sh
#!/bin/bash
NDATA=25
DATA_ARRAY=()
for ((DATA=${OMPI_CO
浏览 0提问于2014-06-23得票数 1
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嗯，我正试图在我们的超级计算机上运行一系列MPI作业，作为一个作业。主要的提交脚本基本上是这样的：
#!/bin/bash -l
#PBS -l nodes=4:ppn=8,walltime=24:00:00
cat $PBS_NODEFILE | uniq | tr '\\012' ' ' > tmp-$PBS_JOBID
read -a NODE < tmp-$PBS_JOBID
rm tmp-$PBS_JOBID
inode=-1
ijob=0
for ((K=1;K<=8;K++))
do
[ $((ijob++
浏览 0提问于2013-06-17得票数 20
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我试图在远程集群节点(rh7)上用以下代码对一些脚本进行排队：
#!/bin/bash
#PBS -N spark-cluster-path
#PBS -l select=2:ncpus=4:mem=2G
#PBS -l walltime=01:00:00
# Qsub template
# Scheduler: PBS
#Environment
export JAVA_HOME=/some/path/to/jdk/1.8.0_112
export SPARK_HOME=/some/path/to/spark/2.2.1
export PYTHONPATH=/some/path/to/py
浏览 3提问于2019-12-02得票数 0
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我使用带有-v标志的qsub，如下所示：
qsub -v START=0,COUNT=30000 foobar.pbs
这将开始和计数传递给了foobar.pbs，但是foobar.pbs最终需要调用如下代码：
python /home/CS4/bin/myrun.py foo_bar.ini
问题是bash似乎没有正确解释python调用，并且python进程永远不会产生。这一定是非常简单的事情吧？任何帮助都将不胜感激
pbs脚本如下所示：
#!/bin/bash
#PBS -N test
#PBS -l select=1:ncpus=1:mem=4gb
#PBS -l walltime=
浏览 1提问于2014-08-14得票数 1
1回答
我有一个文件，需要运行过滤程序A，B，C和D。A需要2小时，B，C和D各10到30分钟不等。
A完成了大部分工作，并且花费了大部分时间，因此它被优化为使用多个处理器。
B、C和D是单处理器。
所有程序都在一个PBS脚本中依次运行。
如果我在A运行后改变了pbs的资源需求，它会被重新解释还是qsub只评估一次？
或者，如果我将它分成两个pbs脚本，那么如何在完成后让一个脚本启动另一个脚本呢？
浏览 2提问于2014-05-14得票数 1
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1回答
我能够运行python脚本，使用以下bash脚本使用Keras/Tensorflow来训练模型：
#!/bin/bash
#PBS -N Tarea_UNET
#PBS -l nodes=1:ppn=4:gpus=1
cd $PBS_O_WORKDIR
source $ANACONDA3/activate inictel_uni
python U-NET.py
在"U-NET.py“中，培训功能如下：
history=model.fit(train_B,train_A, epochs = 200, batch_size = 20, validation_split=0.05263157
浏览 1提问于2018-04-13得票数 3
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这是我使用的作业脚本，
#!/bin/bash
#PBS -q batch
#PBS -N simulation
#PBS -j n
#PBS -o /dev/null
#PBS -l nodes=1:ppn=1,pmem=3400mb
#PBS -l ncpus=1,mem=3400mb
cd ${PBS_O_WORKDIR} && \
./executable
我得到了这个错误：
Operating system error: Cannot allocate memory
Allocation would exceed memory limit
我已经尝试增加ppn和n
浏览 45提问于2018-02-06得票数 0
你好，我在这里运行这个bash脚本和命令"bwa index ..“将生成多个文件，并且此命令没有用于指定输出路径的"-o“标志。我想将这些文件重定向到一个新文件夹中。我已经在网上搜索过了，我遇到的所有答案都是将生成的文件重定向到特定的文件名，但通常如何将输出文件重定向到新文件夹中？非常感谢！
#!/bin/bash
### qsub file.name to run from anywhere
### first step of BMW, making indexed fasta file
#PBS -N bwa_index
#PBS -S /bin/bash
#PBS
浏览 1提问于2021-03-09得票数 0
当向PBS队列系统提交作业脚本时，会自动或由用户指定壁时间，例如
#PBS -l walltime=1:00:00
问题是这一次是否可以从作业脚本中访问。是否有环境变量或其他方法来获取此壁时间。
最后，作业脚本应该不时地决定是否有足够的时间来做更多的工作，这样作业就不会被排队系统杀死。
更新：
至少如果用户在资源列表中指定了壁时间，我可以提出以下解决办法(为bash工作)
read _ _ PBS_WALLTIME <<< `qstat -f $PBS_JOBID | grep "Resource_List.walltime"`
它解析qstat输出中的壁时
浏览 5提问于2013-04-05得票数 7
这是我用于重新提交mpi作业的作业脚本。我的这个脚本最初是为tcsh shell编写的。我试着为bash shell重写它，我得到了错误。请帮助我改正脚本。
##============================================================================
#!/bin/bash
浏览 2提问于2012-07-21得票数 0
1回答
我有100个脚本与.bash扩展，我想在一个镜头中提交所有这些在pbs脚本。我使用了qsub *.bash，但它不起作用。有人能帮帮我吗？
浏览 9提问于2017-08-16得票数 0
我使用qsub系统已经有一段时间了，但是我第一次遇到了一些问题:有没有办法向两封或更多封电子邮件发送多封电子邮件？
以下是我的脚本标题：
#!/bin/bash
#PBS -V
#PBS -l nodes=1:ppn=20
#PBS -l walltime=12:00:00
#PBS -M email1@school.edu,email2@gmail.com
#PBS -N Model_sim
我尝试了以下方法：
我已经在网上搜索了一段时间，如果我可以在-M命令中做一些事情，我在这里只看到了一个用途：。然而，当我像他一样把我的两封电子邮件放在页面的末尾时，这并不是真正的工作。
此外，
浏览 0提问于2018-12-14得票数 0
回答已采纳
我希望能够轻松地改变我通过脚本提交给nodes、ppn等等给qsub的数量。也就是说，我想做一些这样的事：
qsub script.sh --name=test_job --nodes=2 --ppn=2 --arg1=2
使用如下脚本：
#/bin/bash
#PBS -N ${NAME}
#PBS -l nodes=${NODES}:ppn=${PPN},walltime=${WALLTIME}
#PBS -q ${QUEUE}
#PBS -m ${MAILOPTS}
#PBS -M ${EMAIL}
/some/command ${ARG1}
因此，我希望能够传递参数，这些参数既可以更
浏览 4提问于2017-02-17得票数 3
回答已采纳
1回答
我正在使用一个集群，该集群在Linux上使用作业管理软件，并按照以下步骤提交作业
qsub script.sh
通常情况下，我的script.sh是如下形式的，例如，当使用R运行作业时
#!/bin/bash
#PBS -N jobName
#PBS -o output-log
#PBS -e error-log
#PBS -t 1-10
#PBS -l walltime=12:00:00
#PBS -l nodes=1:ppn=16
#PBS -S /bin/bash
#Early out if non zero exit status.
set -e
if [ -n "${
浏览 3提问于2017-09-04得票数 1
回答已采纳
1回答
嗨，我正在创建一个bash脚本来改进我的工作。如果我在一个目录中有一些文件，比如
file1.dat
file2.dat
file3.dat
file1.inp
file2.inp
file3.fal
我必须在shell中输入以下命令
PBS_nastran ver=20101 mem=48Gb mod=i8 i=file1.dat
PBS_nastran ver=20101 mem=48Gb mod=i8 i=file2.dat
PBS_nastran ver=20101 mem=48Gb mod=i8 i=file3.dat
PBS_abaqus ver=6133 ncpu=16 j=fi
浏览 0提问于2016-12-16得票数 0
首先，我对集群和PBS系统非常陌生。我被告知要准备一个简单的脚本(我做了)：
#PBS -S /bin/bash
#PBS -o host_out
#PBS -e host_err
#PBS -q batch
hostname
date
exit 0
然后，我使其可执行，并提交了命令：
qsub job.sh
并得到了它的ID (看来这份工作是正确提交的，对吧？)但我看不到任何答案，我的意思是，即使是文件host_out和host_err也没有创建。可能出什么事了？我还需要做什么才能提交一份工作？
浏览 0提问于2014-11-12得票数 0
我想向集群上的几个队列提交一个模拟。一旦一个队列启动，它就会在其他队列上被取消。我知道这可能是没有定义的，因为几个任务可以同时在多个队列上启动。
监视队列的bash脚本很可能会做到这一点。在提交工作时，可以直接用qsub完成吗？
编辑:下面是一个使用bash脚本的工作示例。这可能不是最优的，因为它需要(缓慢)磁盘访问。
#!/bin/bash -
#
# Exit in case of error
set -e
#
# Command-line argument is the name of the shared file
fid=$*
if [ -f ${HOME}/.dep_jobs/${
浏览 2提问于2018-06-07得票数 5
回答已采纳
1回答
我正在尝试将python作业提交给PBS，并将打印出来的内容作为输出。一个简单的例子是：
python test.py：
import time
print(time.time())
pbs提交文件job_test.pbs：
#!/bin/bash
#PBS -l nodes=2:ppn=8,walltime=8:00:00
#PBS -N test
#PBS -q gpu
module load anaconda/3 torque cuda80 cudnn
cd /path-to-the-test.py-program
python test.py
最后，qsub命令：
qsub job
浏览 0提问于2017-07-28得票数 1
2回答
有时，当我在PBS集群上运行作业时，我真的希望将joblog (-o文件)放在两个地方。一个在$PBS_O_WORKDIR中用于将所有东西放在一起，另一个${HOME}/jobOuts/用于贪婪/叫醒/等等……
从命令行执行测试适用于tee
echo "hello" | qsub -o `tee $HOME/out1.o $HOME/out2.o $HOME/out3.o`
但是，一旦我尝试将其放入我的PBS脚本中，如果我将其放入PBS脚本和qsub中，它将不起作用
####Parameterized PBS Script ####
#PBS -S /bin/bash
#PBS
浏览 9提问于2013-04-17得票数 4
我做了一个测试脚本test.qsub：
#!/bin/bash
#PBS -q batch
#PBS -o output.txt
#PBS -e Error.err
echo "hello world"
运行qsub test.qsub时，它既不生成output.txt文件，也不生成文件error.txt。我也相信其他选择也不起作用，感谢您的帮助！据说您应该配置torque.cfg，但在我的安装中，该文件不会生成，也不会在/var/spool/torque中生成。
浏览 1提问于2014-10-15得票数 0
1回答
我有一个PBS作业脚本，它有一个可执行文件，可以将结果写入out文件。
### some lines
PBS_O_EXEDIR="path/to/software"
EXECUTABLE="executablefile"
OUTFILE="out"
### Copy application directory on compute node
[ -d $PBS_O_EXEDIR ] || mkdir -p $PBS_O_EXEDIR
[ -w $PBS_O_EXEDIR ] && \
rsync -Cavz --rsh=$S
浏览 2提问于2020-05-16得票数 0
回答已采纳
1回答
这是我的.sh脚本
#PBS -N Polygenic
#PBS -S /bin/bash
#PBS -l walltime=8:00:00
#PBS -l nodes=1:ppn=8
#PBS -l mem=4gb
#PBS -o $HOME/${PBS_JOBNAME}.o${PBS_JOBID}.log
#PBS -e $HOME/${PBS_JOBNAME}.e${PBS_JOBID}.err
module load R
Rscript /group/stranger-lab/ebeiter/PolygenicAdaptationCode-master/Example/Run_Fil
浏览 2提问于2015-11-02得票数 1
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3回答
在PC机上运行并行代码
、、、
我的fortran代码已经被OpenMP并行化了。在运行HPC之前，我想在我的PC上测试我的代码。我的电脑有双核CPU，我在Linux上工作.我安装了gfortranmultilib，这是我的脚本：
#!/bin/bash
### Job name
#PBS -N pme
### Keep Output and Error
#PBS -j eo
### Specify the number of nodes and thread (ppn) for your job.
#PBS -l nodes=1:ppn=2
### Switch to the working directory;
cd $
浏览 5提问于2015-12-15得票数 0
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1回答
下面是我使用的pbs示例：
#!/bin/bash
#PBS -S /bin/bash
#PBS -N myJob
#PBS -l nodes=1:ppn=4
#PBS -l walltime=50:00:00
#PBS -q route
export MYMAIL=mytestmail@testmail.com
#PBS -m ae
#PBS -M mytestmail@testmail.com
./script1.sh
echo $PBS_JOBID $PBS_O_WORKDIR | mail -s "$PBS_JOBNAME script1 done" $MYMAI
浏览 4提问于2015-02-25得票数 3
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1回答
我试图在高计算集群上提交一个作业，它需要运行python代码，比如说10000次。我使用了gnu并行，但随后IT团队给我发了一封邮件，称我的工作在他们的监控系统中创建了太多ssh登录日志。他们让我用作业数组代替。我的代码大约需要12秒才能运行。我认为我需要在我的PBS脚本中使用#PBS -J语句。然后，我不确定它是否会并行运行。我需要执行我的代码，比如在10个节点上，16个核心，即160个并行运行的代码实例。我如何并行化它，即在给定的时间运行我的代码的许多实例，利用我拥有的所有资源？下面是带有gnu并行的初始pbs脚本：
#!/bin/bash
#PBS -P My_project
#PBS
浏览 4提问于2021-07-15得票数 0
假设我有一个在384个MPI进程(24个计算节点，每个计算节点16个核心)上运行的代码，并使用以下简单脚本将我的作业提交到作业队列
#!/bin/bash
#PBS -S /bin/bash
#PBS -l nodes=24:ppn=16
#PBS -l walltime=01:00:00
cd $PBS_O_WORKDIR
module load openmpi
mpirun mycode > output_file
下面的场景是可能的:我需要再分配一个具有16个核心的节点，使用'openmp‘执行一些特定的计算，并在某个时刻使用计算结果更新384个进程中的其余进程。所以现在
浏览 0提问于2013-07-02得票数 3
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我一直试图在我的PBS脚本中使用多个节点来运行几个独立的作业。每个单独的作业应该使用8个核，集群中的每个节点都有32个核。因此，我希望每个节点运行4个作业。我的PBS脚本如下。
#!/usr/bin/env bash
#PBS -l nodes=2:ppn=32
#PBS -l mem=128gb
#PBS -l walltime=01:00:00
#PBS -j oe
#PBS -V
#PBS -l gres=ccm
sort -u $PBS_NODEFILE > nodelist.dat
#cat ${PBS_NODEFILE} > nodelist.dat
export
浏览 0提问于2019-01-17得票数 2
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我是一名生物专业的学生，这是我第一次在服务器上运行数组作业，所以请耐心等待。我正在尝试提交PBS脚本，用于在每个输入文件上执行blast任务。我的输入文件名是file1.fa file2.fa file3.fa file4.fa file5.fa file6.fa。PBS脚本如下所示：
#!/bin/bash
#PBS -N run_x3
#PBS -l ncpus=4
#PBS -l mem=30G
#PBS -l walltime=200:00:00
#PBS -J 1-6
#PBS -o stdout_file
#PBS -e stderr_file
cd /home/mary/sof
浏览 1提问于2015-09-27得票数 0
我在一个有8个节点的集群上进行MPI编程，每个节点都有一个Intel Xeon hexcore处理器。我的mpi代码需要三个处理器。
我使用qsub提交作业。当我使用"qstat -n“检查作业正在运行的处理器时，它显示类似cn004/0*3的内容。
那么，这是否意味着它只在一个处理器上运行？
因为它不会比我使用单处理器时更快(这是在两种情况下域大小相同的情况下)
我用来提交的脚本如下
#! /bin/bash
#PBS -o logfile.log
#PBS -e errorfile.err
#PBS -l cput=40:00:00
#PBS -lselect=1:ncpus=3:
浏览 0提问于2013-06-29得票数 1
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在此，我真诚地为这样一个基本的问题道歉，这个问题可能已经得到了回答。我非常感谢您的帮助，或者为我指明了一个现有答案的方向。
通过在PSB脚本中设置数组作业，我尝试在1000个数据文件上运行1000个python脚本。每个脚本显式调用一个特定的数据文件；它是硬连接的。这里很有挑战性，也没有必要解释为什么python脚本和数据文件需要分开维护。
我有名为1.py，2.py，... 1000.py的python文件。这些文件没有存储在我的主目录中，我认为这就是现在的问题所在。
我已经尝试了PBS脚本的许多变体，但都没有效果，但我想我比今天早上更接近了。
无论如何，这是我现在所拥有的：
#! /bin
浏览 5提问于2018-05-23得票数 0
我正在使用PBS排队系统，并使用以下bash作业脚本提交作业
#PBS -l nodes=1:ppn=1
#PBS -l walltime=1:30:00
./aprogram $input
使用qsub -v "input=myinputfile“script.job
这种方法工作得很好，只是如果我运行作业，更改输入文件中的某些内容而不重命名，然后很快重新运行作业，程序得到的输入文件仍然是旧的输入文件。
显然，文件隐藏在某个地方，如果时间太短，则不会重新读取(等待几分钟就可以了)。有没有人知道我在哪里可以擦除文件，这样它就可以被正确读取？
浏览 1提问于2015-05-23得票数 0
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