publishDircommandArgs(trailingOnly=TRUE)celFiles=args[2]当它运行时，输出文件保存在我想要的目录中如果geoid指向相同的目录，我希望输出(定义为“${ publishDir }_datFiles.RData”)在publishDir目录下可用。仍在工作流创建的目录中查找输出：
Process `step1` is unabl
浏览 46提问于2020-11-13得票数 2
运行nextflow时出现了一个错误，由以下句子组成原因如下：params.pathFasta =
浏览 2提问于2022-05-23得票数 1
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我希望将我的nextflow脚本的参数打印为帮助菜单(例如，nextflow run main.nf --help)，类似于arparse在python中的方式(即script --help)。我已经在web和help docs中进行了拖网，并找到了如何使用脚本中的log.info命令打印自定义菜单，但这只显示了实际运行脚本时的自定义日志标准输出。这为我提供了类似于：params.min.=
浏览 15提问于2022-03-18得票数 1
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这两台计算机都安装了nextflow (v22.04.5)和docker。但是，一台计算机显示错误消息。请看所附的截图。我检查了日志文件，它只有一个“命令未找到”。我想知道你能不能指出这台电脑缺了什么。谢谢。#!/usr/bin/env nextflow
params.outdir = '.file -> tuple(file.baseName, file) }
浏览 39提问于2022-10-03得票数 1
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我一直试图学习如何使用Nextflow，并遇到了将输出添加到通道的问题，因为我需要按顺序运行进程。我想将输出文件从工具创建的一个输出子目录(ONT)传递到一个通道中，但似乎不知道如何实现。下面是所讨论的nextflow过程： publishDir "$params.P1_outDir", mode: 'copy', pattern:选择了输出语法，因为一旦完成
浏览 17提问于2022-01-17得票数 1
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我在Nextflow中有一个DSL2工作流，设置如下：workflow {
runfolder_repaired = "${params.runfolder我尝试过的一些内容包括(受启发，但使用流程的输出
浏览 1提问于2021-08-09得票数 0
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我正在编写一个bwa映射模块，使用nextflow (dsl=2)，modules/map_reads.nf来映射单端读取。当我执行这个工作流时，它不会从终端返回错误，它还会输出带有正确文件名的bam文件。但是，我发现bam文件没有正确映射，我还在.command.err中发现了一个错误：
next
浏览 8提问于2022-07-13得票数 1
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我目前正在开始使用Nextflow开发生物信息学管道。下面，我创建了一个包含FASTQ文件的params.files变量，然后将其输入到fasta_files通道中。流程trimming及其脚本将此通道作为输入，然后理想情况下，我将将所有$sample".trimmed.fq.gz输出到输出通道trimmed_channel中。当我运行这个脚本时，我会得到以下错误：我试图运行的<em
浏览 12提问于2022-03-07得票数 1
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主题:寻找一种好的输出格式，以便在Nextflow的新脚本/进程中使用从文件中提取的值我正在用Nextflow编写一些进程，在这些进程中，我从一个txt.file (PROCESS1值的提取没有问题，但找到合适的输出格式是问题。问题是，当我将标准输出(OPTION1)保存到一个频道时，似乎附加了某种"/n“，这在我的第二个脚本中出现了问题。我怀疑这与"getText()“有关，但我尝试了几种方法，都失败了
浏览 0提问于2020-04-10得票数 1
"echo OutPath: $(OutputPath)" /></Target>实际行为： OutDir设置为bin/OutDir/netcoreapp2.0/
I使用的是: osx.10.12-x64上的 .NET命令行工具(2.1.4)
浏览 3提问于2018-01-17得票数 2
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我有一个Nextflow DSL2管道，早期的过程通常需要很长的时间(~24小时)，并且中间产品占用大量的存储(~1TB)。由于这一过程所需的时间和资源，最好能够设置一个“检查点”，即将(相对较小的)最终输出保存到一个安全地点，并在随后的管道执行中从该地点检索输出。这意味着可以安全地删除中间数据，而不会阻止以后恢复管道。最低限度的工作示例和示例输出如下：nextflow.enable.dsl=2
params.publish_dir
浏览 4提问于2022-04-13得票数 1
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我试图在进程临时目录中创建一个文件，由nextflow检查其输出，使用nextflow的原生脚本语言(Groovy)。#!/usr/bin/env nextflow echo true file(output.append('exemplary file content')
浏览 3提问于2022-02-17得票数 1
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wrong by changing to the process work dir and showing the script file named `.command.sh`datasetB = Channel.fromPath(params.ref)
shaun@shaun-HP-Z6-
浏览 15提问于2022-10-12得票数 1
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我对NextFlow完全陌生，我感到困惑的是，我不能做这件简单的事情，也不能找到有关它的文档:我知道NF是面向通道的，但是它能正确地处理面向文件的案例吗？尽管如此，
如果我经常这样做，即将文件放入工作目录中，删除工作文件是不可接受的困难，因为我必须查找带有散列名称的日志和脏文件，直到找到我需要的东西。我认为publishDir也不会工作，因为我希望它能像第一种情况那样工作(因为文件仍然在工作的dir中，除了mode='move'，它只能在最后一步中使用)。
浏览 5提问于2021-08-13得票数 1
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我使用基于NGS的双端测序数据，使用Nextflow构建从fastq文件到vcf文件的分析流程。但是，我在一开始就被困住了，如代码所示。第一个进程和第二个进程运行良好，但是当将文件传递给第三个进程时，出现了一个错误，我不能再执行整个进程了。我该怎么办？谢谢你帮忙。#!/usr/bin/env nextflow
params.fq1 = "/home/duxu/project/data/*1.fq.gz"
浏览 5提问于2022-04-27得票数 0
Intellij无法运行主类，因为它引发了类未找到异常。我的源目录设置正确，它是一个maven项目，所以主类也在POM中定义。我还设置了Project编译器输出的路径，尽管该路径中没有类。我使用的是“继承项目编译输出路径”。我发现的是类文件没有在Project编译器输出文件夹中创建，但我不确定为什么它不能工作。
浏览 0提问于2017-02-01得票数 0
Project> <Configuration>Debug</Configuration> <PublishDir>bin\\publish\</PublishDir> <Tar
浏览 19提问于2022-03-07得票数 1
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我一直有一个构建错误，在文件夹$(OutputPath)\app.publish中找不到一些.exe。我的场景如下:我有一个包含多个项目的解决方案，其中2个或更多项目是通过clickonce发布的。项目是并行构建的。
浏览 1提问于2015-10-01得票数 1
我想用我对Nextflow非常陌生的方式来说明这一点，如果我不包括调试的键，我很抱歉，请告诉我。====================================nextflow run nf-core/rnaseq --aligner histat2 -profile以下是命令和错误：
Failedinc
浏览 7提问于2021-09-10得票数 1
1回答
我在TFS中创建了一个单独的发布构建，它基本上编译和部署了这些项目。/target:publish /p:GenerateProjectSpecificOutputFolder=true /property:PublishDir=\\networkshare;PublishingURL=https://www.publish.com /v:m 构建本身是相当
浏览 3提问于2014-04-17得票数 0
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