首页
学习
活动
专区
圈层
工具
发布

榕树集-蛋白质阿尔法螺旋

π-螺旋(Pi Helix):是一种罕见的螺旋结构,具有更大的旋转角度和氢键周期。π-螺旋通常在蛋白质的特定区域中出现,如嵌套环状结构中。...Q:如何生成 α-helix A: 生成α-螺旋的常见方法是使用蛋白质模拟软件,例如Rosetta或PyMOL等工具。这些工具提供了创建蛋白质结构的功能。...在Rosetta中,可以使用make_helix命令生成α-螺旋。该命令需要指定螺旋的起始和结束残基,以及其他相关参数,如螺旋的旋转角度和螺旋的长度。...在PyMOL中,可以使用内置的命令或Python脚本生成α-螺旋。通过选择适当的氨基酸序列和使用合适的命令或脚本,可以在PyMOL中绘制出α-螺旋。...这些方法仅是生成α-螺旋的示例,实际上还有其他方法和工具可用于生成蛋白质的α-螺旋结构。具体方法的选择取决于使用的工具和需求。

1.5K30

26.3K Star开源软件定制化,高效和跨平台的文本编辑利器,干掉Notepad++

软件介绍 Helix Editor是一个开源的文本编辑器,旨在为用户提供高效、可定制和易于使用的编辑体验。...功能特点 1.跨平台: Helix Editor 可在主流操作系统(如 Windows、macOS 和 Linux)上运行 2.高度可定制: 该软件通过插件系统和定制样式支持灵活的个性化设置,使用户能够根据自己的喜好和需求来配置...4.强大的功能集: Helix Editor 支持多种常用编辑功能,例如语法高亮、自动完成、多个光标、查找和替换等。此外,它还有内置的终端功能,方便用户在同一个界面内运行命令并即时查看结果。...在 Helix Editor 的 GitHub 页面的releases页面下载对应操作系统的安装包 2.启动: 安装完成后,你可以在系统中找到 Helix Editor 的应用程序图标或在终端中运行相应的命令来启动编辑器...5.保存和分享: 当你完成编辑后,使用菜单栏上的“保存”选项或相应的快捷键来保存你的文件。你可以选择将其保存在你的电脑上,或将其分享给其他人。

90210
  • 您找到你想要的搜索结果了吗?
    是的
    没有找到

    Helix Editor通过配置DAP实现Python代码调试

    Helix-Editor在某些场合,可以代替SpaceVim使用,同Vim类似,配置了LSP和DAP之后,一样可以做到像VSCode那样的,有代码补全,定义跳转,还有实时运行调试等功能,DAP的调度功能...(IDE)与提供特定编程语言特性的服务器之间交互时会用到这个协议。...为了说明方便,只举Mac系统如何安装部署HX的例子。 brew install helix 如果是Lua语言,安装的Lua的LSP,使用下面的命令就行了。...这两个配置文件的位置, 如下: cd ~/.config/helix 文件夹中,没有对应的文件就创建一下,一共两个文件。...图5 Debug调试命令 图6 Debug调试命令 配置完成LSP和DAP之后,就可以在HX里调试Python代码程序。因为DAP还在实验阶段,可以简单尝试使用。

    1.7K20

    38款 流媒体服务器开源软件

    下面介绍一下有关Helix服务器的获取、安装、运行管理和使用… 更多Helix Server信息 开源流媒体平台FreeCast FreeCast 是一个P2P的流媒体开源平台...rtmpd是Evostream Media Server(www.evostream.com)的社区版本采用GPLV3授权 其主要作用为一个高性能的RTMP流媒体服务器,可以实现直播与点播功能多终端支持功能,在特定情况下是...,为了更加快速地在项目中应用RTP协议实现流媒体的传输,我们一般会选择使用一些RTP库,例如使用c++语言编写的 JRTP…更多oRTP信息 Helix DNA Platform...更多m3w信息 pulpTunes pulpTunes是一个为 iTunes 桌面软件提供的一个 Web 服务器,通过它你可以在 Web 上访问 iTunes 中的音乐。...of small DVB-C networks….更多mptsd信息 流媒体服务器Babylon babylon ======= 巴比伦流媒体服务器,目前只支持rtmp协议 #如何使用

    11.6K10

    J. Chem. Inf. Model. | 基于MoE的解离动力学模型助力设计“长效药”

    随后,将所开发的深度学习模型集成于一个基于优化的从头药物设计框架,以反向设计在特定靶标上具有长驻留时间的潜在药物候选物。 方法 本文所提出的慢解离药物从头设计框架如图1所示。...因此,在使用这100个随机训练的MoE模型时,预测误差较小。...-药物特征和t-SNE聚类方法创建了化学空间,如图4所示。...由靶标-药物特征和t-SNE聚类方法创建的化学空间 此外,本文使用100个随机训练的MoE模型对来自Amangeldiuly等人和Liu等人的样本进行pkoff预测(以100次预测的均值±标准偏差表示)...使用τ-RAMD方法验证HSP90候选抑制剂 τ-RAMD方法可通过增强采样分子动力学模拟来计算化合物在蛋白质中的相对驻留时间(τ)。

    28810

    Uber 大规模运行 Apache Pinot实践

    在本文中,我们介绍了这一平台的细节,以及它如何融入 Uber 的生态系统。...复杂处理:在许多与机器学习相关的用例中,我们需要运行复杂的算法来计算模型,而这些算法在 FlinkSQL 中难以表达。...有几种方法可以将此类大型赛秒的影响降至最低: 使用可能影响整个查询延迟的 推外(off-heap)索引。 限制 Pinot 查询调度程序配置中的查询并行性。...用于集群管理的 Pinot 利用 Apache Helix 而不是 Apache ZooKeeper。例如,当服务器从脱机转换为在线时,Pinot 将通过 Helix 传播状态转换消息以通知其他实例。...因此,在集群扩展的情况下,可以在新添加的服务器中创建最近的段。为环节这一问题,我们在集群扩展后运行表以重新平衡。

    1.1K10

    18个最佳的产品页面设计(下)

    而且,如果有人想要了解更多有关特定功能的信息,也会有明确的指导说明。 深蓝色OfficeSpace软件产品页面 ? 11....与网站的其他部分一样,它散发着芒果外语学习友好,平易近人且乐于助人的品牌个性。视频不可能更令人愉快。 当你滚动页面,会看到明确的价值主张,这些价值主张使用对品牌而言真实的有趣语言。...产品描述 我们很难理解床垫中描述的“毛绒”,“牢固”或“平衡支撑”是什么含义 - 从字眼上看起来是如此的主观。因为如此,Helix的产品描述简洁,使用床垫可能属于的每个类别的令人印象深刻的解释。...这个小企业与其他护理和育儿服务企业的区别在于它使用数据来吸引顾客。 下面的产品页面讲述了几种类型的瓶顶形的奶嘴,婴儿吸吮时,每种都为婴儿提供不同流量水平的流量。...如果客户不是很了解它,请确保在包含正确信息的前提下,向用户展示你的产品与众不同之处。 作者简介: Lindsay Kolowich居住在美国波士顿。在hubspot从事营销类工作。

    1.2K20

    Uber 实时推送平台实践:gRPC 推动基础设施的发展

    在创建推送消息平台的过程中,我们允许服务器根据需要向应用发送数据。 在采用该体系结构时,我们发现效率有了显著提高,同时也解决了很多问题和挑战。接下来的部分,我们将介绍整个该平台是如何演变的。...我们在本次迭代中使用了下列技术:Netty、Apache Zookeeper、Apache Helix、Redis 和 Apache Cassandra。...Apache Helix:Helix 是一个强大的集群管理框架,在 ZooKeeper 上运行,支持定义自定义拓扑和重新平衡算法。它还很好地将拓扑逻辑从核心业务逻辑中抽象出来。...Helix Controllers:顾名思义,这是一个由五个节点组成的独立服务,只负责运行 Apache Helix Controller 进程,是进行拓扑管理的“大脑”。...在 Apache Helix 中,将交付组件与拓扑逻辑、流媒体的核心业务逻辑高度分离,这使得 gRPC 在完全相同的架构上得到支持,但是使用不同的线协议。

    84720

    20+最好的持续集成工具

    整理了20多款持续集成工具,这是作为软件测试人员需要了解的,也是在构建持续质量改进时,需要进行选型的基础设施工具。 什么是持续集成? CI是一种提高代码质量的方法。...持续集成的主要目标是在发现代码库中的任何缺陷时提供快速反馈,并尽快纠正它。它使服务器上的测试过程自动化,并向用户提供自动报告。...它提供了构建管道和集成许多测试和部署方法的不同方法。 简单的安装和配置是Jenkins的特性,开发人员可以通过Jenkins将其部署到servlet容器中。...在Travis中,用户可以在测试期间看到所有东西。有丰富的且优秀的api和命令行工具执行并行测试运行。支持拉请求和分支构建流。...Integrity是一个基于R'uby开发的CI服务器,只与GitHub一起工作,用户可以通过使用镜像存储库使用其他具有完整性的SCM工具,这意味着GitHub镜像其他SCM,然后完整性就可以使用它。

    4.2K30

    猿创征文|OLAP之apache pinot初体验

    Helix将比诺集群的状态从瞬态驱动到理想状态,充当容错分布式状态存储,保证一致性。Helix作为在控制器、代理和服务器中运行的代理嵌入,并且不存在于独立和水平缩放的组件中。...控制器作为独立组件(容器)水平缩放,并具有集群中所有其他组件状态的可见性。控制器对系统中的状态更改做出响应和响应,并安排表、段或节点的资源分配。...如前所述,Helix作为代理嵌入控制器中,该代理负责观察和驱动其他组件订阅的状态变化。除了集群管理、资源分配和调度外,控制器还是用于管理皮诺部署的REST API的HTTP网关。...实时和离线服务器的资源使用要求非常不同,实时服务器不断消耗来自外部系统(如Kafka主题)的新消息,这些消息被摄取并分配给租户的片段。...集群的代理监视Helix中的状态变化,检测新段并将其添加到要查询的段列表中(段到服务器路由表)。 实时数据流程 在表创建时,控制器在Zookeeper中为消费段创建一个新条目。

    1.2K40

    开源OLAP系统的比较:ClickHouse、Druid和Pinot

    有关段的元数据在Druid中直接保存在zookeeper,在Pinot中的通过Helix框架保存在ZooKeeper 中。...Druid or Pinot: 结论 Druid和Pinot中数据管理的“分段”方法与ClickHouse中较简单的数据管理方法定义了系统的许多其他方面。...注意:以上两个属性都不意味着您必须使用相应的系统,或者必须避免使用其他系统。例如,如果您预测的集群很大,那并不意味着您应该只考虑Druid或Pinot,而不要考虑ClickHouse。...与在Druid中实现的逻辑相比,Helix的bug可能更少,这是因为在不同的条件下对它进行了测试,并且可能将更多的时间投入到Helix开发中。 另一方面,Helix的“框架界限”可能会限制Pinot。...我不知道LinkedIn在Pinot中使用如此简单的分段平衡算法的效果如何,但是如果他们需要时间来改进其算法,那么可能巨大的收获正在等待着他们。

    2.8K21

    JAVA简介-Java快速入门教程

    我们使用JRE Java运行时环境,它提供了执行Java程序的最低要求。它提供了JVM,核心类和支持文件。 Java 运行时环境 (JRE) JDK包括JRE,在安装后,JRE又允许Java程序运行。...类路径 类路径是 Java 运行时和 Java 编译器在其中查找要显示.class文件的特定文件路径。尽管默认情况下,Java 开发工具包为我们提供了相当多的库。...此外,此字节码可以在任何其他平台上运行,例如Windows,Linux或macOS。这意味着我们可以在Windows上编译一个程序,然后我们也可以使用Linux的JVM在Linux上运行它。...在Java中,编程语言方法覆盖和方法重载用于实现多态性。 重载:当同一类中的多个方法具有相同的名称但不同的参数时。 覆盖:当子类和超类中的方法名和参数相同时,我们称之为覆盖。...3.公共类-程序中需要使用的数据和方法包含在类中。方法定义类的行为。 4. 公共静态-静态方法不需要调用对象。可以使用带有类名的点运算符来执行它们。 5. void- 不返回任何值。

    50510

    【Rust日报】嵌入式 Rust:一份简化指南

    团队在处理性能问题时所采取的方法和结果,其排查问题的思路很值得借鉴。...在性能调查过程中,作者发现,发现未使用的内存分配可以将函数吞吐量提高 2 倍。通过对 FxHashMap 进行基准测试,作者发现了性能提升的效应。...Rust 语言在嵌入式系统开发中的应用。...它提供了一种简单的方法来开始学习和使用 Rust,特别是对那些对嵌入式系统编程有兴趣的人。 指南中包含了一系列的指导,旨在帮助读者了解 Rust 语言的基本概念,并将其应用于嵌入式系统开发中。...它从Rust语言的基础知识开始,逐步介绍了如何配置和使用嵌入式系统,并提供了一些实际的例子来帮助读者更好地理解。

    28810

    玩转命令行之文本编辑器篇

    所有的 Unix Like 系统都会内建 vi 文书编辑器,其他的文书编辑器则不一定会存在。 但是目前我们使用比较多的是 vim 编辑器。...在输入模式中,可以使用以下按键: 字符按键以及Shift组合,输入字符 ENTER,回车键,换行 BACK SPACE,退格键,删除光标前一个字符 DEL,删除键,删除光标后一个字符 方向键,在文本中移动光标...在底线命令模式中,基本的命令有(已经省略了冒号): q 退出程序 w 保存文件 Helix 是用 Rust 编写的,使用 Tree-sitter 进行语法高亮。.../helix cd helix cargo install --path helix-term 其实完成这一步后,咱们在终端就可以使用hx来呼出hexlix editor了,但是你想要全局呼出的话,需要安装它的运行时

    1.5K30

    【Rust 日报】2021-06-02 Jon Gjengset 新作:Rust for Rustaceans

    Jon Gjengset 新作:Rust for Rustaceans Rust 程序员进阶资料 你会学到: 如何基于最佳原则设计可靠、惯用且符合人体工程学的 Rust 程序 声明宏和过程宏的有效使用,...以及它们之间的区别 异步在 Rust 中是如何工作的 Unsafe 代码意味着什么,以及编写 Unsafe 函数和特征并与之交互的最佳实践 如何组织和配置更复杂的 Rust 项目 如何编写可以与非 Rust...库和系统互操作或在受限和嵌入式环境中运行的 Rust 代码 https://nostarch.com/rust-rustaceans Rustup 1.24.3 寻找测试人员 特别是针对 FreeBSD...internals.rust-lang.org/t/rustup-1-24-3-seeking-beta-testers-particularly-freebsd/14813 后现代风格文本编辑器 https://github.com/helix-editor.../helix 用 Rust 编写的 Git 极速终端 UI GitUI 是一个用 Rust 编写的用于 git 的终端 UI,我们的目标是在不离开你心爱的命令行终端窗口的情况下,以快速、只需键盘和跨平台的方式简化常见的

    1K30

    AlphaFold2 生成肽结构的基准测试

    使用实验确定的NMR结构作为参考,对 AF2 在预测10-40个氨基酸之间的 588 个肽结构的准确性进行了基准测试。并与其他肽结构生成算法进行比较。...实验方法 图1 在肽结构预测上对AF2进行基准测试的工作流 工作流:本文使用AF2通过实验确定的NMR模型来预测6个肽类的588个肽序列的结构。具体如图1A所示,预测阶段使用了五个AF2模型。...比较其他模型 使用替代预测方法PEPFOLD3, Omega-Fold, RoseTTAFold和APPTEST来预测588个肽模型,并在统计基础上与AF2比较评估每种方法的性能。...Omega-Fold在MIX SL中的表现与AF2一样好,并且都优于其他方法。...在缺乏对af2生成结构的明确选择标准的情况下,可能有必要增加生成的输出结构的数量,并使用聚类等方法来缩小更频繁采样或显示更一致模式的构象,以选择准确的结构。

    47040

    【五万言】Rust 2022 生态版图调研报告(下)

    0.8 的一些重要改进摘要: Redox Book 内容大量更新[9],该书介绍了如何构建和使用 RedoxOS 添加了对 i686(奔腾 II 及更高版本的 32 位 x86)的支持,并且通常可以在真实硬件上运行...(文本渲染、键盘布局、复制粘贴等等) 如果一个工具包在所有这些轴上都做得很好,那么我认为它是用“本地”技术构建的并不重要。 在考虑窗口库时考虑替代方案。采用一个后,向其他人学习,看看如何改进你的。...关于 Druid 发展 随着时间的推移,Druid 可能会演变成一个可用于生产应用程序的工具包。与此同时,我们不想创造不切实际的期望。Druid 的主要受众是学习如何在 Rust 中构建 UI 的人。...Rust 的核心原则之一是内存安全,因此 Rhai 始终在受控环境中运行——Rhai 脚本无法更改其环境中的任何值,并且始终在沙箱中运行。...Gleam 语言被设计为尽可能小和一致,从 Elm、Go 和 Lua 等其他语言中汲取灵感,所以 Gleam 缺少异常、宏、类型类、提前返回和各种其他功能,而只使用一流的函数和模式匹配。

    3.4K51

    德州农工大学开源RLCard:帮你快速训练会斗地主的智能体

    之后会介绍如何通过多进程生成数据。最后会介绍单智能体接口,其通过预训练模型或基于规则的模型模拟其他玩家。...状态表征 状态的定义是:在游戏的一个特定时间步骤中一个玩家所能观察到的所有信息。在该工具包中,每个状态都是一个字典,包含两个值。第一个值是合法动作。第二个值是观察到的状态。编码观察的方式有很多种。...举个例子,在斗地主中,策略的输入是一个包含 6 个牌平面的矩阵,包括当前的手牌、其他两位玩家的手牌的并集、最近的三个动作、所有已经打出的牌的并集。...并行训练 这个工具包支持使用多进程生成游戏数据。并行运行能极大加快大型环境中的训练速度。具体来说,首先会在初始化时创建多个原始环境的副本。...评估 这一节将介绍用于评估 RLCard 工具包的实验。测试中开发者主要关注的这两个问题:(1)当前比较流行的强化学习算法在这些环境中表现如何?(2)生成游戏数据需要多少计算资源?

    2.1K10

    天冷了,任务栏养只猫吧「GitHub 热点速览 v.21.46」

    当然送温暖的除了任务栏小猫咪之外,还有 python-mini-projects、useful-sed 两位项目作者将实用脚本和练手小项目整理汇聚,方便大家使用。...此外,还有 maui 让你只要写一份代码即可跨平台运行。...1.2 练手小项目:python-mini-projects 本周 star 增长数:2,200+ Python-mini-projects 收录一组可用于提高 Python 技能的练手小项目,让你在实操中掌握更多技能.../helix 2.4 .NET 跨平台 UI 框架:maui 本周 star 增长数:450+ MAUI 是 .NET 官方出品的跨平台 App UI,用于使用 C# 和 XAML 创建本地移动和桌面应用程序...GitHub 热点速览 v.21.45」 它说你的代码有 Bug「GitHub 热点速览 v.21.44」 以上为 2021 年第 46 个工作周的 GitHub Trending 如果你 Pick 其他好玩

    1.1K20
    领券