首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布
精选内容/技术社群/优惠产品,尽在小程序
立即前往

GNU并行:如何从gnu并行管道接收stdin,就好像它来自一个文件?

GNU并行(GNU Parallel)是一款用于并行化Shell命令执行的工具,它能够简化并行任务的管理和执行过程。通过使用GNU并行,我们可以方便地将串行的任务转换为并行的任务,从而提高任务的执行效率。

要从GNU并行管道接收stdin,就好像它来自一个文件,可以使用--pipe选项。该选项允许我们将标准输入作为输入流传递给GNU并行管道,并将其作为文件处理。

具体操作如下:

代码语言:txt
复制
command-producing-input | parallel --pipe command-consuming-input

其中,command-producing-input是生成输入的命令,command-consuming-input是消费输入的命令。

这样,GNU并行会将来自command-producing-input的标准输出作为输入流传递给command-consuming-input进行处理,就好像输入来自一个文件一样。

GNU并行的优势在于它能够轻松实现并行化任务的管理和执行,提高任务的运行效率。它适用于各种并行计算需求,如数据处理、批量任务、大规模计算等。

以下是腾讯云相关产品和产品介绍链接地址,可以帮助你更好地使用GNU并行:

  • 云服务器(Elastic Cloud Server):腾讯云提供的弹性云服务器,可满足各种计算需求。产品介绍:云服务器
  • 弹性容器实例(Elastic Container Instance):基于容器技术的高性能、低成本的计算实例。产品介绍:弹性容器实例
  • 云批量计算(BatchCompute):高性能、灵活、易用的批量计算服务。产品介绍:云批量计算

通过腾讯云的相关产品,我们可以将GNU并行与云计算相结合,进一步优化并行计算任务的执行效率。

页面内容是否对你有帮助?
有帮助
没帮助

相关·内容

「翻译」在生物信息学中使用 GNU-Parallel

GNU Parallel[1] 是一个用于加速生信分析不可或缺的一个工具。允许你非常简单地对命令并行化处理。下面我将介绍一些如何使用它以及如何将它应用于生信。...很多高性能计算平台节点已经预先安装了。你可以 homebrew[2] 或其他包管理器找到和安装。...基本用法 让我们从一个简单的例子开始: seq 1 5 | parallel -j 4 echo 这里我们 (1) 打印了数字 1 到 5,且 (2) 将该序列数据通过管道传进了 parallel 命令...如果参数列表很大,你可以通过文件指定,文件每一行对应要并行一个参数: parallel -j 4 -k echo :::: my_args.txt 使用 ` 默认 parallel 假定参数放在输入命令的结尾...使用 GNU Parallel 进行 Variant Calling 当处理 BAMs 或 VCFs 时,你可以并行处理所有的染色体。大多数变异检测软件或注释工具允许你通过指定区间一次处理一个染色体。

1.2K20

GNU Parallel的具体使用

GNU Parallel是一个shell工具,为了在一台或多台计算机上并行的执行计算任务,一个计算任务可以是一条shell命令或者一个以每一行做为输入的脚本程序。...通常的输入是文件列表、主机列表、用户列表、URL列表或者表格列表;一个计算任务也可以是一个管道读取的一条命令。GNU Parallel会把输入分块,然后通过管道并行的执行。...GNU Parallel可以替代大部分的shell循环,并且用并行的方式更快的完成计算任务。...GNU Parallel保证的输出与顺序执行计算任务时是一样的,这样就可以方便的把GNU Parallel的输出做为其它程序的输入。...Parallel的输入源支持文件、命令行和标准输入(stdin或pipe) 单个输入源 从命令行读取输入: parallel echo ::: A B C 输出(由于任务以并行的方式执行,顺序可能会有所不同

3.3K10
  • Linux parallel 命令使用手册

    您可以编辑此文件,并添加您的配置选项,例如: --jobs 5 --load 2 --timeout 60   在本博客中,我们介绍了如何安装和配置GNU Parallel。...Parallel会自动将数字序列分成多个块,并并行地处理它们。   Parallel还支持使用管道和输入文件来处理数据。...2.文件中读取命令行参数   除了使用:::符号和{}符号传递参数外,GNU Parallel还可以文件中读取命令行参数。这可以帮助您处理大量的参数,而无需在命令行中手动输入每个参数。...以下是一个文件中读取命令行参数的示例: parallel -a args.txt command1   在这个示例中,我们使用Parallelargs.txt文件中读取命令行参数,并将它们传递给command1...灵活的参数传递方式: GNU Parallel支持多种参数传递方式,包括:::符号、{}符号、文件管道等。这可以帮助您更好地控制参数的传递方式,提高程序的灵活性和可扩展性。

    17810

    命令行上的数据科学第二版:八、并行管道

    在这一章中,我将介绍一个非常强大的工具,叫做parallel,它可以处理好这一切。使您能够对一系列参数(如数字、行和文件)应用命令或管道。另外,顾名思义,允许您在并行中运行命令。...在本章中,您将了解: 对一系列数字、行和文件串行运行命令 将一个大任务分成几个小任务 并行运行管道管道分发到多台机器 本章以下文件开始: $ cd /data/ch08 $ l total 20K...图 8.1 概念层面上说明了串行处理、简单并行处理和使用 GNU Parallel 的并行处理在并发进程数量和运行所有事务所花费的总时间方面的区别。...在这一章中,我将介绍一个非常强大的工具,叫做parallel,它可以处理好这一切。使您能够对一系列参数(如数字、行和文件)应用命令或管道。另外,顾名思义,允许您在并行中运行命令。...在本章中,您将了解: 对一系列数字、行和文件串行运行命令 将一个大任务分成几个小任务 并行运行管道管道分发到多台机器 本章以下文件开始: $ cd /data/ch08 $ l total 20K

    4.5K10

    请收好网络工具中的瑞士军刀,从此故障诊断不用愁!

    不管是 GNU 版本还是 OpenBSD 版本,都有新老的区别,主要是传送文件stdin 发生 EOF 了,老版本会自动断开,而新的 gnu/openbsd 还会一直连着,两年前 debian jessie.../ OpenBSD 的 netcat 再文件结束(标准输入碰到 EOF),发送文件一端就会关闭连接,而新版本不会,你需要再开个窗口到 A 主机上看看接收下来的文件尺寸和源文件比较一下判断传输是否结束。...只不过是 Linux 下面最新的 GNU netcat,对应 Windows 版本 没有该参数,所以 Windows 传文件过去时,少不了再开个终端看一下进度,如果是 Linux 端发送就没问题了。...GNU 版本的 netcat 有一个 -e 参数,可以在连接建立的时候执行一个程序,并把的标准输入输出重定向到网络连接上来,于是我们可以在 A 主机上 -e 一下 bash: /bin/nc.traditional...其他功能可作为备份手段,在极端恶劣的环境下使用一下,也许能帮助到你很多;再你有心情的情况下可以研究下如何使用管道搭配其他工具进行一些高阶操作就行。

    24330

    一起来学shell bash编程(2)

    当我们用编程语言编写一个 forloop时,我们正在构建一个迭代的命令式:我们要求计算机首先完成一个工作,然后循环到最后。但通过GNU Parallel编写命令时,我们遵循所谓的描述性功能编程。...GNU Parallel的极简介绍 GNU Parallel 是一个非常好用文件并行的工具。...假设有一个名为的文件 ids.txt,其中包含: ABC 假设我们要输出: Hello AHello BHello C 多种方法指定GNU并行输入 通过文件输入: cat ids.txt | parallel...( stdin)和两个输出流( stdout和 stderr)。...下面让我看一些例子: FILE=/A/B/C.txt.gzecho $FILE 如预期打印: /A/B/C.txt.gz 名称中删除目录,并仅使用basenameshell命令保留文件名: FILE=

    2K50

    15分钟并行神器gnu parallel入门指南

    GNU Parallel是一个shell工具,为了在一台或多台计算机上并行的执行计算任务。本文简要介绍GNU Parallel的使用。 ? 这个cpu是多核的。 一般两核是这样工作的的: ?...本文主要的目的是安利(lure)你使用这个工具,并且告诉你为啥(why)使用和如何(how)使用。 why 使用gnu parallel的目的只要一个,就是为了快!...其实就是一个1万多行perl单文件脚本(是的,你没看错,所有模块都在这个文件里,这是一个特色~)。我之后都是写fabric脚本直接拷贝到各个节点机。再chmod一下执行权限。...bonus 手边有了一个转换成并行的小工具,除了让你日常执行快一点之外,还有一个好处,就是测并发。...结论 本文主要安利了一个 真 – 并行 工具,解释了其主要的两种模式,附赠了一个技巧,八卦了gnu界不为人知的另一面。希望对你有用。 以上就是本文的全部内容,希望对大家的学习有所帮助。

    2.4K30

    少年!用好这把瑞士军刀,从此网络故障诊断不用愁!

    不管是 GNU 版本还是 OpenBSD 版本,都有新老的区别,主要是传送文件stdin 发生 EOF 了,老版本会自动断开,而新的 gnu/openbsd 还会一直连着,两年前 debian jessie.../ OpenBSD 的 netcat 再文件结束(标准输入碰到 EOF),发送文件一端就会关闭连接,而新版本不会,你需要再开个窗口到 A 主机上看看接收下来的文件尺寸和源文件比较一下判断传输是否结束。...只不过是 Linux 下面最新的 GNU netcat,对应 Windows 版本 没有该参数,所以 Windows 传文件过去时,少不了再开个终端看一下进度,如果是 Linux 端发送就没问题了。...网速吞吐量测试 最简单的方法,GNU 版本的 netcat 加上 -v -v 参数后,结束时会统计接收和发送多少字节,那么此时 A 主机上显示运行 GNU 版本的 nc 监听端口: /bin/nc.traditional...GNU 版本的 netcat 有一个 -e 参数,可以在连接建立的时候执行一个程序,并把的标准输入输出重定向到网络连接上来,于是我们可以在 A 主机上 -e 一下 bash: /bin/nc.traditional

    54920

    这十项 Linux 常识,作为 Linux运维的你真的懂了吗?

    1、GNU和GPL GNU计划(又称革奴计划),是由Richard Stallman(理查德·斯托曼)在1983年9月27日公开发起的自由软件集体协作计划。的目标是创建一套完全自由的操作系统。...GNU系统与Linux内核结合构成一个完整的操作系统:一个基于Linux的GNU系统,该操作系统在通常情况下称为“GNU/Linux”,或简称Linux。...2、Linux发行版 一个典型的Linux发行版包括:Linux内核,一些GNU程序库和工具,命令行shell,图形界面的X Window系统和相应的桌面环境,如KDE或GNOME,并包含数千种办公套件...5、GRUB的概念 GNU GRUB(GRand Unified Bootloader简称“GRUB”)是一个来自GNU项目的多操作系统启动引导管理程序。...在用户看来,RAID组成的磁盘组就像是一个硬盘,可以对进行分区、格式化等操作。RAID的存储速度比单个硬盘高很多,并且可以提供自动数据备份,提供良好的容错能力。

    66400

    不知道这十项Linux常识,就别说自己玩过Linux!

    1、GNU和GPL GNU计划(又称革奴计划),是由Richard Stallman(理查德·斯托曼)在1983年9月27日公开发起的自由软件集体协作计划。的目标是创建一套完全自由的操作系统。...GNU系统与Linux内核结合构成一个完整的操作系统:一个基于Linux的GNU系统,该操作系统在通常情况下称为“GNU/Linux”,或简称Linux。...2、Linux发行版 一个典型的Linux发行版包括:Linux内核,一些GNU程序库和工具,命令行shell,图形界面的X Window系统和相应的桌面环境,如KDE或GNOME,并包含数千种办公套件...5、GRUB的概念 GNU GRUB(GRand Unified Bootloader简称“GRUB”)是一个来自GNU项目的多操作系统启动引导管理程序。...在用户看来,RAID组成的磁盘组就像是一个硬盘,可以对进行分区、格式化等操作。RAID的存储速度比单个硬盘高很多,并且可以提供自动数据备份,提供良好的容错能力。

    78510

    不知道这十项 Linux 常识,就别说自己玩过 Linux!

    的目标是创建一套完全自由的操作系统。GNU也称为自由软件工程项目。...GNU系统与Linux内核结合构成一个完整的操作系统:一个基于Linux的GNU系统,该操作系统在通常情况下称为“GNU/Linux”,或简称Linux。...2、Linux发行版 一个典型的Linux发行版包括:Linux内核,一些GNU程序库和工具,命令行shell,图形界面的X Window系统和相应的桌面环境,如KDE或GNOME,并包含数千种办公套件...5、GRUB的概念 GNU GRUB(GRand Unified Bootloader简称“GRUB”)是一个来自GNU项目的多操作系统启动引导管理程序。...在用户看来,RAID组成的磁盘组就像是一个硬盘,可以对进行分区、格式化等操作。RAID的存储速度比单个硬盘高很多,并且可以提供自动数据备份,提供良好的容错能力。

    72220

    10个不得不知的Linux常识,否则怎么说自己用过shell

    的目标是创建一套完全自由的操作系统。GNU也称为自由软件工程项目。...GNU系统与Linux内核结合构成一个完整的操作系统:一个基于Linux的GNU系统,该操作系统在通常情况下称为“GNU/Linux”,或简称Linux。...2、Linux发行版 一个典型的Linux发行版包括:Linux内核,一些GNU程序库和工具,命令行shell,图形界面的X Window系统和相应的桌面环境,如KDE或GNOME,并包含数千种办公套件...5、GRUB的概念 GNU GRUB(GRand Unified Bootloader简称“GRUB”)是一个来自GNU项目的多操作系统启动引导管理程序。...在用户看来,RAID组成的磁盘组就像是一个硬盘,可以对进行分区、格式化等操作。RAID的存储速度比单个硬盘高很多,并且可以提供自动数据备份,提供良好的容错能力。

    78120

    如何利用多核CPU来加速你的Linux命令 — awk, sed, bzip2, grep, wc等

    如何利用多核CPU来加速你的Linux命令 — awk, sed, bzip2, grep, wc等 你是否曾经有过要计算一个非常大的数据(几百GB)的需求?...或在里面搜索,或其它操作——一些无法并行的操作。数据专家们,我是在对你们说。...要想让Linux命令使用所有的CPU内核,我们需要用到GNU Parallel命令,让我们所有的CPU内核在单机内做神奇的map-reduce操作,当然,这还要借助很少用到的–pipes 参数(也叫做...AWK 下面是一个用awk命令计算一个非常大的数据文件的例子。...这些子计算经过第二个管道进入了同一个awk命令,从而输出最终结果。第一个awk有三个反斜杠,这是GNU parallel调用awk的需要。 WC 想要最快的速度计算一个文件的行数吗?

    2.5K90

    生信技巧 | GNU 并行操作

    GNU 并行 我们用来并行化生物信息学问题的程序是 GNU 并行。它是“一种使用一个或多个计算节点并行执行作业的 shell 工具”。GNU 并行可帮助您运行原本要按顺序一项一项或循环运行的作业。...您可以查看 GNU Parallel 网站,以确定如何在集群上安装 Parallel 和/或了解如何使用它。...这是一个逗号分隔的文件,所以让我们将其转换为制表符分隔的文件 more us-counties.csv | tr ',' '\t' > us-counties.tab 如您所见,此数据包含各县和州有关疫情随时间变化的信息...head us-counties.tab 让我们按县/州分开这些数据,而不是一个文件 使用 sort 和 awk,我们可以首先按县/州对文件进行排序,然后使用 awk 将每一行 ($0) 打印到名为...2580 2580 50550 # 输出结果 GNU示例 Gzip 压缩 2580 个文本文件 让我们复制数据并比较使用 for 循环与使用并行运行 gzip 需要多长时间 mkdir

    26010

    【Rust日报】 2019-06-26: DigitalBridge: 为什么我们在云渲染中使用Rust?

    Read More tokio master分支正在切换到std::future #tokio Read More Reddit 讨论 parallel:Rust实现的类GNU Parallel的工具...GNU Parallel,它是一个shell工具,可以在一台或多台计算机上并行的执行计算任务,一个计算任务可以是一条shell命令或者一个以每一行做为输入的脚本程序。...GNU Parallel会把输入分块,然后通过管道并行执行 parallel aljabar: 基于 const generics 实现的n维线性代数库 #const #LinearAlgebra 不过目前是实验性的...aljabar paste.rs:命令行文件共享工具 #cli pf WASM by Example #wasm 类似于Rust By Example的一本小书,是教你学WASM。...他们的全部服务,包括所有C、C++和Python组件都使用Rust重写了,任务加载到调度GPU操作都使用Rust(一个全栈Rust案例)。使用Rust为他们带来诸多好处: 改进了开发流程。

    63150

    干货:PHP与大数据开发实践

    通过将工作分成更小的块,然后可以被多个系统处理。由于MapReduce将一个问题分片并行工作,与传统系统相比,解决方案会更快。...容错:如果有节点出现问题,其它节点可以接收的工作,整个集群继续处理。 另外,Hadoop容器还是支持一种称为“流”的应用程序,它为用户提供了选择用于开发映射器和还原器脚本语言的自由度。...执行以下命令下载这本书: wget http://www.gutenberg.org/cache ... 1.txt 在HDFS(Hadoop分布式文件系统)中创建一个工作目录 hadoop dfs -...mkdir wordcount 我们的PHP代码mapper开始 #!...首先在本地返回结果: hdfs dfs -get goldprice/result/part-00000 gold.dat 创建一个gnu plot配置文件(gold.plot)并复制以下内容 # Gnuplot

    1K50

    干货:最受欢迎编程语言c与大数据开发实践

    通过将工作分成更小的块,然后可以被多个系统处理。由于MapReduce将一个问题分片并行工作,与传统系统相比,解决方案会更快。...容错:如果有节点出现问题,其它节点可以接收的工作,整个集群继续处理。 另外,Hadoop容器还是支持一种称为“流”的应用程序,它为用户提供了选择用于开发映射器和还原器脚本语言的自由度。...执行以下命令下载这本书: wget http://www.gutenberg.org/cache ... 1.txt 在HDFS(Hadoop分布式文件系统)中创建一个工作目录 hadoop dfs...-mkdir wordcount 我们的PHP代码mapper开始 #!...首先在本地返回结果: hdfs dfs -get goldprice/result/part-00000 gold.dat 创建一个gnu plot配置文件(gold.plot)并复制以下内容 # Gnuplot

    1.6K00

    高级运维工程师学习路线

    每到一个阶段,制定一个目标。 比如:先定一个能达到的小目标,挣一个亿! 3、分享 学会分享,技术的价值在于能有效地将知识传递到外界,让更多的人知道。 只要人人都拿出一点东西来,想想会变成什么样?...的目标是创建一套完全自由的操作系统。GNU也称为自由软件工程项目。...GNU系统与Linux内核结合构成一个完整的操作系统:一个基于Linux的GNU系统,该操作系统在通常情况下称为“GNU/Linux”,或简称Linux。...2、Linux发行版 一个典型的Linux发行版包括:Linux内核,一些GNU程序库和工具,命令行shell,图形界面的X Window系统和相应的桌面环境,如KDE或GNOME,并包含数千种办公套件...5、GRUB的概念 GNU GRUB(GRand Unified Bootloader简称“GRUB”)是一个来自GNU项目的多操作系统启动引导管理程序。

    4.2K105

    生信(四)命令行并行化工具GNU parallel

    关键词:parallel 我们在日常工作中经常要“批量”处理一些任务,比如“批量”解压目录下的gz文件。当然,用shell写一个for循环是很简单就可以实现的,比如下面这样: ?...但是这样的操作往往是很耗时的,因为它是“顺序”执行的,也就是说如果有f1.gz,f2.gz,f3.gz这三个压缩文件的话,f2.gz必须要等f1.gz解压完成后才能开始解压。...那有没有一种方法可以同时解压这三个文件呢?答案就是并行化处理。一般并行化的背后是多线程或者多进程。...GNU parallel就是基于此目的开发的命令行并行化工具。 让我们来看看parallel是如何并行化处理上面的例子: ?...parallel的更多用法请参考其项目主页(http://www.gnu.org/software/parallel/)。值得注意的是GNU parallel需要自行安装,不过安装很简单就是了。

    64550
    领券