在这些视觉任务上，引入 GCT 模块均能带来明显的性能提升。这些大量的实验充分证明了GCT模块的有效性。GCT模块如下所示： ?...GCT中的训练参数量是轻量级的，这使得GCT便于部署而不会占用过多参数空间。而且GCT的门限参数简单直观有助于可视化解释GCT的行为价值：竞争or协同。...不同于LRN仅促进通道竞争，GCT可以同时促进通道竞争与协同关系。当通道的门限权值为正时，GCT取得了类似LRN的通道竞争关系；当通道的门限权值为负时，GCT取得了通道协同作用。...Learning 类似于BatchNorm，作者提出对深度网络中的所有卷积层都添加GCT。通过尝试，作者发现：将GCT置于Conv之前效果更佳。...实验结果 我们将GCT应用于深度网络中的所有卷积层，而不是SE-Net中的block。在所有对应的GCT中，我们在每个卷积层之前使用一个GCT层。下面是在ImageNet上的训练效果图 ? ?
1.GCT介绍 论文：https://openaccess.thecvf.com/content/CVPR2021/papers/Ruan_Gaussian_Context_Transformer_CVPR...基于这个假设，我们提出了一个简单但极其有效的通道注意力块，称为高斯上下文Transformer (GCT)，它使用满足预设关系的高斯函数实现上下文特征激励。...2.GCT引入到yolov52.1 加入common.py中：###################### Gaussian Context Transformer attention ####.../CVPR2021/papers/Ruan_Gaussian_Context_Transformer_CVPR_2021_paper.pdfGaussian Context Transformer (GCT...import torchfrom torch import nnclass GCT(nn.Module): def __init__(self, channels, c=2, eps=1e-5):
Timestamp MC MU CCSC CCSU OC OU YGC FGC FGCT GCT...Timestamp MC MU CCSC CCSU OC OU YGC FGC FGCT GCT...Timestamp MC MU CCSC CCSU OC OU YGC FGC FGCT GCT...的耗时也是上升的趋势，其中GCT的总耗时最大是8.669s。...FGCT耗时拉高了整体的GCT的耗时，总耗时最后是16.198，等于FGCT占用了总耗时的98.54%。
EC EU OC OU MC MU CCSC CCSU YGC YGCT FGC FGCT GCT...次数 YGCT ：从应用程序启动到采样时年轻代中gc所用时间(s) FGC ：从应用程序启动到采样时old代(全gc)gc次数 FGCT ：从应用程序启动到采样时old代(全gc)gc所用时间(s) GCT...当前压缩类空间大小 YGC ：从应用程序启动到采样时年轻代中gc次数 FGC ：从应用程序启动到采样时old代(全gc)gc次数 FGCT ：从应用程序启动到采样时old代(全gc)gc所用时间(s) GCT...> jstat -gcoldcapacity 18378 OGCMN OGCMX OGC OC YGC FGC FGCT GCT...> jstat -gccause 18378 S0 S1 E O M CCS YGC YGCT FGC FGCT GCT
EC EU OC OU MC MU CCSC CCSU YGC YGCT FGC FGCT GCT...EC EU OC OU MC MU CCSC CCSU YGC YGCT FGC FGCT GCT...EC EU OC OU MC MU CCSC CCSU YGC YGCT FGC FGCT GCT...EC EU OC OU MC MU CCSC CCSU YGC YGCT FGC FGCT GCT...GCT: 所有的垃圾回收时间. 欢迎关注笔者公众号：JavaPub，白嫖原创电子书及实战项目 !
接下来就是对基因的统一化： filterCommonGenes(input.f=OvarianCancerExpr,output.f="OV_10412genes.gct",...其中包括了以下参数：platform = c("affymetrix", "agilent", "illumina")，实例如下： estimateScore(input.ds ="OV_10412genes.gct...",output.ds="OV_estimate_score.gct", platform="affymetrix")#platform默认是affymetrix。...至此我们得到了我们想要的评估分数，我们还可以对其中的某个或者所有的样本进行可视化，我们就以一个样本为例： plotPurity(scores="OV_estimate_score.gct",samples...当然我们可以直接对我们最后的结果进行读出并提取我们想要的数据： scores=read.table("OV_estimate_score.gct",skip= 2,header = T) head(scores
", id="GeneSymbol") estimateScore(input.ds = "OV_10412genes.gct", output.ds...="OV_estimate_score.gct", platform="affymetrix") plotPurity(scores="OV_estimate_score.gct...", samples="s516", platform="affymetrix") scores=read.table("OV_estimate_score.gct",skip...rownames(scores)=scores[,1] scores=t(scores[,3:ncol(scores)]) scores 可以看到很简单的代码，首先把txt文档里面的表达矩阵读入R里面转为gct...格式，然后对gct格式的input表达矩阵使用estimateScore得到计算好的3个score值并且保存到本地文件。
sample_input.txt", package="estimate") filterCommonGenes(input.f=OvarianCancerExpr, output.f="OV_10412genes.gct...", id="GeneSymbol") input.f（输入数据中的行名必须是基因symbol或Entrez id） output.f----OV_10412genes.gct 然后计算肿瘤组织中的基质细胞和免疫细胞的评分...estimateScore("OV_10412genes.gct", "OV_estimate_score.gct", platform="affymetrix") 输出文件OV_estimate_score.gct...plotPurity(scores="OV_estimate_score.gct", samples="s516", platform="affymetrix") 当前路径查看肿瘤纯度—评估分数的相关性图
方法区使用大小 CCSC: 压缩类空间大小 CCSU: 压缩类空间使用大小 YGC： 年轻代垃圾回收次数 YGCT： 年轻代垃圾回收消耗时间 FGC： 老年代垃圾回收次数 FGCT： 老年代垃圾回收消耗时间 GCT...CCSC: 压缩类空间大小 CCSU: 压缩类空间使用大小 OC： 老年代大小 OU： 老年代使用大小 YGC： 年轻代垃圾回收次数 FGC： 老年代垃圾回收次数 FGCT： 老年代垃圾回收消耗时间 GCT...OGCMN： 老年代最小容量 OGCMX： 老年代最大容量 OGC： 当前老年代大小 OC： 老年代大小 YGC： 年轻代垃圾回收次数 FGC： 老年代垃圾回收次数 FGCT： 老年代垃圾回收消耗时间 GCT...当前元数据空间大小 CCSMN： 最小压缩类空间大小 CCSMX： 最大压缩类空间大小 CCSC： 当前压缩类空间大小 YGC： 年轻代垃圾回收次数 FGC： 老年代垃圾回收次数 FGCT： 老年代垃圾回收消耗时间 GCT...区当前使用比例 E： 伊甸园区使用比例 O： 老年代使用比例 M： 元数据区使用比例 CCS： 压缩使用比例 YGC： 年轻代垃圾回收次数 FGC： 老年代垃圾回收次数 FGCT： 老年代垃圾回收消耗时间 GCT
：幸存2区当前使用比例 E：伊甸园区使用比例 O：老年代使用比例 M：元数据区使用比例 CCS：压缩使用比例 YGC：年轻代垃圾回收次数 FGC：老年代垃圾回收次数 FGCT：老年代垃圾回收消耗时间 GCT...~]# jstat -gccause 5811 S0 S1 E O M CCS YGC YGCT FGC FGCT GCT...方法区使用大小 CCSC:压缩类空间大小 CCSU:压缩类空间使用大小 OC：老年代大小 OU：老年代使用大小 YGC：年轻代垃圾回收次数 FGC：老年代垃圾回收次数 FGCT：老年代垃圾回收消耗时间 GCT...# jstat -gcoldcapacity 5811 OGCMN OGCMX OGC OC YGC FGC FGCT GCT...参数解读 OGCMN：老年代最小容量 OGCMX：老年代最大容量 OGC：当前老年代大小 OC：老年代大小 YGC：年轻代垃圾回收次数 FGC：老年代垃圾回收次数 FGCT：老年代垃圾回收消耗时间 GCT
29530 # 0个参数的时候直接输出一次当前情况 S0 S1 E O M CCS YGC YGCT FGC FGCT GCT...# 1个参数时这个参数代表间隔时间，一直输出 S0 S1 E O M CCS YGC YGCT FGC FGCT GCT...29530 1000 Timestamp S0 S1 E O M CCS YGC YGCT FGC FGCT GCT...0.000 Timestamp S0 S1 E O M CCS YGC YGCT FGC FGCT GCT...0.000 Timestamp S0 S1 E O M CCS YGC YGCT FGC FGCT GCT
EC EU OC OU MC MU CCSC CCSU YGC YGCT FGC FGCT GCT...EC EU OC OU MC MU CCSC CCSU YGC YGCT FGC FGCT GCT...） CCSC：压缩类空间大小（KB） CCSU：压缩类空间使用大小（KB） YGC：年轻代垃圾回收次数 YGCT：年轻代垃圾回收消耗时间 FGC：老年代垃圾回收次数 FGCT：老年代垃圾回收消耗时间 GCT...用的总时间(s) -gcutil 垃圾回收统计 [root@zjq~]# jstat -gcutil 3346 #显示垃圾收集信息 S0 S1 E O M CCS YGC YGCT FGC FGCT GCT...次数 YGCT ：从应用程序启动到采样时年轻代中gc所用时间(s) FGC ：从应用程序启动到采样时old代(全gc)gc次数 FGCT ：从应用程序启动到采样时old代(全gc)gc所用时间(s) GCT
MU：方法区使用大小 CCSC:压缩类空间大小 CCSU:压缩类空间使用大小 YGC：年轻代垃圾回收次数 YGCT：年轻代垃圾回收消耗时间 FGC：老年代垃圾回收次数 FGCT：老年代垃圾回收消耗时间 GCT...\> jstat -gcoldcapacity 6368 OGCMN OGCMX OGC OC YGC FGC FGCT GCT...C:\> OGCMN：老年代最小容量 OGCMX：老年代最大容量 OGC：当前老年代大小 OC：老年代大小 YGC：年轻代垃圾回收次数 FGC：老年代垃圾回收次数 FGCT：老年代垃圾回收消耗时间 GCT...C:\> jstat -gcutil 6368 S0 S1 E O M CCS YGC YGCT FGC FGCT GCT...：幸存2区当前使用比例 E：伊甸园区使用比例 O：老年代使用比例 M：元数据区使用比例 CCS：压缩使用比例 YGC：年轻代垃圾回收次数 FGC：老年代垃圾回收次数 FGCT：老年代垃圾回收消耗时间 GCT
压缩类空间大小 - CCSU:压缩类空间使用大小 - YGC：年轻代垃圾回收次数 - YGCT：年轻代垃圾回收消耗时间 - FGC：老年代垃圾回收次数 - FGCT：老年代垃圾回收消耗时间 - GCT...区当前使用比例 E：伊甸园区使用比例 O：老年代使用比例 M：元数据区使用比例 CCS：压缩使用比例 YGC：年轻代垃圾回收次数 FGC：老年代垃圾回收次数 FGCT：老年代垃圾回收消耗时间 GCT...CCSMX：最大压缩类空间大小 CCSC：当前压缩类空间大小 YGC：年轻代垃圾回收次数 FGC：老年代垃圾回收次数 FGCT：老年代垃圾回收消耗时间 GCT...OGCMN：老年代最小容量 OGCMX：老年代最大容量 OGC：当前老年代大小 OC：老年代大小 YGC：年轻代垃圾回收次数 FGC：老年代垃圾回收次数 FGCT：老年代垃圾回收消耗时间 GCT
其中 Expression dataset 指的是我们选择的要分析的表达谱数据，也就是我们在之前介绍过的自己构建的 GCT 格式的文件。...我们选择官方数据来操作，进入以下网址， http://software.broadinstitute.org/gsea/datasets.jsp 选择P53的三个数据：p53_hgu95av2.gct...是芯片表达谱数据，我们一会儿会下载，但是不分析此数据，P53_collapsed.gct 是我们要进行分析的基因表达谱数据，p53.cls 是指包含表型标签的数据。...常见错误 2：gmt 文件的 gene 名称与 gct 文件的 gene 名称不匹配 解决办法： （1）采用与你数据的物种来源一致的 gene sets，即 gmt 文件。...简单一点，比如，若你的 gmt 文件用的是 MSigDB，可将你 gct 文件中的第一列设置为芯片探针名称，run 的时候将 collapse dataset to gene symbols 设置为 collapse
HV7BJ-R6GCT-VHBXD-YH4FD-GTH2T 87XPX-M3D6G-W4D39-VKVKR-DB8C7 HM7R6-FP6QB-XTDC3-MT442-FVPKM XJBYM-62WK4...-RCT9Y-XG3HQ-M2CMK HMYY4-TR62Q-9TT76-BDBHK-WPRPT HV7BJ-R6GCT-VHBXD-YH4FD-GTH2T http://zhidao.baidu.com
：幸存2区当前使用比例 E：伊甸园区使用比例 O：老年代使用比例 M：元数据区使用比例 CCS：压缩使用比例 YGC：年轻代垃圾回收次数 FGC：老年代垃圾回收次数 FGCT：老年代垃圾回收消耗时间 GCT...MU：方法区使用大小 CCSC:压缩类空间大小 CCSU:压缩类空间使用大小 YGC：年轻代垃圾回收次数 YGCT：年轻代垃圾回收消耗时间 FGC：老年代垃圾回收次数 FGCT：老年代垃圾回收消耗时间 GCT...方法区使用大小 CCSC:压缩类空间大小 CCSU:压缩类空间使用大小 OC：老年代大小 OU：老年代使用大小 YGC：年轻代垃圾回收次数 FGC：老年代垃圾回收次数 FGCT：老年代垃圾回收消耗时间 GCT...OGCMN：老年代最小容量 OGCMX：老年代最大容量 OGC：当前老年代大小 OC：老年代大小 YGC：年轻代垃圾回收次数 FGC：老年代垃圾回收次数 FGCT：老年代垃圾回收消耗时间 GCT：垃圾回收消耗总时间...当前元数据空间大小 CCSMN：最小压缩类空间大小 CCSMX：最大压缩类空间大小 CCSC：当前压缩类空间大小 YGC：年轻代垃圾回收次数 FGC：老年代垃圾回收次数 FGCT：老年代垃圾回收消耗时间 GCT
从应用程序启动到采样时 Young GC 所用的时间(单位秒) FGC — 从应用程序启动到采样时发生 Full GC 的次数 FGCT– 从应用程序启动到采样时 Full GC 所用的时间(单位秒) GCT...localhost bin]# jstat -gcutil 25444 S0 S1 E O P YGC YGCT FGC FGCT GCT...bin]# jstat -gcutil 25444 1000 5 S0 S1 E O P YGC YGCT FGC FGCT GCT...GCT 是YGCT 和FGCT的时间总和。 以上，介绍了Jstat按百分比查看gc情况的功能。...bin]# jstat -gcpermcapacity 25917 PGCMN PGCMX PGC PC YGC FGC FGCT GCT
CNV类似，IGV也可以以热图的形式展示基因表达量的数据，要求表达量文件的格式为gct, 示意如下 ?...GCT文件导入IGV之后，示意如下 ? 每个样本对应一个track, 根据表达量数值大小，颜色从蓝色过滤到红色，当然也可以通过菜单栏的View->Color Legends修改对应的图例 ?
S0U S1U EC EU OC OU PC PU YGC YGCT FGC FGCT GCT...GCT 从应用启动时到现在， 垃圾回收总时间....GCT=YGCT+FGCT 查看JIT编译的信息 [root@dev18 ~]# jstat -compiler 12905 Compiled Failed Invalid Time FailedType...@dev18 ~]# jstat -gcutil 12905 S0 S1 E O P YGC YGCT FGC FGCT GCT...root@dev18 ~]# jstat -gcold 12905 PC PU OC OU YGC FGC FGCT GCT
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