Biopython的PDB模块可以处理CONECT记录吗
Biopython的PDB模块可以处理CONECT记录。PDB（Protein Data Bank）是一个用于存储蛋白质结构的数据库，其中的CONECT记录用于描述原子之间的连接关系。Biopython是一个用于生物信息学的Python库，提供了处理PDB文件的功能。
在Biopython的PDB模块中，可以使用PDBParser类来解析PDB文件，并将其转换为Structure对象。通过Structure对象，可以访问PDB文件中的各种记录，包括CONECT记录。可以使用Structure对象的方法和属性来处理和获取CONECT记录的相关信息。
对于CONECT记录的处理，可以使用Structure对象的get_bonds方法来获取原子之间的连接关系。该方法返回一个包含连接关系的列表，每个连接关系由两个原子的索引组成。通过这些连接关系，可以进一步分析和处理蛋白质结构中的原子之间的关系。
Biopython的PDB模块提供了丰富的功能和方法，可以用于处理PDB文件中的各种记录和信息。它可以帮助研究人员和开发人员进行蛋白质结构的分析、建模和模拟等工作。
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更多关于Biopython的PDB模块的信息，请参考腾讯云官方文档：Biopython PDB模块文档
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我创建了一个简单的PDB文件，该文件含有非标准的聚乙二醇重复单元(CH2-O-CH2)，如下所示
REMARK Materials Studio PDB file
REMARK Created: Mon Dec 04 09:52:49 2017
ATOM 1 CT1 EGR H 1 -14.882 2.339 0.134 1.00 0.00 C
ATOM 2 HC11 EGR H 1 -14.677 2.559 1.234 1.00 0.00 H
ATOM
浏览 2提问于2017-12-04得票数 2
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我试图在我使用的外部模块中设置一个函数，但是monkeypatch似乎无法访问该函数，因为模块的命名空间在导入时会被覆盖。
具体来说，我在代码中使用了一个Bio.PDB.PDBList.PDBList对象(biopython模块)，我试图在中修补_urlretrieve，以防止对internet的调用，而不是从本地目录获取文件，而不必模拟PDBList的实例方法，这将大大增加工作的工作量。但当我尝试天真时：
m.setattr("Bio.PDB.PDBList._urlretrieve", mock_retrieve)
庞泰斯特抱怨：
AttributeError: '
浏览 1提问于2018-09-19得票数 1
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我想使用Biopython的PDBParser下载PDB文件，但是当我试图导入它时会出现这个错误：
回溯(最近一次调用)：文件“C：\Python27 27\TAREA 3 FINAL.PY"，第33行，HTML Bio.PDB导入*文件PDBParser第15行，PDBParser导入PDBParser文件PDBParser第13行，HTML numpy ImportError:没有名为numpy的模块
这里发生了什么事？
浏览 6提问于2012-05-25得票数 0
1回答
使用典型的pdb文件，我可以使用类似于Biopython文档中的方法计算结构中两个原子之间的距离。如下所示：
from Bio import PDB
parser = PDB.PDBParser()
pdb1 ='./4twu.pdb'
structure = parser.get_structure("4twu", pdb1)
model = structure[0]
chain = model['A']
residue1 = chain[1]
residue2 = chain[2]
atom1 = residue1['CA
浏览 5提问于2016-05-06得票数 2
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2回答
我正在使用Biopython对pdb文件执行各种操作。随后，我想向由Biopython生成的Biopython结构对象添加一些新原子。在Python中有没有好的/推荐的方法来做这件事。Biopython似乎只提供了写出pdb文件的现有元素的选项，而不是创建新的元素。
浏览 5提问于2019-11-10得票数 0
如果我们从PDB文件中重建一个蛋白质，有一个PDB文件就足够了，还是需要PDB之外的更多信息？
以BioPython框架为例。如果PDB文件外部需要任何信息，这个框架将它们存储在哪里？
我能打开看看那些文件吗？
浏览 11提问于2022-11-23得票数 -2
我是Python的新手，在BioPython中是否有任何函数来计算给定一个PDB文件的原子向量，并将坐标作为它的输入？
或
是否有一个BioPython函数来从PDB文件中分别提取坐标？
浏览 0提问于2016-10-17得票数 0
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我想知道如何使用biopython库将多个pdb写入单个pdb文件中。对于读取多个pdbs，例如核磁共振结构，在中有内容，但对于写入，我找不到。有人对此有什么想法吗？
浏览 0提问于2015-03-16得票数 4
1回答
我想使能够读取文件(修改后的文件被原子电荷和radius替换为占用率和B因子)。
Biopython解析器无法读取Bfactor，因为它通过PDB列索引检索值( PQR格式不遵守该值)。
标准PDB原子记录的示例：
ATOM 1 N LEU 1 3.469 24.678 1.940 1.00 48.46 N
1.00为占用，48.46为bfactor
与PQR :
ATOM 1 N LEU 1 3.469 24.678 1.940 0.1010 1.8240
0.1010是电荷，1.82
浏览 6提问于2012-11-13得票数 2
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我正在尝试使用Bio.PDB模块(BioPython)下载PDB文件。注册号列表来自一只熊猫DataFrame。这是我目前使用的代码：
def get_pdb(accession, dir='/Users/my_folder'):
pdb1 = PDBList()
pdb1.retrieve_pdb_file(accession, pdir=dir)
for i in df.loc[:, 'Structure_(PDB)_id']:
get_pdb(i)
代码能够将2个文件下载到my_folder，但是之后，出现了这个错误：550 Ca
浏览 3提问于2018-04-04得票数 0
使用Biopython的Bio.PDB.PDBList从PDB下载一些蛋白质数据
这是一分钟。可复制的例子：
from Bio.PDB import PDBList
pdbl=PDBList()
pdbl.retrieve_pdb_file('1GAV', file_format="pdb")
这将返回：
Downloading PDB structure '1GAV'...
Desired structure doesn't exists
所需的行为是将PDB文件下载到工作目录。
可能有用的信息：
使用python 3
不想下载
浏览 12提问于2020-07-09得票数 0
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我正在尝试使用biopython和python3自动下载pdbs。然而，对于一些pdbs，我有一个问题，我得到了一个404错误。
urllib.error.HTTPError: HTTP Error 404: Not Found
一个例子，它不工作，但应该是: 4YUU，pdb文件存在于数据库中，我看不出与下载的pdb biopython有任何不同。任何帮助都将不胜感激。
使用的代码如下：
import Bio
from Bio.PDB import PDBList
pdbl=PDBList()
pdbl.retrieve_pdb_file('4YUU')
浏览 18提问于2017-03-16得票数 1
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我有一堆蛋白质，来自一种叫做蛋白质网的东西。现在那里的序列有某种ID，但它显然不是PDB id，所以我需要用其他方法找到它。对于每种蛋白质，我都有其氨基酸序列。我正在使用biopython，但我还不是很有经验，在指南中找不到它。
所以我的问题是，如果我有蛋白质的氨基酸序列，我如何找到蛋白质PDB id？(这样我就可以下载蛋白质的PDB文件)
浏览 32提问于2021-03-12得票数 1
尽管PDB中存在一些pdbs，但它们不能使用biopython从PDB下载。它会产生错误。此代码用于下载pdb (2j8e)，它无法下载，但是它可以用于其他pdb。
Python 2.7.4 (default, May 14 2013, 09:41:12)
[GCC 4.4.6 20120305 (Red Hat 4.4.6-4)] on linux2
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> from B
浏览 4提问于2014-10-07得票数 0
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我遇到了一个问题
cds_to_protein = str(feature.extract(record).seq.translate(to_stop = True))
会抛出一个Biopython警告。所以我需要看看是什么记录和特征传递给它，从而导致了这个警告。
是否有一种方法可以使用pdb或其他调试器查看函数中的参数？
编辑:我使用python -Werror -m pdb script.py，它可以在出现警告时停止pdb
我也增加了
saved_record = record
saved_feature = feature
为了救他们但我不知道是否有必要。我应该把它们变成
浏览 3提问于2016-09-27得票数 1
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例如..。我有两个脚本来查看一个(多序列对齐) MSA是否有50多个列，缺口小于50%。
第一个使用BioPython的是4.2秒，包含16281个序列，列为609列(PF00085格式为fasta格式)。Biopython的多序列比对对象的图腾方法耗费了大量的时间。
第二种方法使用简单的IO来生成2D Numpy Array和MSA，使用1.2秒的进行相同的对齐。
我认为MSA对象的Numpy方法可能更有用、更快，例如，可以使用布尔numpy数组来选择特定的行和列。实际上，删除和选择列(例如，删除具有50%间隙的列)非常耗时，在Biopython中没有很好地实现。我认为这对于PDB坐标的nx
浏览 8提问于2012-11-25得票数 5
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我正在使用Biopython的PDBParser模块来读取PDB文件。我需要找出哪些模型/链属于RNA链。有什么简单的方法可以做到这一点吗？
浏览 49提问于2021-10-28得票数 0
是否有PDB文件(蛋白质数据库)的解析器，可以从标题/备注部分提取(大多数)信息，如细化统计数据等？
可能值得注意的是，我主要感兴趣的是在文件生成后立即访问数据，而不是从已经存放在蛋白质数据库中的结构中访问数据。这意味着有相当多的不同的“适当”格式需要处理，这取决于所使用的改进软件。
我看过Biopython，但他们在FAQ中明确表示：“如果您对PDB头文件的数据挖掘感兴趣，那么您可能想看看其他地方，因为对此的支持有限。”
我很清楚，从mmCIF文件中提取这些信息要容易得多，但不幸的是，这些信息仍然不是许多大分子结晶学程序的常规输出。
浏览 6提问于2016-08-17得票数 0
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1回答
我已经下载了库，但是找不到关于如何使用它的任何信息。我已经尝试过读取文档字符串，到目前为止，我已经能够编写出以下代码：
from pprint import pprint
from PalmDB.PalmDatabase import PalmDatabase
pdb = PalmDatabase()
with open('testdb.pdb','rb') as data:
pdb.fromByteArray(data.read())
pprint(dir(pdb))
pprint(pdb.attributes)
print pdb.__doc_
浏览 1提问于2009-11-09得票数 0
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我和Biopython一起工作。我想找出残留物中的原子。
from Bio import PDB
pdb = "1dly.pdb"
name = pdb[:3]
p = PDB.PDBParser()
s = p.get_structure(name, pdb)
y = s.get_residues()
for x in y:
print x, x.resname
我知道了残留物的名字，但我需要把原子放进残留物里。我怎么能这么做？
浏览 0提问于2014-01-08得票数 3
6回答
如果导入定义属于包的同名类的模块，则会将其导入为类，而不是因为父包的__init__.py而导入模块。详情请参见。在Python或ipython中，如果我这样做了
from MyPak import MyMod
MyModule总是作为类导入，因此我无法重新加载它(重载()只用于模块)。跑
from MyPak import MyMod
同样，似乎没有更新类定义。有人能提出在python中更新类的方法吗？
ps。而不重新启动python解释器。
pps.以防万一您手头有代码并想对其进行测试:我实际上是在谈论BioPython，我正在开发Bio.PDB.PDBParser。我有一个ipython
浏览 9提问于2011-08-04得票数 81
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我试图使用Biopython拆分大量pdb文件，然后将它们保存为名为pdbid_chain.pdb的单独文件。到目前为止，我没有成功。此外，我对python非常陌生。
任何帮助都是非常感谢的！
这是我的代码：
#pdb_list contains a list of 208 pdb structures
io = PDBIO()
#parse structures
for f in pdb_list:
pdb_parsed = PDBParser().get_structure(pdb_ids, str(PDB_RAW_DIR) + '/' + f)
浏览 14提问于2022-03-05得票数 0
我正在使用Biopython将结构加载到我的代码中。然后，我通过PyRosetta将它们转换为姿势，因为我想将我的theo结构与PDB网站结构对齐。这是我的代码： pdbl = PDBList()
native_pdb = pdbl.retrieve_pdb_file('%s' %protein, pdir='/my/directory/path/test_natives', file_format='pdb')
native_pose = pose_from_pdb(native_pdb) 但是retrieve_pdb_file会创建.ent
浏览 82提问于2021-06-21得票数 0
我在一个文件夹中有大约700个文本文件，每个文件如下所示：
ATOM 46 H17 21Q A 1 8.755 9.236 19.160 1.00 10.00 H
ATOM 47 H18 21Q A 1 4.986 13.632 21.286 1.00 10.00 H
ATOM 48 H19 21Q A 1 4.073 12.279 20.536 1.00 10.00 H
ATOM 49 H20 21Q A 1
浏览 1提问于2014-07-09得票数 1
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from Bio import PDB
pdb1 = PDB.PDBList()
pdb1.retrieve_pdb_file("1CRK") #downloads the .pdb file from the internet
parser = PDB.PDBParser(PERMISSIVE=1)
structure = parser.get_structure("1CRK",r'C:\Users\Sam\AppData\Local\Enthought\Canopy\User\Lib\site-packages\Bio\cr\pdb1crk.ent&
浏览 3提问于2015-04-17得票数 0
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1回答
我想重命名PDB文件‘6 6gch’- 的链。
我查过Biopython手册，似乎找不到任何东西。任何输入都会有很大帮助！
浏览 25提问于2021-12-06得票数 1
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我确信我已经在Biopython的PDB模块中发现了一个可能的错误。简而言之，我一直在从PDB的2r09结构中寻找配体。这个结构包含两个相同的"4IP“杂残基的拷贝，它们都与蛋白质分子紧密相连。您可以在这里很清楚地看到它：。
然而，在解析过程中发生了一些奇怪的事情，4IP残馀之一的坐标发生了很大的变化，因此不再是它应该在的位置。事实上，它明显地改变了它原来的位置。我已经手动比较了pdb文件中的坐标和我使用biopython获得的坐标，而且它们确实不匹配。此外，当我在没有对其进行任何额外操作的情况下将打开的结构保存在biopython中时，我得到了错误的结果，这是通过在打开之前和之后可视
浏览 23提问于2022-08-25得票数 0
我有一个pdb文件，我想解析pdb。我也在使用Biopython。我要把N坐标列在每一个残余物的列表中。我怎样才能做到这一点？
pdb = "1dly.pdb"
name = pdb[:3]
from Bio import PDB
from ast import literal_eval
p = PDB.PDBParser()
s = p.get_structure(name, pdb)
#print dir(s)
#y = s.get_residues()
z = s.get_atoms()
for x in z:
print x, x.get_coord()
我
浏览 1提问于2014-01-08得票数 0
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1回答
我在awk中是新的，如果列1有HETATM这个词，我将尝试修改第3列(与NR相关的数字)。
我的输入文件是：
HETATM 25 O UNL 1 86.047 83.059 103.165 1.00 0.00 O
HETATM 26 N UNL 1 87.071 82.457 102.433 1.00 0.00 N
HETATM 27 C UNL 1 91.764 77.729 97.523 1.00 0.00 C
HETATM
浏览 3提问于2021-05-26得票数 1
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我正在编写一个脚本，重新命名蛋白质结构(CIF文件)，然后保存它们(PDB文件: Biopython没有CIF保存功能)。
对于我使用的大多数文件，它都能工作。但是对于6ek0.pdb、5t2c.pdb和4v6x.pdb这样的文件，我总是为io.save函数的同一行获取相同的TypeError。当我不对文件重新编号时，也会出现错误，只有这样的输入和输出：
from Bio import PDB
io = PDB.PDBIO()
pdb_parser = PDB.MMCIFParser()
pdbfile = '/Users/jbibbe/Documents/2018Mastersta
浏览 1提问于2018-05-29得票数 1
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我有一个PDB文件，我需要提取它的剩余序列号(resseqs)。基于对PDB文件前几行的手动检查(粘贴在下面)，我认为resseq应该是[22, 23, ...]。然而，Biopython的模块却提出了不同的建议(输出也附在下面)。我想知道这是否是Biopython错误，还是我在理解PDB格式方面有问题。
ATOM 1 N GLY A 22 78.171 89.858 59.231 1.00 21.24 N
ATOM 2 CA GLY A 22 79.174 88.827 58.999 1.00 20.8
浏览 1提问于2017-08-02得票数 2
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我目前正在使用pymol的iterate来获得所有的残基数字，然后我使用这些数字来检索残基名称。我不认为这是最好的方法。我试图在biopython中寻找一种方法，但无济于事。我将非常感谢您的意见和建议。
一个次要问题，有时甚至连chaini.resname都会给我一个带有一定残差的KeyError：(‘'，'number'，’')，这让我使用了try和except块。有其他选择吗？
from Bio import *
from Bio.PDB.PDBParser import PDBParser
from Bio.PDB.Polypeptide import P
浏览 37提问于2017-03-17得票数 2
1回答
我有一个PDB文件'1abz‘()，它包含一个蛋白质结构的坐标。请忽略标题注释的行，有趣的信息从第276行开始，上面写着“型号1”。
我想将坐标转换为原点的参考帧(即x=0、y=0、z=0)，并生成一个新的坐标文件。
我阅读了biopython教程()，使用了Atom ()的转换方法，并想出了这个脚本，但没有成功。
我该怎么做呢？事先非常感谢！
from Bio import PDB
import numpy as np
parser = PDB.PDBParser()
io = PDB.PDBIO()
struct = parser.get_structure('1abz&
浏览 2提问于2017-12-14得票数 1
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3回答
如何编写字符串算法
、、、、
给定一个FASTA文本文件(Rosalind_gc.txt)，我应该检查每个DNA记录并确定鸟嘌呤胞嘧啶(GC)含量的百分比(%)。 这方面的示例如下： 样本数据集： >Rosalind_6404
CCTGCGGAAGATCGGCACTAGAATAGCCAGAACCGTTTCTCTGAGGCTTCCGGCCTTCCC
TCCCACTAATAATTCTGAGG
>Rosalind_5959
CCATCGGTAGCGCATCCTTAGTCCAATTAAGTCCCTATCCAGGCGCTCCGCCGAAGGTCT
ATATCCATTTGTCAGCAGACACGC
>Ros
浏览 22提问于2019-05-30得票数 0
我找不到使用Windows Power Shell的arpeggio输出文件(算法是为Linux创建的)
我尝试添加>来创建输出文本文件，但这只创建了以下内容的输出文件：
INFO//08:56:42.365//Program begin.
INFO//08:56:42.402//Loaded PDB structure (BioPython)
INFO//08:56:42.403//Detected that the input structure contains hydrogens. Hydrogen addition will be skipped.
INFO//08:56:42
浏览 0提问于2019-07-08得票数 0
我正在尝试在Jupyter Notebook，Anaconda，Ubuntu 16.04中安装biopython。我遵循biopython website中的过程，它在python上运行。 Python 3.6.8 |Anaconda, Inc.| (default, Dec 30 2018, 01:22:34)
[GCC 7.3.0] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> imp
浏览 25提问于2019-03-21得票数 0
我正在尝试识别3D蛋白质结构中接触的氨基酸残基。我是BioPython新手，但我发现这个网站很有帮助
遵循他们的线索(我将在这里重现以完成；但是请注意，我使用的是不同的蛋白质)：
import Bio.PDB
import numpy as np
pdb_code = "1QHW"
pdb_filename = "1qhw.pdb"
def calc_residue_dist(residue_one, residue_two) :
"""Returns the C-alpha distance between two res
浏览 1提问于2017-06-08得票数 1
我被这部分卡住了。我已经生成了使用Biopython生成所需序列的代码。下面是我的代码。如何修改此代码，以便在我当前的工作目录中保存为快速文件。
for record in SeqIO.parse("4N8C.pdb", "pdb-seqres"):
print('>'+s+'_chain_'+record.annotations['chain']+'\n'+record.seq)
>my_protein_chain_H
QVQLQQSGPEVVRPGVSVRI
浏览 34提问于2020-11-14得票数 0
我从pdb文件中分析了一个残留物列表：
res_list=PDB.Selection.unfold_entities(Find_chain(par), 'R')
(Find_chain是一个选择我需要的链的函数)，我正在对所有的残差做一个循环，计算每个残余物的特定因子。但是我也需要"resseq“(因为，如果我理解的话，它就是pdb文件中报告的剩余数)。如果我做了
for residue in res_list:
print residue
我得到了
<Residue SER het= resseq=1 icode= >
<Residue GL
浏览 3提问于2014-10-31得票数 0
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我正在尝试通过Biopython运行DSSP，几个月前代码还可以工作，但是现在我遇到了这个错误。任何帮助都将不胜感激。
>>>from Bio.PDB.PDBParser import PDBParser
>>>from Bio.PDB.DSSP import DSSP
>>>p=PDBParser(PERMISSIVE=1)
>>>st= p.get_structure('1bzq','1bzqK.pdb')
>>>model=st[0]
>>>dssp
浏览 0提问于2017-11-23得票数 0
1回答
即时通信工具使用SQL Server 2005和Delphi 2010
我有一个表ventas，其中id_venta (PK)= id_sale，total(销售)，(更多值)，estado=state(活动/非活动)和cumulative。
该表记录了一个商店的所有商品的销售额，我需要逐行记录总销售额的累计和。如果一天中有多个班次，我使用state字段指定班次中的销售额。我正在使用这个查询：
Declare @id integer;
set @id=(Select min(id_venta) from ventas where estado='activo');
whil
浏览 3提问于2012-09-07得票数 1
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1回答
通过使用biopython库，我希望在我的pdb文件中添加链in。我在用
p = PDBParser()
structure=p.get_structure('mypdb',mypdb.pdb)
model=structure[0]
model.child_list=["A","B"]
但我发现了一个错误：
Traceback (most recent call last):
File "../../principal_axis_v3.py", line 319, in <module>
main()
浏览 0提问于2015-10-27得票数 2
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我有一个目录中的PDB(文本文件)文件。我想打印每个PDB文件的子单元数。
读取以ATOM开头的pdb文件中的所有行
ATOM行的第五列包含A、B、C、D等。
如果只包含A，则子单元数为1。如果包含A和B，则子单元数为2。如果包含A、B和C，则子单元数为3。
1kg2.pdb文件
ATOM 1363 N ASN A 258 82.149 -23.468 9.733 1.00 57.80 N
ATOM 1364 CA ASN A 258 82.494 -22.084 9.356 1.00 62.98
浏览 2提问于2012-09-15得票数 0
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假设我有一个非常基本的程序，它肯定会抛出一个异常。我在它中添加了一个pdb.set_trace()，我希望能够在发生错误时查看一下。
import pdb
from random import randint
def two_possible_errors(input):
try:
assert input % 2, "error!"
assert not input % 2, "error!"
except Exception, e:
pdb.set_trace()
raise
浏览 4提问于2015-11-07得票数 3
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2回答
我是bash脚本的初学者，但我尝试在REMARK time 20.00之前删除pdb文件(test.pdb)中的所有内容，并从REMARK time 30.00删除到该文件的末尾。我使用这个sed命令，如下所示：
sed 's/^.*\(REMARK time 20.00.*REMARK time 30.00\).*$/\1/' test.pdb > end.pdb
不幸的是，上面的命令生成完全为空的end.pdb文件。你能帮我解决这个问题吗？
我的test.pdb文件如下：
REMARK time 10.00
浏览 0提问于2022-08-17得票数 1
我刚开始安装python软件包。
我刚刚安装了Biopython，方法是转到源代码(从github下载)并运行：
python setup.py build
我的问题是-我现在可以扔掉我的桌面上的源代码文件(文件夹)吗？还是我必须把它们保存在那里才能让Biopython包起作用？
浏览 5提问于2014-09-11得票数 2
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我有一个.fasta文件(必要的.txt)，大约有145000个条目，格式如下
>gi|393182|gb|AAA40101.1| cytokine [Mus musculus]
MDAKVVAVLALVLAALCISDGKPVSLSYRCPCRFFESHIARANVKHLKILNTPNCALQIVARLKNNNRQV
CIDPKLKWIQEYLEKALNKRLKM
>gi|378792467|pdb|3UNH|Y Chain Y, Mouse 20s Immunoproteasome
TTTLAFKFQHGVIVAVDSRATAGSYISSLRMNKVIEINPYLLGTMSG
浏览 2提问于2012-04-04得票数 1
回答已采纳
我正在尝试运行一个使用Biopython中的模块Bio.SeqUtils.ProtParam的脚本。我使用的是mac电脑，而且我确实安装了biopython。
提前感谢您的帮助。
浏览 0提问于2015-03-16得票数 0
1回答
我有一个PDB文件'1abz‘()，包含有23个不同模型(编号为模型1-23)的蛋白质结构的坐标。请忽略标题注释，有趣的信息从第276行开始，上面写着“型号1”。
我想计算一种蛋白质的平均结构。蛋白质的PDB文件包含多个构象/模型，我想计算每个剩余原子的平均坐标，这样我就得到了一个构象/模型。
我不知道如何使用Biopython，所以我试着用Pandas计算出平均坐标。我想我已经计算出了平均值，但是现在的问题是我有一个不再是PDB格式的csv文件，所以我不能将这个文件加载到PyMol中。
我的问题是，如何将我的csv文件转换成PDB格式。更好的是，如何在不损害原始pdb文件格式的情况下
浏览 3提问于2018-03-19得票数 5
回答已采纳
我正在使用BioPython将Perl代码转换为Python代码。
我得到了类似这样的东西：
my $db = Bio::DB::Fasta->new($path,$options)
我正在寻找Biopython中类似的函数。有像这样的东西吗？
浏览 18提问于2016-09-09得票数 1
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