1回答
目的是在Python中编码蛋白质序列的理论胰蛋白酶切割。胰蛋白酶的切割(切割)规则是:在R或K之后，但不在P之前(即胰蛋白酶在每个K或R之后切割蛋白质序列，除非(K或R)后面跟着一个P)。这是我的正则表达式：
pattern = re.compile('[KR]?[^P].*?[KR](?!
浏览 40提问于2013-08-22得票数 2
回答已采纳
4回答
(理论上) 切割序列是否存在正则表达式？胰蛋白酶的切割规律是:R或K之后，而P.示例： VGTK MPCTEDYLSLILNR my @peptides = split /someRegularExpression/, $se
浏览 4提问于2009-12-04得票数 9
回答已采纳
因此，我正在使用Perl regex对DNA序列做一个基本的限制摘要，其中包含两种酶。我有一个更大的程序可以工作，但似乎我应该能够用正则表达式在几行代码中完成这个任务。输入： CATCCCCCGTCAAAAACACTTGAAAAACAT酶2切割位点： TGCATCCCCCGTCA
TGAAAAACA
浏览 1提问于2014-07-26得票数 0
我尝试在Python中编写蛋白质序列的理论胰蛋白酶切割代码。胰蛋白酶的切割规则是:在R或K之后，但不在P之前(即胰蛋白酶在每个K或R之后切割蛋白质序列，除非(K或R)后面跟着一个P)。示例:序列MVPPPPSRGGAAKPGQLGRSLGPLLLLLRPEEPEDGDREICSESK的切割(cut)应产生以下4个序列(肽)：GGAAKPGQLGR
浏览 0提问于2011-05-29得票数 7
4回答
任务是：输出的DNA片段将按照它们在dna文件中出现的顺序排列。输出文件的名称应该通过将限制酶的名称附加到DNA文件的名称，并在它们之间加上下划线来构造。子程序酶:从命令行读取和存储酶文件中的行，以将酶首字母缩略词与切割位置分开的方式解析该文件。将裁剪作为正则表达式存储在哈希表中，在哈希表中存储首字母缩略词
浏览 4提问于2010-11-28得票数 3
回答已采纳
2回答
所以，我正在用一种酶来消化一个蛋白质序列(为了引起你的好奇心，我称之为Asp-N)，它在由B或D编码的蛋白质之前，以一个单字母编码的序列进行切割。我的实际分析使用String#scan进行捕获。我正在尝试找出为什么下面的正则表达式不能正确地消化它...其中先行(.*\b)的存在是为了捕获序列的结尾。我的正则表达式做错了什么？
浏览 3提问于2011-05-19得票数 9
回答已采纳
1回答
我们使用零宽度正则表达式字符串来指定氨基酸符号字符串(基本上是A-Z)中有效切割位点的位置。例如，蛋白水解酶胰蛋白酶在K或R之后裂解，除非后面跟着P ((?<=[KR])(?!P))。我想将这些正则表达式转换为该领域中常见的"cut/no-cut“表示法。例如，胰蛋白酶在"KR“之后切割，而不切割"P”。我想将其更改为支持更复杂的正则表达式，比如多个字符、非捕获组、字符集、字符集的范围、取
浏览 0提问于2012-01-18得票数 2
回答已采纳
1回答
EcoRI GACGTC found at 22-27虽然这与我想要实现的目标非常接近，但我真正想要做的是使用“参考酶”根据散列中每个参考酶键的相关联的“酶串”值进行切割位置选择。因此，对于我的散列中的每个酶键，我根据键的相关字符串在序列$seq中找到一个站点，并在键的哈希值中从与该字符串关联的数字中找到一个“剪切站点”。这个数字是指酶串"1“之后的切割位置。切
浏览 2提问于2014-11-17得票数 0
5回答
我正在寻找一个正则表达式，它可以包含像/ \ . ' "这样的特殊切割机。简而言之，我想要一个可以与以下内容相匹配的正则表达式：我正在制作一个php脚本来检查某个字符串是否有上面的内容
浏览 7提问于2011-03-09得票数 3
回答已采纳
我正在研究中描述的切割库存问题。现在问题的起点是，对于给定的可能切割，即14,31,36,45，长度为100的木板可以被切割成37种可能的模式。是否存在可以在R中使用的现有算法，该算法将列出给定的所有大小和单个切割的所有可能的组合在这种情况下37
浏览 0提问于2018-03-25得票数 0
2回答
我对正则表达式非常陌生，但我决定使用它们来取消PHP数组的序列化。以下是一些背景信息： new_dict = dict(enumerate(industry_list))然而，我想知道是否不能用一个正则表达式而不是两个正则表达式来
浏览 1提问于2016-01-04得票数 2
回答已采纳
1回答
给定网络G=(V，E)，最大流f和e中的一条边e，我需要找到一个有效的算法来检测是否存在包含e的最小切割。另一个问题是，如果我发现e包含在某个最小切割中，是否可以检测到它是否是穿过切割的最轻边？
浏览 6提问于2013-06-07得票数 5
回答已采纳
4回答
如果我想切割一个没有本地安装软件的视频，我会去谷歌搜索“在线视频切割器”。出现了很多很好的选择。我的问题是双重的：像这样的东西已经存在了吗？
浏览 0提问于2023-02-24得票数 1
我目前正在设计一个支持向量机来预测某个特定的氨基酸序列是否会被蛋白酶切割。到目前为止，支持向量机方法似乎运行得很好：
我希望可视化这两类之间的距离(剪切和未切割)，因此我尝试使用线性判别分析，这与主成分分析类似，使用以下代码：
from sklearn.discriminant_analysis
浏览 1提问于2016-08-22得票数 2
回答已采纳
例如，Watir 1.6.2：
有人告诉我，4027不包括通过gem install或gem update制作的安装。
浏览 4提问于2009-12-03得票数 0
回答已采纳
当单元测试响应组件时，我通常根据支柱的存在或内容来检查子节点的存在。
对于酶，我在浅层包装器或挂载包装器上找到使用.find的元素，然后检查它的长度是否为1。
浏览 0提问于2016-04-22得票数 5
回答已采纳
扫码
添加站长 进交流群
领取专属 10元无门槛券
手把手带您无忧上云
相关资讯
热门标签
云服务器
ICP备案
腾讯会议
云直播
对象存储活动推荐
腾讯云开发者
