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连接树状图和热图
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unit(c(1,-1,1,1),"cm"))
dendrogram顶部和底部的分支似乎向中心挤压所以我再次尝试plot_grid，认为align='v'可以在这里工作：dend2.plot <- ggplot(gg.dend,labels=F)+scale_y_reverse因此，我想知道是否有办法绕过它，或者以
浏览 9提问于2017-02-05得票数 28
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我有一个基因表达数据集，并想显示一个热图的，一些的基因。首先，我想对所有的基因进行分层聚类，然后创建一个树状图，然后在这些基因的子集上创建一个热图。显式地说，heatmap将具有与已经创建的树状图相同的列，但显示的行较少。我试着使用下面的代码，但是它似乎是基于缩减矩阵对集群进行重新排序。scale = "none", )
我试过设置clust
浏览 2提问于2019-02-20得票数 0
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用树状图和样品标签绘制热图
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使用heatmap函数made4，我从示例文件中创建了这个热图树状图：heatplot(khan$train[1:30,], lowcol="blue", highcol="red")
本例中的标签是与热图第一次和顶部行相邻的正方形，用于表示每个样本的标签，以便人们可以看到标签是否与热图
浏览 1提问于2013-07-25得票数 4
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我使用下面的R代码来获得一些数据的热图；热图在列的顶部显示一个树状图，但我宁愿树状图的长度更短，以便在热图的底部留出足够的空间来放置一些长的列标签。有没有办法调整树状图的长度？
浏览 1提问于2012-08-13得票数 1
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我已经对我的样本进行了聚类，并且有一个来自hclust的树状图，我想用它在热图中排序我的样本，同时也显示树状图。我尝试使用我的hclust对象作为一个树状图，并将它传递给Colv，但是无论出于什么原因，我的热图中的样本顺序实际上是随机的，而树状图看起来是正确的。当我提取样本的顺序在我的树状图和重新排序我的输入矩阵根据这个顺序(没有树状图<
浏览 5提问于2017-11-29得票数 0
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理解R中的“标度”
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我有数据(mydata)，我想用它来制作一个热图，并且有一个非常强的正斜度。我为scale(mydata)和log(my data)创建了一个带有树状图的热图，两者的树状图是不同的。为什么？缩放我的数据和日志转换我的数据意味着什么？如果我想查看显示数据列之间关系的树状图，那么哪一种方法更合适呢？
谢谢你的帮助！我读过这些定义，但它们在我头上呼啸而过。
浏览 7提问于2013-11-28得票数 79
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我正在使用seaborn.clustermap创建一个有序的热图。我希望能够分别保存树状图和热图。有没有办法把这三者分开。
我创建热图/树形图组合的代码如下所示。
浏览 1提问于2020-11-17得票数 0
在调用NMF包aheatmap或heatmap.2时，如何使R绘制树状图标度(以便解释每个树状图的高度)和热图？这些树状图显示了规模：，这是执行plot(hclust(...))的默认行为，我想仿真一下，但不确定如何通过heatmap函数来实现。
浏览 0提问于2014-03-17得票数 1
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我试图在一个网格中绘制图像，其中有几个是4倍的大小。我确信这是一个众所周知的布局算法，但我不知道它叫什么。更新了以便更具体，让我们将其限制在示例中只显示两个大小的情况下。可以有无限多的项目，在它们之间有一个固定的边距。希望能澄清一切。
浏览 4提问于2011-06-24得票数 2
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我正试图用Python巧妙地创建一个集群热图(带有树状图)。他们在他们的网站上做的不是很好的扩展，我已经找到了各种各样的解决方案，但大多数是在R或JavaScript。我正在尝试创建一个热图，其中只包含来自热图左侧的树状图，显示跨y轴的集群(从分层聚类)。一个非常好看的例子就是这个例子：。我的目的是创建这样的东西，但只有左边的树状图。
浏览 15提问于2021-03-09得票数 3
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我已经使用heatmap.3生成了这个热图。聚类是基于树状图执行的，但为了演示的目的，我想重新排序节点，以便在维护树状图的同时，使深蓝色位于左侧，深红色位于右侧。as.dendrogram(myclust(mydist(heatdata.scaled))),10:1，agglo.FUN=colSums)
但colSums(heatdata.scaled)并未存储在树状图中如何1)使用colSums(heatdata.scaled)对节点重新排序2)在热
浏览 0提问于2016-05-30得票数 1
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默认情况下，R的heatmap将对行和列进行集群：heatmap(mtscaled, scale='none')我可以禁用群集：然后树状图就消失了：
但是现在数据不再是聚集的了。我不希望显示树状图，但我仍然希望将行和/或列聚集在一起。我该怎么做？
浏览 1提问于2015-04-27得票数 10
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热图生成
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我需要一些关于在R中用heatmap.2生成热图的建议，我有一个基因表达值矩阵，它有15,616行和27列，用于生成热图。问题是我正在使用的代码是创建热图，但是可视化效果并不好，因为矩阵大小很大。那么，你能给我一些建议，如何从这么大的矩阵中得到一个合适的热图吗？我正在附加用于生成热图和收到的警告的命令。如果有人能帮助我调整尺寸以生成一个合适的热图
浏览 3提问于2013-05-07得票数 1
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我的目的是有一个热图与相关的树状图，并在热图上的聚类的方块识别。到目前为止，我尝试了来自hclust包的gplots，我可以用下面的代码在树状图上绘制矩形：b <- as.dist0.95 0.43f 0.9 0.63 0.84 0.43 0.14 1
我尝试了这段代码来
浏览 6提问于2015-01-20得票数 0
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在R中，有一个用树状图生成热图的函数，称为pheatmap::pheatmap。minkowski是pheatmap绘制树状图的距离测量选项之一。
浏览 17提问于2017-06-16得票数 0
1回答
最小示例和包文档()：superheat(mtcars, scalei还热衷于提取和应用相同的树状图到不同的数据集(具有相同的变量)。因此，这就是我想要达到的目标的例子：
浏览 5提问于2020-07-30得票数 0
3回答
下面的代码用树状图创建1.Dendgram和2.heatmaphclustfunc <- function(x) hclust(x, method="completecutree(fit, k=5)
rect.hclust(fit, k=5, border="red")现在我想用树状图创建一个热图,dendr
浏览 6提问于2013-12-03得票数 5
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