在2016版的EXCEL里，有很多以前版本没有的图表，比如旭日图和树状图，这两个图我相信很多小伙伴几乎没有用过，今天我们来讲讲这两个图。...首先旭日图和树状图都是表示数据成分关系的图表，他们可以用视觉化的形式来表示一系列数据所占比例的成分，当然他和饼图比起来更加的直观，饼图相对来说能表达的数据有限，超过6个数据，用饼图来表示就会感觉比较的复杂...，但是树状图和旭日图可以应用到大量的类别的数据成分里，通过不同的颜色和不同的形状进行表示，我们先来看一下树状图。...我们客户尝试用树状图。...这个里面我们有2个层级的数据，一个是门店，一个是每个门店卖的手机的型号和每个手机的销量，这个时候如果要去做分析，当然一种方法是用数据透视表和数据透视图，但是我们也可以尝试用旭日图来表述，我们看下面的图：
欢迎关注R语言数据分析指南 ❝本节来介绍如何在R中绘制树状热图，通过「sourmashconsumr」 & 「metacoder」两个R包的案例来进行介绍，更多详细的内容请参考作者官方文档。...Arcadia-Science/sourmashconsumr") library(sourmashconsumr) # 用于处理sourmash文件 library(tidyverse) # 用于数据处理和可视化...order", groups = metadata) 设置随机种子 set.seed(1) 绘制树状图热图...layout = "davidson-harel", initial_layout = "reingold-tilford") 进行组间比较，并绘制树状热图...- calc_n_samples(obj, "tax_abund", groups = hmp_samples$body_site, cols = hmp_samples$sample_id) 绘制树状图热图
▼ 树状图（treemap）是一种经常用来展示多层级数据的分析工具。主要是使用矩形的面积、颜色、来显示复杂的层级数据关系，能够直观体现同级数据之间的比较。...exce2010及以下版本的内置图表库中没有树状图的样式，但是可以通过加载第三方插件的方式制作树形图，excel2013则可以通过应用商店插件完成树形图制作，而从office2016预览版开始，excel...已经内置有了树形图的图表类型，可以一键插入。...输出的图形如下： ●●●●● 第二种：应用商店插件： 点击应用商店插件——treemap 在name数据中选择整个区域、在ID/parent data中选择全部区域，在size data中选择列别和品牌名称...第一个图是不包含类别名称的图表输出 第二个是包含类别、品牌、销量的图表输出 ●●●●● 第三种：excel内置树形图（office2016预览版） 选中原数据区域： 然后选择插入——树形图——
前面在 所有的肿瘤都有恶性增殖的特性吗，我们发现了绝大部分癌症都有MKI67和TOP2A这样的细胞增殖通路相关基因的高表达，最后的gsea分析结果里面展示的通路包括： 2.4 Replication and...对初学者来说， 跳过了大量细节，所以跟这个教程会比较吃力，有粉丝就提问了希望可以对这些通路在在具体的癌症里面细化展示，比如绘制gsea图，热图和火山图。...enrichmentScore > 0.5,];up_kegg$group=1 save(up_kegg,kk,file = 'up_kegg.by.gsea.Rdata') 首先批量针对每个通路绘制gsea图：..., gsub('/','-',up_kegg$Description[i]), '.pdf')) }) 然后 批量针对每个通路绘制热图，...','-',up_kegg$Description[i]), '.pdf')) }) 然后 批量针对每个通路绘制火山图，
极树状图类似于系统发育图或者环形的聚类图，其效果如下图所示： 查了一下相关资料，可以通过以下两种方法实现。以下用mtcars数据为例。...mtcars') new_mtcars <- mtcars[,1:7] plot(as.phylo(hclust(dist(new_mtcars))),type="fan") 2. circlize和dendextend
colorhcplot将层次聚类分析的结果可视化为树状图，树状图的叶子和标签根据样本分组着色。直观的评估数据分组是否与自然发生的簇一致。...这个函数生成简单的彩色树状图，只需要两个强制参数:hc和fac。参数hc是hclust()调用的结果，而fac是定义分组的因子类型，因此树状图的叶片数必须与fac的长度相同。...Tumor Samples") 小编总结： colorhcplot绘制的树状图简洁美观，小编就很喜欢这种简约风格，同时还可以通过不同颜色显示分组信息，可以直观的与聚类结果进行比较，大家可以借鉴哦~
TreeNode(0, 0, "Root", "", 0, 0); List tree = root.buildTree(nodes); // 打印树状结构...printNode(child, level + 1); } } } controller 层调用 @ApiOperation(value = "获取树状图
多分组的PCA图和top基因热图在转录组和蛋白组的差异分析中，我们常常在质控阶段需要做一下样本的PCA图和标准差top 基因的表达，来评价组内差异和组间差异。...以前主要做的二分组的比较，要想把多个分组的信息放在一张PCA图或者热图上，只需修改下Group值就行。...= F)#不以因子变量读取options(scipen = 20)#不以科学计数法显示load("step1_input.Rdata")exp 图-...# 2.top 1000 sd 热图---- g = names(tail(sort(apply(exp,1,sd)),200)) #day7-apply的思考题n = exp[g,]library(pheatmap
热图是数据分析的基本图形之一，可以方便的表示大量数据的关联关系。 在这里我们使用seaborn绘制热图 我这里直接上代码了 因为是用jupyter notebook做的 #!...flights = flights_long.pivot("month", "year", "passengers") # In[8]: flights # In[9]: #那么很明显了，seaborn热图绘制需要的数据格式即为上图
介绍下绘制火山图和热图的方法，如何在火山图或者热图中标记特定的基因，顺便学习下EnhancedVolcano包绘制火山图。...前面已经介绍了单基因富集分析：单基因富集分析 数据准备 使用TCGA黑色素瘤的转录组数据，使用easyTCGA，1行代码下载，即可得到6种表达矩阵和临床信息，而且是官网最新的数据： library(easyTCGA...expr <- log2(mrna_expr_tpm+1) dim(expr) ## [1] 19938 473 一共有19938个mRNA和473个样本。...我们这里根据HOPX表达量中位数进行分组，把所有样本分为高表达组和低表达组。...首先是准备热图需要的数据，其实就是表达矩阵的可视化而已。
var leftAngle = angle + baseAngle; var rightAngle = baseAngle - angle; //根据传来的角度，算出左枝和右枝需要偏移的量...RdisY = k * parentLength * Math.round(Math.sin(rightAngle / 180 * Math.PI) * 10) / 10; //算出左枝和右枝终点坐标的值...//树枝下个分支点的角度 值越大，伞盖越大，常数为了防止树枝分叉角度太小重叠 var newAngle = Math.random() * 30 + 10; //画左枝和右枝...startX, startY * 0.7, 0.7, 90, Math.random() * 30 + 10); } init(); 效果图如下
via: http://blog.csdn.net/wenyusuran/article pyHeatMap是一个使用Python生成热图的库，基本代码是我一年多之前写的，最近把它从项目中抠出来做成一个独立的库并开源...目前这个库可以生成两种图片：点击图、热图。 点击图效果如下： ? 热图效果如下： ? 绘制图片时，还可以指定一个底图，这个底图可以是任意图像，也可以是另一个点击图。...关于绘制热图中用到的方法，可以参考我以前的文章，比如 关于网页点击热区图、 http://oldj.net/article/page-heat-map/ 关于热区图的色盘 http://oldj.net.../article/heat-map-colors/ 其中热图绘制中还用到了 Bresenham画圆算法 http://oldj.net/article/bresenham-algorithm/
下面是一年前的马拉松课程学员的分享 生信技能树优秀学员笔记，代码主要来自生信技能树的直播课程，加上自己的理解和发挥。...谁在列的位置就计算谁的相关性） #画基因之间的相关性，cor函数后面的矩阵exp[g,]要以基因为列名（转置一下） #画样本之间的相关性，cor函数后面的矩阵exp[g,]要以样本为列名（不要转置） #相关性热图...tl.col="black", #tl.pos = "d", tl.srt=45 ) #corrplot不能赋值，和其他...一行是一个连接关系，第一列和第二列是要连接的两边，第三列是连接的强度。...： R circlize - 绘制边距和绘制区域- circlize - 码客 (oomake.com) 弦图函数的书： Chapter 16 A complex example of Chord diagram
circlize软件包从0.4.10版本开始，可以使用circos.heatmap()，画圆形热图，圆形热图不但漂亮，而且可以缩小图片占用的面积。...circos.heatmap()功能 大大简化了环状热图的创建。下面是circos.heatmap()功能的用法。 首先，我们生成一个随机矩阵并将其随机分为五个组。
热图绘制-pheatmap 概述 新买的蓝牙耳机到了，试了试感觉还不错，低音也非常出色，窗外的颜色变得丰富了起来，看着街角那家咖啡店，仿佛回到了昨天，血色染红的天空在斑斓的世界之上，我匆匆茫茫的写下“...代码 安装和调用 install.packages("pheatmap") library(pheatmap) # 建立测试数据集 test = matrix(rnorm(200), 20, 10) test...= test[11:20, seq(2, 10, 2)] + 2 test[15:20, seq(2, 10, 2)] = test[15:20, seq(2, 10, 2)] + 4 # 重命名列和行...Path3"), c(10, 4, 6)))) rownames(annotation_row) = paste("Gene", 1:20, sep = "") annotation_row # 显示行和颜色注释
那么我们应该怎么合理使用这些参数让你的热图看起来更加高大上呢？...0.01的基因中前40个在癌症相对于正常样本中显著差异表达的基因进行热图绘制。...基因名和样本名乱成一堆，也看不出来那些样本聚类到了一起… 参数调整： #颜色参数： color 表示颜色，用来画热图的颜色，可以自己定义，默认值为colorRampPalette(rev(brewer.pal...annotation_names_row 逻辑值，是否显示行标签名称 annotation_col 数据框格式，用来定义热图所在列的注释条 annotation_names_col 逻辑值，是否显示列标签名称...如下： 当然还有一些其他的用到不多的参数 留给读者自己去实验一下吧… #小格子参数设置 热图是由一个个的小四方格子组成的，每一个小格子代表一个基因在一个样本内的表达情况 fontsize_number
fix bugs 过程 验证分类嵌套结构 我好奇究竟具体是什么样的嵌套，于是用console.log()试了一下 虽然链接表现出来的是嵌套结构，但是实际上的对象是数组，欸我去，关键点在于_id和parent...两个属性，显然parent对应的值是父级分类_id属性，脑海里想到哈希，但是，我想到一个问题 a与a->b与b这三个分类中，最中间的嵌套和最后一个的分类会出现明显混淆，在柱状图显示的话，根本不能确定是跳转到...放弃原有，但保留结构，开辟新图 很明显，这种嵌套结构，非常适合树状结构。...${generateCategoriesTreeChart(categoryTree, darkMode, colorPalette)} ` 接着就是Echarts树状图的具体实现，可以在Echarts
使用pheatmap包绘制热图 一般而言，pheatmap较heatmap.2等更为简洁以及易于理解，对于初学者而言是一款不错的热图绘制软件。...cluster_row = FALSE, cluster_col = FALSE treeheight_row=0, treeheight_col=0 # 在热图格子里展示文本 pheatmap(test...cluster_row = FALSE, cluster_col = FALSE是否聚类,#可设置参数display_numbers将数值显示在热图的格子中，可通过number_format设置数值的格式...#pheatmap还能够根据特定的条件将热图分隔开； # cutree_rows, cutree_cols：根据行列的聚类数将热图分隔开； pheatmap(test,cutree_rows=2,cutree_cols
局部整体（六）利用python绘制树状图 树状图（ Dendrogram）简介 由一个根节点组成，根节点产生多个通过分支连接的子节点。常用于表示层次结构或显示聚类算法的结果。...树状图既可以看明白数据的层次结构，也能明白指标间的「对比」。...)) ) c.render_notebook() 定制多样化的树状图 自定义树状图一般是结合使用场景对相关参数进行修改，并辅以其他的绘图知识。...)) ) c.render_notebook() 6总结 以上利用scipy的dendrogram并结合matplotlib绘制树状图，也可通过pyecharts的Tree快速绘制树状图。...并通过修改参数或者辅以其他绘图知识自定义各种各样的树状图来适应相关使用场景。
R.package heatmap():用于绘制简单热图的函数 heatmap.2():绘制增强热图的函数 d3heatmap:用于绘制交互式热图的R包 ComplexHeatmap:用于绘制、注释和排列复杂热图的...R&bioconductor包（非常适用于基因组数据分析） 首先使用ggplot2画简单热图 data <- as.data.frame(matrix(rnorm(9*10),9,10)) rownames...element_blank(), axis.line = element_blank()) + #去掉边框 xlab('row name') + ylab('column name') #更改行名和列名...scale_x_discrete(labels = 1:10, breaks = 1:10) + scale_y_discrete(labels = 1:10, breaks = 1:10) #修改行和列...scale_fill_gradient2('legend name', low = 'blue', high = 'red', mid = 'white') #修改图例名字以及图中颜色 大神Y叔也有画热图的
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