我有一个下一个流程，它为每个染色体产生多个区块，进入一个通道，比如说，imputation，它看起来像，chr1.imputed.merged.gen.gzchr1.imputed.merged.bgen
浏览 54提问于2021-05-19得票数 0
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我有一个nextflow流程，它输出多个文件，如下所示：[chr1,/path/to/chr1_chunk1.HDL.linear在使用transpose()运算符之后，我得到了上面的示例。
现在，我想把所有的块和所有的染色体连接在一起，按照块和染色体的数目排列，这样我就可以得到一个TC文件和另一个HDL文件。我有多
浏览 22提问于2022-11-01得票数 1
awk '($1<1)|| ($1>22) {print $2}' $input > $output awk '(${1}<1)|| (${1}>22) {print ${2}}' $input > $output
它输出一个空文件。期望的<e
浏览 1提问于2020-02-13得票数 1
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作为我正在尝试创建的管道的一部分，我需要从一个进程获取输出，该进程是一个.tab结果文件，用作在Nextflow中运行一系列后续条件进程的变量。我可以在Perl中使用类似下面的内容来管理它，尽管我似乎不能将该变量添加到Nextflow脚本中： my $resultsfile = 'path/to/resultsfile';m
浏览 17提问于2020-07-22得票数 1
我在python中有一个脚本，它将一个文件保存在特定的目录中。write.py”的代码： f.write("this is a txt file")
所以我在"project/src“中执行我的脚本，这个脚本的输出在"project/resul
浏览 0提问于2018-11-21得票数 0
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commandArgs(trailingOnly=TRUE)celFiles=args[2]当它运行时，输出文件保存在我想要的目录中如果geoid指向相同的目录，我希望输出(定义为“${ publishDir }_datFiles.RData”)在publishDir目录下可用。但是，我得到以下错误：
Missing output file(s) `GSE4290_datFiles.RData
浏览 46提问于2020-11-13得票数 2
我在Nextflow中使用Python脚本有问题，我的目标是在python脚本中编写一个文件，并使用nextflow来接受它，并将该文件保存在publishdir中(以及在我在其他进程中使用该文件之后)我在nextflow中的流程类似于这样(文件是在前面定义的)：publishDir "${par
浏览 0提问于2020-09-28得票数 1
我试图在进程临时目录中创建一个文件，由nextflow检查其输出，使用nextflow的原生脚本语言(Groovy)。#!/usr/bin/env nextflow echo true file(path outpu
浏览 3提问于2022-02-17得票数 1
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您好，我有一个关于在python中链接子进程的输入和输出的问题。我试图通过跳过一个步骤的输出来简化程序，将其传递给另一个子进程，而不是将其输出到文件中。然后打开另一个进程在该文件上运行。例如，第一个过程使用SAMTOOLS从一个大的bam文件中输出一个特定的染色体。所以..。bigfile.bam被读入并输出染色体22.bam
浏览 3提问于2012-01-31得票数 3
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嗨，请在下面找到一个nf脚本和一个配置文件。我已经在两台电脑上运行过了。这两台计算机都安装了nextflow (v22.04.5)和docker。但是，一台计算机显示错误消息。我检查了日志文件，它只有一个“命令未找到”。我想知道你能不能指出这台电脑缺了什么。谢谢。#!/usr/bin/env nextflow
params.outdir = '.fastqc_c
浏览 39提问于2022-10-03得票数 1
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我在nextflow脚本中运行两个进程(如下所示)。第一个进程输出一些绘图，第二个进程必须包含这些绘图才能生成pdf文件。这两个进程都在docker容器(docimage:1.0.0)中运行。当我运行这个nextflow脚本时，第一个进程运行得很好，但是第二个进程没有完成，因为latex文件找不到绘图，因为包含绘图的输出目录没有在docker容器中创建。但是，包含绘图的输出目录在运
浏览 63提问于2021-01-15得票数 0
我试图使用snakemake将vcf文件合并在一起，但得到的错误如下：outputs/****.g.vcf.gz
目标是在不同的染色体上调用变异体，然后将它们合并在一起。我确信代码的其余部分是可以的，因为当我删除合并函数并调用所有染色体的变体时，该文件工
浏览 1提问于2018-11-15得票数 1
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我希望将我的nextflow脚本的参数打印为帮助菜单(例如，nextflow run main.nf --help)，类似于arparse在python中的方式(即script --help)。我已经在web和help docs中进行了拖网，并找到了如何使用脚本中的log.info命令打印自定义菜单，但这只显示了实际运行脚本时的自定义日志标准输出。= 3
如果nextflow run main.nf --help给我一个类似的输出(如
浏览 15提问于2022-03-18得票数 1
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在流水线执行期间，我试图访问nextflow.config文件中的变量。我希望在run.nf中将image_standard作为字符串提供，并希望接收eu.gcr.io/proj_name/image1:latest作为输出。我找到了一种在nextflow脚本中获取.config文件内容的方法，但是我不知道如何访问这个特定的属性。这是我的nextflow.config文件
浏览 21提问于2020-11-23得票数 2
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我想选择AWK获得的不同输出到nextflow进程的路径，但是我无法得到它。通过在视图后写入$it，我可以在工作目录中获得输出，但我需要选择$PATH。在这里，我将一个简单的awk函数放入到下一段流程中。我应该使用工作流功能吗？提前感谢！PathFile = "/home/pvellosillo/nextflow_test/test.csv"
InputCsv = file(PathFile)
浏览 18提问于2022-04-29得票数 1
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在WSL2上，我通过以下Nextflow流程运行：结果： .command.sh: line 2: foo.txt: Permission denied
…但只在WSL2上运行时，不能在“纯”Linux机器上运行，也不能在macOS上运行。如果我手动访问WSL2中的容器( WSL2 )，则必须添加--user root才能将任何内容保存到WSL2文件系统
浏览 15提问于2022-04-07得票数 1
我正在实现Nextflow工作流，其中每个流程可以提供不同流程下游可能需要的多个输出。previous_process
tuple id, input_for_a, input_for_b, input_for_a_b into downstreamNextflow然而，这些选项在和中似乎都不起作用。模式 (语法错误)：
输出:元组id、input_for_a、input_for_b、input_for_a_b到{ downstream_a；downs
浏览 9提问于2020-07-03得票数 1
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我的文件有相同的名字，但在不同的文件夹。Nextflow将这些文件放到同一个工作目录中，从而导致名称冲突。我的问题是如何处理这个而不对文件进行重命名。sample,filesample1,/home/atpoint/foo/folder2/file.txt
# Nextflow&#x
浏览 24提问于2022-09-09得票数 0
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运行nextflow时出现了一个错误，由以下句子组成原因如下：params.pathFasta = "&#x
浏览 2提问于2022-05-23得票数 1
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