用户在使用Mapreduce时默认以part-＊命名，MultipleOutputs可以将不同的键值对输出到用户自定义的不同的文件中。...key, VALUEOUT value, String baseOutputPath) 指定了输出文件的命名前缀，那么我们可以通过对不同的key使用不同的baseOutputPath来使不同key对应的...value输出到不同的文件中，比如将同一天的数据输出到以该日期命名的文件中 Hadoop技术内幕：深入解析MapReduce架构设计与实现原理 PDF高清扫描版 http://www.linuxidc.com...States 22.71.176.163 United States 105.57.100.182 Morocco 111.147.83.42 China 137.157.65.89 Australia 该文件中每行数据有两个字段...的setup方法中 output = new MultipleOutputs(context); 然后在reduce中通过该output将内容输出到不同的文件中 private Configuration
配置文件 启动管道脚本时，Nextflow将在当前目录和脚本基本目录（如果与当前目录不同）中查找一个名为nextflow.config的文件。...最后，它检查文件 $HOME/.nextflow/config。 当存在多个文件时，它们将被合并，因此第一个文件中的设置将覆盖第二个文件中可能出现的相同设置，依此类推。...-C 值得注意的是，通过这样做，文件nextflow.config和$HOME/.nextflow/config不会被忽略，并且如上所述将它们合并。...小费 可以通过使用逗号分隔配置文件名称来指定两个或多个配置配置文件，例如： nextflow run -profile standard,cloud 危险 在配置文件中使用配置文件功能时...NXF_ANSI_LOG 启用/禁用ANSI控制台输出（true检测到ANSI终端时为默认值）。
在log4j 1.x的版本中，我们想将日志输出的文件中，需要很复杂的配置。这点已经在2.0的版本中得到了大大的改善。...不管我们以追加的形式写日志文件，还是覆盖的形式，配置他们都是小菜。 还有比如日志文件大小自动分割，自动备份，无死锁，高性能等等。更令人欣喜的是，它支持json格式的配置，加载快，轻巧，异步读写。...-- 配置日志输出文件名字 追加读写 --> 输出文件为debug级别 --> <!...* @author Herman.Xiong * @date 2014年7月21日 14:32:55 */ public class Test1 { /** * 配置日志级别为debug，输出位置为控制台和文件
我这里使用 Nextflow 作为流程搭建工具，它有着很多强大的功能： 简化数据密集型pipelines的编写 胶水特性：只要可以在Linux系统中运行的程序或不同的编程语言脚本，都可以放在流程中 支持并行计算环境...第一个将字符串拆分为6个字符，然后将每个字符串写入带有前缀的文件中， chunk_第二个接收这些文件并将其内容转换为大写字母。 最后，字符串在result输出，最终输view打印 。...通过在终端中输入以下命令来执行脚本： nextflow run tutorial.nf 它将输出类似于以下文本的内容： N E X T F L O W ~ version 19.04.0 executor...可以检查由它们生成的文件，使用这些数字来查找特定于进程的执行路径。 修改并恢复 Nextflow跟踪管道中执行的所有进程。如果修改脚本的某些部分，则仅重新执行实际更改的进程。...x from letters output: stdout result """ rev $x """ } 然后以相同的名称保存文件，并通过-resume在命令行中添加选项来执行该文件
需要几个额外的步骤即可在本地获取到一个完整的流程 Nextflow 在系统安装好 Nextflow 下载最新版：https://github.com/nextflow-io/nextflow/releases.../nextflow-20.04.1 安装好后，修改配置文件禁止Nextflow自动更新 vim ~/.bashrc 在最末尾加入 export NXF_OFFLINE='TRUE' source ~/....自定义参考 如果你不能使用 AWS-iGenomes ，可以在命令行上提供参考基因组路径。 配置自定义参考 如果重复使用相同的引用，则将这些路径保存在nextflow配置文件中会更方便。...您可能会发现您的系统已经有一个共享的配置文件（请参阅https://github.com/nf-core/configs）。如果没有，请按照存储库自述文件中的说明添加集群。...Nextflow在三个位置来查找这些文件： 用户家目录: ~/.nextflow/config 分析工作目录: nextflow.config 在命令中指定路径: -c path/to/config (
重新试了下之前的分析软件安装部分 这里修正下之前笔记中的问题，可能会报错这种，可能是软件版本的不兼容这种。...出于这个原因，意大利面包括提供快速结果并且可以在笔记本电脑上运行的工具。...dependencies (recommended). # 此外开始没有运行成功，主要是环境建立问题，用的conda，已经替换清华源，可能下午在同步，网络报错 nextflow run main.nf...NanoRTax为每个分类器检索具有相同结构/格式的最终输出文件，从而实现更全面的工具/数据库比较和更好的基准测试功能。此外，NanoRTax还包括一个Web应用程序（..../viz_webapp/），用于可视化完整或部分流程输出。 NanoRTax流程是使用 Nextflow 构建的，Nextflow 是一种工作流工具，可以以非常便携的方式跨多个计算基础设施运行任务。
下表中列出了可以在输出声明块中使用的限定符： 预选赛 语义的 val 发送具有在输出通道上指定的名称的变量。 file 发送在输出通道上指定名称的由进程生成的文件。...警告 尽管与glob输出声明匹配的输入文件不包括在结果输出通道中，但是这些文件仍可以从任务暂存目录传输到目标任务工作目录。因此，为避免不必要的文件复制，建议在定义输出文件时避免使用宽松的通配符，例如。...通过在输出文件声明中添加属性，还可以将每个文件作为唯一项发出。...使用Nextflow，在大多数情况下，您无需为输出文件命名，因为每个任务都在其自己的唯一临时目录中执行，因此由不同任务生成的文件永远不会相互覆盖。...可以添加optional true到输出声明中，告诉Nextflow如果未创建声明的输出，则不要使进程失败。
一个进程仅包含一个脚本块，并且当该进程包含输入和输出声明时，它必须是最后一个语句。 输入的字符串在主机系统中作为Bash脚本执行。...在执行脚本之前，Nextflow用实际值替换它。 $DB变量必须存在于脚本执行环境中，并且Bash解释器将其替换为实际值。...this', 'that' script: template 'my_script.sh' } Nextflow my_script.sh在目录templates中寻找模板文件，该目录必须存在于...Nextflow脚本文件所在的文件夹中（可以使用绝对模板路径提供任何其他位置）。...Shell脚本支持使用文件模板机制。相同的规则适用于脚本模板中定义的变量。 本机执行 Nextflow进程可以执行除系统脚本以外的本机代码，如前几段所示。
，窗口大小为k的输入为 卷积层的输出为 (2) 图传播层：学习序列中两两词语之间的关系 我们将第i个词的卷积层表示与序列中所有结点的卷积层表示两两拼接得到 再经过一个多层感知机 给定 ，我们得到i个词语的图传播层输出...对于每个组块，我们使用所有块中包含隐状态的按元素平均值作为该组块隐状态向量的近似值，估计下一个步的概率分布和隐状态。...合并同类项和做完近似化概率分布扩展之后，每一个组块里所有的块在两个维度均是按照NLL降序排序，如(a)子图所示。...然后，每个组块中的左上角的块被推入到最小堆（在从左上向右下的搜索过程中，我们每次向最小堆中推入一个候选项时，最小堆都会根据NLL值将堆中最优的候选（NLL最小的候选）放置在根结点中）中，在从堆中弹出NLL...(2) 加速的立方剪枝算法 在立方剪枝算法的每个步骤中，我们首先要根据某些约束条件将类似的候选块合并在一起组成一个或多个组块，然后使用每个组块中所有块里包含的隐状态向量按元素的平均值作为该组块的松弛隐状态
工欲善其事必先利其器 nf-celescope nf-celescope 可以说是celescope的升级版，采用Nextflow框架，优化计算资源配置，在参考基因定量部分采用更快的STARsolo。...环境 Nextflow 可以在任何兼容 POSIX 的系统（Linux、macOS 等）上使用，也可以通过 WSL 在 Windows 上使用。...--outdir ##保存结果的输出目录 --star_genome ##STAR参考基因组目录路径 --max_cpus ##最大调用cpu。默认16 --max_memory ##最大使用内存。...包含三列信息，分别为 自定义的样本名 fastq_1文件绝对路径 fastq_2文件绝对路径 参考基因组索引文件 首次使用，可以提供 fasta gtf genome_name star_genome...见：CeleScope — 新格元单细胞多组学分析工具箱 制作输入文件 样本少的话，其实可以直接按照输入文件格式要求，手动创建。
求A文件中染色体位置与文件B中染色体位置的交集，以及对应的文件B中的染色体位置....对于A文件中染色体位置，如果和B文件中染色体位置有overlap,则输出在A文件中染色体位置和在B文件中染色体位置，以及overlap的长度. $ bedtools intersect -a A.ped...对于A文件中染色体位置，如果和B文件中染色体位置有overlap,则输出在A文件中染色体位置和在B文件中染色体位置，以及overlap的长度；如果和B文件中染色体位置都没有overlap,则用'. -1...对于A文件中染色体位置，输出在A文件中染色体位置和有多少B文件染色体位置与之有overlap. $ bedtools intersect -a A.ped -b B.ped -c chr1 10 20...对于A文件中染色体位置，输出在A文件中染色体位置和与B文件染色体位置至少有X%的overlap的记录。
my_intervals.bed > variants_intersecting_intervals.vcf 需要注意以下两点 BED文件中染色体起始位置从0开计数，在实际处理时，只需要前三列，即chr...\tstart\tend的信息，其它列的信息会被忽略，意味只只根据区间筛选，不考虑正负链的信息； 在使用intervals命令时，默认情况下只输出位于BED文件区间上的突变位点；如果添加-x参数，会过滤掉位于...BED文件区间上的突变位点，将剩余的突变位点输出； 2. intidx intidx是intervals index的缩写，作用和intervals命令相似，都是根据提供的BED文件中定义的染色体区间，...3. split split命令用于拆分VCF文件，既可以按照每条染色体拆成不同文件，也可以按照行数进行拆分。除了拆分之外，split也可以合并多个VCF文件。...4. extractFields 从VCF文件中提取指定字段的信息，输出文件为\t分隔的文本文件，可以导入到R，Excel等软件中。
加-wa参数可以报告出原始的在A文件中的feature，加-wb参数可以报告出原始的在B文件中的feature, 加-c参数可以报告出两个文件中的overlap的feature的数量，参数-s可以得到忽略...对于A文件中染色体位置，如果和B文件中染色体位置有overlap,则输出在A文件中染色体位置和在B文件中染色体位置，以及overlap的长度. $ cat A.bed chr1 10 20 chr1 30...对于A文件中染色体位置，如果和B文件中染色体位置有overlap,则输出在A文件中染色体位置和在B文件中染色体位置，以及overlap的长度；如果和B文件中染色体位置都没有overlap,则用'. -1...对于A文件中染色体位置，输出在A文件中染色体位置和有多少B文件染色体位置与之有overlap. $ cat A.bed chr1 10 20 chr1 30 40 $ cat B.bed chr1 15...对于A文件中染色体位置，输出在A文件中染色体位置和与B文件染色体位置至少有X%的overlap的记录。
题目： 有两个磁盘文件A.txt和B.txt，各存放一行字符，要求把这两个文件中的信息合并（按字母顺序排列），并输出到一个新文件C中。
通过16S扩增子高通量测序，检测16S rDNA可变区的序列变异和丰度，可了解样品中微生物群落多样性和丰度信息，在微生物分类鉴定、微生态研究等方面起着重要的作用。...在使用pb-16S分析流程以前，需要安装nextflow和 conda，备选singularity或docker。 2....微生物物种注释分类数据库的下载 $ nextflow run main.nf --download_db 下载完成以后，当前路径会创建一个名为databases的文件夹。...下载 Sequel II 16S barcode序列文件。 在PacBio官网 Multiplexing Page 里下载 barcode 的 Fasta 文件 （图7）。 2....上传文件至服务器，导入SMRTlink中。
最近看到很多人讨论基于nextflow的nf-core，里面存储了几十种NGS组学数据分析流程哦，而且文章发表在NBT。...nf-core的27 种分析流程** 而nf-core里面的不同流程，本质上就是一些测试数据，和写好的配置文件，方便我们的nextflow调用配置文件来处理测序数据，每一种流程都是一些数据的处理步骤的集合...，需要点时间（在中国大陆访问速度很慢，建议放弃这个策略） # Install Nextflow curl -fsSL get.nextflow.io | bash # 然后添加到环境变量 或者也可以用...' ,'danRer10' ,'dm6' ,'equCab2' ,'galGal4' ,'panTro4' ,'rn6' ,'sacCer3' ,'susScr3' 如果使用的是其他物种，需要在上面文件中以下面的格式添加相关信息...可以指定用 hisat2 进行比对就好，加上参数 --aligner hisat2 或者配置文件 .nextflow/assets/nf-core/rnaseq/nextflow.config 中设置
Nextflow通过容器来实现可扩展且可重复的数据分析工作流程。它适用于最常见的脚本语言编写的流水线。其流畅的DSL简化了在云和集群上实现和部署复杂并行的生信数据分析流程。...Nextflow设计基于这样的思想：即Linux是数据科学的通用语言。（PS：这也提示我们，做生信为什么要学Linux。）...可移植性 Nextflow在流水线逻辑和执行层之间提供了一个抽象层，因此可以在多个平台上执行而无需更改。...统一并行性 Nextflow基于数据流编程模型，极大地简化了编写复杂分布式流水线的过程。 并行化由进程的输入和输出声明隐含地定义。...由此产生的应用程序具有固有的并行性，可以在不必适应特定平台架构的情况下，透明地实现纵向或横向扩展。 恢复检查点 在流水线执行过程中，所有生成的中间结果都会被自动跟踪。
默认情况下，进程使用nextflow.config文件中全局定义的 executor。...在Nextflow配置文件中定义时，可以使用规范的关联数组语法定义容器设置。...发布方式表： 模式 描述 symlink 在发布的目录中为每个过程输出文件创建一个绝对的符号链接（默认）。 rellink 在发布目录中为每个过程输出文件创建一个相对的符号链接。...link 在发布的目录中为每个过程输出文件创建一个硬链接。 copy 将输出文件复制到发布的目录中。 copyNoFollow 将输出文件复制到发布的目录中，而无需遵循符号链接。复制链接本身。...当使用网格执行器启动管道时，这很有用，因为它允许通过在实际执行节点的本地磁盘中的临时目录中运行管道进程来减少NFS开销。仅将在流程定义中声明为输出的文件复制到管道工作区中。
，一般都是包含在fastq的文件名中； PL：指的是所用的测序平台，这个信息不要随便写，在GATK中，PL只允许被设置为：ILLUMINA，SLX，SOLEXA，SOLID，454，LS454，COMPLETE...-O 输出文件 -R参考基因组 --CREATE_INDEX 是否建立索引 将sam文件中同一染色体对应的条目按照坐标顺序从小到大进行排序 2.标记重复序列 gatk MarkDuplicates...-L 仅检测该染色体的变异（分染色体检测变异，加快速度）-O 输出文件 这里分染色体进行检测，后续再进行合并，可以加快检测速度。...Q-Q plot qq(example$P) 七、其他 1.基因组统计工具 可以统计fasta和fastq文件中的信息。...seqkit fx2tab example.fasta -l -n -l 统计序列长度 -n 统计染色体 2.提取文本文档中某列 用于Tassel关联分析后的结果文件，提取相应的列进行R语言绘图。
在需要将一个流程输出通道连接到多个流程的情况下，一个流程或操作员可以使用 into运算符创建同一通道的两个（或多个）副本，并使用每个副本来连接一个单独的流程。...当输入在from子句中指定简单值时，进程将隐式创建一个值通道。此外，还将为输入仅是值通道的过程隐式创建一个值通道作为输出。...第二个只给出具有在data路径的任何子文件夹中具有相同后缀的文件。 最后一个示例给出两个文件：data/file_1.fq和data/file_2.fq。...例如： Channel .watchPath( '/path/*.fa' ) .subscribe { println "Fasta file: $it" } 默认情况下，它仅监视在指定文件夹中创建的新文件...绑定值 由于在Nextflow中，通道是使用数据流变量或队列实现的。因此，发送消息等效于将值绑定到表示通信通道的对象。 绑定 通道对象提供 bind() 方法，这是通过通道发送消息的基本操作。
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