当你整理好流程以后，只需简单替换几个参数，就能快速开始分析一个新的数据。 Snakemake 的另一个强大特性是它的并行处理能力。...因此，想要正确使用Snakemake你需要一个写好了rule的Snakefile，其中rule包含input、output和action（有时也会包含一些参数eg. threads）。...，输入输出和要运行的命令。...接下来程序直接读取input和output，执行shell中的命令并获得输出ds1_plot.pdf。 进阶演示 接下来加点难度，运行下列代码会发生什么？...snakemake ds1_filtered_plot.pdf 按照入门演示的内容，它首先会从Snakefile中定义的规则中自上而下的进行匹配，这个时候将{dataset}匹配为ds1_filtered
mkdir -p data/samples touch data/genome.fa data/samples/{A..D}.fastq 1-流程构建 我们同样需要将规则写入Snakefile文件中：...文件，和提供的参考基因组作为输入， 并直接通过管道符号通过samtools 转为bam。...snakemake 是以输出为导向的。...3-编写target规则 默认情况下，snakemake 会将工作流中的第一个rule 作为target，也就是将该条rule 下的output 作为snakemake 的默认输出。...，这里指定的实际上是input，而非output，如果我们在all 规则中书写的是output，则all 规则将孤立，错误的输出结果： $ snakemake -np Building DAG of jobs
Snakemake的设计灵感来自于Makefile，但它是专门为生物信息学和数据密集型科学工作流设计的，使用Python语言进行工作流的定义，这使得它在生物信息学社区中特别受欢迎。...它特别强调可重复性和透明性，通过整合软件环境和容器技术，确保分析结果的一致性。此外，Snakemake还支持并行执行和错误处理，使得大规模数据分析更高效、更可靠。...call snp 的示例 ##激活环境 conda activate snakemake-tutorial ## 新建一个snakefile vim snakefile #####写入以下内容 SAMPLES...这是由于 Python 会连接后续字符串，如果没有逗号分割，可能会导致意外行为 2、如果一个规则有多个输出文件，Snakemake 会要求它们全部输出 ，在使用通配符的时候应避免出现完全相同的通配，否则...，可能会发生两个工作 并行运行同一规则想要写入同一文件 3、在shell 命令中，我们可以将字符串分成多行，Python 会自动将它们连接成一行。
2.2pipe()函数 —创建匿名管道 pipe函数用于创建管道，这是一种特殊的文件，用于连接一个程序的标准输出和另一个程序的标准输入，从而实现这两个程序之间的通信。...在这种情况下，进程会进入等待状态，其进程控制块（PCB）会被放置在管道文件的等待队列中。...cerr： cerr是C++标准库中的标准错误流，它用于输出错误信息到标准错误设备（通常是显示器）。...strerror接受一个错误码作为参数，并返回一个指向描述该错误的字符串的指针。 通过调用strerror(errno)，可以获取与当前errno值对应的错误消息字符串，以便程序输出或记录错误信息。...类似地，如果调用write函数写入数据到一个已满的管道中，write函数也会立即返回一个错误码，而不会等待空间可用。
当遇到这些错误时，应根据错误码进行相应的处理，例如输出错误信息并采取适当的恢复措施。 2.4 shmctl — 删除共享内存 shmctl是一个在Linux系统中用于控制共享内存的函数。...减少拷贝次数：在管道通信中，数据通常要经过至少两次拷贝，数据从一个进程的缓冲区写入管道，然后从管道中读取到另一个进程的缓冲区中，这涉及两次数据在不同内存区域之间的复制操作。...例如，一个进程正在写入数据时，另一个进程可能同时在读取，可能会读取到不完整的数据；或者两个进程同时写入，可能会导致数据覆盖混乱。所以需要额外的机制(管道、信号量等)来保证数据的完整性和一致性。...2.8 管道和共享内存的比较（为什么共享内存是最快的） 我们先来看看管道通信： 从这张图可以看出，使用管道通信的方式，将一个文件从一个进程传输到另一个进程需要进行四次拷贝操作： 服务端将信息从输入文件复制到服务端的临时缓冲区中...将服务端临时缓冲区的信息复制到管道中。 客户端将信息从管道复制到客户端的缓冲区中。 将客户端临时缓冲区的信息复制到输出文件中。
其基本原理是，创建一个临时文件（即管道），然后将一个进程的标准输出（或标准错误）重定向到管道写入端口，这样子进程就可以读取运行另一个可执行文件的程序的输出信息了。...一种简单的利用管道进行进程间通信的方法是，创建一个子进程。子进程调用 fork() 函数，将自己的标准输出重定向到管道读端口，然后调用 exec() 函数来运行另一个可执行文件。...pipe函数 pipe()函数是一个系统调用函数，用于创建管道（Pipe）和输入输出流。它的函数原型定义在 unistd.h 头文件中。...总之，pipe() 系统调用函数可以创建管道，并提供了打开文件描述符，使得某个进程的输出可以通过一条管道与另一个进程的输入端连接起来，实现了两个进程之间通信的目的。...在父进程中，先调用 write() 方法将消息发送到管道写入端，发送完成后再关闭相应的文件描述符。而在子进程中，则先关闭写入端，接着通过 read() 方法从管道读取数据，并输出这条信息。
而snakemake 则是一种以输出为导向，向后回顾backward-looking 的方法，其工作流首先确定需要的输出文件类型，接下来选择适当地输入文件及软件以得到对应的输出。...这种输出为导向的方法具有以下优点： 工作流可以从执行完毕的地方继续执行（在shell 脚本中，我们可以需要设计status 文件以判断某些步骤是否成功执行完毕），即使程序发生意外失败，也不用重头运行。...这个规则让raw 文件夹中的测序数据作为输入，经过TrimmoMcAwesome处理后，输出到awesome 中。...设置了output 对应的文件，否则我们在调用snakemake 的时候，需要显式地设置output 对应的文件： snakemake -np results/awesome/001_R1.fq results...因为此时，snakemake 成功地将我们指定的文件对应到了规则中的通配符位置。
您可以捕获一个渲染过程中的数据以用于另一个过程，或者禁用图形管道的某些部分，并使用变换反馈进行通用计算。 从变换反馈中受益的一种技术是动画粒子效应。 下图说明了渲染粒子系统的一般体系结构。...在下一帧中，使用上一帧模拟步骤输出的顶点缓冲区作为下一个模拟步骤的输入 OpenGL ES 2.0 OpenGL ES 2.0提供了可编程着色器的灵活图形管道，并可在所有当前的iOS设备上使用。...其他函数不仅会刷新命令缓冲区，而且还会阻塞，直到先前提交的命令已完成，然后再返回对应用程序的控仅当需要此行为时才使用刷新和同步命令。过度使用刷新或同步命令可能会导致应用程序在等待硬件完成呈现时停顿。...为了避免这种情况，请维护您需要查询的任何状态的副本，并直接访问它，而不是调用OpenGL ES。 发生错误时，OpenGL ES会设置一个错误标志。...这些错误和其他错误出现在Xcode的OpenGL ES Frame Debugger或Instruments的OpenGL ES Analyzer中。
如果此时有创建了子进程，子进程会继承父进程的文件描述表，指向同一个文件，我们把上面分子进程都看到的文件，叫做管道文件，管道只允许单向通信，管道里的内容不需要刷新的磁盘。...未来要用父进程写，子进程读的话，在fork之后，各自关闭掉不用的文件描述符即可。 不用的描述符建议关闭，因为未来可能会误用，或者导致文件描述符泄露。...返回值:成功返回0，失败返回错误代码 匿名管道的特性 面向字节流 用来进行具有血缘关系的进程，进行进程间通信(IPC) 文件的生命周期，随进程！管道也是！...= 0) { cerr 错误消息，属于2号，而cout属于标准输出，2是标准错误 } pid_t...，子进程都会继承父进程的文件描述符表，所以我们继承的时候，父进程中原本指向前面的管道的那个描述符也会被继承，这样就会有多个文件描述符指向那个进程，这样会导致后面想要在一个进程执行完任务后关闭他的时候无法关闭
开始罗嗦 简单的说 2>&1 的含义是将标准出错重定向到标准输出，如果标准输出重定向到 /dev/null 了，标准错误也会重定向到 /dev/null 的。...但是这样写 stdout和stderr都直接送到file中, file会被打开两次,这样stdout和stderr会互相覆盖,这样写相当使用了FD1和FD2两个同时去抢占file 的管道....command > file 2>&1 首先是command > file将标准输出重定向到file中， 2>&1 是标准错误拷贝了标准输出的行为，也就是同样被重定向到file中，最终结果就是标准输出和错误都被重定向到...>> 将命令输出添加到文件末尾而不删除文件中已有的信息。 >& 将一个句柄的输出写入到另一个句柄的输入中。...另一个句柄输出中。 | 从一个命令中读取输出并将其写入另一个命令的输入中。也称作管道。
Snakemake会自动判断一条rule的input是来自哪条rule的output，从而将一条条rule串成一个完整的流程。...然后是定义最终需要的结果文件： rule all: input: "gatk4_mutect2_pon.vcf.gz" all是每个Snakefile文件中必有的一个rule，...比较特殊，只需要一个input，用来定义流程最终输出的结果。...这里需要注意：1、Snakemake会自动创建不存在的目录；2、如果shell命令没有定义输出文件，也可以不写output；3、这一步使用了{sample}这个参数，但实际上{sample}还没有定义，...扩展 rule中还可以添加其他的参数，比如说threads、log，如果输出文件重要，可以添加protected参数设置为保护文件，相反，如果跑完程序就可以删除的文件，可以添加temp参数设置为临时文件
匿名管道 2.1 什么是管道 进程可以通过 读/写 的方式打开同一个文件，操作系统会创建两个不同的文件对象 file，但是文件对象 file 中的内核级缓冲区、操作方法集合等并不会额外创建，而是一个文件的文件对象的内核级缓冲区...会阻塞【write 是一个系统调用】） 如下对代码做点修改（红框内的代码） 管道有上限，Ubuntu -> 64 KB 如果我们让父进程正常读取，那么结果又是怎样的呢？...权限模式：根据实际需求设置合适的权限模式，确保可被需要访问该管道的进程所访问。 错误处理：对 mkfifo() 函数的返回值进行适当的错误处理，根据具体的错误原因进行相应的处理和日志记录。...即使文件系统中存在一个名为 all 的文件，make all 命令也会执行与 all 相关的规则，而不是认为目标已经是最新的。...小结 管道是一种用于进程间通信（IPC）的机制，允许一个进程将数据传递给另一个进程。在类Unix操作系统中，管道通常由内核提供，使用简单的读写接口。
其实我们在利用管道的时候, 可能会不经意的去想, 我前一个命令的输出, 是全部处理完再通过管道传给第二个命令, 还是一边处理一边输出呢?...管道的定义 管道是由内核管理的一个缓冲区，相当于我们放入内存中的一个纸条。管道的一端连接一个进程的输出。这个进程会向管道中放入信息。管道的另一端连接一个进程的输入，这个进程取出被放入管道的信息。...一个缓冲区不需要很大，它被设计成为环形的数据结构，以便管道可以被循环利用。当管道中没有信息的话，从管道中读取的进程会等待，直到另一端的进程放入信息。...) 行缓冲: 遇到换行符就输出(标准输出) 无缓冲: 没有缓冲区，数据会立即读入或者输出到外存文件和设备上(标准错误 因为python是默认采用带缓冲的fputs(参考py27源码: fileobject.c..., 因为这样可能会导致管道越来越大..然而管道也是有大小的~ 具体可以去看posix标准, 所以我们得出结论是: 只要COMMAND1的输出写入管道的写端(不管是缓冲区满还是手动flush), COMMAND2
在类Unix操作系统（以及一些其他借用了这个设计的操作系统，如Windows）中，管道是一系列将标准输入输出链接起来的进程，其中每一个进程的输出被直接作为下一个进程的输入。...使用 Stream 会一边读取 data.json 一边将数据写入响应流，而不是像 Buffer 一样，先将整个 data.json 读取到内存，然后一次性输出到响应中，所以使用 Stream 的时候会更加节约内存...另外，也可以通过事件来监听数据的流动。不管是文件的读写，还是 http 的请求、响应都会在内部自动创建 Stream，读取文件时，会创建一个可读流，输出文件时，会创建可写流。...管道串联 前面介绍了通过管道（.pipe()）可以将一个桶里的数据转移到另一个桶里，但是有多个桶的时候，我们就需要多次调用 .pipe()。例如，我们有一个文件，需要经过 gzip 压缩后重新输出。...，可以一次性完成多个管道操作，而且还支持错误处理。
有时，您的不良习惯甚至会导致出现混乱。纠正此类缺点的最佳方法之一，就是有意识地采用抵制这些坏习惯的好习惯。...例如，假设您使用分号来组合两个命令，其中第二个命令的正确执行完全依赖于第一个命令的成功完成。如果第一个命令未按您预期的那样退出，第二个命令仍然会运行——结果会导致失败。...在列表中对命令分组 大多数 Shell 都具有在列表中对命令分组的方法，以便您能将它们的合计输出向下传递到某个管道，或者将其任何部分或全部流重定向到相同的地方。...对于多个文件，带 -c 选项的 grep 返回每个文件的单独计数，每行一个计数，而针对 wc 的管道则提供所有文件的组合总计数。 然而，不管是否考虑速度，此示例都表明了另一个要避免地常见错误。...不良的使用模式会降低您的速度，并且通常会导致意外错误。本文介绍了 10 个新习惯，它们可以帮助您摆脱许多最常见的使用错误。养成这些好习惯是加强您的 UNIX 命令行技能的积极步骤。
首先来实现一个CMD命令行运行功能，通过使用CreatePipe创建匿名管道，并使用CreateProcess函数创建一个新的CMD进程，然后将标准输入、输出和错误输出重定向到当前进程的标准输入、输出和错误输出...这样就可以通过当前进程的输入输出来执行CMD命令并获取命令输出结果。CreatePipe 函数，用于创建一个匿名管道。匿名管道是一种用于进程间通信的机制，允许一个进程将输出数据传输给另一个进程。...函数启动了一个新的 CMD 进程并将其标准输出和错误输出重定向到管道的写入端。...接着使用 ReadFile() 函数从管道的读取端读取输出数据，并将读取到的数据存储到一个缓冲区中。最后，它将缓冲区的内容拼接成一个完整的输出结果返回给调用者。...write 端句柄已被 cmd 的输出流和错误流继承,即 cmd 输出时会把数据写入管道。
exit会导致进程停止执行并释放资源，例如内存或者打开的文件。...按照Unix惯例，进程从文件描述符0读入（标准输入），从文件描述符1输出（标准输出），将错误信息写入到文件描述符2（标准错误）。...下面的程序片段（实际上就是cat的本质）从标准输入拷贝数据到标准输出，如果遇到了错误，它会往标准错误中输出错误消息。...xv6的shell不支持标准错误输出的重定向，但现在你知道如何去实现它。...第三，管道允许同步：两个进程可以使用一对管道来进行彼此间的通信，调用进程的read操作会被阻塞，直到另一个进程调用write完成数据的发送。
如果你使用框架 QueueRunners并将摘要存储在文件中，这些图都是自动生成的。这些图会显示你的计算机是否能够保持队列处在排满的状态。...图（graph）的构建和训练 把图固定 TensorFlows把图的构建和图的计算模型分开处理，这在日常编程中是非常罕见的，可能会导致初学者产生一些混乱。...例如调试和发送错误消息，可能最初构建图的时候在代码里出现一次，然后在实际评估的时候又出现一次，当你习惯于代码只被评估一次后，这就有些别扭。 另一个问题是图的构建是和训练回路（loop）结合在一起的。...这些循环通常是“标准”的python循环，因此可以改变图并向其中添加新的操作。在连续评估图的过程中对图进行改动，会产生重大的性能损失，但这一点在最开始的时候很难注意到。幸运的是这很容易解决。...只需要在开始训练循环之前，把图固定（finalize）就行——调用tf.getDefaultGraph().finalize() 把图锁定，之后想要添加任何新的操作都会产生错误。看吧，问题解决了。
前言 其实有一个模块也支持执行系统命令，那个模块就是sys.system，但他执行系统命令会直接通过主进程去执行命令，那假如，该命令的执行需要耗费一个小时，那么主进程会卡一个小时，而不会去干别的事，这样就会导致程序的运行效率低下...如果由subprocess去执行系统命令的时候并不会让主进程去执行，而是主进程会开辟出一个子进程去执行，并不会影响到主进程的运行，主进程该干嘛就干嘛，那么又有个问题，大家都知道进程之间的内存空间是独立的...，也就是说进程之间是不能相互访问的，那么在subprocess中，有个管道的概念，既然固定死了进程之间不能相互访问，那么可以将执行命令的结果输出到管道里，该管道其实就是一块共享的内存空间，可以让主进程去获取到该共享内存空间存放的数据...，用于进程之间共享) stderr=subprocess.PIPE # 将执行的错误结果丢到另一个新的管道 ) ''' 当从任意一个管道，例如正确或者错误结果管道中获取值， ''' # 从正确管道中获取值...从错误管道中获取值 res2=obj.stderr.read() print(res2.decode('utf-8'))
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