在我的Snakemake工作流中，我定义了一个函数，它使用之前在工作流过程中生成的文件，解析它并返回一个包含2个元素的列表，例如： def get_param_value(wildcards) :# do stuff with the wildcards and some files
return ["element1","element2"] 然后，我希望在后续规则中使用返回<
浏览 55提问于2021-06-26得票数 1
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我试图将一个名为--config的参数传递给snakemake函数。似乎不管我怎么传递它，所有的下划线都被删除了？有什么建议吗，还是我做错了什么？snakemake -s snakefile.py all --configfile /share/biocore/keith/dennislab/snakemake/templates/tagseq.json--config samples=60_3_6,snakemake</
浏览 4提问于2019-10-20得票数 3
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我正在寻找一些关于使用Snakemake处理我的R管道的基本信息。据我理解，最常见的两种方法是使用script标志和传递R脚本，或者通过传递给Rscript使用shell。如果我想使用这些方法中的任何一种，那么我的R脚本应该是什么样的呢？R脚本如何知道如何查找和调用RData对象上的load，或者在为input提供名称的情况下调用read.table来读取csv文件。据推测，Snakemake将把任
浏览 2提问于2019-07-02得票数 2
问题很简单：
如果我使用shell注意:当然，可以将变量作为shell中的参数传递给脚本。但是，通过这样做，脚本不能区分文字变量和列表变量。如果我使用script:，那么我可以访问我的snakemake变量，但是我不能执行I/O重定向和许
浏览 1提问于2018-02-08得票数 1
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从集合中访问元素的最快方法是什么？索引数组字典索引集合/列表<= use <= on Dictionary2)索引速度会随着数组/列表大小的增加而增加吗？
据我了解..。索引数组应该使用指针指向元素的索引，该索引是由<e
浏览 3提问于2011-09-24得票数 0
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我有一个Snakemake工作流，其中一个python文件中的函数在另一个python文件中调用，类似于以下内容： ### Snakefile input:[0]def run_test(): with open(out_file, "w") as f:
f.write(&quo
浏览 28提问于2020-06-12得票数 1
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使用Snakemake，是否有任何方法可以使用--configfile标志访问传递给工作流的配置文件的路径？通过在中查看workflow对象，我最初认为下面是最小的Snakefile将打印包含所有配置文件的列表，但运行snakemake --configfile [path/to/config/file] -j 1只需打印一个空列
浏览 4提问于2021-04-15得票数 2
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我在为一件很简单的事而挣扎。在我的snakemake管道输入时，我希望有一个目录，列出它的内容，并并行处理该目录中的每个文件。我天真地认为，这样的事情应该会奏效： input: output:
"out/{test}.txt"我可以找到的所有资源都是从硬编码脚本中的</
浏览 4提问于2021-12-15得票数 0
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我有一个由Scala中的列表组成的框，我需要检查一个特定的单元格是否包含一个不是0或0的元素(给定访问该单元格的行和列索引)。如果找到的元素不是0，则应该返回一个空集，否则，应该返回我设法编码的另一个值。如何检查特定单元格是否包含0？目前为止的代码：
if(/&#
浏览 0提问于2013-11-30得票数 0
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我在Snakemake开了一条元经济学管道。我正在为我的程序集运行MetaSPAdes，但是对于特定的示例，MetaSPAdes经常会失败，这并不少见。如果MetaSPAdes失败，我想只在失败的示例上运行MEGAHIT。有没有办法在Snakemake中创建这种规则依赖关系？例如：
如果规则失败，将生成特定文件(在本例中，使用MetaSPAdes组装)。我认为这意味着MetaSPAdes规则的输出需要是contigs
浏览 2提问于2021-06-21得票数 2
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在我刚刚更新为(7.15.2)的Snakemake版本中，"snakemake -n“将返回每个作业的”原因“。例如，这可以是“由另一个作业更新的输入文件”、“丢失的输出文件”或“更新的输入文件”。我只想在“缺少输出文件”的情况下运行作业，而忽略所有有其他原因的作业。在以前版本的Snakemake (7.3.2)中，有
浏览 1提问于2022-10-18得票数 0
我试图找到一个过滤器函数(获取一个列表类型对象和一个函数s.t )。函数应该是输入列表元素的类型，并且应该返回一个bool值，这两个函数的过滤器的输出包含原始列表元素，其中函数在元素上返回true )。另外，我应该如何<
浏览 13提问于2022-06-14得票数 0
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在这里，我不是在谈论一种特定的编程语言。我想知道这些东西和不同的数据结构之间有什么区别。我假设列表基本上应该是可调整大小的，而数组则不是，但我不确定。
浏览 1提问于2020-11-02得票数 1
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在snakemake中，您可以像这样调用外部脚本： input: "path/to/other/inputfile/to/outputfile", script:
"path/to&
浏览 6提问于2019-08-08得票数 4
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是否有任何方法使静态构造函数(或某种形式的初始化代码)在程序开始时为特定类(或类)运行？
上下文：，我们的库将解析传入的并返回对象。返回的对象类型取决于所解析的XML元素。我们提供了两个简单的类:一个是一个非常基本的类，它允许访问属性和内部XML (作为字符串)，没有任何特性；第二个类用于特定类型的对象，并为访问</em
浏览 1提问于2013-03-22得票数 11
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当使用R或python在jupyter实验室笔记本中编写程序时，我将特定的conda环境作为内核来从基本conda环境中的单个jupyter实验室安装中访问特定于环境的包。在完成笔记本的开发之后，我想将它插入我的snakemake文件中，以确保以后的可重现性，当然，我使用相应的conda环境.yaml文件来实现这一点，以便提供所
浏览 5提问于2020-11-20得票数 2
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我正在寻找一种简单而优雅的方式(一种刺激方式)，从目标元素中选择一个特定的元素，构成我的刺激控制器。刺激给了我对目标元素的以下访问：
event.currentTarget ->给出了单击的元素(链接)--在可能的
浏览 6提问于2022-05-18得票数 0
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.")(*)返回一个列表：'"name1' 'csv"'。我知道我只能选择扩展名之前的文件名，如：strsplit("name1.csv", "\\.")[[1]][1] (**)为什么会这样呢？
浏览 0提问于2019-07-08得票数 0
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cp {input.data[1]} {output} """
在rule B中，永远不会到达elif部分，但是Snakemake仍然显示一个错误IndexError: list index out of range，因为我正在访问不存在的input.data[1]。在我的特定用例中，我使用一个输入函数，它将提供一个或两个基于通配符的文件。然后，我将对文件执行
浏览 5提问于2022-11-18得票数 1
在Snakemake中可能是一个非常基本的问题，但到目前为止我还找不到答案。假设我有一个样本列表典型的expand命令如下所示：但我希望得到相同样本列表的组合文档中，他们说：
“默认情况下，expand使用python itertools<e
浏览 0提问于2020-08-17得票数 3
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