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我已经为MPI设置了两个节点: aml1 (主)和aml2 (工作)。我正在尝试将mpirun与R脚本结合使用，并使用Rmpi和doMPI库。OpenMPI 1.10.5，我可以看到在aml1和aml2上运行的进程。这让我假设mpirun没有正确地检测到有多少内核可用，或者我在hostfile或rankfile中错误地分配了它。我想最大化两个节点(aml、aml2)上的可用内核。
感谢来自社区的任何帮助！或者这就是它
浏览 51提问于2017-02-11得票数 2
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每个主机上有48个核心(每个套接字24个，每个节点2个套接字)。
我想运行40个进程来处理应用程序。每个节点将运行10个核心进程(0、2、4、6、8、10、12、14、16、18)。mpirun --hostfile=4hosts --cpu-set 0,2,4,6,8,10,12,14,16,18 ....10个核心运行在100%的每一个节点。但是，在每个<em
浏览 1提问于2021-03-20得票数 0
在mpirun和srun之间，我正在考虑哪个进程启动程序在优化资源方面更好。假设集群中的一个计算节点总共有16个核心，我有一个作业，我想使用10个进程来运行。如果我使用启动它，它是否能够检测到我的请求的核心数量少于每个节点中可用的核数，并且将自动从单个节点分配所有10个核？与使用srun指定节点数量的-N <number>不同，<em
浏览 5提问于2020-10-28得票数 0
由mpirun启动的子进程将其输出重定向到mpirun进程，因此所有输出都在一个节点上结束。mpirun -host host1,host2 my_script >&1
只需将stdout从所有主机重定向到调用节点<
浏览 0提问于2018-03-06得票数 2
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问题是:是否有可能，如果是的话，如何获得我的mpi工作在特定时刻运行的核心列表？很容易列出任务分配到的节点，但经过几个小时的互联网调查，我开始怀疑slurm以任何方式公开了核心列表(为什么不困难呢？)问题是，我想再次检查我正在处理的集群是否真的像我要求的那样在节点、核心(如果可能的话，还有套接字)上传播我的工作进程(如果你愿意的话，可以叫我偏执)。请注意，hwloc不是对我
浏览 0提问于2017-06-16得票数 0
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我想使用8个OpenMP线程的1 MPI进程。但是，并行区中使用的OpenMP线程数始终为1。在另一台使用英特尔9900K处理器的机器上，OpenMP线程数始终为2。如果使用"-bind-to none“或"-bind-to numa”，程序运行良好，因为每个MPI进程的CPU使用率为800%，并且在并行区获得8倍的加速。OpenMP线程的数量总是不是我所期望的。因此，在配备至强2640的工作站上
浏览 6提问于2019-06-22得票数 0
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doMPI和节点、处理器和核心
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我想用我可以访问的集群进行分布式并行计算:5个节点(“计算机”)；每个节点有两个处理器(“CPU”)，每个处理器有18个核心。因此，在一个令人尴尬的并行计算中，我可以使用的线程数是180 (5*2*18)。如果2表示要使用的</e
浏览 2提问于2018-09-29得票数 1
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我在mpirun上是个新手，我遇到了一个小问题。我只想在机器的2个核心上运行n个作业，所以我打开了n个终端窗口，并在每个终端窗口中使用通常的mpirun -np 2 [program]，但它并没有使用2*n个内核，而是只使用了其中的一小部分，并且应用程序非常慢，这让我相信mpirun在相同的核心上堆叠了多个作业，而不涉及同一CPU上的其他内核，使
浏览 71提问于2021-02-09得票数 2
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SLURM上的多线程
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据我所知，如果我分送32个子进程，并要求SLURM调度程序在4个节点上运行作业，每个节点有8个处理器，代码将在每个核心上执行每个子进程。我实验室里的人说，如果我在多个节点上运行一个作业，而其他节点却不被使用，那么我就是在浪费时间和金钱。这个准确吗？
如果我使用一个分叉的脚本，那么我是否只能使用SLURM的一个节点呢？
浏览 2提问于2015-07-08得票数 5
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假设我有一个在384个MPI进程(24个计算节点，每个计算节点16个核心)上运行的代码，并使用以下简单脚本将我的作业提交到作业队列#PBS -l nodes=24:ppn=16module load openmpi下面的场景是可能的:我需
浏览 0提问于2013-07-02得票数 3
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我想用OpenMPI 2.11来执行我的程序的几个实例。每个实例都在我的集群上自己的节点(-N 1)上运行。这可以很好地工作。现在，我想将每个程序实例固定到其节点的前2个核心。这是我的rankfile：rank 1=+n1 slot=0-1
在我看来，这应该将每个程序实例限制在其运行的本地计算机
浏览 1提问于2017-12-06得票数 1
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我有一个由4个节点组成的小型集群，每个节点都有4个核心。我可以很高兴地在一个节点上运行HP Linpack，但我正在努力让它在多个节点上运行。我的'nodes‘文件是：192.168.0.2 slots=4192.168.0.4 slots=4
如果我运行mpirun上找
浏览 8提问于2020-05-20得票数 0
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好的，现在我可以使用MPI运行教堂代码了。但是：
( 1)每个节点有32个核。如果将hello6 -nl x设置为x< 33，则所有进程都由第一个区域设置执行。1.1)我想运行hello6 -nl 4，所以每个节点都会从locale和adress x.address上打个招呼。( 2)看起来，教堂堂使用$OAR_NODEFILE (可能是另一个)来创建区域设置向量，因为这个OAR_NODEFILE每个节点每个<
浏览 4提问于2018-12-03得票数 2
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我认为我的问题是非常具体和利基，找不到任何其他地方的答案。
我在Fortran中有一个并行代码(使用MPI)，我希望每个处理器上都有一个子例程在运行时调用另一个程序(原则上是串行的)。/mycode < input.in > output.out调用我的代码。然而，在第三方代码中，最简单的指定核心数目的方法是使用提供的启动程序，它本身使用mpirun来启动正确的</em
浏览 0提问于2020-07-03得票数 2
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我正在尝试用一个MPI应用程序来运行它，以便了解应用程序在每个内核中花费多少时间进行数据传输和计算操作。通常，我会用以下命令运行应用程序它将在几个核心或可能几个节点上繁殖。可以在顶部添加perf吗？我试过了但是，它的输出看起来像是mpirun的聚合。有没有办法从<e
浏览 19提问于2016-08-16得票数 3
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我可以访问每个节点上有40个核心的HPC。我有一个批处理文件来运行总共35个代码，这些代码位于不同的文件夹中。我的每个代码都是一个开放的mp代码，每个代码需要4个内核。那么，我如何分配4个节点，使每个代码获得4个核心。请告诉我如何使用这个环境，因为我知道给出了在queue..Basically中分配的节点列表我的想法是在
浏览 2提问于2021-05-30得票数 0
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我有一个用openMP和MPI写的程序，我想专门测量MPI接口。/app在结果中，热点函数是像opal_*, pthread*这样的MPI即时函数，请问如何衡量这些MPI接口的性能
浏览 40提问于2021-06-08得票数 0
我在SLURM集群上运行MPI作业，并希望将结果进程固定到节点上的特定核心。这可以包括不同节点上的不同数量的进程以及不同节点上的不同固定模式。如果我使用salloc分配节点，并为mpi进程构建一个等级文件，然后使用mpirun启动进程，那么这一切都相对容易。不幸的是，如果分配由于任何原因而被撤销，例如在超时或抢占时，在节
浏览 0提问于2014-12-18得票数 2
我正在24c架构上运行代码，并希望为绑定到L3缓存块的每组三个核心使用一个mpi等级。因此，每个套接字8个mpi队列，每个节点16个，每个队列有3个线程。我认为下面的命令行应该适用 mpirun --bind-to l3 -np 16 gmx_mpi mdrun -nt 3 --bind-to将mpi队列绑定到L3缓存的每个区块，-np为每个节点分配16这是正确的
浏览 185提问于2021-08-10得票数 0
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我目前正在尝试使用mpirun -np 8在一台有8个内核的机器上运行一个应用程序。可执行文件运行得很好，它实际上使用了机器的所有8个内核来执行任务，但问题是它说
The authenticity of host '(name of the local machine) 127.0.1我猜这是因为MPI将每个核心解释为分布式集群中的一个节点，是否有某种方法可以“告诉”MPI所有<e
浏览 2提问于2013-08-20得票数 2
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