自动efetch不返回xml文件
自动efetch是一种用于从云端服务器获取数据的自动化方法。它通常用于从服务器获取非XML文件，而不返回XML文件。
自动efetch的优势在于它能够自动化地从服务器获取数据，无需手动操作。这样可以节省时间和人力资源，并提高工作效率。
自动efetch的应用场景非常广泛。例如，在前端开发中，可以使用自动efetch从服务器获取静态资源文件，如图片、CSS和JavaScript文件。在后端开发中，可以使用自动efetch从数据库中获取数据，并将其用于业务逻辑处理。在移动开发中，可以使用自动efetch从服务器获取数据，以更新应用程序的内容。
对于自动efetch，腾讯云提供了一系列相关产品和服务。其中，推荐使用腾讯云的对象存储（COS）服务来存储和获取非XML文件。腾讯云的COS是一种高可用、高可靠的云存储服务，可以帮助用户轻松地存储和管理海量非结构化数据。您可以通过以下链接了解更多关于腾讯云对象存储的信息：https://cloud.tencent.com/product/cos
总结：自动efetch是一种自动化从云端服务器获取非XML文件的方法。它具有节省时间和人力资源的优势，并广泛应用于前端开发、后端开发和移动开发等领域。腾讯云的对象存储（COS）是推荐的解决方案，用于存储和获取非XML文件。
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1回答
当我使用Entrez网站()上提供的示例url时，数据可以作为xml文件正确下载，但如果我要通过将id替换为变量(temp_id)来自动执行搜索，则返回的是文本而不是xml文件。因此我得到了这个错误(因为没有带有xml标记的xml文件)
回溯(最近一次调用)：文件"test.py"，第14行，in pub_doi = soup.find(idtype="doi").text A
浏览 20提问于2019-03-31得票数 0
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Parser.py", line 248, in readBio.Entrez.Parser.NotXMLError: Failed to parse the XMLPlease make sure that the input data are in XML formatimport numpy as np
from Bio import Entrezhandle = Entrez.esearch(db="pmc", term = "Antimicrob
浏览 3提问于2018-10-01得票数 0
是否有方法下载Entrez模块返回到本地磁盘的XML文件并保存这些文件？我目前所做的是： resetmode='xml', rettype='full')然后通过article
浏览 1提问于2017-04-11得票数 1
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当我在下面运行代码时，它会返回一个错误，它说：
handle = Entrez.efetch(db = searchdb, id = records['IdList'][i], retty
浏览 2提问于2014-03-25得票数 0
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搜索部分工作正常，但当我试图解析时： records = Entrez.parse(handle)
文件"/venv/lib/python2.7&
浏览 3提问于2016-12-22得票数 6
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我使用： from Bio import Entrez seq_record = SeqIO.read(handle, "gb")
print(seq_record) 这给了我一个简短的gb文件版本，因此命令： seq_record.features 不<
浏览 34提问于2019-03-21得票数 1
我想使用文件中的值传递给Make中的命令。问题上下文是传递一组Ids，以便使用从NCBI中获取蛋白质。我考虑使用进程替换，但这将传递一个文件位置，我们需要一个字符串。查克普
test1.txt:
浏览 3提问于2015-07-01得票数 0
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3回答
我有一个带有GI号码的文件，我想从ncbi获得FASTA序列。(db="nucleotide", id=line, retmode="xml") print ">GI "+line.rstrip(db="nucleotide", id=line, retmode="xml")
File "C:\Python27\lib\site-packages\
浏览 1提问于2013-02-12得票数 1
我写了一个代码来获取科学文献，给出了下面的代码来获取"xml“文件，并从大文件中提取所需的数据或行。在这个文件中，我希望打印包含标签"AbstractText“或"Title”的两行代码，当我将"AbstractText“或"Title”与"if“一起使用时，它会打印所需的输出，但当我将这两个标签与”未正确运行的代码： def fetch_abstract(pmid):
handle = efetch(db='pub
浏览 20提问于2017-05-11得票数 0
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我只想访问返回的fasta记录中的序列，但我不想为了这样做而将记录写到文件中。我在试着写代码 Entrez.email = "myemailaddress"AttributeError: 'generator' object has no attribute 'readline'
如果我用handle.read
浏览 1提问于2013-07-21得票数 1
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下面的代码返回一个空记录：
handle = Entrez.efetch(db="Taxonomy", id="158330", retmode="xml") #From biopython tutorial
浏览 0提问于2012-06-01得票数 0
我正在尝试下载期刊文章记录的XML文件，并创建一个数据集，以便在R中进一步询问。我对XML完全陌生，在R中也是相当新手。我使用两个来源的代码拼凑了一些代码：和。db=pubmed&WebEnv=",env,"&retmode=xml&query_key=",key)myxml<-xmlTreeParse(pub.efetch,asText=TRUE,useInter
浏览 0提问于2012-07-26得票数 0
输入示例(文本文件)：Saccharopolyspora erythraeaRoseiflexus sp.(name) for row in names_board: os.system("esearch -db pubmed -query %s | efetch-format xml | xtract -pattern PubmedArticle -element AbstractTe
浏览 3提问于2016-11-05得票数 0
2回答
我似乎无法让Entrez.efetch()返回给定文章的网格条件，唯一的方法似乎是我正在做的事情，即：records = Entrez.read(handle)我尝试过在没有运气的情况下调整每个的rettype和retmode参数
浏览 8提问于2012-11-30得票数 2
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'relevance', retmode='xmlids = ','.join(id_list) handle = Entrez.efetch(db='pubmed',
浏览 13提问于2021-05-30得票数 0
谁知道如何使用BIopython或BioJAVA从FTP ncbi中自动搜索和解析gbk文件。我在BIojava中搜索了实用程序，但没有找到任何实用程序。否则，我将不得不从头开始自动执行此过程。
谢谢。
浏览 22提问于2014-03-14得票数 1
1回答
proteina = Entrez.efetch(db="protein", id= gi, rettype="gb", retmode="xml").或者我使用以下方法检查XML树：
proteinaXML[0]["GBSeq_feature-table"][2]["GBFeature_quals"][6]['GBQualifier_value'].但是，根据提交的蛋白质的GI，XML树可能会有所不同。
浏览 2提问于2013-11-14得票数 2
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知道为什么这个代码： id=['556503834'], rettype="gb", print(handle.read())我尝试了其他数据库得出了同样的结论。
浏览 2提问于2015-05-12得票数 2
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我试图使用Entrez.efetch从XML文件中获取一些信息，然后读取它。上周，这个脚本运行得很好：records = Entrez.read但我还是有个错误：经过
浏览 3提问于2014-05-05得票数 2
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1回答
我试图访问这里提供的PubMed web服务：我尝试以两种方式写入C#中的web服务--都是作为控制台应用程序。1) (来自Add Service Reference向导)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/soap/v2.0/efetch
浏览 1提问于2012-01-23得票数 3
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