我可以在R中安装“mice”包,但是我不能导入它。在重新安装R和mice软件包后,仍然出现相同的错误。R版本: 3.5.1
Error: package or namespace load failed for ‘mice’ in readRDS(mapfile):
unknown input format
我可以使用来自rlmer的对象运行mice模型,但是当我试图汇集结果时,会得到消息Error: No tidy method for objects of class rlmerMod。还有别的选择吗?
下面是我的数据和模型的一个可复制的例子:
set.seed(1)
library(data.table)
library(robustlmm)
library(mice)
library(miceadds)
dt <- data.table(id = rep(1:10, each=3),
group = rep(1:2, each=15),
我一直在使用R(3.3-3.5版本)中的MICE包(2.2-3.3版本)处理一个推定的数据集。我现在正在尝试向估算的数据集添加一些变量,这些变量在过去使用cbind.mids()运行得很好(在这个特定的例子中,它是来自Surv函数的Surv对象变量)。由于某些原因,这不再起作用。虽然加载了mice包,但找不到函数cbind.mids()。
最小示例:
> library(mice)
Loading required package: lattice
Attaching package: ‘mice’
The following objects are masked from ‘pac
我刚开始在R中打包mice,但我正在尝试从popmis中计算5个数据集,然后分别拟合一个lmer()模型with(),最后在它们之间进行pool()。 我认为mice()中的pool()函数不能与lme4包中的lmer()调用一起工作,对吧? 如果是这样的话,有没有一种方法可以编写一个定制的函数,在我下面的例子中就像pool()一样? library(mice)
library(lme4)
imp <- mice(popmis, m = 5) # `popmis` is a dataset from `mice`
fit <- with(imp, lme4::lmer(pop
我正在看一个使用R的Kaggle机器学习教程
我正在使用Debian,令我惊讶的是,Debian上的打包R似乎是去年6月发布的最新版本
$ apt show r-recommended
Version: 3.3.1-1~jessiecran.0
$ R
R version 3.3.1 (2016-06-21) -- "Bug in Your Hair"
祝贺参与这件事的每一个人!
因此,本教程开始:
# Load packages
library('ggplot2') # visualization
library('ggthemes') #
所以我有一个包含很多缺失值的数据集。我想要分离不同缺失模式的数据。我发现了'mice‘包,它在总结缺失的值模式方面非常方便。但是,当我想要选择某个缺少模式的行时,选择的行数比缺少模式矩阵所建议的计数要少得多。
我的代码如下。
要获取缺少的模式,请执行以下操作:
library(mice)
# md.pattern returns a matrix, I convert the matrix into a data frame with the first column as its frequency in the data frame
pattern = md.pattern(da
如何在R中的一个图上绘制几个自举置信区间?我创建了一个具有置信区间下限和上限的Excel文档。我想要一幅以两种颜色表示A或B组的图,其中每年有两个置信区间(行或框都可以)。
我尝试使用bwplot函数,但我尝试的代码没有工作。
bwplot(Lower+Upper~Year, data=yeargroupboot)
数据:
Year Upper Lower Site
2001 123 121 A
2001 115 113 B
2002 127 124 A
200
我一直在努力解决mice中的一个问题,试图将两个级别上缺失的数据归为多级数据。这花了我一些时间,但我终于成功地重新创建了错误,这似乎发生在mice试图在sampler函数中创建日志事件时。我有一个变量,表示测试版本,但只与第一个度量相关(之后是一个常量)。这个变量似乎导致了错误。
当使用"2lonly.pmm"作为变量的计算方法时,mice返回错误:Error in get("state", parent.frame(frame)) : object 'state' not found,任何其他方法的使用都不会导致错误。通常,mice会创建一个日
我一直在尝试将重复的度量模型从SAS转换到R,因为协作者会进行分析,但没有SAS。我们处理的是4组动物,每组8到10只,然后每只动物5个时间点。模拟数据文件在这里可用,作为Rdata文件,作为excel文件:
最初的SAS代码(1)是:
proc mixed data=essai.data_test method=reml;
class group time mice;
model param = group time group*time / ddfm=kr;
repeated time / type=un subject=mice group=group;
run;
我使用来自lme4的mice包和lmer进行分析。但是,pool.r.squared()在此输出上不起作用。我正在寻找关于如何在以下工作流程中包括调整后的R平方计算的建议。 require(lme4, mice)
imp <- mice(nhanes)
imp2 <- mice::complete(imp, "all") # This step is necessary in my analyses to include other variables/covariates following the multiple imputation
fit <- l
我正在尝试使用MICE的statsmodels包来估算我的列的值。我不知道该怎么使用它。无论我运行什么,都会抛出错误:ValueError: variable to be imputed has no observed values
代码:
df=pd.read_csv('contacts.csv', engine='c',low_memory=False)
from statsmodels.imputation.mice import MICEData as md
md(df)
为什么我做错了?
我正在使用R中的smatr包装将SMA拟合到异速测量数据,并且我在绘制sma()命令计算的95%置信区间时遇到了困难。
以软件包文档中的示例数据为例,如何将上下限95%置信度线添加到xy数据和SMA拟合图中?
# Load leaf lifetime dataset:
data(leaflife)
# Fit SMA
ft <- sma(longev~lma, data=leaflife, log="xy", method="SMA")
#plot data and fit
plot(ft, log="xy")
现在如何将95
在调用鼠标时指定了"2l.norm“方法后,我无意中发现了只包含1na的变量的错误消息。考虑到这些变量丢失的数据量很小,我意识到这是一个非常小的问题。然而,考虑到这些数据结构也是很优雅的。
我使用对所有人都可访问的数据库重新创建了这种情况,即ChickWeight数据集。我非常明白,这个问题也可能是我在执行程序时出错的结果,所以如果是这样,请告诉我。
ChickWeight[1:20, ]
dim(ChickWeight)
sum(is.na(ChickWeight)) #contains no NAs
ChickWeight$weight[12] <- NA # add 1 N