组合两个自定义.gtf文件(r)
组合两个自定义.gtf文件(r)是指将两个自定义的.gtf文件合并成一个文件。GTF（Gene Transfer Format）文件是一种常用的基因注释文件格式，用于描述基因的结构和注释信息。
在组合两个自定义.gtf文件时，可以按照以下步骤进行操作：
- 首先，打开第一个自定义.gtf文件和第二个自定义.gtf文件，可以使用文本编辑器或者专业的基因注释软件进行操作。
- 检查两个文件的格式是否一致，确保它们具有相同的列数和列顺序。通常，一个标准的.gtf文件包含多列，包括染色体名称、来源、类型、起始位置、终止位置、分数、方向、相位和注释等信息。
- 将第二个.gtf文件的内容逐行添加到第一个.gtf文件的末尾，确保每行的格式和列对应正确。可以使用文本编辑器的复制粘贴功能来完成这一步骤。
- 保存合并后的文件，并根据需要对其进行进一步处理或分析。
组合两个自定义.gtf文件可以用于基因注释、基因表达分析、转录组学研究等领域。通过合并不同来源的.gtf文件，可以获得更全面和准确的基因注释信息，进而提高基因研究的可靠性和准确性。
腾讯云提供了一系列与基因组学和生物信息学相关的产品和服务，例如腾讯云基因组学分析平台（https://cloud.tencent.com/product/ga）和腾讯云生物信息学分析平台（https://cloud.tencent.com/product/bi）等。这些平台提供了丰富的工具和功能，可用于处理和分析基因组数据，包括.gtf文件的合并和注释等操作。
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1回答
我有两个自定义文件，一直在尝试将它们组合成一个.gtf文件，最终为kallisto创建一个自定义的fasta。我一直在使用R中的生物串库(Bioconductor)，并将这两个文件作为基因组范围进行了阅读 genes.gf <-readGFFAsGRanges("novel_genes.gtf")
isoforms.gf <-readGFFAsGRanges("novel_isoforms.gtf") 然而，当我尝试使用cat来组合它们时，我得到了一个错误： cat(genes.gf, isoforms.gf, file = "custom
浏览 58提问于2020-04-06得票数 0
抱歉问了个基本问题。我正在尝试运行一个名为cuffdiff_gtf_attributes的R脚本(请在Windows7上安装的R3.3.1中的上找到它。
#!/usr/bin/env Rscript
当我在R中输入cuffdiff_gtf_attributes时，它是Error: object 'cuffdiff_gtf_attributes' not found。此外，我还尝试了返回我的Rscript cuffdiff_gtf_attributes：Error: unexpected symbol in "Rscript cuffdiff_gtf_attributes
浏览 1提问于2017-03-28得票数 0
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我们正在尝试使用wcf (添加服务引用)来使用java webservice，但是在调用服务时会抛出一个异常，如下所示
The content type multipart/related; type="text/xml"; boundary="----=_Part_113_846920666.1380536491947" of the response message does not match the content type of the binding (text/xml; charset=utf-8). If using a custom encod
浏览 2提问于2013-11-22得票数 0
我做了RNA-Seq分析，我使用的GTF文件来自Ensembl。cuffdiff的输出用XLOC的it替换了Ensembl it，尽管它也输出基因名称(例如MX2)。Ensembl ID不再存在。
我看到了一个帖子，上面展示了如何使用这个python脚本修改merged.gtf
#!/usr/bin/python
gtf_handle = "/PATH/TO/merged.gtf"
fh = open(gtf_handle, "r")
import re
trans_ids = {}
with open('merged2.gtf', '
浏览 0提问于2016-06-09得票数 0
我正在映射和计数两个物种的混合序列。我有两个规则，因为每个品种都有自己的GTF文件。我希望能够将其合并到一个规则中，然后让物种通配符指定要使用哪个GTF文件(例如，使用字典)。以下是规则：
rule count_reads_human:
input:
ibam = "sorted_reads/human/{spc}_sorted.bam",
gtf = "/nadata/users/username/annotations/hg38/gencode.v38.annotation.gtf"
output:
浏览 8提问于2021-12-27得票数 1
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我想创建一个bash脚本，但是有一些参数我希望可以配置。我有一个主bash.sh脚本，我想在其中加载一些命令。到目前为止，原始文件是这样的：
#!/bin/bash
source values.txt
for i in $(ls 3_TRIMMED/*_R1.* | sort -u); do echo STAR --genomeDir $ref_genome \
--readFilesIn ${i} ${i/_R1./_R2.} \
--runThreadN $runThread --outFileNamePrefix 5_ALIGNED/${i} \
--sjdbGTFfile $gtf
浏览 3提问于2022-08-03得票数 0
1回答
我正在使用Snakemake编写管道，但程序无法识别规则限制。我找不到我做错了什么。我已经快速地运行了规则，问题是与严格规则相关的。 include:
'config.py'
rule all:
input:
expand(FASTP_DIR + "{sample}R{read_no}.fastq",sample=SAMPLES ,read_no=['1', '2']), #fastp
expand(STAR_DIR + STAR_DIR + "output/{sa
浏览 18提问于2020-04-18得票数 0
1回答
我已经创建了一个jupyter_lab对接，通常它的工作非常好，但有时它会被卡住。通常我无法重现这个问题，但现在，显然他完全不喜欢这个文件()。使用R，一旦我
gtf=read.table("refGene.gtf",header=TRUE,sep="\t")
看起来所有的东西都装得很好，但是如果在另一个牢房里我要求
print(gtf)
它就会被困在那里。奇怪的是，它被卡住了，即使我没有打印gtf变量，而是让他打印任何其他的东西。如果我把它们放在同一个牢房里
gtf=read.table("refGene.gtf"，header=TRUE，
浏览 1提问于2022-05-04得票数 0
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所以我下面的问题已经部分解决了，但是现在我试图把一个变量作为规则中的输入传递给所有的变量，然后将它作为另一个规则中的输入得到因变量。我的代码：
rule all:
[f"outputs/STAR/all/{x}/counts_2.txt" for x in config["method"]]
rule feature_counts_per_sample:
input:
bam=[f"outputs/STAR/{name}/Aligned.sortedByCoord.out.sortedbyname.bam"
浏览 2提问于2022-05-21得票数 1
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我正在尝试修改由空格和制表符分隔的文件中每行的第一个字符。
在下面的示例中，前3个空格是制表符，后面的两个空格是空格。
cat example.gtf
1 havana gene 11896 14409 .
1 havana gene 12613 12227 .
我想在每一行的第一个值前面加上一个m，如下所示…所需的output.gtf。这可以通过awk '$1="m"$1' example.gtf > desiredOutput.gtf来实现
cat desiredOutput.gtf
m1 havana
浏览 46提问于2019-07-26得票数 0
我试图读取一个gtf文件，然后编辑它(使用子进程，grep和awk)，然后加载到熊猫。
我有一个文件名，其中包含头信息(由#指示)，所以我需要grep，并首先删除它。我可以在python中这样做，但我想将grep引入到管道中，以提高处理效率。
我试着做的：
import subprocess
from io import StringIO
gtf_file = open('chr2_only.gtf', 'r').read()
gtf_update = subprocess.Popen(["grep '^#' " + Strin
浏览 0提问于2017-04-14得票数 0
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我基本上要做的是创建一个二维数组，但它是在一个文件中，而不是在主存中。
为了跳过这个文件，我使用fseek然后fread将我需要的东西返回到我正在使用的结构中，问题是当我从loadTile()中的文件读取时，结构gameTile8File gtf充满了看起来像是垃圾数据的东西。
请注意，在写入和读取之间，文件永远不会关闭或刷新，不要认为这应该有什么不同。该文件为二进制文件，并且始终使用选项"r+b"打开。
我检查了fseek()、fread()和fwrite()的返回值，都说没有问题。
void saveTile(gameTile8& gt, unsigned int
浏览 0提问于2012-08-09得票数 0
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我有大约250个.gtf文件。这里我展示了3个.gtf文件。所有.gtf文件都有三列，如下所示：
TUSCC120A.gtf
TUSCC36.gtf
TUSCC89B.gtf
TUSCC120A.gtf如下所示：
transcript MSTRG.6968.1 0.000000
transcript MSTRG.6968.2 1.000000
transcript MSTRG.6975.2 0.000000
transcript ENST00000446 3.000000
transcript ENST00000432 0.000000
TUSCC36.gtf如下所示：
transcript
浏览 0提问于2020-12-05得票数 0
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让我的snakemake聚合命令工作时遇到了问题。我希望获得一个给定的GTF文件，在GTF中查找单独的区域，如果找到，则将这些区域写到一个单独的文件中。因此，我不确定每个输入GTF文件将创建的输出GTF文件的数量。为了解决这个问题，我尝试使用一个snakemake检查点。 为此，我编写了一个名为collapse_gtf_file.py的简短脚本，它只接受一个GTF文件，并根据找到的单个区域的数量生成N个文件。因此，如果给定具有三个区域的文件test_regions.gtf，它将分别生成test_regions_1.gtf, test_regions_2.gtf test_regions_3.
浏览 13提问于2019-05-21得票数 1
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我不成功地为StringTie运行这个小的snakemake程序；试运行给出了“规则字符串”的MissingInputException错误，我无法理解这里的问题，因为相同的目录结构对于不同的snakemake程序很好。
我已经使用"hisat2“生成了bam文件，并位于目录："/alternate_splice/bam_out/”中，该目录存储为"bamdir“。
snakemake应该能够定位输入文件，因为名称和位置是合适的，但是每次都会抛出一个错误。
我确实看了一下有关蛇咬伤的问题，但是无法解决这个问题。如果有人能帮我，那就太好了！
有4个示例:对于通配符，它从包
浏览 2提问于2020-04-01得票数 0
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我正在使用Snakemake编写我的RNA-seq流水线。当我写最后一部分rule fpkm时，我得到了错误： MissingInputException in line 3 of /root/s/r/snakemake/my_rnaseq_data/Snakefile:
Missing input files for rule all:
05_ft/wt2_transcript.gtf
05_ft/wt1_transcript.gtf
05_ft/wt2_gene.gtf
05_ft/epcr1_gene.gtf
05_ft/wt1_gene.gtf
05_ft/epcr2_transcr
浏览 32提问于2019-04-27得票数 0
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我正在使用来自github的代码，而不是我自己的代码，使用参考基因组和新转录组组装(这两个fasta文件)为非模型有机体制作gtf文件。我更改了脚本中文件的路径，并在尝试运行时收到错误消息。
python是个新手，所以不知道该怎么做。
from pathlib import Path
import subprocess, getopt, sys,time
def usage():
print("\n~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~\n~~~~~~~fasta-to-gtf~~~~~~~\n~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~"
浏览 0提问于2019-08-08得票数 1
嗨，我正在做转录组汇编，似乎fasta文件与我在数据库中下载的gtf文件不匹配。我想知道是否有一种方法可以从a.gtf文件中获取.fa文件。
我的意思是用整个序列我可以制作一个gtf文件。希望你的回应。
浏览 4提问于2014-12-12得票数 0
3回答
我有一个类似下面的bash脚本。首先，它将以sorted.bam文件作为输入，并使用"stringtie“工具，将每个示例gtf作为输出。然后，每个样本的路径gtf将提供给mergelist.txt。然后在它们上使用“字符串合并”来获得"stringtie_merged.gtf“。
我总共有40个sorted.bam文件。
for sample in /path/*.sorted.bam
do
dir="/pathto/hisat2_output"
dir2="/pathto/folder"
base=`basename $sample '
浏览 0提问于2018-04-03得票数 2
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我正在尝试为管道编写脚本，但在声明目录中的规则输入时遇到了问题。
我在这些部分中的代码：
rule taco:
input:
all_gtf = GTF_DIR + "path_samplesGTF.txt"
output:
taco_out = TACO_DIR
shell:
"taco_run -v -p 20 -o {output.taco_out} \
--filter-min-expr 1 --gtf-expr-attr RPKM {inp
浏览 18提问于2019-08-14得票数 0
我知道这是一个简单的问题，但是awk命令确实在融化我的大脑。我有一个选项卡分隔的文件"inputfile.gtf“，我需要从其中提取一列，并将其放入一个新的文件"newfile.tsv”--我一生都找不出正确的语法来使用awk来实现这一点。以下是我尝试过的：
awk -F, 'BEGIN{OFS="/t"} {print $8}' inputfile.gtf > newfile.tsv
也是
awk 'BEGIN{OFS="/t";FS="/t"};{print $8}' inputfil
浏览 5提问于2017-10-13得票数 0
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所以，我使用了一个叫做“tuxedo”的程序来进行RNA测序数据分析。更多的是与shell脚本有关的技术问题。我可以在命令行中这样做，因此我没有任何问题。因为我是在集群中这样做的，所以我想使用一个脚本来实现任务的自动化。
因此，协议命令是这样的：
顶帽
袖扣
袖扣
cuffdiff第一个命令执行所有对齐操作，这将生成一些文件，我必须在下一个命令cufflinks中使用这些文件，然后是cuffmerge，最后是cuffdiff。
有人能帮我写一个简单的shell脚本吗?这个脚本可以调用每个命令并完成任务。
任何帮助都将不胜感激。
参数
tophat -p 8 -G genes.gtf -o C1
浏览 0提问于2017-01-08得票数 0
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1回答
我使用的是一个cellranger mkref，它面临着GTF (custome )的一个奇怪的python问题：
Traceback (most recent call last):
File "/home/user/cellranger-6.0.1/lib/python/cellranger/reference.py", line 750, in validate_gtf
subprocess.check_output(cmd, stderr=subprocess.STDOUT)
File "/home/user/cellranger-6.0.1/e
浏览 1提问于2021-05-26得票数 0
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1回答
我正在使用tophat命令进行一次转写程序集。在一个文件夹中，我有我在GTF中的参考基因组在这个文件夹中，我有我的领结索引文件。在其他文件夹中，我有我的抄本的两个拆分的fasta文件。我放置了命令tophat，但似乎找不到bowtie索引文件。我使用的是tophat 1.41，这六个bowtie文件都是.ebwt格式的。
我正在键入下一条命令
tophat -o myfolder --mate-inner-dist 50 --mate-std-dev 20 -p 5
/file/file1/myfolder/myfolder2/referencegenome.gtf /file/file1/
浏览 0提问于2014-12-13得票数 0
我正在用C++编写一个程序，它根据引用注释对NGS读取对齐进行计数。基本上，程序将注释和对齐文件读取到内存中，遍历注释，二进制搜索对齐文件以寻找可能的位置，在找到该位置后线性搜索可能位置周围的帧。
通常，我希望保持这个框架的大小(10000对齐)，所以我想把这个框架分开，并将它的部分抛到不同的线程中。
所有东西都会编译和运行，但看起来我的多线程并不像预期的那样工作，因为我的comp使用了一个核心来完成任务。有谁能帮我找出我实现线程错误的地方吗？
#include <iostream>
#include <cstdlib>
#include <vector>
浏览 4提问于2015-12-10得票数 2
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我使用的是一个cellranger mkref，在GTF (自定义gtf文件)中遇到了一个奇怪的python问题：
Traceback (most recent call last):
File "/home/user/cellranger-6.0.1/lib/python/cellranger/reference.py", line 750, in validate_gtf
subprocess.check_output(cmd, stderr=subprocess.STDOUT)
File "/home/user/cellranger-6.0.1/e
浏览 1提问于2021-05-26得票数 0
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2回答
年一周加一周r
、、
我有一个包含日期和时间的列的dataframe，我已经创建了一个新的列，其中包含了包含该公式的“年-周”，
Path LogTime
HJH 2015-06-19 01:57:11
GTF 2015-07-31 08:23:34
R 2015-07-21 11:52:31
Path2$Week<-strftime(Path2$LogTime,format="%Y-%W",tz="CET")
Path LogTime Week
HJH 2015-06-19 01:57
浏览 0提问于2015-08-18得票数 3
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1回答
我有8个文件需要合并成一个文本文件，每个文件名都在单独的一行上。
输出应如下所示：
file.txt:
output1/transcripts.gtf
output2/transcripts.gtf
output3/transcripts.gtf
以此类推。
我已经阅读了其他几个建议，我知道这应该是一个简单的解决方案。我已经尝试了dir和awk，但只得到了一行包含所有文件的结果。我使用的是unix。
浏览 3提问于2013-02-08得票数 0
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(注意:标记应该是tophat2和bowtie2，但我没有创建新标记的要点)
问候:我正在使用Tophat2 (命令行)来分析RNA-seq数据，我遇到了一些错误。
这里是呼叫：
tophat2 -o tophat2_results/ -G ref_data/BA000007.2.gtf --transcriptome-index=transcriptome_data/RNA_LBG01b_241_filteredQ indices/BA000007.2 data_files/RNA_LBG01b_241_filteredQ.fastq
这里是错误：
[2015-12-29 12:58:33]
浏览 7提问于2015-12-29得票数 1
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我正在尝试使用snakemake的星形包装器(描述为)，但希望包含一个使用--sjdbGTFfile标志的注释文件的选项。我的目标是通过引用一个configfile来指定一个gtf注释文件，但是我似乎无法让它工作。
我的配置文件的相关片段：
annotations: ref_files/cal09_human/GRCh38.103_Cal09.gtf
相关规则如下所示：
rule map_reads:
message:
"""
Mapping trimmed reads from {wildcards.sample} to hos
浏览 18提问于2021-06-04得票数 0
我想使用snakemake来分析我的数据集。因为我要处理不同的有机体，所以我想让snakemake在索引基因组时为每个有机体创建一个文件夹。
我在config file中创建了以下结构
organism:
Dmel:
fasta: "ftp://ftp.ensembl.org/pub/current_fasta/drosophila_melanogaster/dna/Drosophila_melanogaster.BDGP6.22.dna.toplevel.fa.gz"
gtf: "ftp://ftp.ensembl.org/pub/current_
浏览 25提问于2019-11-08得票数 0
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1回答
我想用STAR生成基因组索引。bash代码可以在终端中运行，但我想将其转换为snakefile。 这是bash代码： STAR --runThreadN 4 --runMode genomeGenerate --genomeDir star --genomeFastaFiles Drosophila_melanogaster.BDGP6.22.dna.toplevel.fa --sjdbGTFfile bdgp6/Drosophila_melanogaster.BDGP6.95.gtf 运行bash代码后，它会在star目录中生成多个文件。其中一个文件名为genomeParameters.t
浏览 25提问于2019-06-05得票数 0
我试图在一列中找到名称，然后用它替换另一列。下面是一个示例：
V1
some_information1 gene_id rna-NC_020 transcript_id rna-NC_020; gbkey tRNA; product tRNA-Phe;
some_information2 gene_id rna-NC_7567 transcript_id rna-NC_7567; gbkey CDS; gene SP4;
some_information3 gene_id rna-NC_59 transcript_id rna-NC_59; gbke
浏览 4提问于2021-05-16得票数 0
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1回答
我最近遇到了一些关于snakemake运行检查点所需的中间规则的问题。在尝试解决此问题后，我认为问题出在aggregate_input函数中的expand命令中，但无法弄清楚它为什么会这样。 这是来自snakemake的当前检查点文档，我以https://snakemake.readthedocs.io/en/stable/snakefiles/rules.html#data-dependent-conditional-execution为模型 rule all:
input:
¦ expand("string_tie_assembly/{sample}.gtf&
浏览 16提问于2019-05-24得票数 2
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这里的生锈新手来自蟒蛇。我想用生锈极来读取压缩的GTF (*.gtf.gz)文件：
let schema = Arc::new(Schema::new(vec![
Field::new("contigName", DataType::Categorical),
Field::new("source", DataType::Utf8),
Field::new("feature", DataType::Categorical),
Field::new("start"
浏览 3提问于2021-10-02得票数 0
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当尝试用Azure批处理(NF)设置Nextflow时，我得到了以下错误。我在多个工作流(sarek、ataseq等)上尝试了这种方法。我也有同样的错误-
N E X T F L O W ~ version 22.04.0
Pulling nf-core/atacseq ...
downloaded from https://github.com/nf-core/atacseq.git
Launching `https://github.com/nf-core/atacseq` [rhl6d5529] DSL1 - revision: 1b3a832db5 [1.2.1]
Downloa
浏览 16提问于2022-05-06得票数 0
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我希望替换attribute数据格式中的所有gtf.top.thyroid.gene列值，这样我就可以追加：
字符串"gene_id“到现有列值前面的分号";”到现有列值的末尾
对于某一栏，我可以执行以下操作：
gtf.top.thyroid.gene$attribute <- paste0('gene_id "', gtf.top.thyroid.gene$attribute, '";')
但是，如果我想编写一个for循环来简化以下操作，该怎么办？
gtf.top.thyroid.gene$attribute <-
浏览 4提问于2022-04-16得票数 0
我试图使用Snakemake来处理对rnaQUAST工具的调用，多个输入由两组不同但成对的关键字描述。我不想所有的组合这些关键字，只有特定的组合。据我的理解，在我的规则中，我需要在展开()调用中指定zip的用法，如下所示。但是，在解释变量snakemake时，snakemake似乎以意外的方式填充了{sample}和{reference}通配符：
samples_rnaQUAST = ["TMW3250_15","TMW3250_20","TMW3256_15","TMW3256_20","TMW3261_15",
浏览 4提问于2022-06-07得票数 2
我已经在这个网站上搜索过了，令人惊讶的是，我似乎找不到能解决我的特定问题的东西。所以我想我应该把它贴出来，看看你们中一些更有经验的程序员如何解决问题。
我有一个像电子表格一样的文本文件(许多行与制表符分隔的列)，我想通过搜索某些标签(例如scaffold1253.1_size81005.6.32799_7496)，并用更简单的标签(例如scaffold1253.1a)替换它们。这些标签只在文本文件的第一列中。我已经编写了脚本，这样我就有了一个散列，其中旧标签作为键，新标签对应于它们各自的值。这个散列大约有26000行。因此，从本质上讲，我想逐个获取散列键，在文本文件中搜索它们，并用它们各自的散
浏览 3提问于2013-07-06得票数 0
1回答
我试图获取目录中每个文件的文件名，并将其“重命名”以在运行程序时创建相应的输出文件。在运行脚本时，对于要进行重命名的行，我将被拒绝错误权限。
outputname=basename $file | sed -e "s/_Aligned.sortedByCoord.out.bam/_.gtf/"
例如，一个文件名为92_Aligned.sortedByCoord.out.bam，我希望输出为92_.gtf。另一个文件名为10.5_rep1_Aligned.sortedByCoord.out.bam，输出应该称为10.5_rep1_.gtf。
我做错了吗？不确定sed是不是正确的方
浏览 3提问于2019-10-23得票数 0
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1回答
在使用compose()合并两个图后试图编写GML文件时，我收到以下错误消息：
NetworkXError: 'user_id' is not a valid key
背景是我使用以下方法导入两个GML文件：
g = nx.read_gml(file_path + "test_graph_1.gml")
h = nx.read_gml(file_path + "test_graph_2.gml")
每个节点(在两个GML文件中)文件都是这样构造的：
node [
id 9
user_id "1663413990"
file
浏览 0提问于2018-07-31得票数 8
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1回答
我有一个数据帧(gtf)列表，我想计算出在一组坐标中，每个数据帧中有0的比例。也就是说，如果我有500个数据帧，其中120个在坐标1,1处有0，那么函数将返回120/500。
最后，我希望函数返回一个数据框架，其中列对应于gtf的列，值是对应坐标中0的数据帧的比例。这里是gtf的娱乐
x = matrix(c(1,0), 6,6)
x = as.data.frame(x)
y = matrix(c(0,1), 6,6)
y = as.data.frame(x)
gtf = list(x,y,x,y)
以下是我尝试过的：
for (i in seq_along(gtf))
for (j
浏览 5提问于2020-01-30得票数 2
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2回答
在这个电子表格中，我有一个包含所有雇员数据的行，其中有来自另一个表的值；为了创建所请求的布局，我需要每个员工3行，每一行都从1，1，1，1，1，行开始，我在这里找到了一些代码，允许我在每一行数据中追加两行，但是不知道如何将\1.1，GTF，'100‘移动到下一行，然后，将1.1，PPA，'15’移动到下一行。
这就是我所拥有的：
\x{e76f}\x{e76f}1、'900‘、'04000’、‘0000’、‘0’、‘0000’、‘0’、‘S’、‘A’、‘A’、1.1、GTF、'100‘、x-1、1，1，1，1，'986'，'010
浏览 10提问于2022-04-05得票数 1
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用户将输入一个猜测，程序将检查它是否大于或小于随机生成的数字，然后再次循环，直到猜测==号码。
gtf (猜测文本字段)是用户输入猜测的地方，ttf (时间文本字段)是显示用户猜测次数的地方。
问题是它跳过if语句(e.getSource() == gtf)，它不会等待用户向gtf输入一个数字。您不能在actionPerformer中检查两次用户操作吗？我还能用什么其他的解决方案？
import javax.swing.*;
import java.util.*;
import java.awt.*;
import java.awt.event.*;
public class Test ex
浏览 4提问于2014-03-03得票数 0
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2回答
我有一个GTF文件，我试图解析它，这样'gene_id‘、'gene_type’、'gene_status‘、'gene_name’和level都在不同的列中。
因此，对于我的原始文件：
chr1 | ENSEMBL gene| 17369| 17436| . - . |gene_id "ENSG00000278267.1"; gene_type "miRNA"; gene_status "KNOWN"; gene_name "MIR6859-1"; level 3;
chr1
浏览 0提问于2015-11-08得票数 2
我的Ubuntu18.04系统运行良好已经有一段时间了(几年)。它突然吐出了这个错误。导致系统多次自动重新启动。有时它能够引导登录，但即使在登录之后，它也是以一种古怪的方式运行的。怎么回事？
linux内核5.4.0-42-泛型
📷
更新：
BIOS被更新，解决了疯狂的自动重新启动问题，并使系统可用。
我发现这个错误出现在18.04和16.04的dmesg日志中。下面是ACPI错误消息的更详细列表(我发现已经发布了一些相关的ACPI消息，但没有ACPI语法)。这个问题似乎与方法_GTF有关。那是什么，它是做什么的？另外，什么是DSSP？
有关此错误的更多详细信息来自dmesg：
[ 1.
浏览 0提问于2020-09-02得票数 15
1回答
星型索引问题到步骤4
、、、
我试图用snakemake在管道上索引一个参考基因组，我制定了这样的规则：
rule reference_faidx_star:
input:
"../resources/reference/Qrob_PM1N.fa"
output:
"../resources/reference/ref/"
threads: 1
log:
"../results/logs/star/star_index.log"
params:
gtf= "../
浏览 3提问于2021-04-20得票数 0
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我正在尝试使用2 pass星图映射策略(在这里也解释了)，但是我得到了一个错误。
我已经阅读了这一页，https://github.com/alexdobin/STAR/issues/181和我有一个类似的问题，但讨论的解决方案似乎没有帮助。也许这更多的是一个蛇形问题，而不是一个恒星问题，所以我在这里问它。
我在HPC集群上使用了STAR版本2.7.10。我正在运行一个snakemake文件，在该文件中，我使用星号2通过映射映射人和鼠样本，并得到以下错误：
['PRJNA493818_GSE120639_SRP162872', 'PRJNA493818_GSE12063
浏览 19提问于2022-08-16得票数 0
尝试抓取(h)、(w)和(d)前面的数字。这些是动态的，我不能得到它的语法：
<ul>
<li>Make: Mymake</li>
<li>Model: R-22GTF</li>
<li>Dimensions: 13.25" (h) x 20.13" (w) x 18.5" (d)</li>
<li>Sold Individually </li>
<li>Wei
浏览 0提问于2012-03-23得票数 1
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1回答
我从一个文件中获得了几个不同的信息，我已经将它们分类到列表中，并希望将它们添加到嵌套字典中。
输入
exon 65419 65433 gene_id "ENSG00000186092"; transcript_id "ENST00000641515"; exon_number 1
exon 65520 65573 gene_id "ENSG00000186092"; transcript_id "ENST00000641515"; exon_number 2
CDS 65565 65573 ge
浏览 0提问于2019-05-10得票数 1
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