我正在使用Snakemake来运行defense-finder程序。此程序创建并覆盖/tmp/defense-finder中的通用临时文件，即文件名不包含唯一标识符。当在不同输入文件的不同内核上运行我的规则时，由于/tmp/defense-finder中的冲突，Snakemake崩溃。当不同的作业写入工作目
浏览 44提问于2021-11-16得票数 2
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作为我正在构建的Snakemake管道的一部分，我必须使用不允许我指定输出文件的文件路径或名称的程序。例如，当在工作目录workdir/中运行程序时，它会产生以下输出：workdir/output.txtrule NAME:
input: "path/tosnakemake工作目录中获得一个额外
浏览 10提问于2021-08-25得票数 1
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我目前的架构是，在我的Snakefile的开头，我有一个长时间运行的函数somefunc，它可以帮助决定rule all的“输入”。当我使用slurm运行工作流时，我意识到每个作业都会执行somefunc。是否有一些我可以访问的变量来定义代码是已提交的作业还是主进程： config['layout'] = somefunc()
..
浏览 16提问于2019-08-07得票数 1
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考虑以下snakemake规则： singularity: "./ubuntu.sif" shell: """ """
当我以snakemake-c1 --use-singularity的形式运行它时
浏览 0提问于2022-07-10得票数 0
在执行shell命令之前，是否有可能避免删除snakemake规则中定义的输出文件？我在这里找到了对这种行为的描述：
我要做的是为输入列表和输出文件列表(N:M关系)定义一个规则。中的输出文件，那么有没有人知道如何在不更新所有输出文件的情况下将此工作流映射到snakemake规则中？但是，对于每个json文件(即使没有更改)，仍然会触发以json文件为输入的规则，因为Sna
浏览 0提问于2018-03-08得票数 2
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假设我有一个造蛇规则，如下所示： input: cd ..我将如何使用shadow: "shallow"、shadow: "minimal"和shadow: "full"编写此规则，这将如何更改所述规则<
浏览 2提问于2020-10-20得票数 0
当第二个snakefile被导入时，目标不再是规则'all‘所指定的目标，而是由一些任意的(?)规则在导入的snakefile中，即使导入的snakefile不包含任何相关规则。使用github中的snakemake模块
在本地克隆此回购，并使用包装器run.sh从克隆的repo上面的目录运行snakemake。这个snakefile将“导入”lpagie/repo2，它在当前形
浏览 4提问于2021-10-06得票数 1
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我正在与SLURM调度程序在共享计算空间上使用snakemake。我的大多数规则只需要很少的资源/CPU，而有几个规则需要很多资源。我想设置snakemake为每个规则使用最少的资源，除了需要大量资源的规则。根据我的测试，在集群模式下提交每个规则作为子作业时，snakemake将始终使用config.yaml中
浏览 25提问于2021-09-18得票数 0
我在集群模式下使用snakemake向HPCC提交一个简单的一个规则工作流，HPCC通过多个计算节点运行Torque。NFSv4存储安装在/data上。有一个链接/PROJECT_DIR -> /->/PROJECT_DIR/snakemake --verbose --use-conda --conda-prefix /data提交的职务脚本如下所示：#!/
浏览 2提问于2021-03-30得票数 2
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我在snakemake管道中得到以下错误： Building DAG of jobs...F19FTSEUHT1027.PSU4_ISF1A_long.fastq.gz
(one of the commands exited with non-zero exit code; note that snakemakewildcards.sample}_shist.csv > assembly-stats/{wildcards.sample}/{wildcards.sample}_stats.txt" 据我所知，
浏览 49提问于2020-01-15得票数 0
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我想用一种非常简单的方式在Snakemake中使用通配符来启动两个数据集的脚本。不幸的是，我找不到合适的方法。subset.txt" "bash scripts/extract.sh {input.genes} {input.expression} {output}"大楼的工作.WorkflowEr
浏览 13提问于2022-11-16得票数 1
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即使我使用了最简单的代码结构，它也没有工作，如下所示：
规则fastqc_raw: fastqc_raw:1输出: output/ fastqc _raw/A.html RuleException: CalledProcessError-t 4’返回的非零退出状态2.
浏览 1提问于2018-10-03得票数 3
我在Snakemake开了一条元经济学管道。我正在为我的程序集运行MetaSPAdes，但是对于特定的示例，MetaSPAdes经常会失败，这并不少见。如果MetaSPAdes失败，我想只在失败的示例上运行MEGAHIT。有没有办法在Snakemake中创建这种规则依赖关系？例如：
如果规则失败，将生成特定文件(在本例中，使用MetaSPAdes组装)。我认为这意味着MetaSPAdes规则的输出需要是contigs
浏览 2提问于2021-06-21得票数 2
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我的Snakemake管道断言，每当我运行任何规则时，我的代码都会引发一个非零退出代码，即使如果我手动运行相同的代码，我的代码会返回错误代码0，而且当在snakemake中运行时，它可以正常工作。根据this question的建议，我尝试在snakemake规则中将|| true附加到外壳命令，将我的规则从如下所示改为 rule rulename:
in
浏览 10提问于2019-06-21得票数 2
每当我的引用DB (一个中等大小的fasta文件)被更新时，我想触发一个snakemake规则(本质上是一个爆炸调用)。
如果我首先想知道DB中是否有相关的更改，那该怎么办？因此，我首先将引用DB置于git版本控制之下，并在git diff为非零的情况下进
浏览 11提问于2017-11-13得票数 0
作业运行并产生正确的输出，但当它们完成时，我得到将|| true、set +u或exit 0添加到规则中的shell命令中在bash脚本中以“严格”模式放置docker命令，以查看是否存在任何问
浏览 14提问于2020-11-07得票数 1
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在Snakefile中，可以在规则中指定关键字线程、优先级、资源。这些也可以指定为params关键字中的子关键字。在一些应用程序中，它们也可以作为参数或选项放在shell命令中。如果你把这些放在任何地方，哪一个在系统中是有效的。换句话说，哪一个具有更高的优先级？优先级顺序是什么？我知道一定有一些原因，我正在努力去理解它们。谢谢。
浏览 2提问于2019-05-13得票数 2
我目前正在编写一个snakemake管道，我想为此包括一个perl脚本。脚本不是由我编写的，而是从页面编写的。我以前从未使用过perl。rule r1_filter5end: config["arima_mapping"] + "unprocessed_bam/{sample}_R1/scripts/filter_five_end.pl |
浏览 12提问于2022-08-09得票数 5
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我想编写一系列规则，但有些规则不使用与其他规则相同的通配符。当我尝试这个时，Snakemake无法确定通配符。假设我有这样一个工作流：
为30 chromosomesrun生成单独的数据文件--在这30 chromosomesrun上都有参数"foo“的程序名为"algorithm1”--在这30 chromosomesAlgorithm1和2上都有参数为“”的不同程序"
浏览 8提问于2022-09-05得票数 1
我有一个snakemake工作流，其中包含一个运行另一个“内部”snakemake工作流的规则。是否有办法防止snakemake删除失败规则的输出？或者你可以提出另一个解决办法？几个注意事项：
浏览 6提问于2020-12-22得票数 0
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