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    表达量矩阵全部更改为0-1矩阵会影响降维聚类分群吗?

    pbmc.data, project = "pbmc3k", min.cells = 3, min.features = 200) 首先查看表达量矩阵...,是稀疏矩阵格式,如下所示: 然后做一个简单的转换: 代码如下所示: ct=pbmc@assays$RNA@counts ct ct[ct>0]=1 ct 标准的降维聚类分群 代码如下所示;...1矩阵的降维聚类分群 如果我们不进行这样的0-1矩阵转换,得到的图表是: 原始矩阵的降维聚类分群 这样的肉眼查看差异还是有点挑战,我们选择如下所示的代码: load(file = 'phe-by-basic-seurat.Rdata..._0_1 = ifelse(phe_0_1$seurat_clusters %in% c(0,1,2,5,8),'Tcells', ifelse(phe_0_1$seurat_clusters...0 675 26 Tcells 2 0 1648 也就是说,我们的单细胞表达量矩阵里面,每个基因在每个细胞的表达量具体是多少其实并不重要

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    表达量矩阵全部更改为0-1矩阵会影响降维聚类分群吗?

    pbmc.data, project = "pbmc3k", min.cells = 3, min.features = 200) 首先查看表达量矩阵...,是稀疏矩阵格式,如下所示: image-20210927091910905 然后做一个简单的转换: 代码如下所示: ct=pbmc@assays$RNA@counts ct ct[ct>0]=...1矩阵的降维聚类分群 如果我们不进行这样的0-1矩阵转换,得到的图表是: 原始矩阵的降维聚类分群 这样的肉眼查看差异还是有点挑战,我们选择如下所示的代码: load(file = 'phe-by-basic-seurat.Rdata..._0_1 = ifelse(phe_0_1$seurat_clusters %in% c(0,1,2,5,8),'Tcells', ifelse(phe_0_1$seurat_clusters...0 675 26 Tcells 2 0 1648 也就是说,我们的单细胞表达量矩阵里面,每个基因在每个细胞的表达量具体是多少其实并不重要

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    模型矩阵、视图矩阵、投影矩阵

    总而言之,模型视图投影矩阵=投影矩阵×视图矩阵×模型矩阵,模型矩阵将顶点从局部坐标系转化到世界坐标系中,视图矩阵将顶点从世界坐标系转化到视图坐标系下,而投影矩阵将顶点从视图坐标系转化到规范立方体中。...三角形的模型文件中,顶点坐标是在局部坐标系(Xl-Yl-Zl)下的,比如图中三角形三个顶点的初始坐标就可能是(1,0,0),(0,1,0),(0,0,1)。...;如果局部坐标系还要继续变换,只要将新的变换矩阵按照顺序左乘这个矩阵,得到的新矩阵能够表示之前所有变换效果的叠加,这个矩阵称为「模型矩阵」。...而在齐次坐标中,表示位置的点坐标为(x, y, z, 1),而表示方向的向量为(x, y, z, 0)。平移一个点能够得到平移后的点坐标;而平移一个向量什么都不会发生。...这个表示整个世界变换的矩阵又称为「视图矩阵」,因为他们经常一起工作,所以将视图矩阵乘以模型矩阵得到的矩阵称为「模型视图矩阵」。

    2.2K20

    矩阵分析(十一)酉矩阵、正交矩阵

    矩阵 若n阶复矩阵A满足 A^HA=AA^H=E 则称A是酉矩阵,记为A\in U^{n\times n} 设A\in C^{n\times n},则A是酉矩阵的充要条件是A的n个列(或行)向量是标准正交向量组...酉矩阵的性质 A^{-1}=A^H\in U^{n \times n} \mid \det A\mid=1 A^T\in U^{n\times n} AB, BA\in U^{n\times n} 酉矩阵的特征值的模为...1 标准正交基到标准正交基的过渡矩阵是酉矩阵 酉变换 设V是n维酉空间,\mathscr{A}是V的线性变换,若\forall \alpha, \beta \in V都有 (\mathscr{A}(\alpha...), \mathscr{A}(\beta))=(\alpha,\beta) ---- 正交矩阵 若n阶实矩阵A满足 A^TA=A^A=E 则称A是正交矩阵,记为A\in E^{n\times n} 设A...(或正交矩阵) ---- 满秩矩阵的QR分解 若n阶实矩阵A\in \mathbb{C}^{n\times n}满秩,且 A = [\alpha_1,...

    5.9K30

    【MATLAB】矩阵操作 ( 矩阵构造 | 矩阵运算 )

    文章目录 一、矩阵构造 1、列举元素 2、顺序列举 3、矩阵重复设置 4、生成元素 1 矩阵 二、矩阵计算 1、矩阵相加 2、矩阵相减 3、矩阵相乘 4、矩阵对应相乘 5、矩阵相除 6、矩阵对应相除..., 现在有 16 列 C = repmat(B, 3, 2) 执行结果 : 4、生成元素 1 矩阵 矩阵构造 , 生成指定行列的矩阵, 矩阵元素是 1 ; % 矩阵构造 , 生成 3 行 3 列的矩阵...: 2、矩阵相减 矩阵相减就是对应位置相加 , 只有行列相等的矩阵才能相减 ; % 矩阵相减就是对应位置相加 % 只有行列相等的矩阵才能相减 D = A - B 执行结果 : 3、矩阵相乘 矩阵相乘...: 第一个矩阵的行数等于第二个矩阵的列数 , 第一个矩阵的列数等于第二个矩阵的行数 , 满足上面两个条件 , 才可以相乘 ; % 矩阵相乘 % 第一个矩阵的行数等于第二个矩阵的列数 , % 第一个矩阵的列数等于第二个矩阵的行数...C = A + B % 矩阵相减就是对应位置相加 % 只有行列相等的矩阵才能相减 D = A - B % 矩阵相乘 % 第一个矩阵的行数等于第二个矩阵的列数 , % 第一个矩阵的列数等于第二个矩阵的行数

    1.3K10

    单细胞表达量矩阵全部更改为0-1矩阵居然并不影响降维聚类分群

    pbmc.data, project = "pbmc3k", min.cells = 3, min.features = 200) 首先查看表达量矩阵...,是稀疏矩阵格式,如下所示: 然后做一个简单的转换: 代码如下所示: ct=pbmc@assays$RNA@counts ct ct[ct>0]=1 ct 标准的降维聚类分群 代码如下所示;...1矩阵的降维聚类分群 如果我们不进行这样的0-1矩阵转换,得到的图表是: 原始矩阵的降维聚类分群 这样的肉眼查看差异还是有点挑战,我们选择如下所示的代码: load(file = 'phe-by-basic-seurat.Rdata..._0_1 = ifelse(phe_0_1$seurat_clusters %in% c(0,1,2,5,8),'Tcells', ifelse(phe_0_1$seurat_clusters...0 675 26 Tcells 2 0 1648 也就是说,我们的单细胞表达量矩阵里面,每个基因在每个细胞的表达量具体是多少其实并不重要

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    矩阵分析(十二)正规矩阵、Hermite矩阵

    $A$酉相似于一个上(下)三角矩阵 ---- 例1 已知$A = \begin{bmatrix}0&3&3\\-1&8&6\\2&-14&-10\end{bmatrix}$,求酉矩阵$U$,使得$U^HAU...^H$,则称其为正规矩阵 ---- Hermite矩阵 定义:$A\in \mathbb{C}^{n\times n}$,若$A^H=A$,则称$A$为Hermite矩阵 定理:Hermite矩阵是正规矩阵...,不过这里我觉得没有必要写上证明,读者有需要自行谷歌搜索或者翻书即可 ---- 例2 已知$A=\begin{bmatrix}3&0&8\\3&-1&6\\-2&0&-5\end{bmatrix}$,试求酉矩阵...& -1 & -\frac{25 \sqrt{6}}{6} \\ 0 & 0 & -1\end{bmatrix}$ ---- 例3 验证矩阵$A=\begin{bmatrix}\frac{1}{3}&-...\0&0&1\end{bmatrix} $$ ---- 例4 已知$A=\begin{bmatrix}2&-2&0\\-2&1&-2\\0&-2&0\end{bmatrix}$,求正交矩阵$Q$,使$Q

    1.5K50
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