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    表达量矩阵全部更改为0-1矩阵会影响降维聚类分群吗?

    pbmc.data, project = "pbmc3k", min.cells = 3, min.features = 200) 首先查看表达量矩阵...,是稀疏矩阵格式,如下所示: image-20210927091910905 然后做一个简单的转换: 代码如下所示: ct=pbmc@assays$RNA@counts ct ct[ct>0]=...1矩阵的降维聚类分群 如果我们不进行这样的0-1矩阵转换,得到的图表是: 原始矩阵的降维聚类分群 这样的肉眼查看差异还是有点挑战,我们选择如下所示的代码: load(file = 'phe-by-basic-seurat.Rdata..._0_1 = ifelse(phe_0_1$seurat_clusters %in% c(0,1,2,5,8),'Tcells', ifelse(phe_0_1$seurat_clusters...0 675 26 Tcells 2 0 1648 也就是说,我们的单细胞表达量矩阵里面,每个基因在每个细胞的表达量具体是多少其实并不重要

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    表达量矩阵全部更改为0-1矩阵会影响降维聚类分群吗?

    pbmc.data, project = "pbmc3k", min.cells = 3, min.features = 200) 首先查看表达量矩阵...,是稀疏矩阵格式,如下所示: 然后做一个简单的转换: 代码如下所示: ct=pbmc@assays$RNA@counts ct ct[ct>0]=1 ct 标准的降维聚类分群 代码如下所示;...1矩阵的降维聚类分群 如果我们不进行这样的0-1矩阵转换,得到的图表是: 原始矩阵的降维聚类分群 这样的肉眼查看差异还是有点挑战,我们选择如下所示的代码: load(file = 'phe-by-basic-seurat.Rdata..._0_1 = ifelse(phe_0_1$seurat_clusters %in% c(0,1,2,5,8),'Tcells', ifelse(phe_0_1$seurat_clusters...0 675 26 Tcells 2 0 1648 也就是说,我们的单细胞表达量矩阵里面,每个基因在每个细胞的表达量具体是多少其实并不重要

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    模型矩阵、视图矩阵、投影矩阵

    总而言之,模型视图投影矩阵=投影矩阵×视图矩阵×模型矩阵,模型矩阵将顶点从局部坐标系转化到世界坐标系中,视图矩阵将顶点从世界坐标系转化到视图坐标系下,而投影矩阵将顶点从视图坐标系转化到规范立方体中。...三角形的模型文件中,顶点坐标是在局部坐标系(Xl-Yl-Zl)下的,比如图中三角形三个顶点的初始坐标就可能是(1,0,0),(0,1,0),(0,0,1)。...;如果局部坐标系还要继续变换,只要将新的变换矩阵按照顺序左乘这个矩阵,得到的新矩阵能够表示之前所有变换效果的叠加,这个矩阵称为「模型矩阵」。...而在齐次坐标中,表示位置的点坐标为(x, y, z, 1),而表示方向的向量为(x, y, z, 0)。平移一个点能够得到平移后的点坐标;而平移一个向量什么都不会发生。...这个表示整个世界变换的矩阵又称为「视图矩阵」,因为他们经常一起工作,所以将视图矩阵乘以模型矩阵得到的矩阵称为「模型视图矩阵」。

    2.2K20

    矩阵分析(十一)酉矩阵、正交矩阵

    矩阵 若n阶复矩阵A满足 A^HA=AA^H=E 则称A是酉矩阵,记为A\in U^{n\times n} 设A\in C^{n\times n},则A是酉矩阵的充要条件是A的n个列(或行)向量是标准正交向量组...酉矩阵的性质 A^{-1}=A^H\in U^{n \times n} \mid \det A\mid=1 A^T\in U^{n\times n} AB, BA\in U^{n\times n} 酉矩阵的特征值的模为...1 标准正交基到标准正交基的过渡矩阵是酉矩阵 酉变换 设V是n维酉空间,\mathscr{A}是V的线性变换,若\forall \alpha, \beta \in V都有 (\mathscr{A}(\alpha...), \mathscr{A}(\beta))=(\alpha,\beta) ---- 正交矩阵 若n阶实矩阵A满足 A^TA=A^A=E 则称A是正交矩阵,记为A\in E^{n\times n} 设A...(或正交矩阵) ---- 满秩矩阵的QR分解 若n阶实矩阵A\in \mathbb{C}^{n\times n}满秩,且 A = [\alpha_1,...

    5.9K30

    【MATLAB】矩阵操作 ( 矩阵构造 | 矩阵运算 )

    文章目录 一、矩阵构造 1、列举元素 2、顺序列举 3、矩阵重复设置 4、生成元素 1 矩阵 二、矩阵计算 1、矩阵相加 2、矩阵相减 3、矩阵相乘 4、矩阵对应相乘 5、矩阵相除 6、矩阵对应相除..., 现在有 16 列 C = repmat(B, 3, 2) 执行结果 : 4、生成元素 1 矩阵 矩阵构造 , 生成指定行列的矩阵, 矩阵元素是 1 ; % 矩阵构造 , 生成 3 行 3 列的矩阵...: 2、矩阵相减 矩阵相减就是对应位置相加 , 只有行列相等的矩阵才能相减 ; % 矩阵相减就是对应位置相加 % 只有行列相等的矩阵才能相减 D = A - B 执行结果 : 3、矩阵相乘 矩阵相乘...: 第一个矩阵的行数等于第二个矩阵的列数 , 第一个矩阵的列数等于第二个矩阵的行数 , 满足上面两个条件 , 才可以相乘 ; % 矩阵相乘 % 第一个矩阵的行数等于第二个矩阵的列数 , % 第一个矩阵的列数等于第二个矩阵的行数...C = A + B % 矩阵相减就是对应位置相加 % 只有行列相等的矩阵才能相减 D = A - B % 矩阵相乘 % 第一个矩阵的行数等于第二个矩阵的列数 , % 第一个矩阵的列数等于第二个矩阵的行数

    1.3K10

    单细胞表达量矩阵全部更改为0-1矩阵居然并不影响降维聚类分群

    pbmc.data, project = "pbmc3k", min.cells = 3, min.features = 200) 首先查看表达量矩阵...,是稀疏矩阵格式,如下所示: 然后做一个简单的转换: 代码如下所示: ct=pbmc@assays$RNA@counts ct ct[ct>0]=1 ct 标准的降维聚类分群 代码如下所示;...1矩阵的降维聚类分群 如果我们不进行这样的0-1矩阵转换,得到的图表是: 原始矩阵的降维聚类分群 这样的肉眼查看差异还是有点挑战,我们选择如下所示的代码: load(file = 'phe-by-basic-seurat.Rdata..._0_1 = ifelse(phe_0_1$seurat_clusters %in% c(0,1,2,5,8),'Tcells', ifelse(phe_0_1$seurat_clusters...0 675 26 Tcells 2 0 1648 也就是说,我们的单细胞表达量矩阵里面,每个基因在每个细胞的表达量具体是多少其实并不重要

    78110

    hesse矩阵和jacobi矩阵_安索夫矩阵和波士顿矩阵区别Jacobian矩阵和Hessian矩阵

    ,海森矩阵和牛顿法的介绍,非常的简单易懂,并且有Hessian矩阵在牛顿法上的应用。...Jacobian矩阵和Hessian矩阵 发表于 2012 年 8 月 8 日 1. Jacobian 在向量分析中, 雅可比矩阵是一阶偏导数以一定方式排列成的矩阵, 其行列式称为雅可比行列式....雅可比矩阵 雅可比矩阵的重要性在于它体现了一个可微方程与给出点的最优线性逼近. 因此, 雅可比矩阵类似于多元函数的导数....假设任务是优化一个目标函数ff, 求函数ff的极大极小问题, 可以转化为求解函数ff的导数f′=0f′=0的问题, 这样求可以把优化问题看成方程求解问题(f′=0f′=0)....这次为了求解f′=0f′=0的根, 把f(x)f(x)的泰勒展开, 展开到2阶形式: 发布者:全栈程序员栈长,转载请注明出处:https://javaforall.cn/168429.html原文链接

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