用python解析PDB头信息(蛋白质结构文件)？

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python、bioinformatics、biopython

是否有PDB文件(蛋白质数据库)的解析器，可以从标题/备注部分提取(大多数)信息，如细化统计数据等？可能值得注意的是，我主要感兴趣的是在文件生成后立即访问数据，而不是从已经存放在蛋白质数据库中的结构中访问数据。这意味着有相当多的不同的“适当”格式需要处理，这取决于所使用的改进软件。我看过Biopython，但他们在FAQ中明确表示：“如果您对PDB头文件的数据挖掘感兴趣，那么您可能想看看其他地方，因为对此的

浏览 6提问于2016-08-17得票数 0

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蛋白质结构可视化

python、opengl、bioinformatics、vtk、protein-database

我被要求从事蛋白质结构可视化的工作，就像RasMol一样，用户可以打开pdb文件来获取蛋白质结构。如何从pdb文件生成蛋白质结构？我想用Python语言编写代码，并可视化我应该使用OpenGL还是VTK的结构？在这方面，有没有其他的模块可以帮助我？

浏览 5提问于2011-07-23得票数 5

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BioPython在哪里存储与各种化学分子有关的信息？

biopython

如果我们从PDB文件中重建一个蛋白质，有一个PDB文件就足够了，还是需要PDB之外的更多信息？以BioPython框架为例。如果PDB文件外部需要任何信息，这个框架将它们存储在哪里？我能打开看看那些文件吗？

浏览 11提问于2022-11-23得票数 -2

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与VMD的psfgen模块混淆

protein-database、vmd

我需要将两个子单元的pdb文件合并成两个子单元的组合pdb和psf文件。我使用了Namd教程，使用了两个名为BChain270VerCTrue.pdb和barn_noH2o_ChainD.pdb的pdb文件，并在VMD中运行了这个pgn： segment D {pdb barn_noH2o_ChainD.pdb</e

浏览 8提问于2021-10-20得票数 1

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无法使用urllib.request从网站下载文件

python、html、urllib

我试图使用python urllib.request库从字母表网站下载.pdb (蛋白质数据库)文件，其中包含给定蛋白质的全部预测分子结构。在本例中，我试图下载一个带有uniprot的Q9BY15的蛋白质。条目包含到蛋白质的pdb文件的下载链接，如下所示；所述手动下载的文件具有以下命名格式；下面是我正在使用的代码块(最简单的形式)import urlli

浏览 1提问于2022-04-19得票数 0

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即使pdb退出，Biopython也无法下载文件

biopython

我正在尝试使用biopython和python3自动下载pdbs。然而，对于一些pdbs，我有一个问题，我得到了一个404错误。urllib.error.HTTPError: HTTP Error 404: Not Foundimport Biopdbl=PDBList() pdbl.retrieve_pdb</

浏览 18提问于2017-03-16得票数 1

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从蛋白质数据库(PDB)文本文件中提取列

python、file、protein-database

我想用Python中的Matplotlib绘制一个图，从而从PDB文件(蛋白质数据库)中读取一些数据。我希望从文件中提取每一列，并将这些列存储在单独的向量中。PDB-文件由包含文本和浮动的列组成。PDB-文件看起来如下所示：ATOM 2 CA GLU A 2

浏览 5提问于2015-03-18得票数 1

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如何用python从pdb文件中只选择具有杂原子的RNA？

python、bioinformatics、biopython、protein-database

我试图在一个复杂的蛋白质/ RNA文件中分离核糖核酸和蛋白质，我希望所有的核糖核酸信息与杂原子之间的碱基，但没有H20等。简而言之，我希望核糖核酸部分PDB文件没有不连续的行。我设法用Bio PDB Select从蛋白质中分离出核糖核酸，但当我使用is_aa(残基)时，它认为杂原子是氨基酸。所以杂原子不会出现在我的“唯一的RNA”文件中。from Bio.PDB import * from

浏览 1提问于2019-07-12得票数 0

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使用Python正则表达式查找和编辑文本文件的内容

regex、bioinformatics、python-3.7

我有一个充满氨基酸的文本文件(CA-Final.txt)以及其他一些数据。下面是文本文件的一个片段ATOM

浏览 2提问于2018-11-02得票数 1

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如何计算多模型多构象蛋白质的平均结构

python、pandas、bioinformatics、pandas-groupby、biopython

我有一个PDB文件'1abz‘()，包含有23个不同模型(编号为模型1-23)的蛋白质结构的坐标。请忽略标题注释，有趣的信息从第276行开始，上面写着“型号1”。我不知道如何使用Biopython，所以我试着用Pandas计算出平均坐标。

浏览 3提问于2018-03-19得票数 5

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做一个sldprt到PDB文件转换器？

python、parsing

我想要创建一个解析器，它可以读取solidworks文件并将其转换为蛋白质数据库文件。这已经在一个名为DiamondCAD的程序中完成。http://www.zyvex.com/Research/DiamondCAD.html有谁知道一

浏览 0提问于2014-03-16得票数 0

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Python:将与特定行相邻的块复制到新文件中。

python、string、file、python-2.7、copy

我在编程方面很新，但现在我需要它来做一个项目，所以我在"sos“中做了一些python课程。首先:对不起，我的英语，虽然我希望你能理解我。因此，我的任务之一是，我有许多包含以下内容的文件:一个蛋白质(大约前56行)，以及几个以这样开头的块："HEADER crosscluster.^^^.^^^.pdb“，我必须选择.pdb前面的”^“大于016的文件(我认为我可以这样做)。然后，我必须将蛋白质和其中一个选定的块复制到一个新文件中，

浏览 0提问于2015-08-24得票数 1

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使用python中的范围选择一个文件范围。

python、iteration、range

我想知道是否有一种使用python命令选择一系列文件的方法，实际上我正在运行Modeler9.11来进行蛋白质同源建模？这是python脚本：from modeller.scripts import complete_pdb normalize_profile=True, smoothing_window=15) 我想读

浏览 1提问于2013-03-31得票数 1

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带有.pdb文件的python

python、bioinformatics、biopython、chemistry

我有.pdb (蛋白质数据库)文件，其中包含有关分子的信息。如果没有，谁能告诉我我怎么做同样的事？

浏览 5提问于2013-02-06得票数 2

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如何从pdb文件中分别获取X、Y或Z坐标

python、biopython、protein-database

我有一个PDB文件'1abz‘()，它包含一个蛋白质结构的坐标。请忽略标题注释的行，有趣的信息从第276行开始，上面写着“型号1”。这是我的代码，但我收到了错误消息。from Bio import PDB io = PDB.PDBIO() st

浏览 8提问于2017-12-15得票数 3

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首页问题标签用户未回答仅提取蛋白质结构数据表面的氨基酸残基

bioinformatics

我想使用Chimera可视化的PDB中的蛋白质结构数据来做两件事。我很乐意学习合适的工具和方法。·将蛋白质表面存在的氨基酸信息映射到序列特别是第二个，它看起来可以用Chimera的“库仑表面着色”来完成。

浏览 0提问于2020-07-10得票数 0

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在Pymol中获得所有的二面角

pymol

我想在Pymol中得到蛋白质的所有二面角( phi，psi，chi1，chi2，chi3，chi4)，但我只能设法找到一个能显示phi和psi的函数。

浏览 9提问于2014-08-18得票数 2

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PDB retrieve_pdb_file方法的“所需结构不存在”

python、bioinformatics、biopython

使用Biopython的Bio.PDB.PDBList从PDB下载一些蛋白质数据所需的行为是将PDB文件下载到工作目录。可能有用的信息：使用代理，但我不认为这是问题，因为Biopython使用urllib发出请求，我尝试使用urllib与我的代理设置，我尝试了几个不同的

浏览 12提问于2020-07-09得票数 0

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从fasta序列制作表格，python

python、bioinformatics

我有大约500个fasta格式的蛋白质序列，这是我从blastp搜索得到的。从这些序列中，我需要有蛋白质名称、有机体、Uniprot ID，如果可能的话，还要有蛋白质家族，这样我就可以用这些信息构建一个表。有没有什么办法可以用python做到这一点？如何解析fasta报头中的信息？

浏览 2提问于2013-02-13得票数 1

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Web (蛋白质数据库)使用漂亮汤和Python3的高度嵌套标记

python、python-3.x、web-scraping、beautifulsoup、bioinformatics

我正在尝试创建一个CSV文件，其中包括所有的蛋白质名称、它们的PDB (蛋白质数据库)I以及基于RSPB的高级搜索查询的实验方法。有444个搜索结果，我想创建一个整洁的CSV文件。搜索的。我编写了下面的脚本来提取关于第一个搜索结果的信息，但是输出显示“无”。TL；博士我试图在一个csv中获得以下内容，但是这个HTML是高度嵌套的:( ( 1) PDB ID (4位字母数字编码) 2)蛋白质复合体名称(Ex :FKBP51的FKBP51结构</e

浏览 2提问于2020-06-03得票数 0

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