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我正在使用一个名为RAxML的系统发育软件，并且我使用wnat为每个phylip文件构建单个树。对于包含三个phylip文件的目录，我执行了以下操作 Ortho1.phy Ortho6.Phy Ortho6.Phy
但是这总是给我一个错误，告诉我$ sy
浏览 3提问于2017-02-18得票数 0
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我有一个数据集，其中为R中的另一列(称为索引列)的每个值列出了多个物种。我需要为每个列值提取或修剪系统发展史(从系统学中)，然后计算索引列的每个值的系统发育距离。示例输入数据(2列，一列用于索引，一列用于物种)：A ; Sp. 1A ; Sp. 3Index;
浏览 19提问于2019-11-08得票数 0
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核酸词的系统发育树
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如果对n个核酸序列构造了一个词频表( ATG对应于长度为2，AT和TG的两个单词)，则该表可用于(直接或经过PCA降维后)计算这些序列的距离矩阵，然后将其聚为一个系统发育树(doi:10.1007/s- dist(Counts.norm, method = "euclidian")plot(hc)
几种病毒序列的系统发育
浏览 2提问于2021-01-14得票数 1
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构建一棵圆形系统发育树
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我有一个与它们相关的基因和疾病表，我想构建一个系统发育树，并将它们的diseases.Below基因分组为一个样本数据集，其中gene1列属于disease1，gene2属于疾病。ADRB1 myocardial infarct heart failure为了我的目的，我想要一个循环的系统发育树，给出在下面的链接：
有什么
浏览 25提问于2014-02-04得票数 2
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我目前正在写一篇文献综述，我希望能够通过标出我读过的论文来描绘一些算法的发展过程，以及它们作为水平树被引用的联系，并让x轴对应于出版日期。
注:来自的交叉邮寄
浏览 4提问于2015-09-09得票数 4
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下面的代码模拟了许多系统发育树(这里是100)。但由于偶然的灭绝事件，一些树木是无效的。我需要验证那些空树，将它们从输出对象中删除，并从剩下的树中从N个树中选择x。NULL, scale=NULL, nsim=100, type="continuous", extant.only=TRUE)
假设上面的代码返回3个NULL，我需要(假设)从100-3=97棵树中选择50棵树。可能是第一批
浏览 0提问于2015-11-14得票数 0
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我试图用Rphylopars软件包计算脂肪酸数据集和系统发育树之间的表型协方差矩阵。我能够加载数据集和系统发育；但是，当我试图运行测试时，我会得到错误消息
phy <- read.tree("combined_trees.txt数据集和系统发育没有错误地加载。
浏览 1提问于2021-08-30得票数 0
我得到了一个包含参考序列的fasta文件和一个给出分类(域、子域、昵称等)的txt文件。对于每个序列。首先，我需要使用这些序列构建一棵树，以检查它们是否根据它们所属的类别进行分组。示例:属于域A组的序列一起，属于子域A1组的序列一起等等。
然后..。我得到了一个fasta文件，其中包含从元基因组读取中派生的OTU代表，以及一个OTU计数表，该表声明了我的20个样本中的每个样本中存在多少个这些代表。我需要将这些OTU序列与先前构建<em
浏览 1提问于2017-04-21得票数 0
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我想从一个数据集中计算几个随机系统发育树的Moran指数。我能够得到随机树的Moran值，但是我无法以任何方式保存在每个循环中选择的随机树。由于我的数据集很大，所以我创建了下面的
浏览 8提问于2022-09-28得票数 1
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我有一个每次运行数小时的脚本，我不知道它是否被冻结，还剩多长时间等。我想我会试着为它制作一个进度条，但我似乎无法想象创建一个进度条，而不是每隔X秒就增加一次(看着你的tkinter)。最终目标是获得一个非常简单的进度条，让我知道我的脚本仍然在工作：
1)使用生物巨蟒的Phylo中的"support_tree = get_support(target_tree，list_of_trees)“向系统发育树添加引导支持值。2)启动一个新的<
浏览 2提问于2015-03-20得票数 1
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我使用R中的ape包来生成系统发育树。我想打印出生成的树以png格式，以便我可以管道的图像到一个网站。我似乎找不到打印生成树的命令(如果可能的话)。如有一些建议/见解，将不胜感激。
浏览 1提问于2018-04-09得票数 0
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我有一个hclust对象列表，它是由一个变量中的细微变化(用于计算距离矩阵)引起的。
是否有一个通用包来执行此操作？我正在破解一些来自maanova的代码，它看起来很有效--但是它很难看，而且它需要很多黑客，因为我不是在做“正常”的引导(这是化学数据)。
浏览 4提问于2009-10-29得票数 2
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我试图识别系统发育树中由一对节点分隔的边缘数。例如，假设内部分支1由节点22和23绑定。当然，这可以用nodelabels()和edgelabels()在视觉上完成，但是我正在用数千条提示进行系统发育，因此需要一种自动化的方法。
是否有命令将节点号与边缘号匹配？
浏览 0提问于2019-04-26得票数 1
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我用邻居连接推断了一棵系统发育树。我也做过引导，但还不清楚如何比较引导带复制的拓扑和原始树的拓扑。例如，原始树的Node A是否在Boostrap复制中恢复？比较两棵无根树拓扑的算法是什么？
浏览 5提问于2016-12-17得票数 0
嗨，我的目标是制作一个物种丰富度的热图，并同时显示系统发育树。系统发育树在MEGA中制作，并在转换为树状图对象之前作为Newick文件输入到R中。 然而，系统发育树在输出图形中的分支长度并不相同。
浏览 67提问于2021-08-02得票数 0
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我需要一个非常简单的循环，它从multiphylo对象中获取每个系统发育树，并计算每个树的Ic，并将其放入一个数据帧中。对不起，如果它是这么简单，我是新的R，我无法理解它！
浏览 4提问于2015-11-11得票数 0
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我在字典中有一个蛋白质序列对齐(id_prot作为键，对齐序列作为值；可以是另一种格式)，我想使用这种对齐来构建一个带有Biopython的NJ树。然而，根据文档，加载用于系统发育分析的序列的唯一方法是输入文件。例如：
有人知道如何在不读取输入文件的情况下加载aln变量中的序
浏览 1提问于2019-08-31得票数 3
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圆型系统发生树上的节点标记
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我想要创造一个循环的系统发育树。color_list[clus],label.offset=0.2,no.margin=TRUE, cex=0.70, show.node.label = TRUE)此外，我试图显示每个节点的标签和颜色的分支
浏览 2提问于2014-12-14得票数 4
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我使用R包ggtree来绘制系统发育树，我需要知道提示的顺序，这样我就可以结合每个提示的特定信息。当然，我可以手动记录订单，但是我有很多这样的树。而且，与树图中显示的顺序相比，tr$tip.label给出了一个不同的节点顺序。
浏览 1提问于2016-05-12得票数 3
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