用于并行规则的snakemake通配符

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parallel-processing、wildcard、snakemake

我正在尝试向python脚本输入一个变量参数，该脚本接受相同的输入文件，但将创建不同的输出文件。我希望规则对我提供的任何参数都能并行执行。range(1,3)) "merged.txt" "cat {input} > {output}" 在这个例子中可能有一些不正确的地方，但是我的想法是展示一个创建管道问题的示例，该管道可以<em

浏览 45提问于2021-08-05得票数 0

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我不能让这个正则表达式在snakemake中为wildcard_constraints工作

python、regex、snakemake

我有一个用Snakemake编写的工作流，用于分析生物测序数据。工作流程要求组织所有数据文件，以便每个原始读取文件都以分析类型(RNASeq、DNaseSeq等)开头。并且此文件名约定在工作流生成的所有文件中都保持不变。我有一个规则来对齐除RNASeq之外的每个分析的数据读数，还有一个仅应用于RNASeq数据的不同规则。我在设置这些规则时遇到了麻烦，这样snakemake才能知道

浏览 5提问于2017-10-21得票数 1

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在Snakemake参数部分使用特殊符号

python、snakemake

我创建了以下snakemake规则： input: output: log:--nextseq-trim=20 -m 20" "0.50.4/bio/cutadapt/se"不能从输出文件中确定params中的通配符由于{}，Snakemake将-a 'A{10

浏览 9提问于2020-04-13得票数 4

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在snakemake中通过规则限制作业数

snakemake

在snakemake中，是否可以限制特定规则运行的作业数量？--jobs可以全局地控制一次允许运行的作业数量，但我想通过特定的规则来限制。这是因为，我有一个特殊的规则，最多只能用于两个并行作业。但是，如果我将--jobs设置为20，则会导致该特定规则中工具崩溃。我在LSF集群中使用的是snakemake v5.2.0。

浏览 2提问于2018-08-23得票数 6

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snakemake“规则全部”是重新运行不必要的规则。

snakemake

我遇到了一种情况，即snakemake正在重新运行已经运行的规则，尽管来自这些规则的输出仍然存在。我是在“规则所有”中指定所有想要的输出文件。我运行管道时，我拥有来自“规则B”的所有期望输出，并且希望重新启动管道，只运行规则A，但是snakemake重新运行“规则B"，即使”规则B“的所有输出都已经存在。这不是我所期望的</em

浏览 3提问于2021-03-28得票数 0

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在Snakemake中拆分文件

snakemake

我有一个简单的问题，但我自己就是想不出来。bcftools view -H a.vcf.gz -r 1 > a_chr1.txtbcftools view -H a.vcf.gz -r 23 > a_chr23.txtIDS=['a','b','c']rule: expand("{id}.

浏览 3提问于2021-06-18得票数 0

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Snakemake :我可以在规则之外访问通配符吗？

snakemake

是否可以在规则之外访问snakemake通配符？

浏览 29提问于2020-08-07得票数 3

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snakemake可以通过指定中间输出文件来解决不明确的规则吗？

python、workflow、snakemake

假设我创建了下面的snakemake设置： input: 'output.txt' input'output.txt' input: output:如果我尝试运行snakemakeall_a，我会得到一个不明确的

浏览 0提问于2018-01-19得票数 1

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在Snakemake中可以有“可选的”通配符或文件名的一部分吗？

python、wildcard、snakemake

我想知道是否有可能在Snakemake中将这两个规则连接到一个规则中(它们在“run：”中做同样的事情)： rule without_d: vals_pcaoutput_{type, tt|gs}_d{amount}.npz' # DO STUFF 我曾尝试定义stats/output_{type}{amount}.npz，但是通配符显然与空字符串不匹配第二个想法是将它放入"or“中，就像stats&#x

浏览 37提问于2020-09-08得票数 2

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使用通配符捕获Snakemake中的不同数据集

wildcard、snakemake

我想用一种非常简单的方式在Snakemake中使用通配符来启动两个数据集的脚本。不幸的是，我找不到合适的方法。subset.txt" "bash scripts/extract.sh {input.genes} {input.expression} {output}"大楼的工作.WorkflowEr

浏览 13提问于2022-11-16得票数 1

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当使用目录作为输出时，Snakemake* SyntaxError*

directory、output、snakemake

输出文件的名称由命令自动选择。我感兴趣的是将所有*-grey.bed文件收集到一个目录中，以便稍后使用。由于这是我在许多文件上使用的管道的一部分，所以我使用Snakemake来处理所有这些作业。我知道将目录指定为输出()是可能的，这将完全符合我的要求。但是，当我以一个目录作为输出制定规则时，我会得到一个SyntaxError。，尽管我可能会解决这个问题，但我仍然无法找到一种方法来强制snakemake运行此规则，因

浏览 0提问于2018-08-24得票数 0

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Snakemake:将所有通配符传递给单个shell命令

snakemake

Snakemake支持使用通配符泛化规则，如下所示： input: output:"file_{name}.csv" "python process.py {wildcards.name}"rule all:input: expand("file_{output_types

浏览 4提问于2022-03-16得票数 1

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在snakemake中使用字典键和相关值作为通配符

dictionary、snakemake

我有大量的分析需要一次完成，因此我认为我可以制作一个字典，并将键和值解析为通配符(每次snakemake运行都需要使用两个通配符)。我的意见会是这样的："Apple": ["fruity","red","green"] } 在这里，字典中的第一个键

浏览 3提问于2020-10-23得票数 0

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如何将一个简单的目标模式规则翻译成蛇形图？

snakemake

我正在寻找一种在Snakemake中定义目标模式规则(没有输入模式)的方法。.PHONY: all echo x > $@rule test: file

浏览 4提问于2017-09-13得票数 1

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如何针对包含通配符的中间Snakemake规则

snakemake

在使用snakemake -c1运行此工作流一次之后，我想重新运行此工作流，但仅从中间规则开始。如何使用命令行标志实现此目标？snakemake intermediary_cheap all不起作用，因为intermediary_cheap包含通配符，即使包含all实际上显示了所需通配符的值。是否有一个命令行标志告诉snakemake运行规则并忽略规则intermediary_cheap的所有输出，类似于sn

浏览 12提问于2021-07-13得票数 1

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存储shell命令的结果

python、shell、snakemake

正如您可以在标题上看到的那样，我对存储shell命令的结果并将其传递给另一条规则感兴趣。我试图解决的错误是subprocess.check_output()中{SAMTOOLS}的值！，因为不同的用户可能会在不同的地方安装samtools，所以我们通过configfile使samtools的地址可配置。然而，在这里我不能：2)使整个命令可以运行！那么，请您告诉我，是否有其他方法存储/

浏览 3提问于2017-08-28得票数 0

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仅输出Snakemake通配符

python、pipeline、snakemake

我有一个脚本，它接受一个大的输入文件，然后使用不可预测的算法将其分解为从1到n的许多块。谢谢!

浏览 0提问于2018-05-17得票数 1

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Snakemake:参数作为通配符用于并行脚本运行

python-3.x、snakemake

我对snakemake相当陌生，我继承了一种巨大的蠕虫流，它由一系列的17条规则组成，这些规则是连续运行的。每个规则都从以前的规则中获取输出，并使用它们运行python脚本。到目前为止，一切都很好，除了现在我正在努力改进工作流程，因为有些规则可以并行运行。out

浏览 4提问于2022-10-31得票数 2

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以snakemake通配符的形式运行列表

python、bioinformatics、snakemake

我有一个文件，每个输入都有前缀，我的文件是snakemake规则： > "PB0206,SRR10694951,PB0216,SRR10694963" > "PB0199，将每行样本ids作为单个作业的通配符输入；每行一个作业。.bam \ "

浏览 55提问于2021-08-05得票数 0

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使用snakemake通配符重命名文件

python、bioinformatics、snakemake

我在修复在snakemake中遇到的问题时遇到了麻烦。我的样本当前命名为"1-2-Brain_187_006_S77_L002_R1_001.fastq.gz“。我希望最终将它们重命名为一个较短的名称，如"1_2_Brain_S77_L002_R1“，然后为我的规则使用扩展名"_trim.fastq.gz”。我正在使用bbduk进行修剪。对于我的输入，我想将我的字典列表命名为allSamples。然后，我想访问每个字典中<

浏览 3提问于2021-05-22得票数 0

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