GSE126548-分组差异并不大 使用RNA-Seq分析肺癌患者原发肿瘤中的基因表达差异，比较了有脑转移和没有脑转移的两组患者，以寻找不同表达的基因和潜在的信号通路 Data processing:...，在我们剔除一个“异常”样本后，预期是希望样本分组差异更大，那么差异基因数量理应也会变多，但实际情况却相反 在这里，我个人认为是DESeq2输出NA结果的原因(在观察到PCA分组效果更好地前提下)，因为我们在得到差异分析的结果后进行了...鉴于本期主要是探讨实验分组的问题，我们将在下一期联系文档讨论“具有极端计数异常值基因的过滤，具体的过滤标准一般是怎样的” ---- GSE141685-无分组 肺腺癌脑转移的转录组分析 Data processing...，并没有自己作原发组对照，也可能是这个原因，数据集的作者并没有发表相关文献 根据数据集的描述信息和数据集被使用信息，我们在一篇被撤回的文章中找到了该数据集使用的来自TCGA的对照样本 RETRACTED...---- 以上就是本期全部内容 分别谈了分组差异很小如何解决以及使用无分组数据集的注意事项
转录组—多分组的差异基因的聚类分析好久没写帖子了，实在是没有时间。这次的需求是将以下这张图（全部分组差异基因聚类），去除control组之后重新聚类。...并且EGA分组改为Model+TreatA、EGB分组改为Model+TreatB。这张图的分组信息见下图，可见是一个多分组的差异基因的比较，具体做了以下的组间比较。...在以往的分析中，我们往往关注2分组之间的差异基因聚类（即使是多分组，也是把相应的2分组单独挑出来分析），但是有一点是即使在不同的组间分析中，不管是用limma、还是edgeR、deseq2分析，计算后对应的基因矩阵值的是一致的...基本思路是把，取每个分组（不包含A组，即control组）的差异基因的gene_id列，取出来做并集。然后在总的（包含全部基因、全部分组的基因表达矩阵）中，提取对应的行，再做聚类分析。...按照需求，在全部基因、全部分组的基因表达矩阵（下图）中，去除control组信息。
大家好，又见面了，我是你们的朋友全栈君。...计算分组的组数 SELECT count(1) from (select COUNT(1) as sum FROM TM_APP_MAIN A INNER JOIN TM_APP_PRIM_APPLICANT_INFO
技能树新开的专辑《绘图小技巧2025》中的第一篇稿子：带有疾病进展的多分组差异结果如何展示？...+抖动散点+显著性比较，今天再来学习同样疾病的另外一文献中的图，我想你肯定也会喜欢，也是箱线图，但是有6个分组，还是疾病进展相关的分组。...这个 Fig1B 图主要展示了 目标基因 CD40LG 在6个分组中的表达箱线图，以及与正常组相比，在其他五个组别中的显著性。...RNA测序分析： healthy tissue：健康组织（healthy tissue）通常指的是没有疾病或损伤的人体组织，可以作为疾病研究的对照组。...：带有疾病进展的多分组差异结果如何展示？
下面使用dynbenchmark_data的数据进行详细的调试 绘制。..."text", NA, list(overlay = TRUE, width = -6) ) 主要有以下几列： group：列的分组...：调色板信息； 3，设置column_groups 将上述column_info的列，根据对应的group ，设置group的 “Category”和大一级的 Experiment 信息。...信息（下图红框） Category：group的Category信息（下图绿框） group：列的分组（同column_info中的group） palette：group使用何种palette 4...，组学信息，分组信息，就都可以可视化展示了！
众所周知，肿瘤外显子是TCGA计划的6大数据之一，而TCGA数据库是目前最综合最全面的癌症病人相关组学数据库，包括： DNA Sequencing（主要是肿瘤外显子） miRNA Sequencing（...somatic突变信息，只需要结合两者理论上是可以完成任意癌症的任意基因突变与否分组后的转录组测序的差异分析。...，比如STK11基因就可以成功的把病人分组： 27 STK11-MUT tumors (with SFE) were compared with the 203 STK11-WT tumors (without...SFE) 这个时候两个分组的样品数量是不平衡的，但是研究者们仍然是使用了limma的voom算法做转录组测序的差异分析，如下所示的差异基因火山图： 使用了limma的voom算法做转录组测序的差异分析...基因把LUAD区分成为突变与否 最后根据STK11基因与否的分组信息进行差异分析，火山图和热图展示，富集分析等等
原因 是由于默认的 MySQL 配置中 sql_mode 配置了 only_full_group_by，需要 GROUP BY 中包含所有 在 SELECT 中出现的字段。...4. only_full_group_by：使用这个就是使用和oracle一样的group 规则, select的列都要在group中,或者本身是聚合列(SUM,AVG,MAX,MIN) 才行。...解决 如果是Linux，就在配置文件（my.cnf）中修改 sql_mode 的配置（在/etc/my.cnf路径下）。...如果是Windows，就修改配置文件my.ini，我的是Windows，如下所示： 7. 重启服务就好了
articles/s41586-022-04808-9 西红柿Nature.pdf 论文里提供了很多代码，链接是 https://github.com/YaoZhou89/TGG 这里有eQTL和WGCNA的代码...(明明记得之前是看到过eQTL的代码，但是这次再翻还找不到了) 今天的推文我们试着复现一下论文中的Figure1b 分组折线图 image.png 如果要展示多个基因组的N50，用这个图还挺方便的，...现在泛基因组相关的论文大部分都会放这个图，比如人类泛基因组的论文里。...image.png 横轴对应的是N几，纵轴对应的是N几的长度，这篇论文里用不同线型代表不同的测序技术，个人认为用颜色来区分可能会好一些 部分数据截图 image.png 读取数据 library(...element_blank(), legend.position = c(0.8,0.9), legend.direction = "horizontal") image.png 推文记录的是自己的学习笔记
区分成为突变与否 最后根据STK11基因与否的分组信息进行差异分析，火山图和热图展示，富集分析等等 两种maf文件处理方式 如何找到somatic的突变信息的maf文件，仍然是从UCSC的XENA浏览器里面选择...生物信息学方法： MC3采用了先进的生物信息学方法和工具，包括突变调用算法、数据处理流程等，以确保对基因组变异的准确和全面的分析。...需要根据突变信息对上面的表达量矩阵进行分组，所以是： rm(list = ls()) library(data.table) load(file = 'input/symbol_matrix.Rdata...'control') table(group_list) save(symbol_matrix,group_list,file = 'symbol_matrix.Rdata') 有了表达量矩阵和分组信息...= na.omit(DEG) save(DEG_deseq2, file = 'DEG_deseq2.Rdata' ) 大家赶快使用上面的代码去测试一下其它癌症吧，任意癌症的任意基因突变与否分组都可以
一、效果 本人用VS2015实现基于对话框的MFC程序，效果如图： ? 两个Groupbox里面分别各有四个radiobutton控件，分成了两组。实现对线型、填充类型的切换选择控制。...分组设置属性 在GroupBox“线型”中将radio1、radio2、radio3、radio4分为1组，在GroupBox“填充类型”中将radio5、radio6、radio7、radio8分为另一组...根据红色框中的设置方法添加变量后，在radiobutton控件所在的窗体cpp文件中的构造函数可以看到下图红色框中的内容： ? 可以看到，这是添加了两个int型的变量，初始值为0。 3....如上图，添加事件后，cpp文件中会自动生成一句代码： ON_BN_CLICKED(IDC_RADIO1, &CfiveDlg::onRadioBtnGroup1Clicked) 注意，这里要同时给一个组的其他三个...此时，就分组成功了！ 最后根据需要对点击事件onRadioBtnGroup1Clicked添加响应内容即可，比如这里点击按钮，弹框显示响应的控件名称，代码如下： ? 四、运行 响应效果如图： ? ?
病人医院门诊治疗的相关信息表 CPTEVENTS（当前使用医疗服务记录表） DIAGNOSES_ICD（诊断信息表） DRGCODES（诊断相关组编码表） LABEVENTS（门诊检查记录表） MICROBIOLOGYEVENTS...同时，数据集中还包含了５个辅助表用来辅助查找：目前使用医疗服务术语表、ＩＣＤ病情确诊词典表、ＩＣＤ医疗过程词典表、ＩＣＵ化验词典表、门诊化验词典表。...抽取患者的数据比如说生命体征,心率等,实验室指标(如白细胞红细胞等)等, 需要在相应的字典中找到相应的item,即项目标识符,再对应查找某一个患者对应指标下的数据。...AMOUNT DOUBLE PRECISION 总入量 AMOUNTUOM VARCHAR(30) 入量单位 RATE DOUBLE PRECISION 给药速率 RATEUOM VARCHAR(30...总入量 AMOUNTUOM VARCHAR(30) 入量单位 RATE DOUBLE PRECISION 给药速率 RATEUOM VARCHAR(30) 速率单位 STORETIME TIMESTAMP
ggplot2 更改图例的顺序 箱线图添加误差线这个自己老是记不住，每次作图都得现查，今天的推文记录一下实现代码，方便自己以后查看。...0.5)+ scale_fill_material_d()+ theme_bw()+ guides(fill=guide_legend(reverse = T)) image.png 分组箱线图...0.5))+ scale_fill_material_d()+ theme_bw()+ guides(fill=guide_legend(reverse = T)) image.png 分组箱线图需要我们在...暂时没有想明白 今天推文的示例数据和代码可以直接留言20210929获取 欢迎大家关注我的公众号 小明的数据分析笔记本 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子...；2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记；3、生物信息学入门学习资料及自己的学习笔记！
:11-alpine networks: - sonarnet environment: - POSTGRES_USER=sonar - POSTGRES_PASSWORD...sonar-project.properties会指定项目的分组key。Sonar通过分组key前缀可以设置分组权限。...比如 # must be unique in a given SonarQube instance # 项目的唯一性id，使用分组标识做为前缀，比如项目属于部门my sonar.projectKey=my...Sonar权限管理 Sonar设置权限有admin和普通用户以及分组和创建者。我们默认创建者和admin有所有权限， 接下来就是我们关注的分组权限。...而一个代码质量检测平台肯定是给人用的，就必须设置权限问题。我们希望，不同部门的人只能看到部门自己的代码结果。所以代码必须和组进行关联。
分组件的生产订单处理 1、MD04 CO40创建生产订单 日常的物料需求计划运行会为内部生产的零件创建计划订单。到达计划转换日期时，系统将计划订单转换为生产订单。...物料需求计划运行已为物料SF 分组件 (S124) 生成了计划订单。 角色：生产计划员 1....在 库存需求清单：初始屏幕 上， 输入以下数据： 字段名称 用户操作和值 注释 物料 S124 SF 分组件 工厂 CN01 工厂 1 2. 选择 回车 确认您的输入。 3....此处必须确认半成品物料 SF 分组件 (S124) 的生产订单的工序。...这里的数量是由上一步骤中的确认数量带过来的。如过账数量与之不符，需进行必要的更正。 4. 在何处 标签页，选择库存地点车间(1020)。 5. 在 项目确定标识上打勾。 6. 选择 过账。
作图是用groups做x轴，type填充颜色，每个group分为A，B两组 作图的时候和普通的箱线图小提琴图是一样的 代码 ggplot(data = df, aes(x = groups, y =...image.png 箱线图的宽度有点大，盖住了背后的小提琴图，把宽度设置的小一点，需要加width参数 ggplot(data = df, aes(x = groups, y = value, fill...欢迎大家关注我的公众号小明的数据分析笔记本 另外还遇到一个问题是 R语言ggplot2作图如果文字标签包含罗马数字，如何输出pdf呢？...image.png Rstudio里显示是正常的，导出为pdf格式的时候 ?...image.png 写代码有时候还挺无聊的，找一些有意思的代码自娱自乐一下，上面的视频是一个 玫瑰花的代码，大家感兴趣可以自己试一下呀！大家记得关注我的视频号呀！
create database etl; --创建一个etl数据库,其他参数不用配置，直接用模板数据库的即可 drop database etl; --删除数据库 用户管理 创建用户组 --创建管理员组...admin create role admin; --创建开发人员用户组 developer create role developer; --创建数据装载用户组 dataload create role...--将pgadmin加入到admin组 alter group admin add user pgadmin; --将yuzhenchao加入到developer组 alter group developer...用户组 alter group interface add user finebi; 创建用户名对应的模式名 --创建pgadmin对应的模式名pgadmin create schema pgadmin...63，由于oracle标识符长度不超过30，原则上，为了兼容oracle，标识符长度最好不要超过30； 对象名（表名、列名、函数名、视图名、序列名、等对象名称）规范，对象名务必只使用小写字母，下划线，数字
本次演示我们准备一台 2C4G 的虚机，你可以选择大于等于这个规格的虚机进行试验。 创建用户和组 这里使用 root 用户登录。...我们对于 OpenGauss 的试验是基于 omm:dbgroup（用户:组）来做的，所以我们需要首先创建用户和组。...简单使用 登录数据库 gsql -d postgres 如上，=#代表管理员用户，普通用户以=>标识。...，值相等的为一组。...name 分组且分组成员数大于 1 的分组，即 phyger。
临床研究中常需要绘制两组或多组患者(如非AKI组和AKI组)的基线特征表。 下图就是临床中常见的基线特征表。 ? 那么在R中怎么快速绘制绘制临床论文中的基线特征表1？...今天用来绘制基线特征表的主要是compareGroups包的descrTable()函数。 3. 描述总研究人群(overall列) 先不分组，描述下总样本人群。...., data = predimed) ~ 的左边为分组变量或不填变量，不填变量则计算总研究人群的基线特征，并且不进行统计检验； ~ 的右边为基线特征表中需要统计分析的变量，如果没填变量仅出现一个....选择研究人群 4.1 选择分组变量 在上面我们简单的统计描述了下总样本人群的基线特征，下面可以添加分组变量分析看看。 group为分类变量，也是基线表的y变量，表示不同的饮食方式。...4.2 选择部分变量 上面我们简单统计描述了下总研究人群以及添加分组变量后研究人群的基线特征，但是我们纳入的是数据集中的所有变量，有时我们不需要这么多的变量进行统计分析。
ExecInitAgg中：可以看到组数等于组集合数（若没hash的话），每个分组中有numaggs个聚集 这里就需要理解什么是grouping sets。...PostgreSQL9.5版本引入了group by的分组集合功能，提供了GROUPING SETS，CUBE，ROLLUP参数。...postgres=# create table t1(id1 int,name varchar(20),class int,score int); CREATE TABLE postgres=# select...那么再看下GROUPING SETS语法： 有3种聚合分类：1）针对name进行分组然后求sum值；2）针对class进行分组，然后求sum值；3）grouping sets种的空，表示所有行都聚合到一个分组中...需要注意，grouping sets的集合中，一个括号一个分组，如下(name,class)为一个分组。该语句等价于普通的group by。
PostgerSQL对象标识符 对象标识符是PostSQL很重要的一个特征，需要熟练掌握。...OID OID 是 PostgreSQL 内部用于标识数据库对象(数据库，表**，视图，**存储过程等等)的标识符，用4个字节的无符号整数表示。它是PostgreSQL大部分系统表的主键。...XID 事务ID： 由32位组成，这就有可能造成事务ID回卷的问题，具体参考文档 顺序产生，依次递增 没有数据变更，如INSERT、UPDATE、DELETE等操作，在当前会话中，事务ID不会改变 数据库系统中使用的数据类型为...TID TID 称为元组标识符（行标识符），一个元组ID是一个（块号，块内元组索引）对，它标识了行在它的表中的物理位置。...复制代码 line pointe：行指针，4 bytes，形为 (offset, length) 的二元组，指向相关 tuple heap tuple: 用来存储 row 的数据，注意元组是从页面的尾部向前堆积的
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