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AutoTax | 基于全长 16S 测序数据创建特定环境菌群注释数据

图中彩色方块表示 FL-ASV 分类注释来源,分别如下:橙色来自SILVA SSURef NR99;黄色来自 SILVA 模式菌株;蓝色为 de novo 命名;灰色为在 AutoTax 流程中被拒绝命名...,则误分类风险很高,流程不会在物种级别对其进行分类; 同时,FL-ASV 对应不同阈值以不同分类等级进行聚类。...一是确保当 FL-ASV 比对到使用常用 27F 和 1391R 引物生成 SILVA 数据库中参考序列时,侧翼序列不会导致人为低同一性。其次,这可以似 de novo 聚类更为稳健。...日志文件中会写入所有此类情况详细信息。 格式化参考数据库,可直接用于使用 SINTAX 或 QIIME 2 框架中分类器进行分类注释。...通过 docker 运行时需调整数据库文件路径,需在启动容器时调整变量 silva_db、silva_udb 和 typestrains_udb(例如 --env silva_db="refdatabases

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产生和加载数据

append,在文件基础上进行写入 需要注意是对于普通文件读写想要实现先读后写操作要写作’r+'或者先打开文件将数据读出(mode='r')再重新写入修改后内容(mode='w'),二者区别是前者是追加写入...对文件进行写入时用到是 file_obj.write()方法,该方法在写入文件时不会自动添加换行符,写入内容需以字符串形式传递进去。...python 内置 pickle,pd 对象都有一个to_pickle()方法将数据以 pickle 格式写入磁盘。...多种压缩模式,存储高效,但不适合放在内存中 非数据库,适合于一次写入多次读取数据集(同时写入多个容易崩溃) frame = pd.DataFrame({'a': np.random.randn(100...= sqla.create_engine('sqlite:///mydata.sqlite') pd.read_sql('select * from test', db) 利用numpy函数产生模拟数据

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    EMNLP 2021 | 罗氏和博阿齐奇大学研究合作团队提出:多标签文本分类中长尾分布平衡策略

    PubMed 数据集则来自 BioASQ 竞赛(Licence:8283NLM123),包含PubMed 文章标题、摘要及对应生物医学主题词标记 (MeSH)(Tsatsaronis et al.,...对于PubMed 数据集,由于BCE 中部和尾部标签已失效,我们使用 FL 作为更强基线。其他损失函数在中部和尾部标签中表现均优于 FLDB 再次证明了其在整体、中部和尾部标签良好效果。...我们进一步尝试从 DB 中去除一个组件,即移除 NTR 组件得到 R-FL、移除 Rebalancing 组件得到 NTR-FL,移除 FL 组件得到 DB-0FL,通过比较三个残缺模型探索对应三个组件效果...如表 2 所示,对于两个数据集,移除 NTR 组件 (R-FL) 或 FL 组件 (DB-0FL) 会降低所有亚组模型效果。...CB-NTR 和 DB唯一区别是使用 CB 权重替换了 Rebalancing 权重,而 DB 在中部和尾部标签中表现优于或非常接近 CB-NTR,可能来自于通过 Rebalancing 权重处理标签连锁对模型效果提升

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    ctfshow-web入门信息搜集

    提示没思路时候抓个包看看,可能会有意外收获 发现题目页面确实没什么东西,查看文件头,发现flag ? web4 ? 提示总有人把后台地址写入robots,帮黑阔大佬们引路。...提示解压源码到当前目录,测试正常,收工 说明存在源码压缩包,并且没有删除,访问/www.zip,下载压缩包,解压得到fl000g.txt文件和index.php文件,fl000g.txt内容为flag...提示cookie 只是一块饼干,不能存放任何隐私数据 查看请求头 ? 发现flag web11 ?.../nothinghere/fl000g.txt 访问nothinghere/fl000g.txt得到flag web15 ?...这个题是归到爆破了我记得,但是这种类型年代久远了,用御剑和sqlmap都爆破不出来,是在db目录下一个mdb文件,/db/db.mdb,下载这个数据库文件后打开就有flag了 ?

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    没有 NGINX 和 OpenResty 未来:Cloudflare 工程师正花费大量时间用 Rust 重构现有功能

    FL 从内存中读取任意数据并将其附加至响应主体,而这可能包含同一时间通过 FL 其他请求中数据。这次安全事件,也就是后来广为人知 Cloudbleed。...时间快进到 2022、2023 年,FL Platform 团队收到请求越来越多,大家希望改用新系统,从而轻松查看和重写响应主体数据。...lol-html HTMLRewriter 输出,并将其写入缓冲区输出链。...这时如果下一模块 EAGAIN 错误未得到处理,则可能导致数据被丢弃、HTTP 响应主体被截断。这也是个很难通过测试发现问题,因为大多数时候响应刷新速度是够,背压并不会造成影响。...实际上,Cloudflare 工程师们决定在短时间内对数据进行“排队”,这样就不会因为提供速度超出处理速度而冲垮其他模块。

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    CentOS7.2部署邮件服务器(sendmail)

    实验要求:为了能够实际部署一个电子邮件系统,需要使用到下面的软件:1)Sendmail:实现邮件接收和中转,即SMTP;2)Dovecot:实现邮件收取,即POP3和IMAP;3)Foxmail:...#vi /etc/mail/sendmail.mc 第118行和157行 请注意,这里192.168.100.20为你邮件服务器IP,也就是本机IP,并非DNS服务器IP 将文件写入 m4...RELAY mail.fl.com RELAY 192.168.100.0/24 RELAY 将文件写入access.db 修改local-host-names文件 vi /etc...base_dir = /var/run/dovecot/ //设置存储dovecot运行时数据目录,第33行。...windows7IP地址 建议在设置之后,请在windows7上面使用nslookup命令对LinuxDNS服务器进行测试 nslookup mail.fl.com 以确保你Windows 7

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    今年十八,喜欢ctf-web

    那好,我今天就说几个超级简单web题目,题目来自bugku 1、滑稽 想想最简单web题目是啥 F12直接出flag  刚进来就是铺天盖地滑稽,吓劳资一跳 直接F12,  flag轻松获取... 5、你必须让它停下  简单描述一下,这是个不断刷新网页,只有当图片成功刷出来时候我们才有机会获得flag,有的师傅直接抓包上了,没必要 ctrl u直接看源代码,优点是这里不会一直刷新  ...-p – > 指定参数 -– current-db – > 获取当前数据库名称  爆出数据库名叫skctf 接着爆表 sqlmap.py -r 1.txt -p id -D skctf...--tables就是爆表  爆出来有个叫fl4g,差不多flag就在里面了 接着爆字段 sqlmap.py -r 1.txt -p id -D skctf -T fl4g --columns -T就是...总结下学习方法: 实战效果远超于听课,听100节课不如做一道题 不会先自己研究,确认自己解决不了再求人 这个方向注定要涉及很多工具,如果不用kali内置的话,自己配是个辛苦过程,多学,多看,多听

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    FLstudio最新21.0版本下载更新介绍

    大窗口随意写,完爆级钢琴卷FL Studio享有「业界Best钢琴卷」美誉。钢琴卷用于发送音符和自动化数据到插件乐器,它包括一系列工具来帮你编辑和操作复杂乐谱。...在任何地方放置任何数据类型,甚至可以叠加它们。使用浏览器来组织你项目中所有数据。解放你工作流程和你思想!...AI角色我们定位在提供帮助和支持,绝对不可能是完全代替。我们可以用前述分享过观点来说明,如果AI真的能自动编曲,会不会变成自动生成类似的曲调?...复古人声合唱效果器(进阶版或更高级版本 ) - 灵感来自罗兰公司Juno 6Bucket Brigade Delay (BBD) Chorus并以此为基础进行开发。...获取通道/音轨音量,单位为dB当通道机架滤波器改变时硬件刷新标志ui.ScrollWindow选项,在可能情况下进行水平滚动用于直接访问脚本可选取pot拾取功能miDisplayRect参数,

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    Java实现文件写入——IO流(输入输出流详解)

    流是一组有序数据序列,根据操作类型,分为输入流和输出流。 程序从输入流读取数据,向输出流写入数据。...Java输入输出功能来自java.io 包中InputStream类、OutputStream类、Reader类和Writer类以及继承它们各种子类。...---- (二)使用字节输入输出流 字节流用于处理二进制数据读取和写入,它以字节为单位,InputStream类和OutputStream类是字节流抽象类,它们定义了数据流读取和写入基本方法...byte[ ]数组下标off开始len长度数据写入当前输出流 Abstract void write(int b) 写入一个byte数据到当前输出流 void flush() 刷新当前输出流,并强制写入所有缓冲字节数据...字符流以字符为单位传送数据,只能传送文本类型数据。使用字符输入输出流好处是,当读取中文时不会出现乱码问题,而使用字节输入输出流时,却不能保证这一点。

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    水果编曲FL Studio20.99中文版吗免费下载

    水果编曲FL Studio20.99中文版是由公益小组【FL水果英翻组】特别为大家送上20.99测试版功能全解析,提前了解最终正式版会带来新功能。...考虑到测试版稳定性不如正式版,不建议普通用户更新,以免造成数据丢失和损坏。...外部和混音器输入(MIX)- 包括外部输入和来自从内部混音器轨道发送音频,录音是从混音器轨道效果之前那一点开始制作,在FX栈(stack)顶部。...混音器 -提高了混音器轨道上音量(dB)标签亮度,方便识别。播放列表 -将 "合并音轨>整首歌 "重新命名为 "从歌曲开始",用以匹配导出选项。...复古人声合唱效果器(签名捆绑包 +) -灵感来自罗兰公司Juno 6Bucket Brigade Delay (BBD) Chorus并以此为基础进行开发。

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    FL Studio水果软件最新V21中文版本安装包下载

    事件编辑器 > 自动化剪辑 - 新转换算法更准确地表现原始事件数据,控制点更少,曲线更接近。自动化剪辑和包络(Envelopes) - 添加按住Shift键并单击右键在包络的当前值处添加节点功能。...通道机架选择器 - 对于选定通道,从单击更改为双击以选择所有通道。通道设置 - 现在允许鼠标右键单击通道滑音范围“输入值”控制输入半音值。混音器:混音器发送旋钮提示值,现在显示dB分贝值。...复古人声合唱效果器(进阶版或更高级版本 ) - 灵感来自罗兰公司Juno 6Bucket Brigade Delay (BBD) Chorus并以此为基础进行开发。...Harmless, Ogun, Panomatic, Stereo Enhancer, Wave Shaper and X-Y Controller 现在均可感知上下文,在输入值以指定格式时添加 Hz、dB...获取通道/音轨音量,单位为dB当通道机架滤波器改变时硬件刷新标志ui.ScrollWindow选项,在可能情况下进行水平滚动用于直接访问脚本可选取pot拾取功能miDisplayRect参数,

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    pandas入门3-1:识别异常值以及lambda 函数

    这样做,只是向您展示如何读取和写入Excel文件。我们不会数据索引值写入Excel文件,因为它们不是我们初始测试数据一部分。...2009-01-26 fl 1 268 2009-02-02 NY 3 535 准备数据 本节尝试清洗数据以进行分析。...我们将使用dataframe plot()属性。 从下图中可以看出,数据质量不是特别的让人满意,表明需要进行更多数据准备。...可以假设此数据集是更大数据子集,如果对每个州,StatusDate和StatusCustomerCount相加,我们将获得每天总客户数。...可以将索引视为数据库表主键,但没有具有唯一值约束。接着将看到索引中列允许被任意地选择,绘制和执行数据。 下面删除Status列,因为它全部等于1,不再需要。

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    曹雪涛团队已对17篇受质疑论文发表勘误,并表示不存在操纵数据

    勘误:一个PBS组染色图像Rb1 FL / FL Lyz2cre 被意外选择为PBS组图像Rb1 FL / FL Lyz2cre +小鼠(原图3C左底部)。...修改后图3C现在为来自原始数据Rb1 fl / fl Lyz2cre +小鼠PBS组正确图像。此更改不会影响本文结论。 ? 03 ?...勘误:在图5b公开版本中,“ ISOTYPE”和“ Control-DC”组数据呈现有误图像,以另一个独立实验结果来代替已发表实验。图5更正版本如下所示。 ? 04 ?...质疑:从两个板块之间相似性来看,它们可能显示来自同一只小鼠肺部相邻组织切片,而不是来自两种不同品系小鼠相邻切片。 ?...此错误不会影响这项工作解释或结论。补充材料已得到更正。 ? 曹雪涛团队表示:尽管对图形组装过程中错误感到遗憾,并为由此带来任何不便表示歉意,但我们并未以任何方式操纵数据

    1.8K10

    FL Studio水果软件最新更新版本号V21.0.0

    事件编辑器 > 自动化剪辑 - 新转换算法更准确地表现原始事件数据,控制点更少,曲线更接近。自动化剪辑和包络(Envelopes) - 添加按住Shift键并单击右键在包络的当前值处添加节点功能。...通道机架选择器 - 对于选定通道,从单击更改为双击以选择所有通道。通道设置 - 现在允许鼠标右键单击通道滑音范围“输入值”控制输入半音值。混音器:混音器发送旋钮提示值,现在显示dB分贝值。...复古人声合唱效果器(进阶版或更高级版本 ) - 灵感来自罗兰公司Juno 6Bucket Brigade Delay (BBD) Chorus并以此为基础进行开发。...支持持久性令牌。添加新注销选项将 FL Studio 重置回试用模式。...获取通道/音轨音量,单位为dB当通道机架滤波器改变时硬件刷新标志ui.ScrollWindow选项,在可能情况下进行水平滚动用于直接访问脚本可选取pot拾取功能miDisplayRect参数,

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    附源码 | SeetaFace6Open开源人脸识别引擎库 人脸识别演示

    SeetaFace6提供了人脸11个模型,本体验用到了其中7个。 已用到:人脸检测,关键点检测,人脸识别,性别,年龄,眼睛,活体检测; 未用到:带口罩识别,人脸追踪,人脸姿态,质量评估。...支持端侧与云部署,当前开源版本三个不同模型输特征向量维度与推理速度: ?...代码演示部分,废话太多了,直接上代码: #include #include //用到seetaface7个模块 #include <seeta...anti_setting); FAS.SetThreshold(0.3, 0.90);//设置默认阈值,另外一组阈值为(0.7, 0.55) FAS.SetBoxThresh(0.9); //建立人脸数据库的人脸特征向量...Point(frame.cols / 2 - text_size.width / 2, 60+50), fontHeight, title_color, -1, 16, true); //写入文件

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    用python实现自动发送天气预报

    获取天气信息 获取天气信息接口 获取天气信息城市 获取所在城市城市码 假如我们给多个人发送天气情况,这几个人来自不同城市,那么我们不可能每次都要输入城市名,然后查找城市码,然后再访问接口,获取天气情况...,这样会非常麻烦,所以我们需要考虑将城市名跟城市码一一对应起来,说到一一对应,首先想到数据结构便是字典,所以我们可以将这些信息存入一个字典里,然后持久化到一个文件中,这样便方便很多 首先我们获取最新...和city_code这俩字段取出即可,随后写入文件中。...这是把city_name和city_code放到一个文件中方法,另外我们也可以放到数据库中,这里以MySQL为例,安装PyMySQL模块 import pymysql db_parames = {...下面是输入城市名就能得到城市码代码块: import pymysql def get_city_code(city_name): db_parames = { 'host': 'localhost

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