plink两种格式介绍map和ped
.map格式
格式说明链接: http://zzz.bwh.harvard.edu/plink/data.shtml#map
map格式的文件, 主要是图谱文件信息..., 主要包括染色体名称, 所在的染色体和所在染色体的坐标.
1, map文件没有行头
2, map文件包括四列: 染色体, SNP名称, SNP位置, 碱基对坐标
染色体编号为数字, 未知为0
SNP....bed格式
格式说明链接:http://zzz.bwh.harvard.edu/plink/data.shtml#ped
bed格式的文件, 主要包括SNP的信息, 包括个体ID, 系谱信息, 表型和...A T 1 2 的格式转化为0 1 2
这里AT和12都包含
test3.ped
1 1 0 0 1 0 G G 2 2 C C
1 2 0 0 2 0 A A 0 0 A C
1 3...命令中, 如果使用—file name, 那么ped和map文件名为: name.ped 和 name.map