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服务器上下载sra数据库

SRA数据库是指Sequence Read Archive（序列读取存档）数据库，它是由美国国家生物技术信息中心（NCBI）维护的一个公共数据库。SRA数据库存储了来自各种生物学研究项目的高通量测序数据，包括基因组测序、转录组测序、表观基因组测序等。

SRA数据库的分类主要包括原始测序数据（Raw Data）和已处理的测序数据（Processed Data）。原始测序数据是指从测序仪中直接生成的原始测序片段，通常以FASTQ格式存储。已处理的测序数据是指对原始测序数据进行了质量控制、序列比对、变异检测等处理后的数据，通常以BAM或VCF格式存储。

SRA数据库的优势在于提供了一个集中存储和共享高通量测序数据的平台，研究人员可以通过SRA数据库访问到大量的测序数据，从而加快科学研究的进展。SRA数据库还提供了丰富的元数据信息，包括样本来源、实验设计、测序方法等，有助于研究人员更好地理解和分析数据。

在云计算领域，腾讯云提供了一系列与生物信息学相关的产品和服务，可以帮助用户高效地处理和分析SRA数据库中的数据。以下是一些推荐的腾讯云产品和产品介绍链接：

云服务器（Elastic Compute Cloud，简称CVM）：提供灵活可扩展的云服务器实例，适用于各种计算任务。产品介绍链接：https://cloud.tencent.com/product/cvm
云数据库MySQL版：提供高可用、可扩展的云数据库服务，适用于存储和管理SRA数据库中的元数据等信息。产品介绍链接：https://cloud.tencent.com/product/cdb_mysql
人工智能平台（AI Lab）：提供丰富的人工智能算法和工具，可用于生物信息学数据的分析和挖掘。产品介绍链接：https://cloud.tencent.com/product/ai
对象存储（Cloud Object Storage，简称COS）：提供安全可靠的云端存储服务，适用于存储SRA数据库中的原始测序数据和已处理的测序数据。产品介绍链接：https://cloud.tencent.com/product/cos

通过腾讯云的产品和服务，用户可以快速搭建和管理云计算环境，高效地处理和分析SRA数据库中的数据，加速生物信息学研究的进展。

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SRA-Toolkit工具下载SRA数据

引言高通量的原始数据通常情况下会上传到NCBI的SRA（Sequence Read Archive）数据库。...常见的下载方法有^5^： aspera 工具下载 wget, curl命令直接下载 NCBI官方的 SRA Toolkit 进行下载 aspera 工具配置麻烦, 直接下载容易出错, 所以使用SRA-Toolkit...工具下载....过程使用 SRA-Toolkit 工具进行下载下载 SRA-Toolkit 工具并安装主要流程来源于官方教程及网络^1-2^. 官方教程链接: 02....-Installing-SRA-Toolkit 以CentOS为例: 下载sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz, 可以wget, 但推荐本地下载后传入.

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SRA toolkit下载数据

1.sra toolkit 的安装 wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.10.8/sratoolkit.2.10.8-ubuntu64.tar.gz...PATH=$PATH:/yourpath/sratoolkit.2.10.8-ubuntu64/bin' >> ~/.bashrc 2.查看prefetch是否成功安装 prefetch -h 3.数据下载...SraAccList.txt looks like this: SRR11192680 SRR11192681 SRR11192682 SRR11192683 SRR11192684 4.SRA...format to fastq fasterq-dump --split-files SRR11180057.sra fasterq-dump --split-files SRR11180057 #直接下载原始的...fastq prefetch --type fastq SRR11180057 参考：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/docs/sradownload/

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Aspera下载SRA文件

Aspera用法如下： Usage: ascp [参数] 目标文件保存路径一、 Aspera下载一个SRA文件 Step 1：建立Seqs文件夹保存下载序列 mkdir ~/Seqs...Step 2：下载SRA文件到Seqs文件夹 ascp -T -i /home/xiaoming/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh.../SRR6208854.sra ~/Seqs/ 二、 Aspera批量下载SRA文件很多时候需要同时下载多个SRA文件，ascp命令提供参数--file-list，用于批量下载SRA文件。...Step 1：建立SRA文件路径列表文件sra_list.txt nano ~/Seqs/sra_list.txt 输入以下两行文本： /sra/sra-instant/reads/ByRun....sra 按Ctrl+O,Ctrl+X保存退出 Step 2：批量下载sra_list.txt列表中的文件 ascp -T -i /home/xiaoming/.aspera/connect

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SRA数据库官方工具—SRA Toolkit

其具有以下特性：数据下载与转换：允许用户从 SRA 中下载数据并转换成标准的 FASTQ 格式，以便在常用的分析软件中进行进一步处理（常用功能）数据查询与检索：可以通过访问号、关键词、实验名称等方式在...（基本不用，因为有专门的质控软件）全平台：提供二进制文件和相应的源代码，适用于Windows、MacOS、Linux SRA数据库: Sequence Read Archive：隶属NCBI (National...Center for Biotechnology Information)，它是一个保存高通量测序原始数据以及比对信息和元数据 (metadata) 的数据库，所有已发表的文献中高通量测序数据基本都上传至此...，默认所20G --max-size u 设置为u,则下载大小不设限制 -T：指定要下载的文件类型，默认为 sra -t：指定传输方式，默认是both ;可以选择 http（传统的HTTP下载）、fasp...还可以自定义多线程（不过需要注意，一次性不要提交太多任务，避免把服务器IO占完）直接下载fastq ## 直接下载fastq ###查询 SRR 预存路径 srapath SRR19904954 #

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SRA数据库的数据并不一定要在SRA数据库下载

1 导读在GEO下载测序数据，首先要找到GSE号，然后找到SRR号，最后prefetch就0K了！...肯定得搜索呀经过搜索我就知道了，嘿嘿，原来我们用prefech下载的数据都在https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun.../sra/可以找到，但是我发现这里面的数据是没有我要下载的SRR，此时想起了，jimmy老师说的“敲命令不是随便乱敲的，它存在我们才写”，其实下载数据同样如此，你下载的数据的地方要有你的数据你才可以下载...5 继续探索然后我也搜索了一下，这两个应该也是存放数据的地方类似于SRA，找到地址了，接下来肯定是下载起来啦（大神一句话，菜鸟跑半年，这句话还是有道理的）有链接地址，还想啥，wget啊，但是看到下面的网速可能你会崩溃...6 结语所以呢，这个问题说简单也简单，但是前提是你对这些数据库有足够的了解。

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NCBI下载sra数据（新）

今天要上NCBI下载sra数据发现没有下载的链接，网上查发现都是老的方法，NCBI页面已经变更，于是看了NCBI的help，并且记录下来新版的sra数据下载方法，要用NCBI的工具SRA Toolkit...方法1 NCBI告知的方法（中断不能继续下载）下载SRA Tookit https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?...view=software；点击software，选择需要的sra toolkit版本进行下载 ?...下载后直接解压到某个指定位置搜索SRA并获取accesion list 在NCBI sra页面(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra)输入登陆号( accession number.../sra/SRR/+SRR+登陆号前三位数字（548）+/SRR+完整登陆号（5483089）进入即可看到FTP文件,可以直接下载或者通过复制链接用wget 下载

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prefetch命令下载SRA文件

除了利用ascp命令从NCBI下载SRA文件外，SRAtoolkit也提供了prefetch命令用于下载SRA文件。...List the content of a kart file prefetch命令下载一个SRA文件： prefetch SRR6232298 结果如下： ?...而SRA文件会默认下载在~/ncbi/public/sra 目录下 prefetch命令下载多个SRA文件： 1....acc=DRP002849 在页面下面列出了所有相关SRA文件信息 ? 点accession list，将下载得到的文本文件上传到服务器/home/Seqs目录 2....从NCBI网站下载SRA accession no.的列表文件运行命令: prefetch --option-file Seqs/SRR_lists.txt SRR_lists.txt就是刚刚从网站下载的

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下载NCBI SRA数据的最佳方法

高通量的原始数据通常情况下会上传到NCBI的SRA（Sequence Read Archive）数据库。当我们需要用到这些数据的时候，就需要合适的方法来下载。...常见的下载方法： aspera 工具下载 wget, curl 命令直接下载 NCBI官方的 SRA Toolkit 进行下载很多教程建议使用 aspera 来实现高速下载，但是很多时候折腾配置了很久...即2019开始，SRA数据库的数据存储方式做出了改变，使用ascp来下载数据可能会带来其他的一些问题。 wget 等命令也是非常方便的下载工具。...下载安装SRA Toolkit： https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software ?...$(<SRR_Acc_List.txt) & Note: 1. aspera 在下载其他数据库（如EBI）的数据时，仍然是十分不错的工具 2.

1.9K2 0

国内高速下载测序SRA数据

虽然NCBI的SRA（Sequence Read Archive）数据库提供了大量的测序数据，但由于网络访问速度的限制，特别是从国内访问时，下载速度可能受到严重影响。...为了克服这一困难，欧洲生物信息学研究所（EBI）的ENA（European Nucleotide Archive）数据库及其提供的下载工具成为了一个可行的替代方案。...EBI的ENA数据库与NCBI的SRA数据库类似，存储了大量的测序数据，并且提供了多种下载方式。其中，enaBrowserTools结合Aspera的方式因其高效和便捷性而受到推荐。...-d 指定本地下载目录；3..../sra下载成功下载失败: 出现session stop即为失败完全下载失败部分下载失败不使用aspera下载问题出现session stop信息，解决方案：ASPERA_SPEED 设置在100 -

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SRA数据几种常用的下载方法

prefetch Aspera SRA Explorer prefetch SRA（Sequence ReadArchive）数据库用于存储二代测序的原始数据，包括 454，Illumina，SOLiD...为了能够正常访问NCBI服务器和下载数据，SRA Toolkit必须进行适当的配置。其最新版本的默认配置，适用于大多数用户。...，再通过filezilla传到服务器中；或直接复制6个SRR到服务器的文本中。...在NCBI的SRA数据库搜索SRR15927225。最后直接使用wget命令下载即可。.../sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR159/SRR15927225/SRR15927225.sra ./ 如果要换成NCBI上的其他SRA数据，只需要修改【SRR159

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如何在NCBI中下载SRA数据？

导语 GUIDE ╲ 背景介绍假设我们现在有一个样本号“IRIS_313-11156”，想下载该样本的所有SRA数据(注意：一个样本的SRA数据可能分不同次run上机)。...目前，在NCBI中下载SRA数据主要有三种方式：利用Aspera工具下载。利用SRA Toolkit下载。利用wget命令直接下载。...小编的个人经验：第一种Aspera工具在批量下载时偶尔会出错。第二种SRA Toolkit的prefetch命令下载，只能将数据下载到home目录下。...wget命令接下来呢，用wget命令下载SRA数据，有两种方式：下载单次run的sra数据，可以直接用命令,默认下载到当前目录下。...其中-c 50 参数是指若下载过程中断，会自动尝试50次继续下载： wget -c 50 https://sra-downloadb.st-va.ncbi.nlm.nih.gov/sos2/sra-pub-run

2.6K3 2

使用aspera从EBI下载fastq数据，抛弃NCBI的SRA数据库吧！

前面我们大量NGS相关教程视频免费发布在B站，都是使用NCBI的SRA数据库下载sra文件后转为fastq进行NGS分析流程，其实是因为我本人一直不在中国大陆，所以没有网络问题。...但是学生们不一样，同样的命令他们prefetch的下载比蜗牛还慢，即使加上aspera后也会面临sra文件转为fastq的限速。...ENA - PRJNA275632 这里可以看到整个数据集所有样本的fastq下载地址，随便挑几个，观察一下： ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR180/009..._2.fastq.gz ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR180/000/SRR1805930/SRR1805930_1.fastq.gz ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk...下载地址https://downloads.asperasoft.com/en/downloads/8?list 坑就在这个下载地址，不要用chrome打开这个地址，因为，打开了，你也下不到软件。

9.3K5 3

从ncbi下载sra数据的几种种方式

为了加快速度先下载aspera并添加环境变量，具体看以前的内容下载sra toolkit加环境变量下载EDirect 用yeast的几个数据说明 1....写入文件下载 echo SRR1553608 > sra.ids echo SRR1553605 >> sra.ids prefetch --option-file sra.ids 3 利用sed和bash...cat sra.ids|sed 's/SRR/fastq-dump --split-files SRR/'|bash 4 通过EDirect获取runinfo 要下载EDirect，具体步骤EDirect...所以需要提取,分隔的第一列，并且grepSRR开头的数据 cat runinfo.txt | cut -f 1 -d ","|grep SRR > sra.ids 然后下载即可,注意不要下载，这只是示例...，因为里面包含大量数据，如果想下载看下空间du -hs ~/ncbi prefetch --option-file sra.ids 5 继续bash cat sra.ids|sed 's/SRR/fastq-dump

4.1K4 0

WGS分析实战-01：从SRA数据下载到构建GenomicsDatabase

resequencing of Arabidopsis mutants》分析用到的软件 sratoolkits fastp samtools bwa GATK、picard （1）原始测序数据 & 参考基因组下载...& 索引构建首先根据文章的Bioproject编号（PRJDB5412），找到SRA Experiments这一栏文章中用于分析的样本有16个，下载对应样本的SRA编号即可： # mkdir...arab_ref.fa.amb # arab_ref.fa.ann # arab_ref.fa.bwt # arab_ref.fa.pac # arab_ref.fa.sa （2）SRA...数据格式转换 # 工作目录：00.raw_data # 存放到一个文件夹下 mkdir sra_file for id in `ls -d D*`;do mv ${id}/${id}.sra sra_file...;done # 格式转换 ls sra_file/* > sra_id.txt for id in `cat sra_id.txt`;do echo "fastq-dump --split-3 --gzip

1.8K3 1

下载sra数据库文件不仅仅是prefetch那么简单了

最近下载一个文章的数据，发现3个数据，就有3种结果： $cat logs/down.log.4 $cat need.sra.list |while read id;do ( ~/biosoft/sratoolkit.../traces/sra51/SRR/005770/SRR5908780 2019-10-03T02:32:55 prefetch.2.9.2: 1) failed to download SRR5908780...但实际上，我把这个网址输入到浏览器，是可以下载的： https://sra-download.ncbi.nlm.nih.gov/traces/sra51/SRR/005770/SRR5908780...不能理解为什么使用命令行就下载失败！...3.7G Oct 3 10:51 SRR5908829.sra 3.5G Oct 3 11:14 SRR5908833.sra 如果想系统学习生信,下面的课程你可能会需要！

3.2K2 0

生信干货~SRA下载后批量处理Counts文件

元转录组分析小结~干货~ 然后，重点看批量处理数据的技巧~从零到壹：10元转录组分析从零到壹：10元转录组分析~硬盘不够用咋办从零到壹:10元~Mapping神器STAR的安装及用从零到壹:从SRA...下载到分析~纯干货 10元转录组分析：这次真的是干货了~灰常干得到ReadsPerGene数据后得到每个基因的Counts数之后，你需要将这些不同文件中的提取出来，以制备DEseq2所需要的原始文件

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分享一种快速下载SRA数据集的方法

但是，我们想利用别人的测序数据进行重分析时，一般不能直接从NCBI数据库中下载到fastq文件，而是要先下载SRA数据。...它收集了来自全球的原始测序数据，这些数据可以免费下载，对于生命科学研究人员来说，SRA数据库是一个宝贵的资源。...通过SRA数据库的上传页面（Submission Portal）进行数据上传。...数据下载研究人员可以通过多种方式下载SRA数据库中的序列数据，包括：网页下载使用浏览器插件（如Aspera connect）使用SRA工具包下载数据结构 SRA数据库的数据结构基于以下四个概念构建...以下是一些常用的SRA数据库API： E-utilities API：NCBI提供了E-utilities API，它允许用户从NCBI的各种数据库中检索数据，包括SRA。

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Servlet下载服务器上的文件Demo

下载文件 1.直接使用a标签来去下载有些内容会浏览器自动解析浏览器不能解析的文件才会被下载 2.通过发送Servlet请求来去下载通过发送一个Servlet请求，把文件名发送给服务器 发送给服务器后

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不止是NCBI的SRA可以下载测序数据

关于GSA 大家可以理解为NCBI的SRA数据库，通常我们看组学文章，都是找到其SRA的ID号，然后去NCBI的SRA下载的。...数据模型和数据格式遵照INSDC标准，在功能上等同于NCBI的SRA，EBI的ENA和DDBJ的DRA。...批量下载ftp数据上面的链接要批量下载，可以参考我四年前在生信菜鸟团的教程：用wget批量下载需要认证的网页或者ftp站点里面的pdf文档 wget -c -r -np -k -L -p ftp:/...，一定要加上这个参数，不然会下载太多东西的） -k 将绝对链接转为相对链接，下载整个站点后脱机浏览网页，最好加上这个参数 -L 递归时不进入其它主机，或者写脚本工具文件名规律来wget分开下载。...一般国内的服务器下载速度可以达到10M/s 然后，一般来说，下载命令需要使用 nohup挂在后台哦。

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解读SRA数据库规律一文就够

做数据分析的朋友都知道NGS测序数据一般会上传到SRA数据库里面，而这个数据库是可以免费无限制下载的，所以对它有基本的了解是一个生物信息学工程师的基本素养。下面就跟着我一起来掌握它吧。...一般的文章里面会给出数据地址，如下：根据文章的GSE号进入GEO数据库里面，就可以看到其对应的SRA数据库ID号。 ?...第一步就是去SRA数据库里面查询：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra?term=SRP078156 可以看到这个数据集有276个数据。.../reads/ByRun/sra/SRR/SRR394/SRR3943893 发现的确是没有，但是另外的274个样本又都没有问题，看样子根据构造的ftp链接下载sra文件的方法可能要过时了，wget本来就慢...~/ncbi/public/sra/文件下，prefecth在下载前会先查找该文件下是否已经存在该文件。

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