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脚本分享—从fasta格式文件中批量提取特定位置的序列

脚本简介: 这个脚本主要用于从FASTA格式文件中批量提取指定位置的序列,可以应用在很多不同场景,比如: 提取基因内部特定区域的序列,例如用于分析蛋白质或核酸的二级结构区域; 设计引物时,截取目标区域的序列作为模板...; 需要对特定区域进行比对或变异分析时,快速提取目标序列; 亚细胞定位预测后,提取对应区域的序列进行进一步研究; 根据BLAST比对结果,批量提取匹配到的特定序列; 批量提取UTR区域、基因间隔区等非编码序列...; 批量提取基因启动子区域序列,便于启动子分析; 从基因组中提取基因簇等大段连续序列; 提取各类移动元件序列或特定基因,比如基因组岛、前噬菌体、整合子、插入序列、操纵子区域,以及像16S rDNA这样的功能基因...总之,通过这个脚本,用户可以根据自己的研究需要,从FASTA文件中灵活、精准地提取指定区间的序列,广泛应用于各种生物信息学分析工作中。...2)fasta文件详解 3)提取位置文件详解 实战演习 python Extract_fasta_by_site.py sequence.fasta site_list.tsv output

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    如何使用`grep`命令在文本文件中查找特定的字符串?

    如何使用grep命令在文本文件中查找特定的字符串? 摘要 在这篇技术博客中,我将详细介绍如何使用grep命令在文本文件中查找特定的字符串。...引言 在日常工作中,我们经常需要在文件中查找特定的字符串,以便进行分析、调试或修改。而grep命令正是为此而生。它提供了丰富的搜索选项和灵活的使用方式,可以满足各种需求。...本文将深入探讨grep命令的用法,帮助您轻松应对各种搜索任务。 正文内容(详细介绍) 什么是grep命令? grep是一个强大的文本搜索工具,用于在文件中查找匹配特定模式的字符串。...,您现在应该已经了解了如何使用grep命令在文本文件中查找特定的字符串。...grep是一个强大而灵活的工具,能够帮助我们快速定位目标内容。希望本文能够对您在日常工作中的文本搜索任务有所帮助!

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    如何使用Mantra在JS文件或Web页面中搜索泄漏的API密钥

    关于Mantra Mantra是一款功能强大的API密钥扫描与提取工具,该工具基于Go语言开发,其主要目标就是帮助广大研究人员在JavaScript文件或HTML页面中搜索泄漏的API密钥。...Mantra可以通过检查网页和脚本文件的源代码来查找与API密钥相同或相似的字符串。这些密钥通常用于对第三方API等在线服务进行身份验证,而且这些密钥属于机密/高度敏感信息,不应公开共享。...通过使用此工具,开发人员可以快速识别API密钥是否泄漏,并在泄漏之前采取措施解决问题。...除此之外,该工具对安全研究人员也很有用,他们可以使用该工具来验证使用外部API的应用程序和网站是否充分保护了其密钥的安全。...总而言之,Mantra是一个高效而准确的解决方案,有助于保护你的API密钥并防止敏感信息泄露。 工具下载 由于该工具基于Go语言开发,因此我们首先需要在本地设备上安装并配置好Go语言环境。

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    你有没有觉得邮件发送人固定配置在yml文件中是不妥当的呢?SpringBoot 动态设置邮件发送人

    明月当天,不知道你有没有思念的人 前言 之前其实已经写过SpringBoot异步发送邮件,但是今天在一个小项目中要用到发送邮件时,我突然觉得邮件发送人只有一个,并且固定写在yml文件中,就是非常的不妥当...在写之前已经翻过很多博客了,该踩的坑都踩的差不多了,我是实现之后写的文章,有问题大家可以一起交流。...我先说说我想要达到什么样的效果: 邮件发送人可以是多个,yml文件中是兜底配置(即数据库中没有一个可用时,使用yml文件中配置的邮件发送人) 项目启动后,我也可以临时增加邮件发送人,或者禁用掉某个邮件发送人...465端口(SMTPS)︰它是SMTPS协议服务所使用的其中一个端口,它在邮件的传输过程中是加密传输(SSL/TLS)的,相比于SMTP协议攻击者无法获得邮件内容,邮件在一开始就被保护了起来。...* 最后就是加个兜底的,如果数据库中查询不到邮件发送人,我们使用配置文件中的发送邮件的配置。 */ if(mails!=null&&!

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    嵌入式 Tomcat AJP 协议对 SpringBoot 应用的影响

    Tomcat AJP 协议由于存在实现缺陷导致相关参数可控,攻击者利用该漏洞可通过构造特定参数,读取服务器 webapp 下的任意文件。...但是 AJP13 协议对浏览器支持不够好,由于其定位是 “ Tomcat 与 HTTP 服务器之间通信的协议”,这或许是 http 协议比较盛行的原因吧。...但是奇怪的是,在 SpringBoot 的 yml 文件配置中,并没有找到 ajp 协议相关的 server 参数配置。 笔者猜测,虽然 Tomcat 集成了 ajp 协议,但是不推荐使用吧。...但是有没有办法支持 ajp 协议了,答案是可以的,具体代码如下: 笔者上述配置需要依赖 SpringBoot 1.x 环境。...AjpProcessor 如果对 tomcat 架构比较了解的话,tomcat 大部分请求与响应由协议(Protocol)中的处理器(Processor)完成的。

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    使用 Burp 枚举 REST API

    除非 API 使用 Swagger 文件,否则不使用普通客户端就无法完全自动化,因为 REST API 端点没有标准格式来定义可以向它们发出的请求(就像 SOAP 那样通过 WSDL 文件的端点)。...因此,没有办法绕过使用真实客户端生成示例流量的需要。 在某些情况下,您可以使用浏览器访问 API,但这并不总是可行的。...在本教程中,我们将演示如何使用移动设备通过 Burp Suite 代理 API 流量。 您可以使用此方法映射整个 API,或定位和测试特定操作。...在此示例中,我们将演示映射过程并在 Flickr 上找到“收藏”操作: flickr.favorites.add image.png 确保您的移动设备已正确配置 Burp Suite。...从这里您可以向 Burp 的各种工具发送请求以进行手动或自动测试。 image.png 要查找特定操作,您可以使用 Burp 菜单中的搜索功能。

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    Python读取PDF信息插入Word文档

    Hello,上个周末没能搞事情,被一个代码需求给绊住了:朋友在平时工作中会经常重复性地打开不同PDF文件,选取其中特定的几组信息复制粘贴到不同的Word文档中,完成一份PDF文件平均耗时15分钟,想试试...由于其涉及文件隐私,将需求简化如下:我这提供一份PDF版《笨办法学Python》,想把其中第五页的第1段和第4段填充到Word文档 “笔记.docx” 特定位置: ?...PDFMiner模块 PDFMiner是一个专注于从PDF文档中提取、分析文本信息的工具。它不仅可以获取特定页码特定位置处的信息,也能获得字体等信息。其工作原理如图所示: ?...docx-mailmerge模块 这个模块的应用类似于你先在Word文档中特定位置去定义好变量,之后在代码中通过MailMerge函数为变量赋值。...正在学Python或水平挺不错的朋友,不妨问问身边朋友有没有什么繁琐的工作可以用代码改进,如果有,反手甩他一个代码,也是很不错的体验哦~

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    密码的安全管理,OA登录锁定策略及特权账号管理方案| FB甲方群话题讨论

    已经泄露的密码该如何反向定位影响范围? 3.OA系统登录锁定策略该如何定义? 4.企业有没有引入特权账号安全管理的方案?...A6: 主要问的设备密码管理吧,可以用XLS、专用文件服务器权限管理、密码文件加密,我是XLS加密、再压缩加密、放文件服务器权限管控。 A7: FIDO这个有没有人了解的?...就像路,人总会选择最简单的路走,不会按照指示走。举个例子,大领导好多都是弱口令,年龄大记不住,有啥办法,谁敢去改啊。 A19: 分级分类口令啊,存在哪些弱口令、哪些必须改、危害性有多大,还是得有办法。...最低的账号标准是账号连续5分钟内累计登录失败10次,自动锁10分钟,单账号累计失败10次后,在自动锁结束后,每登录失败一次自动延锁10分钟,用户可使用MFA解锁;连续多账号3分钟内累计登录失败60次,针对...A5: SSO应该分为5-6个部分: 1.门户,仅供内部自服务用,不能对外; 2.管理门户,后台管理用; 3.审计+监控 ,后台作业; 4.后台 接口、API配置部分; 5.前台接口、API配置部分;

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    Elasticsearch解决问题之道——请亮出你的DSL!

    4, 查询慢,但不知道什么原因导致的。 比如:elasticsearch有8亿数据查询慢是怎么回事,有什么办法优化。 等等等等….....所以,请亮出你的dsl,不论什么语言的检索,转换到es查询都是sql查询,在es中对应dsl语法,es再拆解比如:分词match_phrase拆解成各term组合,最终传给lucene处理。...将Query DSL视为查询的AST(抽象语法树),由两种类型的子句组成: 1、叶子查询子句 叶查询子句查找特定字段中的特定值,例如匹配,术语或范围查询。 这些查询可以单独使用。...引用一句鸡汤话,“再显而易见的道理,在中国,至少有一亿人不知道”。同样的,再显而易见的问题,在Elasticsearch技术社区也会有N多人提问。...一定要转成DSL进行最小化定位。 4、小结 实际业务中的问题远比上面复杂。但开发的过程中,很多时候,走的太久忘记了出发的目的是什么。

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    调试程序的方法

    前言 你有没有曾经调式某段代码时,总觉得世界上有鬼? 你有没有曾经调式API时,总感觉是调用第三方的接口问题或者文档说明不对? 你有没有曾经调式一个bug时,总感觉问题的来源是使用的方式不对?...这种调式方法适合在开发过程中,并且可以保证我们现网的代码发布后运行正常。希望大家在计划开发时间时也将该过程并于开发阶段。 快速定位法 前面两个那么复杂的过程太理想化了?...在个人的开发过程中,我经常会遇到上面的某种类型的问题,比如在Node.js开发过程中,遇到string.length提示string没有length方法。...应该很多同学都知道问题就在于这个string根本就不是string,只是说你自己把它理想化为string了,也就是你输入的本来就有问题。那么定位这个问题的最好办法就是打印输入,打印输出即可。...可能其他的程序没有这么简单,但是最基本的就是在主函数中的会遇到异常的函数都进行输入输出判断,那样就可以快速的定位。 切记:不要断章取义,自以为是。

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    互联网是如何工作的?

    影视剧里经过出现的通过 IP 地址获取定位,是真的可以实现吗? 相信你在阅读本文后就会有一个清晰的认知了。 网站?服务器?网络?...就和我们对待自己的电脑文件一样,我们会把 HTML 文件存储在硬盘的某个位置, 然后通过浏览器去访问这些 HTML 文件。...对于互联网,我们使用特定而功能强大的电脑,我们称之为服务器,所以其实服务器本质上也是一台电脑,它们没有屏幕、鼠标或者键盘,因为它们的主要目的是存储数据,并用它来提供服务。...看翻译名称就知道这他的作用就是为了定位一个资源的,这里的资源其实就是我们之前说的存储在服务器上的各种各样的文件。...再回到找盒子这个例子,我们记忆一个地址是很容易,可是久而久之,女朋友家的地址要记、丈母娘家的地址要记,还有各种乱七八糟要记的地址越来越多,没办法,闰土只能拿出小本本,写下了如下的内容: 房子 A:a 市

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    它是如何工作的?

    那么有没有什么办法可以解决呢?有办法,docker就是干这个的。什么是docker?Docker是一个开源平台,可以将应用程序打包到轻量级、独立的容器中运行,使其与底层环境隔离,便于开发、部署和管理。...iamges在docker世界中,镜像你可以理解为是创建容器的说明,它一般是基于某个镜像再加上一些自定义内容构建(比如一些特定的配置、特定的依赖等),在这个过程中会涉及到后面介绍的dockerfile。...只要网络通,你可以在任何地方拉取你存储在仓库中的镜像,这也是docker可以快速扩容、快速部署的原因之一。...每一条指令都会在镜像中创建一层。例如:RUN:运行命令,比如安装软件或配置环境。COPY/ADD:将文件从主机复制到镜像中。CMD 或 ENTRYPOINT:定义容器运行时的默认命令。...它首先会从仓库中拉取需要的镜像然后会创建一个容器容器创建的过程中会分配读写文件系统然后会创建一个网络接口,将容器连接到默认网络。最后启动容器docker究竟是什么?所以docker到底是什么?

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    keycloak集群化的思考

    standalone模式下有一个配置文件叫做 /standalone/configuration/standalone-ha.xml,这个就是在standalone模式下配置集群的xml文件了。...而domain模式下,配置文件都是在domain controller这个机子上进行配置的,具体的文件是 domain/configuration/domain.xml 。...第三种,是路由负载均衡,在这种模式下,用户随机选择一个后端服务器进行请求连接,然后在服务器内部进行路由,将这个请求发送到其他的服务器中。 这种模式下,一般需要在服务器内部实现特定的负载均衡功能。...我们在特定的业务中需要获取到用户的ip地址来进行一些操作,比如记录用户的操作日志,如果不能够获取到真实的ip地址的话,则可能使用错误的ip地址。还有就是根据ip地址进行的认证或者防刷工作。...当然,这个缓存系统可以是单点也可以是集群,如果是不同的数据中心的话,缓存集群甚至还需要跨数据中心进行同步。 缓存同步当然是一个很好的办法,但是同步行动自然是有开销的。有没有更加简单方便的处理方式呢?

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    腾讯TMQ在线沙龙回顾|iOS电量测试

    分享主题 1、iOS接口层电量测试 2、基于sysdialog电量测试 3、QQ浏览器电量测试举例 4、关于电量排行榜 问答环节 1、一个小时生成一次的数据有没有办法提前获取?...2、有没有办法安装证书后,不用itunes直接通过自己的app上传? 答:应该是不行的。写数据是系统行为,系统记录安装在其上面的每个APP的运行状态,并不是由APP自行记录的。...如果是在越狱环境下的话,有系统文件权限,可以直接在手机用脚本搜索相关的文件,然后上传,这个是可以的,如果是非越狱环境的话,应该没法主动去获取到。...3、数据库里还有些网络,cpu,定位精度的详细数据,这个你们尝试解析过吗?...7、请问是怎么将数据库文件导出来的呢,是在特定目录下么?

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    QT常见面试题,基础知识偏多

    答:根据对Qt事件机制的分析, 我们可以得到5种级别的事件过滤,处理办法. 以功能从弱到强, 排列如下: 1)重载特定事件处理函数....最常见的事件处理办法就是重载象mousePressEvent(), keyPressEvent(), paintEvent() 这样的特定事件处理函数. 2)重载event()函数....在处理一些不常见的事件(比如:LayoutDirectionChange)时,evnet()也很有用,因为这些函数没有相应的特定事件处理函数....动态库: 工作中有没有使用过动态库和静态库?能不能简单说下两者的区别? 答:静态库:在链接阶段将汇编生成的目标文件.o与引用库一起链接打包到可执行文件中,可简单看成(.o或者.obj文件的集合)。...)(3)将一些程序升级变得简单(4)可以真正的做到链接载入完全由程序员在程序代码中控制(显示调用) 动态库一般也会有个lib文件,那么和静态库lib文件有什么区别?

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    keycloak集群化的思考

    standalone模式下有一个配置文件叫做 /standalone/configuration/standalone-ha.xml,这个就是在standalone模式下配置集群的xml文件了。...而domain模式下,配置文件都是在domain controller这个机子上进行配置的,具体的文件是 domain/configuration/domain.xml 。...第三种,是路由负载均衡,在这种模式下,用户随机选择一个后端服务器进行请求连接,然后在服务器内部进行路由,将这个请求发送到其他的服务器中。 这种模式下,一般需要在服务器内部实现特定的负载均衡功能。...我们在特定的业务中需要获取到用户的ip地址来进行一些操作,比如记录用户的操作日志,如果不能够获取到真实的ip地址的话,则可能使用错误的ip地址。还有就是根据ip地址进行的认证或者防刷工作。...当然,这个缓存系统可以是单点也可以是集群,如果是不同的数据中心的话,缓存集群甚至还需要跨数据中心进行同步。 缓存同步当然是一个很好的办法,但是同步行动自然是有开销的。有没有更加简单方便的处理方式呢?

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    为什么要对程序进行调试

    在软件开发中,调试是程序从“能运行”到“能正确运行”的关键步骤。...调试是指通过对程序、硬件或系统的错误进行定位、分析和修复的过程,可以帮助开发人员发现并解决程序中的逻辑错误、语法错误、运行时错误等问题,保证软件的正确性和可靠性。...还可以将报错信息复制到搜索引擎或者大模型中,搜索一下,看看有没有人遇到过类似的问题。大部分情况下,都会有人遇到过类似的问题,并且已经解决了。 代码编辑器提示的错误信息也很重要。...通过在代码中插入打印语句,可以观察变量的值、函数的返回值等信息,从而帮助定位问题。例如我们观察下面的代码,计算 result 的值。...通过设置断点,可以在特定代码行暂停程序执行,然后查看变量的值、调用栈等信息。

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