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主成分(PCA)分析

01 R包加载、读入数据 首先我们加载需要用到的R包,ggpubr和ggthemes包用于作图gmodels包用于计算PCA。 ? 读入表达谱数据并显示文件前6行,每一列为一个样本,每一行为一个基因。...计算完成后查看PCA计算前6行,可以看出最终的结算结果为一个矩阵,一共有10列10行,每一行为一个样本,每一列为一个主成分(PC)。 ? ?...然后,便是激动人心的绘图时刻了~ 03 基础绘图 ggpubr提供了非常多的作图函数,可以方便大家绘制更美观的科研做图。...另外如果样本数目比较多,比如有100个样本,我们并不想把所有的样本名称都显示在图表中,只想显示重要的2-4个样本,有没有什么更好的操作方法呢?这里就到了我们究极作图美化的环节了~ ? ?...结语 从这个PCA分析和简简单单散点图的制作,我们可以体会到:在小小的一张图上,就可以浓缩如此多的信息,可见作图是一件异常考验功力的工作。

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【科研猫·高级绘图】 tSNE 分析

比如我们在进行转录组数据分析的时候,每一个样本可以检测到3万个基因,如果有10个这样的样本,我们如何判断哪些样本之间的相似性能高。当然,通过层次聚类等方法,可以显示样本与样本之间的关系。...R包加载和数据入读 首先我们加载需要用到的R包,ggpubr和ggthemes包用于作图,Rtsne包用于计算tSNE。 ? 读入表达谱数据并显示文件前6行,每一列为一个样本,每一行为一个基因。...2. tSNE计算 使用Rtsne包中的Rtsne函数计算tSNE。通过计算结果前六行,可以看出最终的结算结果为一个矩阵,一共有2列10行,每一行为一个样本,两列分别为tSNE_1和tSNE_2。...基础作图 ggpubr提供了非常多的作图函数,可以方便大家绘制更美观的科研做图。这里我们使用ggscatter这个函数,x轴为tSNE_1,y轴为tSNE_2。 ? ?...另外如果样本数目比较多,比如有100个样本,我们并不想把所有的样本名称都显示在图表中,只想显示重要的2-4个样本,有没有什么更好的操作方法呢? 这里就到了我们终极作图美化的环节了~ ? ?

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    Android 12 SplashScreen API快速入门

    如果用更加科学一点的定义来描述的话,那就是当App开始在界面上绘制第一帧的时候,SplashScreen就会消失。 那么一个App什么时候会在界面上绘制第一帧呢?...(3000) } } } 这里可以借助任何一个View的实例调用一下它的post函数,并在post的回调当中让主线程沉睡3秒。...由此我们就可以大致得出一些结论,比如说onCreate()和onResume()方法都是在App开始绘制第一帧之前执行的,而View的post回调则是在App绘制第一帧之后执行的。...当第一帧绘制出来以后,说明App的界面上已经可以有东西展示出来了,将不会再是一个空白界面,此时继续展示SplashScreen就没有意义了,所以SplashScreen理应在这个时候消失。...比如刚才提到的从磁盘读取数据的场景,我们可以一开始在onPreDraw()中函数中返回false,然后开启子线程去读取数据,等到数据读取完成再将返回值改成true即可。

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    matlab—进阶绘图

    x轴为对数刻度,y轴为线性刻度 semilogy x轴为线性刻度,y轴为对数刻度 loglog x轴和y轴均为对数刻度 10.2 plotyy() 我们有时候在一张图上花了两条曲线,但是这两条曲线如果对应的...这里就有一个函数plotyy(),这个函数可以在一个图上做出两个y轴,下面给出示例 ?...bar(...,’grouped’),使同一组直方条紧紧靠在一起。bar(...,’stack’),把同一组数据描述在一个直方条上,下面给出示例 ?...图10-5 pie函数 注意,x中的数据被看作频数,饼图中的比例:x[i]/sum(x),当x中所有元素的元素和sum(x)一个整圆,例如x = [0.1,0.2,0.3]时,得到 ?...图10-20 surfc函数 10.11.4 绘制一些常见的三维表面 (1)先根据x,y,z矩阵确定网格点 (2)用网格线连接在同一行中的网格点 (3)用网格线连接在同一列中的网格点 (4)用颜色数组C

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    【科研猫·绘图】朋友圈最火热的“火山图”(带R代码分享)

    好了,基础知识就介绍到这里,下面让我们来看如何绘制一张完美的火山图。 ? 首先,让我们先看一下数据。我们的数据使用的是RNAseq表达谱计算出来的差异基因,差异基因的计算方法为limma。...大家可以根据实验结果,适当调整logFC。 ? 然后我们使用添加了上调和下调基因的数据重新绘制火山图。在ggpubr中,使用color参数,可以指定点的颜色。代码和画出来的图就是这样的啦: ? ?...这样,一张基本热图就绘制完成了~ 当然,还有很多小伙伴比对了参考的文献,发现这张图还是太丑,还远远达不到高分杂志对图片的苛刻要求。因此,我们在这张图上做了进一步调整。...这样的一张热图,已经可以满足绝大多数杂志的要求啦~ 当然,一张火山图还是远远不够的,同学们在给老板讲ppt的时候,常常会面临老板们指着图上其中一个点,问这是什么基因?...为了避免这样尴尬,我们为大家提供了一个进阶版的火山图。为数据增加新的一列Label,将上调和下调差异表达前十的基因绘制在火山图中。 ? ?

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    R语言函数的含义与用法,实现过程解读

    创建数据帧 直接创建:那些满足对数据帧的列(组件)限制的对象可以通过函数data.frame来构建成为一个数据帧 > t <- data.frame(home=statef, loot=income,...shot=incomef) 强制转换:如果一个列表的组件与数据帧的限制一致,这个列表就可以通过函数as.data.frame()强制转化为一个数据帧。...数据帧使用惯例 1 将每个独立的,适当定义的问题所包含的所有变量收入同一个数据帧中,并赋予合适的、易理解、易辨识的名称; 2 处理问题时,当相应的数据帧挂接于位置2,同时在第1层工作目录下存放操作的数值和临时变量...这样我们可以很简单的在同一个目录下处理多个问题,而且对每个问题都可以使用x,y,z这样的变量名。 七  从文件中读取数据 7.1 函数read.table() 该函数可以直接将文件中完整的数据帧读入。...2 显示多元数据 如果X是一个数值矩阵或数据帧,下面的命令 > pairs(X) 生成一个配对的散点图矩阵,矩阵由X中的每列的列变量对其他各列列变量的散点图组成,得到的矩阵中每个散点图行、列长度都是固定的

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    R语言函数的含义与用法,实现过程解读

    创建数据帧 直接创建:那些满足对数据帧的列(组件)限制的对象可以通过函数data.frame来构建成为一个数据帧 > t <- data.frame(home=statef, loot=income,...shot=incomef) 强制转换:如果一个列表的组件与数据帧的限制一致,这个列表就可以通过函数as.data.frame()强制转化为一个数据帧。...数据帧使用惯例 1 将每个独立的,适当定义的问题所包含的所有变量收入同一个数据帧中,并赋予合适的、易理解、易辨识的名称; 2 处理问题时,当相应的数据帧挂接于位置2,同时在第1层工作目录下存放操作的数值和临时变量...这样我们可以很简单的在同一个目录下处理多个问题,而且对每个问题都可以使用x,y,z这样的变量名。 七  从文件中读取数据 7.1 函数read.table() 该函数可以直接将文件中完整的数据帧读入。...2 显示多元数据 如果X是一个数值矩阵或数据帧,下面的命令 > pairs(X) 生成一个配对的散点图矩阵,矩阵由X中的每列的列变量对其他各列列变量的散点图组成,得到的矩阵中每个散点图行、列长度都是固定的

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    主成分分析「 三维图 」

    01 数据读取 首先我们加载需要用到的R包,scatterplot3d包用于作图gmodels包用于计算PCA。 ? 读入表达谱数据并显示文件前6行,每一列为一个样本,每一行为一个基因。...02 主成分分析 使用gmodels包中的fast.prcomp函数计算PCA。该包计算运行所用时间比R内置prcomp函数要快很多。...计算完成后查看PCA计算前6行,可以看出最终的结算结果为一个矩阵,一共有10列10行,每一行为一个样本,每一列为一个主成分(PC)。...06 高级调整 不知道大家是否发现了一个问题,我们绘制的这张三维图上,是没有图注信息的。...不过,如果是100个样本,我们想要将所有样本显示出来是非常不现实的,大部分我们只需要将特定的样本显示出来。给数据新建一个Label,显示那些重要的样本。 ? ?

    6.7K22

    R语言进阶之图形的合并

    为了节省版面,我们通常会将多张图片合成一张图,在R语言中我们可以使用par( )或者layout( )函数来轻松实现这个功能。 1....函数par( )的使用 在使用函数par( )时, 你需要添加参数mfrow=c(n, m) 去创建一个n行 x m列 的画布,画布中的每一格可以放一张图片,此时图片是按照行排列的。...# 创建一个2行2列的画布 # 使用mtcars数据集作为示例 attach(mtcars) # 固定数据集 par(mfrow=c(2,2)) # 2行2列的画布,按行排列 plot(wt,mpg,...函数layout( )的使用 使用函数layout(mat)合并图片时需要注意其参数mat是一个矩阵,主要是用于指定单个图片的位置: #画布第一行包含一张图片,而第二行包含两张图片 attach(mtcars...为了明白上述绘图原理,我们可以将整个画布理解成一个从左下角坐标点(0,0)到右上角坐标点(1,1)的平面坐标系,函数par( )里的参数fig=代表的就是图片左下角和右上角的坐标。

    4.4K30

    R语言系列第二期:①R变量、脚本、作图等模块介绍

    、下划线 以外的符号,如(%)等 3. 不能以数字开头 4. 以圆点(.)开头后不能直接接数字 5. 与sas不同,不能以下划线开头 ②在R中创建的所有变量会存储在一个公共的工作区。...split都可以获取split()函数的帮助。 包可以包含用R语言写的函数,汇编代码动态加载库以及数据集。包的功能会自动执行,所以用户不需要一直加载包。...不过,R可以让你在数据框内搜寻目标变量,不使用$符号,比如: > attach(women) > plot(height,weight) attach()命令相当于将women放置到系统的搜索路径中,可以使用...Transform()函数可以根据已有变量来计算新变量,或为原数据框添加新的列,改变原变量列的值,还可通过赋值NULL删除列变量。“=”不是赋值,而是表示名称,该名称被赋值给最后一步计算的向量。...④组合图形 当希望把几个元素放到一张图上的时候,就有一些特殊的要求。如考虑为直方图叠加一个正态密度函数。

    1.6K10

    Matlab建立SVM,KNN和朴素贝叶斯模型分类绘制ROC曲线

    第二列  score_svm 包含不良雷达收益的后验概率。 使用SVM模型的分数计算标准ROC曲线。 在同一样本数据上拟合朴素贝叶斯分类器。...计算后验概率(分数) [~,score_nb] = resubPredict(mdlNB); 使用朴素贝叶斯分类的分数计算标准ROC曲线。 将ROC曲线绘制在同一张图上。...为了直观比较这两个伽玛参数值的分类性能。 绘制分类树的ROC曲线 加载样本数据。 load fisheriris 列向量  species由三种不同物种的鸢尾花组成。...此问题与二元分类问题不同,在二元分类问题中,知道一个类别的分数就足以确定另一个类别的分数。因此,必须提供  perfcurve 将两个否定类的得分纳入考虑范围的函数。...同样,必须提供  perfcurve 将否定类分数纳入考量的函数。要使用的函数的一个示例是score(:,2)-score(:,3)。 计算ROC曲线的逐点置信区间 加载样本数据。

    3.2K20

    怎么使用matlab画图_matlab画图plot

    大家好,又见面了,我是你们的朋友全栈君。 注意点 matlab中分号; 是拿来分隔列并抑制输出显示的。...matlab中每个变量都是数组/矩阵,即使是x=1这样的语句也代表创建了一个1*1的矩阵,变量使用前必须有值。 通过whos显示当前的变量使用情况。 长任务可以通过使用省略号...扩展到另一行。...m = [1 2 3; 4 5 6; 7 8 9; 10 11 12] n = m' %矩阵转置 nm = m(1:2 , 2:3) %取出一个子矩阵 m(: , 2) = [] %删除矩阵的第2列...zeros(5) %特殊矩阵类 ones(3,4) eye(4) mm = rand(3,4,5) 文件输入/出 PS = imread('1.jpg'); imwrite() 画图: 在同一个图上绘制多个函数...%多份数据表示在一个图上 clear;clc %清空所有变量,清除命令栏 figure %创个新图 plot(t,x) %绘制第一条 hold on plot([0,10],[0,500

    2.2K30

    用Python演绎5种常见可视化视图

    多变量分析可以让你在一张图上可以查看两个以上变量的关系。...比如“身高”和“年龄”,你可以理解是同一个人的两个参数,这样在同一张图中可以看到每个人的“身高”和“年龄”的取值,从而分析出来这两个变量之间是否存在某种联系。...我们运行一下这个代码,就可以看到下面的视图(第一张图为Matplotlib绘制的,第二张图为Seaborn绘制的)。其实你能看到Matplotlib和Seaborn的视图呈现还是有差别的。...我们创建一个随机的一维数组,然后分别用Matplotlib和Seaborn进行直方图的显示,结果如下,你可以看出,没有任何差别,其中最后一张图就是kde默认为Ture时的显示情况。 ? ? ?...我们一般使用Seaborn中的sns.heatmap(data)函数,其中data代表需要绘制的热力图数据。

    2.4K10

    用Python制作一个猫咪小秒表

    秒表是一项随处可见的神奇小物件,最常用到秒表的两大场景,一个是运动会,另一个是健身房,因此也总是让人联想到汗水和心跳,贲张的血管,粗重的呼吸,时间似乎变得缓慢,那一只聚拢万千目光的小小秒表,此刻却像一座沉重而古老的大钟...每一帧都用一张上文生成的不同的png图片,遍历完png图片之后,再继续循环往复。不难看出,原始gif中的猫耳朵是向左的,如果改成向上的,看着要舒服一些。这就需要将图片沿着斜45度角进行旋转。...,lw=1.8) 接着,就是绘制表盘的外围以及“3”、“6”、“9”、“12”四个数字,用几行代码就可以搞定: #绘制表盘 x_out=[r_out*np.cos(theta[i])foriinrange...最后,就是动画效果的实现,最主要的语句是这个: #fig指的是画布,update指的是执行每一帧更新的函数,length指的是一共有多少帧,init指的是第一帧所执行的函数 ani=animation.FuncAnimation...(fig,update,length,init_func=init,interval=interval_time) 在update函数中,对猫咪的动作和指针的位置按帧来进行赋值,代码如下: #对猫咪的动作进行帧赋值

    1.6K50

    MATLAB plot绘制图像

    在MATLAB中绘制函数图形的步骤如下: 先定义变量 x,通过指定的变量 x 值的范围,该函数被绘制; 然后定义函数, y = f(x); 最后调用 plot 命令,如 plot(x, y)。...接下来我们通过例子绘制简单的函数 y = x , x 值的范围从0到100,增量为5。...xlabel 和 ylabel 指令产生沿 x 轴和 y 轴的标签。 标题命令允许你生成图表上的一个标题。 网格命令允许你生成图上的网格线。...title('Sin(x) Graph'), grid on, axis equal 在MATLAB中会生成下图: MATLAB在同一张图上绘制多个函数 在MATLAB中可以绘制多个图形相同的积点...subplot 命令的语法如下: subplot(m, n, p) 其中,m 和 n 为积阵列的行和列的数量,p 指定把一个特定的积。 subplot 命令建立的每个绘图都可以有其自己的特点。

    2.3K20

    《移动互联网技术》第五章 界面开发: 掌握Activity的基本概念,Activity的堆栈管理和生命周期

    数据元素也可以通过一些属性来设置。在匹配规则中,data的scheme,host,port,path等属性可以写在同一个中,也可以分开单独写,其功效是一样的。...通过这种方式,创建一个视图,用户可以通过移动手或鼠标在视图上绘制任意的图形。...,第一View缺乏双缓冲机制,在需要时必须编程来实现;第二,当视图更新绘制时,必须在视图上重绘整张图片。...lockCanvas函数锁定画布,然后,完成画布的绘制工作,绘制完成后在屏幕上更新整张画布的内容。...,首先创建AnimationDrawable对象,获取所有图片文件的编号;然后,在循环中,通过图片编号获取每一帧图像,接着调用AnimationDrawable的addFrame函数,将每一张图片作为一帧加入该对象

    1.4K10

    【工具】用R软件绘制中国分省市地图

    首先,从这里下载中国地图的GIS数据,这是一个压缩包,完全解压后包含三个文件(bou2_4p.dbf、bou2_4p.shp和bou2_4p.shx),将这三个文件解压到同一个目录下,并在R中设好相应的工作空间...之前的GIS数据,其实就是提供了每一个行政区其多边形逐点的坐标,然后R软件通过顺次连接这些坐标,就绘制出了一个多边形区域。...在R中输入“x[[2]]”或“x$att.data”,会得到一个925行7列的数据框,这其实是bou2_4p.dbf这个文件中存储的信息,之前的read.shape()函数虽然读取的是bou2_4p.shp...对于这个数据框,其行名就是每一个区域的ID编号,第一列和第二列分别是面积和周长,最后一列是该区域所属的行政区名,其它的列应该也是一些编号性质的变量。...如果有机会的话,这一主题的下一篇文章将为大家介绍地图数据的组成结构,并说明如何将不同格式的地理数据整合起来,例如如何在上面的地图上绘制出我国的铁路、水系分布等内容。

    3.8K91

    前端-狙杀页面卡顿 —— Performance 工具指北

    网络情况是以瀑布图的形式呈现,图中可以观察到各资源的加载时间与顺序。CPU 使用率面积图的其实是一张连续的堆积柱状图(下面 CPU 面积图放大版为示意图,数据非严谨对应): ?...而开启「Disable JS Samples」后,火焰图只会精确到事件级别(调用某个 JS 文件中的函数是一个事件),忽略该事件下的所有 JS 函数调用栈。 ?...浏览器是怎么绘制一帧动画的 在默认状态下,我们点击左上角的圆记录事件,几秒后我们可以点击 Performance 中的 Stop 产生分析数据。...好了,我们再次记录性能数据: ? 我们看到报告中有多处醒目的红色,包括帧率图上的大红杠、主线程图中的小角标。...这样的操作会强制启动重排,因为浏览器并不清楚上一个循环内 DOM 有没有改变位置,必须立即重新布局才能计算 DOM 位置。别急,你可能已经注意到了,我们还有一个「Optimize」按钮。

    3.8K30

    matlab画图标签,Matlab绘图

    大家好,又见面了,我是你们的朋友全栈君。 要使用plot函数来绘制图形,需要执行以下步骤: 通过指定要绘制函数的变量x的值的范围来定义x。....^2; plot(x, y) 执行上面示例代码,得到以下结果 – 更改代码,减少增量为2 – 在图上添加标题,标签,网格线和缩放 MATLAB允许沿x轴和y轴,网格线添加标题,标签,并且还可以调整轴来绘制图形...plot(x, y), xlabel(‘x’), ylabel(‘Sin(x)’), title(‘Sin(x) Graph’), grid on, axis equal MATLAB生成以下图表 – 在同一个图上绘制多个函数...可以在同一个图上绘制多个图形。...该命令的语法是 – subplot(m, n, p) 其中,m和n是绘图数组的行数和列数,p表示放置指定图形的位置。 使用subplot命令创建的每个曲线都可以有自己的特点。

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